BAB I

PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang
Bioteknologi secara umum berarti meningkatkan kualitas suatu organisme dengan
melalui aplikasi teknologi. Mikroorganisme adalah makhluk hidup berukuran sangat
kecil yang hanya bisa diamati dengan mikroskop. Menurut klasifikasi makhluk
hidup, mikroorganisme dapat digolongkan ke dalam 5 kerajaan, yaitu Protista,
Fungi, Monera, Virus dan Prion. Dua kerajaan lainnya adalah Plantae (tanaman)
dan Animalia (hewan). Meskipun terdapat ribuan jenis makhluk hidup jika ditinjau dari
struktur selnya, ternyata hanya tersusun oleh dua jenis sel, yaitu sel prokariotikdan sel
eukariotik.Modul ini membahas tentang kedua struktur sel tersebut yang juga
digunakan sebagai kriteria penggolongan sel mikroorganisme. Bakteri memiliki sel
prokariotik, sedangkan kapang dan khamir terdiri dari sel eukariotik. Virus tidak
termasuk ke dalam kategori di atas karena tidak memiliki kemampuan untuk
melakukan metabolisme meskipun memiliki unsur genetika untuk memperbanyak
dirinya. Sel prokariotik dan eukariotik tersusun oleh unsur kimia yang serupa.
Keduanya memiliki asam nukleat, protein, lipida, dan karbohidrat. Sel-sel tersebut
juga melakukan reaksi kimia yang sama untuk memproses (metabolisme)
makanan, membangun protein, dan menyimpan energi di dalam tubuhnya. Jadi
bioteknologi mikrobial merupakan aplikasi teknologi dalam lingkup mikroba seperti
bakteri, virus, dan jamur. Teknologi ini juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi
suatu jenis mikroba.

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah pada makalah ini ialah sebagai berikut :
1 Bagaimana struktur dari mikroba?
2 Apa penjelasan mengenai kapang dan khamir?
3 Bagaimana proses transformasi, transduksi, dan konjugasi?
4 Bagaimana proses identifikasi bakteri dengan teknik molekuler?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari pembuatan makalah dibawah ini ialah sebagai berikut:
1. Menjelaska struktur dari mikroba
2. Menjelaskan mengenai kapang dan khamir
3. Memaparkan proses transformasi, transduksi, dan konjugasi
4. Memaparkan proses identifikasi bakteri dengan teknik molekuler

1
 BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Struktur Mikroba
Bakteri memiliki sel prokariotik, sedangkan kapang dan khamir terdiri dari sel
eukariotik. Virus tidak termasuk ke dalam kategori di atas karena tidak memiliki
kemampuan untuk melakukan metabolisme meskipun memiliki unsur genetika untuk
memperbanyak dirinya.
Sel prokariotik dan eukariotik tersusun oleh unsur kimia yang serupa. Keduanya
memiliki asam nukleat, protein, lipida, dan karbohidrat. Sel-sel tersebut juga
melakukan reaksi kimia yang sama untuk memproses (metabolisme) makanan,
membangun protein, dan menyimpan energi di dalam tubuhnya. Perbedaan utama
dari kedua sel tersebut adalah susunan dinding sel, membran dan jenis organel yang
dimilikinya (Tabel 1.1.).

Tabel 1.1
Sel prokariotik (prokaryote adalah bahasa Yunani, pro artinya kuno dan karyote dari
inti) umumnya lebih sederhana daripadasel eukariotik. Sel ini memiliki dinding sel,
membran sitoplasma, sitoplasma dan kromatin yang berisi unsur genetika (asam
deoksi ribonukleat = ADN). Diagram sel prokariotik dapat dilihat pada Gambar 1.6.

Gambar 1.6
Struktur Sel Prokariotik
Sel eukariotik (bahasa Yunani eukaryote artinya inti yang sejati) memiliki ADN
yang terorganisasi ke dalam struktur linear yang disebut kromosom. ADN ini
terdapat di dalam nukleus yang terpisahkan oleh membran sitoplasma dengan

2
sitoplasma. Beberapa organel yang dimiliki oleh sel eukariotik yang tidak dipunyai
oleh sel prokariotik adalah alat mitosis, mitokondria, retikulum endoplasma, dan
kadang-kadang kloroplas (Gambar 1.7).

Gambar 1.7
Struktur Sel Eukariotik
B. BAGIAN-BAGIAN SEL PROKARIOTIK
1. Kapsul
Beberapa bakteri memiliki kapsul atau lendir yang berada di bagian
terluar dari sel. Umumnya kapsul tersusun atas polimer, seperti polisakarida atau
polipeptida atau keduanya. Kapsul ini umumnya berfungsi untuk melindungi diri
baik dari sistem pertahanan tubuh (bagi patogen) atau dari kondisi lingkungan
yang kurang baik, seperti kekeringan, kurang nutrien dan panas.
2. Flagella
Flagella (tunggal = flagellum) adalah filamen yang memanjang ke arah luar
sel yang tersusun atas protein yang disebut flagellin. Bakteri yang memiliki
flagella bisa bergerak atau motil, artinya dapat bergerak dengan keinginan
sendiri. Mekanisme bagaimana flagella dapat menggerakkan sel adalah sebagai
berikut: flagella yang agak kaku ini ini berfungsi sebagai poros yang mendorong
sel dengan cara memutar searahatau berlawanan arah dengan jarum jam. Tergantung
letaknya pada sel, flagella dapat disebut monotrikat, lopotrikat, ampitrikat, dan
peritrika.
Flagella pada Sel Prokariotik
3. Pili atau Fimbria
Istilah pilidan fimbriadigunakan untuk menunjuk struktur yang sama, yaitu
struktur mirip rambut pada permukaan sel. Struktur ini memiliki dua fungsi,
yaitu untuk penempelan (adhesi) pada permukaan lain, misalnya sel usus manusia,
dan dikenal sebagai fimbria. Fungsi kedua adalah untuk transfer materi genetika
melalui proses yang disebut konjugasi dan untuk kepentingan ini disebut sebagai
pili.Seperti halnya flagella, pili disusun oleh protein (disebut pilin), akan tetapi
pilin lebih tipis dan pendek jika dibandingkan dengan flagella.
4. Dinding Sel

3
 Dinding sel bakteri adalah struktur yang kompleks, agak kaku dan
bertanggung jawab atas bentuk sel. Struktur ini, melindungi membran sitoplasma
dan semua bagian dalam sel. Dinding sel tersusun oleh senyawa unik yang disebut
peptidoglikan. Peptidoglikan (PG) ini tersusun atas dua komponen, yaitu N-
acetyl glucosamine (NAG) dan N-acetyl muramic acid (NAM). NAG dan NAM
berselang-seling membentuk tulang punggung dinding sel. Pada NAM terdapat 4
asam amino dan -asam amino ini membentuk ikatan silang dengan asam amino
NAM lainnya
5. Membran Sitoplasma
Membran tipis ini membungkus cairan sitoplasma sel. Umumnya membran
sitoplasma terdiri atas 60% protein dan 40% lemak khususnya fosfolipid. Fungsi
utama membran sitoplasma adalah untuk menjadi penghalang (barrier) selektif
terhadap senyawa yang masuk dan ke luar sel. Membran ini disebut sebagai
semipermeablekarena hanya senyawa tertentu bisa melewati membran sementara
senyawa-senyawa lainnya tidak. Molekul-molekul yang besar (protein dan
sebagainya) umumnya tidak bisa melalui membran ini, akan tetapi air, asam-asam
amino, glukosa dapat melaluinya. Senyawa yang larut dalam lemak lebih mudah
memasuki membran ini karena membran tersusun atas lemak. Fungsi lain membran
ini adalah untuk memecah makanan untuk menghasilkan energi. Membran
sitoplasma ini mengandung enzim-enzim yang berperan dalam metabolisme.
6. Sitoplasma
Untuk sel prokariotik sitoplasma berarti apa saja yang terdapat di dalam
membran sitoplasma. Sitoplasma tersusun oleh 80% air, juga mengandung asam-
asam nukleat, protein, karbohidrat; lemak, ion-ion anorganik dan beberapa
senyawa berukuran kecil. Di dalam sitoplasma inilah metabolisme untuk
menghasilkan energi dan pembentukan komponen-komponen sel berlangsung.
Sitoplasma ini dapat dibagi menjadi bagian fluid dan bagian nukleoid. Bagian
fluid yang terdiri dari air yang mengandung ion dalam konsentrasi tinggi
sehingga secara fisik cairan di bagian ini kental, agak transparan dan elastis. Di
bagian ini juga terdapat ribosom yang terdiri dari ARN dan protein yang berfungsi
dalam sintesis protein. Selain itu, mungkin juga terdapat beberapa granula, seperti
granula metakromatik (volutin), granula polisakarida, lemak, sulfur dan
sebagainya.Bagian nukleoid terdiri dari molekul ADN yang membentuk kromosom.
Molekul inilah yang mengandung informasi genetika dari sel bakteri tersebut. Selain
itu bakteri juga mungkin mengandung ADN yang membentuk lingkaran kecil
yang disebut sebagai plasmid. Plasmid berisi materi genetika yang tidak penting
bagi pertumbuhan sel dan bisa hilang tanpa mengakibatkan sel mati.
7. Endospora
Endospora adalah bentuk istirahat dari sel bakteri yang dibentuk jika
kondisi lingkungan buruk.
C. BAGIAN-BAGIAN SEL EUKARIOTIK
Untuk menyederhanakan materi, pembahasan tentang sel eukariotik hanya
merujuk pada sel kapang dan khamir saja.
1. Dinding Sel

4
 Dinding sel eukariotik lebih sederhana daripada selprokariotik. Dinding sel
beberapa fungi mengandung selulosa, tetapi komponen yang utama adalah kitin,yaitu
polimer dari N-acetyl glucosamine. Dinding sel khamir umumnya mengandung
polisakaridaglukan dan manan. Oleh karena tidak mengandung petidoglikan maka sel-
sel eukariotik tahan terhadapantibiotika yang merusak peptidoglikan.
2. Membran Sitoplasma
Pada prinsipnya membran sel eukariotik dan prokariotik mempunyai fungsi
yang sama. Pada sel eukariotik juga terdapat sterol, lemak kompleks yang tidak
terdapat pada membran bakteri.
3. Sitoplasma
Secara fisik sitoplasma sel eukariotik sama dengan sitoplasma sel prokariotik.
Sitoplasma juga mengandung granula (inclusion bodies),seperti granula enzim
(zymogen), lemak, vakuola, dan glikogen. Berbeda dengan sel prokariotik, sitoplasma
sel eukariotik juga mengandung organel (organ-organ kecil) yang tidak terdapat pada
sitoplasma sel prokariotik.
4. Nukleus
Nukleus adalah organel terbesar yang mengandung materi genetika ADN.
Nukleus ini dipisahkan dari sitoplasma oleh membran dua lapis yang mirip
strukturnya dengan membran sitoplasma.
5. Retikulum Endoplasma (RE)
RE adalah membran paralel yang bersambungan dengan membran sitoplasma
atau membran nukleus dalam bentuk yang berbeda-beda. Diduga RE menyediakan
permukaan untuk berlangsungnya reaksi-reaksi kimia, transpor molekul dan
tempat penyimpanan hasil sintesis. Pada bagian luar RE terdapat ribosom yang
juga terdapat bebas di dalam sitoplasma.
6. Kompleks Golgi
Kompleks Golgi terdiri dari 4-8 saluran yang datar dan bertumpuk satu dengan
lainnya. Fungsinya adalah untuk sekresi (pengeluaran) protein, lemak yang disintesis
pada RE dan juga karbohidrat.
7. Mitokondria
Organel ini berbentuk bulat, oval atau berfilamen yang tersebar di sitoplasma.
Mitokondria terdiri atas membran dua lapis, seperti pada membran sitoplasma
dan berfungsi dalam metabolisme untuk menghasilkan energi dalam bentuk ATP
(Adenosin tri fosfat).
2.2 Kapang dan Khamir
A. KAPANG
Kapang adalah mikroorganisme yang memiliki banyak sel (multiseluler) yang
pertumbuhannya pada bahan makanan umumnya berbentuk sepeti kapas (istilah sehari-
hari = jamuran) sehingga mudah diamati dengan mata. Struktur menyerupai kapas ini
disebut miselium yang tersusun oleh benang-benang atau filamen yang disebut
hifa. Jika diamati di bawah mikroskop hifa ada yang memiliki dinding pembatas
(septat) dan yang tanpa dinding pembatas (nonseptat)(Gambar 13.).

5
Gambar 1.3
Hifa Septat (A) dan Non-septat (B)

Hifa bisa terendam di dalam substrat tempat tumbuhnya untuk mencari nutrien
dan ada yang tumbuh ke arah udara yang disebutaerial.Hifa aerial ini biasanya
membawa spora yang merupakan alat reproduksi. Penggolongan kapang umumnya
didasarkan pada jenis hifanya, gelap atau terang serta warna miseliumnya, ada
atau tidaknya spora seksual dan tipe yang dibuatnya, tipe spora aseksual yang
dimilikinya, karakteristik alat pembawa sporanya, serta adanya struktur-struktur khusus
yang membedakan satu kapang dengan kapang lainnya. Berdasarkan
carareproduksinya, kapang disebut fungi yang sempurna jika memiliki spora
seksual dan aseksual. Fungi sempurna tersebut digolongkan dalam kelas
Zygomycetes jika tidak berseptat serta Ascomycetesatau Basidiomycetes jika
berseptat. Fungi tidak sempurna atau Fungi Imperfecti yang umumnya berseptat
hanya memiliki spora aseksual dan digolongkan sebagai kelas Deuteromycetes.
Spora aseksual kapang yang memiliki dinding sel yang tebal ini sangat ringan
sehingga mudah diterbangkan oleh angin. Jika spora ini mendarat pada substrat
yang cocok maka kapang baru akan tumbuh. Tiga bentuk spora aseksual adalah
konidia (tunggal=konidium), arthrospora dan sporangiospora. Spora seksual yang
dibentuk oleh kapang dibedakan berdasarkan cara pembentukannya dan disebut
zygospora dan askospora (Gambar 1.4).

6
Gambar 1.4.
Spora Kapang Aseksual (A) dan Seksual (B)

B. KHAMIR
Khamir adalah fungi bersel satu berbentuk bulat atau oval yang tidak
membentuk filamen. Khamir yang menguntungkan telah dimanfaatkan dalam
pembuatan roti, tape, bir, anggur dan cuka. Akan tetapi, kadang-kadang
pertumbuhannya tidak diinginkan karena menyebabkan kerusakan pada sauerkraut
(asinan kubis), jus buah, sirup, madu, daging, anggur, bir dan sebagainya. Pada
umumnya khamir diklasifikasikan atas dasar ciri-ciri morfologisnya, ada tidaknya
askospora, penyampaian askospora, penampakan sel vegetatifnya, cara reproduksi
aseksualnya, ada tidaknya miselium, pertumbuhan pada medium cair, warna
pertumbuhan makroskopisnya, serta ciri-ciri fisiologisnya (kebutuhan nutrien dan
sebagainya).
1. Bentuk dan Struktur
Khamir bisa berbentuk bulat, oval, seperti lemon, seperti buah pear,
menyerupai silinder, segitiga ataupun memanjang sehingga menyerupai miselium
disebut pseudomycelliumatau miselium palsu (Gambar 1.5).

7
 Gambar 1.5
Bentuk-bentuk khamir
2. Cara Reproduksi
Mikroorganisme ini berkembang biak secara aseksual dengan pertunasan,
pembelahanatau kombinasi pembelahan danpertunasan.Selain itu, beberapa khamir juga
dapat membentuk spora seksual askospora karena itu digolongkan ke dalam kelas
Ascomycetes. Beberapa jenis khamir yang tidak bisa membentuk askospora tergolong
fungi imperfekti.
2.3 Transformasi, Transduksi, dan Konjugasi
A. Transformasi
Transformasi merupakan peristiwa dimana bakteri memperoleh DNA dari
lingkungan sekitarnya. Permukaan sel bakteri memiliki protein yang dapat mengenali
DNA dari jenis yang masih berkerabat kemudian mentransport DNA tersebut masuk ke
dalam sel. Di dalam sel, DNA asing tersebut akan menyatu dengan DNA inang dan
menyebabkan perubahan pada struktur DNA awal. Perubahan struktur DNA ini akan
menyebabkan perubahan sifat bakteri tersebut.

Transformasi pada bakteri

Contoh peristiwa ini adalah ketika bakteri Streptococcus pneumoniae strain yang
tidak berbahaya dibiakkan dalam medium yang di dalamnya terkandung DNA dari
Streptococcus penumoniae yang berbahaya. Bakteri strain tidak berbahaya tersebut
akan menyerap DNA yang ditemukannya, menyatukannya dengan DNA yang
dimilikinya sehingga terjadi rekombinasi DNA. Setelah terjadi rekombinasi, strain yang
tadinya tidak berbahaya tadi akan berubah menjadi strain berbahaya dan dapat
mengakibatkan penyakit pneumonia.
B. Transduksi
Transduksi merupakan peristiwa dimana bakteri memperoleh DNA dari
bakteriofag yang menginfeksinya. Bakteriofag merupakan virus yang menyerang
bakteri. Virus ini akan menyerang dengan cara menyuntikkan materi genetik ke dalam
sel bakteri. Dalam kasus transduksi virus menyuntikkan DNA virus juga menyuntikkan
DNA bakteri lain yang diperoleh setelah virus tersebut berkembang dalam sel bakteri
lain. DNA asing yang disuntikkan tersebut akan menyatu dengan DNA bakteri dan
menyebabkan terjadinya rekombinasi genetik.

8
 Transduksi pada bakteri
Tidak semua bakteri yang diserang virus akan lisis dan mati. Bila virus melakukan
reproduksi secara lisogenik yang terjadi hanyalah materi genetik virus yang ikut
mengganda ketika sel bakteri membelah diri. Sehingga dalam tahap ini dapat terjadi
rekombinasi DNA yang menyebabkan terjadinya variasi pada DNA bakteri tersebut.

C. Konjugasi
Konjugasi merupakan proses transfer DNA dari satu bakteri menuju bakteri
yang lain. Jadi konsepnya adalah satu bakteri memberikan DNA sedangkan bakteri
lainnya menerima DNA tersebut. Transfer DNA tersebut terjadi melalui terbentuknya
jembatan antar 2 bakteri yang disebut pilus. DNA akan berjalan melalui pilus tersebut
sehingga bisa sampai pada bakteri penerima. Setelah sampai di bakteri penerima, DNA
tersebut akan menyatu sehingga terjadi rekombinasi.

Konjugasi pada bakteri

Konjugasi kadang disebut dengan perkawinan bakteri. Walaupun kelihatannya mirip
dengan perkawinan yang terjadi pada eukariota, namun pada peristiwa konjugasi hanya
molekul DNA yang berpindah atau yang ditransfer. Pilus yang menjadi jembatan
perkawinan tersebut terbuat dari protein fleksibel yang akan segera hilang ketika proses
konjugasi selesai.

2.4 Identifikasi Bakteri dengan Teknik Molekuler

Metode identifikasi bakteri secara garis besar dapat dibagi menjadi teknik genotipik
yang berdasarkan pada profil materi genetik suatu organisme (utamanya DNA) dan
teknik fenotipik yang berdasarkan pada baik profil sifat metabolik maupun beberapa
aspek komposisi kimianya. Teknik molekuler sendiri merupakan teknik genotipik
dalam mengidentifikasi bakteri. Teknik ini dapat dibagi menjadi dua kelompok, yaitu
teknik berbasis sidik jari atau pola dan teknik berbasis sekuen atau urutan DNA.
1. Analisis Sidik Jari Menggunakan rep-PCR

9
 Sebelumnya telah disebutkan bahwa salah satu metode genotipik untuk identifikasi
bakteri adalah teknik berdasarkan sidik jari atau pola. Teknik ini secara khusus menggunakan
metode sistematis dalam menghasilkan serangkaian fragmen dari DNA kromosom
organisme. Fragmen ini selanjutnya dipisahkan berdasarkan ukuran untuk menghasilkan
suatu profil atau sidik jari yang bersifat unik untuk organisme tersebut dan kerabat
terdekatnya. Cukup dengan informasi ini, seseorang dapat membuat perpustakaan atau
database sidik jari organisme yang telah dikenal dan dibandingkan dengan organisme uji.
Ketika profil dari kedua organisme tersebut cocok, maka mereka dapat dianggap berkerabat
dekat, biasanya pada tingkat strain atau spesies (Frakash et al., 2007).
Pertama, berdasarkan analisis RFLP yang mendeteksi variasi sekuens dengan
membandingkan ukuran dan jumlah fragmen restriksi yang dihasilkan melalui pemotongan
DNA oleh enzim restriksi. Kedua, variasi multipel amplikon dengan ukuran berbeda yang
merupakan produk amplifikasi dengan primer. Kelompok kedua ini mencakup repetitive
sequence based-Polymerase Chain Reaction (rep-PCR) (Versalovic et al., 1994), Randomly
Amplified Polymorphic DNA (RAPD) (Williams et al., 1990) dan Arbitrary Priming-PCR
(AP-PCR) (Welsh & McClelland, 1990).
Rep-PCR pertama kali diperkenalkan oleh Versalovic et al. (1991) dan menghasilkan sidik
jari DNA yang terdiri atas multipel amplikon DNA dengan ukuran berbeda-beda. Amplikon
ini mengandung segmen kromosom DNA yang bersifat unik yang berada diantara sekuen
repetitif, dimana sekuen repetitif tersebut menjadi target penempelan primer (tabel 1) dengan
sekuen repetitif (Versalovic et al., 1999). Ada tiga elemen sekuen DNA repetitif yang bersifat
konservatif yang biasa digunakan untuk tujuan typing, yaitu sekuen REP, ERIC, dan BOX
(Genersch & Otten, 2003). Elemen REP (Repetitive Extragenic Palindromic) merupakan unit
palindromik yang mengandung loop yang bervariasi pada struktur stem-loopnya (Stern et al.,
1984). Elemen ERIC (Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus) ditandai dengan
struktur palindromik pusat yang bersifat konservatif (Hulton et al., 1991). Sementara elemen
BOX terdiri atas beberapa subunit berbeda yang bersifat konservatif, yaitu boxA, boxB, dan
boxC dan hanya boxA yang diketahui memiliki sekuen yang sangat konservatif pada banyak
bakteri (Versalovic et al., 1994).

Primer yang umum digunakan pada rep-PCR. (Charan et al., 2011)

rep-PCR telah banyak digunakan untuk berbagai tujuan, antara lain untuk identifikasi
methylobacter yang berasosiasi dengan tanaman (Raja et al., 2008), untuk membedakan strain
Eschericia coli dari ekologi yang berbeda (Dombek et al,. 2000), serta untuk penentuan
diversitas genetik pada Pseudomonas fluorescence (Charan et al., 2011).

10
Contoh Profil REP-PCR serta dendrogramnya

2. Identifikasi Bakteri dengan sekuen 16S rDNA dan gen gyrB.

Untuk identifikasi bakteri berbasis sekuen biasanya digunakan suatu marker, baik yang
terdapat pada daerah gen maupun daeah DNA non-koding, dengan karakteristik antara lain:
pertama, sebagian besar merupakan housekeeping gene yang ada pada semua bakteri; kedua,
memiliki polimorfisme yang tinggi sehingga membuatnya dapat dibedakan antara bakteri
yang juga berbeda; ketiga, marker molekuler tersebut harus bersifat sangat konservatif pada
beberapa daerah sehingga memudahkan untuk mendesain primer yang tepat untuk proses
amplifikasi dengan PCR (Liu et al., 2012). Ada beberapa gen dan daerah DNA yang
memiliki kesemua ciri tersebut dan telah digunakan secara luas untuk identifikasi bakteri,
diantaranya gen 16S rRNA, gen 23S rRNA, daerah ITS, gen rpoB, gen gyrB dan gen recA
(Sacchi et al., 2002; Miflin & Blackall, 2001; Houpikian & Raoult, 2001; Vos et al., 2012;)
Wu & Ahn, 2011; Seo et al., 2009).
Pada tahun 1960-an, Dubnau et al. melaporkan sifat konservatif gen 16S rRNA pada Bacillus
spp. Penggunaan gen 16S rRNA yang luas untuk identifikasi dan taksonomi kemudian
digagas oleh Woese et al. (1980) yang menunjukkan bahwa hubungan filogenetik bakteri,
termasuk semua bentuk kehidupan, dapat ditentukan dengan membandingkan suatu bagian
kode genetik yang bersifat stabil. Kandidat untuk daerah ini termasuk gen yang mengkode
5S, 16S, 23S rRNA, maupun daerah IGS (Intergenic Spacer) (Clarridge, 2004). Akan tetapi
gen 5S rRNA (120 bp) dan 23S rRNA (3300 bp) telah terbatas penggunaannya. Gen 16S
rRNA (1650 bp) merupakan marker yang paling sering digunakan dan telah merevolusi
bidang sistematika mikrobia (Prakash et al., 2007).
Daerah Konservatif dan Variabel Gen 16s rRNA.
Gen 16S rRNA mengkode rRNA subunit kecil ribosom organisme prokariot. Gen tersebut
banyak digunakan dalam analisis filogenetik karena terdistribusi secara universal, bersifat
konservatif, memiliki peran penting pada ribosom dalam sintesis protein, tidak ditransfer
secara horizontal, serta kecepatan evolusi dengan variasi tingkat yang tepat di antara
organisme. Molekul 16S rRNA memiliki daerah variabel dan konservatif, dimana primer
universal untuk amplifikasi gen 16S rRNA secara lengkap biasanya dipilih dari daerah
konservatif tersebut, sementara daerah variabel lebih banyak digunakan untuk taksonomi
perbandingan (Prakash et al., 2007).

11
 BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Struktur mikroba terbagi menjadi dua yaitu Sel prokariotik dan eukariotik tersusun
oleh unsur kimia yang serupa. Keduanya memiliki asam nukleat, protein, lipida,
dan karbohidrat. Sel-sel tersebut juga melakukan reaksi kimia yang sama untuk
memproses (metabolisme) makanan, membangun protein, dan menyimpan energi
di dalam tubuhnya. Perbedaan utama dari kedua sel tersebut adalah susunan
dinding sel, membran dan jenis organel yang dimilikinya.
Kapang adalah mikroorganisme yang memiliki banyak sel (multiseluler) yang
pertumbuhannya pada bahan makanan umumnya berbentuk sepeti kapas (istilah sehari-
hari = jamuran) sehingga mudah diamati dengan mata. Khamir adalah fungi bersel
satu berbentuk bulat atau oval yang tidak membentuk filamen.
Transformasi merupakan peristiwa dimana bakteri memperoleh DNA dari lingkungan
sekitarnya. Transduksi merupakan peristiwa dimana bakteri memperoleh DNA dari
bakteriofag yang menginfeksinya. Bakteriofag merupakan virus yang menyerang
bakteri. Konjugasi merupakan proses transfer DNA dari satu bakteri menuju bakteri
yang lain. Teknik molekuler sendiri merupakan teknik genotipik dalam
mengidentifikasi bakteri. Teknik ini dapat dibagi menjadi dua kelompok, yaitu teknik
berbasis sidik jari atau pola dan teknik berbasis sekuen atau urutan DNA.

12
 DAFTAR PUSTAKA
Fardiaz, S. (1989). Mikrobiologi Pangan. Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia:
Pusat Antar-Universitas Pangan dan Gizi.
https://www.edubio.info/2017/01/transformasi-transduksi-dan-konjugasi.html?m=1. Diakses
pada tanggal 17 Oktober 2019 pukul 07.50 WIB.

http://rumahbiotek.blogspot.com/2014/08/analisis-filogenetik-identifikasi.html?m=1. Diakses
pada tanggal 17 Oktober 2019 pukul 08.00 WIB.

13