15

BAHAN DAN METODE

Tempat dan Waktu Penelitian

Penelitian akan dilaksanakan di Laboratorium Penyakit Tumbuhan dan

Laboratorium Bioteknologi Tanaman, Fakultas Pertanian Universitas Sumatera

Utara, Medan serta di Rumah Kaca UPT. Perlindungan Tanaman Pangan dan

Hortikultura pada bulan Desember 2020 sampai dengan selesai.

Bahan dan Alat Penelitian

Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah aksesi lokal cabai

merah yang di tanam di dataran tinggi Sumatera Utara yaitu Kabupaten Tanah

Karo, Samosir dan Simalungun (masing-masing 3 aksesi setiap kabupaten) dan 3

isolat F. oxysporum f.sp capsici yang diisolasi dari tanaman terinfeksi penyakit

layu fusarium yang diperoleh dari lahan budidaya cabai merah di 3 kabupaten

tersebut.

Pelaksanaan Penelitian

Eksplorasi Genotipe Cabai Merah

Lokasi eksplorasi aksesi lokal cabai merah ditentukan secara purposive

sampling di beberapa Kabupaten di Sumatera Utara. Setelah ditemukan lokasi

pertanaman cabai merah maka dilakukan wawancara langsung kepada petani

untuk mengetahui nama aksesi, asal tanaman, riwayat pertanaman sebelumnya,

dan lain-lain.

Isolasi Fusarium oxysporum f.sp capsici

Cendawan F. oxysporum f.sp capsici diisolasi dari tanaman yang terinfeksi

penyakit layu fusarium yang diperoleh dari lahan budidaya cabai merah di 3
 16

dataran tinggi Sumatera Utara, yaitu Kabupaten Tanah Karo, Samosir dan

Simalungun.

Jaringan batang dan akar tanaman tomat yang sakit dipotong dengan

ukuran 1 cm kemudian disterilisasi permukaan dengan alkohol 70% dan dibilas

dengan aquades steril. Potongan sampel diletakkan pada medium sporulasi dan

diinkubasi selama 3-5 hari pada suhu kamar.

Isolasi Fusarium spp dari tanah rizosfer dilakukan dengan membuat

suspensi tanah melalui metode pengenceran dan pencawanan. Setiap 1 g sampel

tanah dilarutkan dengan air steril sehingga didapat suspensi tanah sebanyak 10 ml.

Suspensi diguncang dengan menggunakan alat pengguncang orbital selama 3

menit. Suspensi kemudian diencerkan segera secara seri hingga pengenceran 10-5.

Untuk pengenceran 10-3 sampai 10-5 di ambil 0,1 ml kemudian disebar dalam

media PDA.

Koloni cendawan diamati menggunakan mikroskop setiap hari selama

tujuh hari setelah pencawanan (HSP). Koloni yang memiliki ciri spesifik

Fusarium spp, yaitu mempunyai makrokonidium, mikrokonidium dan

klamidospora dimurnikan pada medium PDA untuk menjaga virulensinya dan

disimpan untuk pengujian selanjutnya.

Uji Virulensi Fusarium spp.

Uji virulensi 3 isolat yang diperoleh dari dataran tinggi Sumatera Utara

yaitu Kabupaten Tanah Karo, Samosir dan Simalungun dilakukan dengan cara

menaburkan inokulum dari Fusarium spp pada medium beras (20 g) di sekitar

perakaran bibit cabai varietas Lembang 1 berumur 1 bulan. Percobaan dilakukan

dengan menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan 3 perlakuan dan 3

 17

ulangan. Setiap satuan percobaan terdapat 3 tanaman sebagai tanaman sampel,

sehingga total seluruh tanaman adalah:

Total tanaman = Isolat fusarium x Jumlah tanaman tiap kelompok x Ulangan

=3x3x3

= 27 tanaman

Analisis Karakter Ketahanan Tanaman Cabai Aksesi Lokal terhadap

Penyakit Layu Fusarium

Benih diberi perlakukan perendaman air panas mengikuti metode Kaeni et

al (2014) dengan modifikasi suhu dan lama perendaman yaitu 53 oC selama 30

menit yang bertujuan untuk mengeliminasi cendawan Fusarium spp. yang terbawa

benih. Inokulasi menggunakan metode perendaman benih cabai merah dalam

suspensi inokulum Fusarium spp. dengan kerapatan 105 selama 12 jam. Benih

cabai merah kemudian ditanam dalam polibag berukuran 30 cm x 30 cm dengan

media tanam berupa campuran tanah dan pupuk kompos dengan perbandingan 1:1

yang telah disterilisasi. Sterilisasi media tanam dilakukan dengan menggunakan

tong besi yang sudah dimodifikasi menjadi alat pemanas pada suhu 100 oC selama

3 jam.

Percobaan menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) satu faktor yaitu

9 aksesi dengan 3 ulangan. Setiap satuan percobaan terdapat 5 tanaman sebagai

tanaman sampel, sehingga total seluruh tanaman adalah:

Total tanaman = Jumlah aksesi x Isolat fusarium x Jumlah tanaman tiap kelompok

x Ulangan

=9x1x5x3

= 135 tanaman
 18

Parameter Pengamatan

Periode Inkubasi Penyakit

Pengamatan periode inkubasi dilakukan setiap hari. Waktu pengamatan

dimulai dari satu hari setelah inokulasi hingga tanaman menunjukkan adanya

gejala kelayuan.

Kejadian Penyakit

Kejadian penyakit layu fusarium pada tanaman cabai dapat diperoleh dari

perhitungan rumus kejadian penyakit menggunakan metode Townsend dan

Hueberger (1948) berikut:

n
KP = x 100%
N

Keterangan:

KP = Kejadian Penyakit

n = Jumlah tanaman layu yang diamati

N = Jumlah tanaman yang diamati

Keparahan Penyakit

Pengamatan dilakukan setiap minggu setelah tanaman diinokulasi oleh

cendawan Fusarium spp. Pada pengamatan dilakukan skoring pada gejala layu

yang ditunjukkan. Pengamatan dilakukan sampai tanaman menunjukkan skor

akhir. Skoring dilakukan berdasarkan Nisa (2018), sebagai berikut:

Tabel 1. Skala intensitas penyakit layu fusarium cabai

Skor Gejala
0 Tidak ada gejala layu
1 Gejala layu ringan
2 Pengerdilan dan klorosis daun
3 10% dari tanaman menunjukkan gejala layu
4 11-25% dari tanaman menunjukkan gejala layu
5 26-50% dari tanaman menunjukkan gejala layu
6 51-100% dari tanaman menunjukkan gejala layu
 19

Keparahan penyakit dihitung menggunakan rumus:

k

KP =
∑ (n x v ) x 100%
i=1
ZxN

Keterangan:

n = jumlah daun yang menunjukkan gejala serangan penyakit layu

v = nilai skor serangan (0,1,2,3,4)

N = jumlah daun yang diamati

Z = nilai skor skala tertinggi

Area Under Disease Progress Curve (AUDPC)

Hasil perhitungan keparahan penyakit dari setiap waktu pengamatan akan

digunakan untuk menghitung AUDPC (Area Under Disease Progress Curve).

AUDPC adalah total tingkat keparahan penyakit pada perlakuan dari minggu

pertama pengamatan sampai minggu terakhir pengamatan. AUPDC dapat dihitung

dengan rumus yang dinyatakan oleh Madden et al (2007) sebagai berikut:

n =1
( ( yi+ yi+1 )( ti+1−ti ) )
AUDPC = ∑ 2
i=1

Keterangan:

n = jumlah pengamatan

ti = hari setelah tanam untuk pengamatan penyakit ke-i

yi = intensitas penyakit hari ke-i

Analisis Data

Data sidik ragam yang nyata dilanjutkan analisis lanjutan dengan

menggunakan uji jarak ganda Duncan dengan taraf 5%.

 20

Analisis Keragaman Genetik Tanaman Cabai Aksesi Lokal Berdasarkan

Marka Molekuler RAPD

Analisis keragaman genetik diawali dengan isolasi DNA dari organ daun

menggunakan metode CTAB. DNA cabai merah yang berhasil diisolasi kemudian

di uji kuantitas dan kualitasnya sebelum digunakan pada tahap selanjutnya. Uji

kuantitas DNA dilakukan dengan metode spectrometer pada panjang gelombang

(λ) 260/280 nm. Uji kualitas DNA menggunakan metode elektroforesis kemudian

di visualisasi menggunakan sinar UV. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan

mesin PCR dengan 5 primer Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) yaitu

OPA-13, OPB-07, OPD-20, OPM-01 dan OPN-03 (Lampiran 2).

Hasil analisis genetik berdasarkan marka molekuler berupa data muncul

dan tidak muncul pita, kemudian diterjemahkan menjadi data biner yaitu 0 untuk

genotipe yang tidak muncul pita pada lokus tertentu dan 1 untuk genotipe yang

muncul pita. Data tersebut kemudian dilakukan analisis kekerabatan

menggunakan software MVSP berdasarkan metode Dissimilarity Gower dan

metode clustering Avarage Linkage.