Analisis metabolisme tanaman berbasis NMR

Hye Kyong Kim, Young Hae Choi & Robert Verpoorte

Metabolomik berbasis resonansi magnetik nuklir (NMR) memiliki banyak aplikasi dalam ilmu tumbuhan.

Metabolomik dapat digunakan dalam genomik fungsional dan untuk membedakan tanaman dari asal yang

berbeda, atau setelah perawatan yang berbeda. Dalam protokol ini, berikut ini dijelaskan langkah-langkah

metabolisme tanaman menggunakan spektroskopi NMR: persiapan sampel (pengeringan beku diikuti

dengan ekstraksi dengan ultrasonikasi dengan CD3 1:1 OD:KH2 PO4 penyangga di D2O), analisis NMR

(standar 1 H, J-diselesaikan, 1H–1 Spektroskopi korelasi H (COSY) dan korelasi ikatan ganda heteronuklir

(HMBC)) dan metode kemometrik. Keuntungan utama dari metabolomik NMR analisis adalah kemungkinan

mengidentifikasi metabolit dengan membandingkan data NMR dengan referensi atau dengan

menggunakan elusidasi struktur NMR dua dimensi. Protokol ini sangat cocok untuk analisis metabolit

sekunder seperti senyawa fenolik (biasanya melimpah pada tanaman), dan untuk metabolit primer

(misalnya gula dan asam amino). Prosedur ini cepat; dibutuhkan tidak lebih dari 30 menit untuk persiapan

sampel (beberapa paralel) dan lebih lanjut 10 menit untuk akuisisi spektrum NMR.

PERKENALAN

Analisis metabolisme pada tanaman dengan spektroskopi NMR

Dalam dekade terakhir, metabolomik telah dikembangkan sebagai bidang penting ilmu tumbuhan dan kimia

bahan alam1–7. Tujuan akhir dari metabolomik adalah untuk mengukur semua metabolit dalam suatu

organisme baik secara kualitatif maupun kuantitatif, yang dapat memberikan gambaran metabolisme yang

jelas dari suatu organisme hidup dalam kondisi tertentu. Ini adalah tujuan yang sangat ambisius, sebagai

tanaman metabolisme sangat kompleks. Misalnya, sekitar 3.000 metabolit telah dilaporkan hanya dari satu

bagian saja tanaman, seperti daun tembakau8. Pada saat yang sama, metabolit ini semuanya berbeda
mengenai polaritas, perilaku kimia, stabilitas dan konsentrasinya, yang membuat analisis semua metabolit

dalam satu percobaan menjadi sangat sulit. Mengingat hal ini, alih-alih bertujuan untuk menganalisis

semua metabolit individu secara kuantitatif dan kualitatif, pendekatan yang lebih realistis dan sesuai akan

memiliki pandangan umum dari semua metabolit hadir dalam organisme dalam kondisi tertentu. Dalam

konteks ini, NMR sangat metode yang cocok untuk melakukan analisis tersebut karena memungkinkan

deteksi simultan dari berbagai kelompok metabolit sekunder (flavonoid, alkaloid, terpenoid dan sebagainya)

selain melimpah metabolit primer (gula, asam organik, asam amino dan sebagainya pada). Selain itu,

dalam spektrum NMR, sinyalnya proporsional dengan konsentrasi molar mereka, membuat perbandingan

langsung dari konsentrasi semua senyawa mungkin, tanpa perlu kurva kalibrasi dari masing-masing

senyawa individu. Dengan kata lain, itu mencerminkan tingkat molar nyata dari metabolit yang ada di

dalam tanaman. Selain itu, NMR adalah teknik yang sangat berguna untuk elusidasi struktur.

Menggunakan berbagai pengukuran NMR dua dimensi, banyak sinyal sering dapat diidentifikasi tanpa

perlu fraksinasi lebih lanjut dari ekstrak.