UAS Pengantar Bioinformatika

Nama : Alda Nadia Ciptaningrum

NIM : 1119095000000
Kelas : 6A

Jawaban Soal B disajikan dalam lembar jawaban tersendiri (yang telah dicantumkan nama
dan NIM peserta UAS), diupload ke menu penugasan pada hari H pelaksanaan UAS

1. Retreive protein YciE (aksesi P21363) dalam format FASTA dari dari entrez
(www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/), pelajari anotasinya dalam file GenBank, lakukan pencarian
domain dan motif, kelas, topologi dan family dari protein tsb, jelaskan hasil prediksi anda
terkait fungsi protein tersebut

Aksesi P21363 : ferritine-like superfamily of diiron-containing four-helix-bundle Fasta : >sp|

P21363.1|YCIE_ECOLI RecName: Full=Protein YciE
MNRIEHYHDWLRDAHAMEKQAESMLESMASRIDNYPELRARIEQHLSETKNQIVQL
ETILDRNDISRSVI
KDSMSKMAALGQSIGGIFPSDEIVKGSISGYVFEQFEIACYTSLLAAAKNAGDTASIPT
IEAILNEEKQM
ADWLIQNIPQTTEKFLIRSETDGVEAKK
Domain : 3oghA00

Kelas : -

Family : 1.20.1260.10

Ferritin adalah sejenis protein dalam tubuh, yang berfungsi mengikat zat besi.
Prediksinya : domain 3oghA00 dengan sitasi struktur protein yciE menggunakan organisme
E. coli

2. Sajikan struktur sekunder dan struktur tiga dimensi dari protein dengan kode aksesi PDB
3RGK
Struktur tiga dimensi PDB 3RGK

3. Diketahui sekuen protein adalah sbb

MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAV
MGNPKVKAHGKKVLGAFSD
GLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFGKEFTPPVQAA
YQKVVAGVANALAHKYH

sajikan struktur sekunder, tersier dan kuartener dari protein tersebut