Topik Khusus Retno Puji Astari

ANALISA BIOINFORMATIKA GEN EMBRIOID KELAPA SAWIT
KULTUR JARINGAN (Elaeis guineensis Jacq.)
TOPIK KHUSUS
Oleh:
RETNO PUJI ASTARI/218104006
Dibimbing oleh: Prof. Mohammad Basyuni, S. Hut, M.Si, Ph.D
PROGRAM DOKTOR ILMU PERTANIAN

SEKOLAH PASCASARJANA
FAKULTAS PERTANIAN
SUMATERA UTARA
2022
Diseminarkan pada: Senin, 11 Juli 2022 pukul 10.00 wib

Latar Belakang Penelitian
 Tanaman penting dunia penghasil minyak, bernilai ekonomi tinggi.

 Sebagai komoditas ekspor pertanian terbesar di Indonesia
(Ho, et.al, 2009 dan Direktorat Jendral Perkebunan,
2020).
 Kebutuhan benih kelapa sawit unggul terus meningkat

 Pemuliaan sawit memerlukan waktu lama (Abdullah et al,
2005)
 Kultur jaringan salah satu teknologi potensial untuk

menghasilkan
benih kelapa sawit unggul yang seragam (Yunita, et. al, 2016).
Kelapa Sawit
 Menurut, Cochard, et. al, 1999; Wahid, et. al, 2005 dan Roowi, 2010:
Penanaman kelapa sawit klon hasil kultur jaringan signifikan
meningkatkan produksi sebesar 30% dibandingkan benih komersil
Dura silang Pisifera (DxP) di area percobaan skala besar
 Identifikasi genotipe kelapa sawit embrioid salah satu faktor

penting dalam keberhasilan kultur jaringan (Delporteet al, 2001).
 Dengan perkembangan teknologi, analisa bioinformatika dapat

membantu proses identifikasi awal gen embrioid kelapa sawit.
Tujuan Penelitian
Penelitian ini bertujuan untuk:

 Identifikasi gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis
guineensis Jacq.) menggunakan analisa bioinformatika.
Sebagai tahap awal identifikasi gen yang berasosiasi

dengan callogenesis dan embryogenesis untuk kultur jaringan kelapa
sawit.
Hipotesis Penelitian
Hipotesis penelitian ini adalah:

1. Terdapat nukleotida gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis guineensis Jacq.) pada Gen-Bank (NCBI).
2. Gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan (Elaeis guineensis Jacq.)

dapat di analisa berdasarkan karakter fisiko-kimia, potensial
peptide transit, lokasi sub-selluler dan analisa filogenetik.
BAHAN DAN METODE PENELITIAN
Waktu dan Tempat:

 Penelitian dilakukan Laboratorium Socfindo (SSPL) Bangun Bandar.
Penelitian berbasis laboratorium kering. Penelitian dilaksanakan
mulai April sampai Juni 2022.
Bahan dan Alat:

 Bahan yang digunakan: urutan nukleotida aksesi embrioid
kelapa sawit kultur jaringan dari database Gen-Bank NCBI pada
rentang panjang nukleotida 850-1000 base pair (bp) (
https://www.ncbi.nlm.nih.gov). Terdapat 26 aksesi nukleotida
terseleksi pada panjang tersebut.
 Penelitian ini menggunakan alat perangkat lunak berbasis web
untuk
analisa bioinformatika kelapa sawit embrioid.
Dua Puluh Enam Nukleotida yaitu:
1. EY410244.1 pOP-EO07352_EST_C_1_pSK_SK EO (Oil Palm Embryoid) Elaeis guineensis cDNA clone pOP-EO07352 5', mRNA sequence.
Metode Penelitian
 Penelitian menggunakan metode bioinformatika berbasis website

dalam analisa karakterisasi nukleotida embrioid kelapa sawit
kultur jaringan menggunakan database Gen-Bank (NCBI).
Data Analisa
 Karakter fisiko-kimia dengan parameter:

Panjang gen, jumlah asam amino, berat molekul, teoritikal nilai
isoelektrik poin, total jumlah atom, koefisien ekstensi, periode
half- life, koefisien instability, index aliphatic, rata-rata
hyropathicity (web.expasy.org/protparam/).
Data Analisa
 Potensial transit dengan parameter: sinyal peptide,

peptide
mitrokondria peptide target, kloroplas peptide target dan transfer
tilakoid luminal menggunakan akses online TargetP-2.0 (https:
//services.healthtech.dtu.dk/service.php?TargetP-2.0).
 Analisa bioinformatika lokasi seluler gen embrioid kelapa sawit.

Analisa lokasi seluler untuk setiap klon menggunakan akses
online PSORT (https://www.psort.org/).
 Analisa filogenetik berdasarkan neighbor-joing approach pada

bootstrap 1000 kali menggunakan software MEGA11 ver.11.0.11
HASIL DAN PEMBAHASAN
Karakterisasi fisiko-kimia gen embrioid kelapa sawit

kultur jaringan (Elaeis guineensis Jacq.).
 Berdasarkan hasil penelusuran pada database Gen-Bank

NCBI, digunakan 26 aksesi nukleotide diketahui dengang
panjang gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan kisaran 850-
936 bp.
 Dengan berat molekul 70136.34 sampai dengan 79411.77 satuan.

Variasi juga terdapat pada karakter nilai isoelektrik poin, total jumlah
atom, koefisien ekstensi, periode half-life, koefisien instability,
indeks alphatic dan grand rata-rata hyropathicity dijelaskan pada
Tabel 1.
 Variasi pada karakter fisiko-kimia tersebut, sejalan dengan hasil

penelitian bioinformatika pada Basyuni (2019) identifikasi gen
TLR4; Siregar, et. al (2019) karakter fisiko-kimia pada kelapa sawit
stress garam; sejalan pula dengan Basyuni et, al (2018) pada
penelitian bioinformatik analisa prediksi ganoderma kelapa sawit.
Data karakterisasi fisiko-kimia gen embrioid kelapa sawit kultur
jaringan (Elaeis guineensis Jacq.)
Tabel 1. Karakter fisiko-kimia gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan (Elaeis guineensis
Jacq.) .
Varian C1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9 C10 C11 C12 C13
Panjang gene (bp) 855 899 881 876 858 901 906 913 881 872 850 916 886
Jumlah asam amino 855 899 881 876 858 901 906 913 881 872 850 916 886
Berat molekul 70829.58 74073.33 72543.52 71709.95 70136.34 75825.18 77794.48 76460.37 72856.39 72979 72203.45 76413.17 73312.05
Teoritikal nilai 5.12 5.1 5.02 5.09 5.09 5.05 5.11 5 5.09 5.04 5.07 5.04 5.09
isoelektrik poin
Total jumlah atom 9140 9495 9360 9116 8867 9567 10071 9795 9293 9099 9146 9585 9381
Koefisien ekstensi 10125 11375 10375 12000 12375 15125 11250 12250 12125 15750 13500 16000 12000
Periode half-life 1.2 h 30 h 7.2 h 1.2 h 30 h 30 h 1.2 h 7.2 h 1.2 h 1.2 h 1.2 h 1.2 h 1.2 h
Koefisien instability 40.27 34.2 41.92 42.52 30.59 50.47 52.28 40.46 46.99 60.69 47.55 47.27 46.65
Index aliphatic 29.24 27.36 30.53 25.46 23.54 26.42 25.61 26.4 26.56 20.99 22.82 26.75 29.23
Grand rata-rata 0.708 0.71 0.738 0.724 0.718 0.885 0.63 0.718 0.743 0.829 0.755 0.936 0.793
hyropathicity
Varian C14 C15 C16 C17 C18 C19 C20 C21 C22 C23 C24 C25 C26
Panjang gene (bp) 883 879 860 873 852 935 853 871 886 936 859 853 859
Jumlah asam amino 883 879 860 873 852 935 853 871 886 936 859 853 859
Berat molekul 75019.3 74665.65 74105.51 74308.11 70541.19 75665.98 72209.23 75060.76 73033.34 79411.77 71446.05 71301.04 71421.16
Teoritikal nilai 5.03 5.00 5.06 5.1 5.09 5.16 5.11 5.1 5.11 5.12 5.06 5.08 5.09
isoelektrik poin
Total jumlah atom 9422 9148 9408 9544 9004 9898 9308 9651 9383 10318 8967 9044 9114
Koefisien ekstensi 16375 19375 14500 11875 12000 8375 10750 11875 11125 10500 14500 12750 12125
Periode half-life 1.2 h 30 h 30 h 1.2 h 30 h 1.2 h 30 h 1.2 h 30 h 30 h 1.2 h 30 h 1.2 h
Koefisien instability 62.65 45.85 45.49 43.64 42.13 29.21 36.8 45.13 35.89 39.77 50.70 43.88 47.96
Index aliphatic 28.77 19.57 29.07 25.89 29.34 35.29 25.44 22.96 29.68 26.92 24.56 23.92 28.29
Grand rata-rata 1,024 0.996 0.934 0.706 0.823 0.712 0.644 0.63 0.758 0.609 0.858 0.741 0.801
hyropathicity
Keterangan: C1-C26 sample per nomor aksesi.

Potensial peptide transit dalam gen embrioid kelapa sawit kultur
Tabel 2. Potensial peptide transit dalam gen embrioid kelapa
sawit kultur jaringan (Elaeis guineensis Jacq.) .
Reliability
 Prediksi lokasi transit peptide Variant
(Sample Signal
Choroplast
Thylakoid
terdeteksi pada signal peptipe of Type)

Likelihood
Other
peptipe of Mitochondrial
target
transit
luminal
peptipe
secretory pathway, mitochondrial secretory
pathway
peptipe transfer
target peptipe, chloroplast transite peptide

C1 0.7653 0.0009 0.0001 0.0086 0.225
peptide, thylakoid luminal transfer C2 0.9724 0.0002 0.0031 0.0165 0.0078
peptipe dan other signal, dijelaskan C3 0.9999 0 0 0 0
pada Tabel 2. C4 0.7138 0.1433 0.1423 0.0002 0.0004
C5 0.7356 0.1064 0 0.1563 0.0015
C6 0.9953 0 0.0041 0.0005 0.0001
 Penelitian ini diketahui potensial C7 0.8068 0.0008 0.1715 0.0096 0.0112
C8 0.9997 0.0002 0 0 0.0001
peptide transit gen embrioid pada C9 0.0298 0.9671 0.0028 0.0002 0
mitochondrial target lebih rendah C10 0.9982 0.0017 0 0 0
dibandingkan pada kloroplas dan other C11 0.9303 0.0005 0.0023 0.0664
C12 0.9234 0.0001 0.0606 0.016 0
sinyal. Penelitian ini sejalan dengan C13 0.9919 0.0001 0.0031 0.005 0
laporan penelitian Basyuni, et.al C14 0.9955 0 0 0.0043 0.0001
C15 0.9974 0.001 0.0015 0 0
(2019), dengan hasil penelitian C16 0.9120 0.0405 0.0354 0.0052 0.0068
potensial peptide transit pada C17 0.2644 0.7349 0.0005 0 0.0001
mitochondrial target peptipe gen C18 0.9365 0.0002 0.0404 0.0175 0.0055
C19 0.9901 0.0084 0.0014 0 0
polyprenol pada Durian hanya sebesar C20 0.3232 0.675 0.001 0.0008 0.0001
0.017-0.164 satuan. C21 0.9856 0.0115 0.0008 0.0014 0.0006
C22 0.2912 0.0002 0.6324 0.0758 0.0004
C23 0.9958 0.0021 0.002 0 0
C24 0.998 0.0013 0.0007 0 0
C25 0.2857 0.6919 0.0217 0.0001 0.0006
Keterangan:
C26 C1-C26 sample
0.1212 0 per0.0002
nomor aksesi.
0.8665 0.012
Lokasi sub-selluler gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis guineensis Jacq.).
 Berdasarkan hasil tersebut gen embrioid terdeteksi pada 14 lokasi

sub-selluler yaitu pada nucleus, cytoplasma, chloroplast stroma,
chloroplast thylakoid membrane, chloroplast thylakoid space,
endoplasmic reticulum (membrane), endoplasmic reticulum
(lumen), golgi body, plasma membrane, microbody (peroxisime),
mitochondrial inner membrane, mitochondrial matrix space,
mitochondrial intermembrane space dan outsite.
 Berdasarkan hasil tersebut diketahui lokasi sub-selluler maksimum

terdeteksi pada nucleus yaitu pada gen embrioid C13 dan C26
sebesar 0.96 satuan. Cui, et.al (2021), Bauxbaum, et. al (2015)
serta Mofatteh dan Bullock (2017), mengatakan lokasi sub-selluler
mempunyai peran penting dalam pertumbuhan dan perkembangan
sel yang dapat membantu memahami proses gen.
 Hasil penelitian pada Tabel 3, menyajikan lokasi sub-selluler gen

embrioid kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.).
Tabel 3. Lokasi sub-selluler gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis guineensis Jacq.)
Variant Ns C Cs Ctm Cts Er(m) Er(l) Gb Pm M(p) Mim Mms Mis Ost
C1 nd nd nd 0.297 nd nd nd 0.300 0.790 0.519 nd nd nd nd
C2 0.70 nd nd 0.100 nd nd nd nd nd 0.572 nd 0.100 nd nd
C3 Nd 0.650 nd nd nd nc nc nd nd nd nd 0.100 nd nd
C4 Nd nd nd nd nd nd nd nd nd 0.563 0.486 0.807 0.486 nd
C5 Nd nd nd nd nd 0.685 0.100 0.460 0.640 nd nd nd nd nd
C7 Nd nd nd 0.313 nd 0.300 nd 0.400 0.600 nd nd nd nd nd
C8 Nd 0.450 nd 0.100 nd nd nd nd nd 0.174 nd 0.100 nd nd
C9 Nd nd nd nd nd 0.100 nd nd 0.685 0.120 nd nd nd 0.820
C10 Nd 0.650 nd nd nd nc nd nd nd 0.062 nd 0.100 nd nd
C12 0.70 nd nd nd nd nd nd nd nd nd 0.103 0.426 0.103 nd
C14 Nd nd 0.851 0.405 0.405 nd nd nd nd nd nd 0.100 nd nd
C15 0.60 nd nd 0.100 nd nc nd nd nd nd nd 0.100 nd nd
C17 Nd 0.450 nd nd nd nd nd nd nd 0.333 nd 0.437 0.121 nd
C20 Nd nd nd nd nd 0.100 0.100 nd 0.460 0.166 nd nd nd nd
C22 Nd 0.450 0.200 0.280 nd nd nd nd nd 0.300 nd nd nd nd
C24 Nd nd nd nd nd 0.550 0.100 nd nd 0.315 nd nd nd 0.100
C25 Nd nd nd nd nd 0.100 0.100 nd 0.460 nd nd nd nd 0.100
C26 0.96 nd nd 0.280 nd nd nd nd nd nd 0.300 0.360 nd nd
Keterangan: C1-C26 sample klon per nomor aksesi; nd: not detected. Ns: Nucleus; C: cytoplasma; Cs: chloroplast stroma; Ctm: chloroplast
thylakoid membrane; Cts: chloroplast thylakoid space; Er (m): endoplasmic reticulum (membrane); Er(l): endoplasmic reticulum (lumen); Gb: Golgi
body; Pm: plasma membrane; M(p): Microbody (peroxisime); Mim: mitochondrial inner membrane; Mms: mitochondrial matrix space; Mis: mitoc
hondrial intermembrane space; Ost:Outsite; nc: Not Clear; nd: not detected.
Pohon filogenetik gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis guineensis Jacq.)
 Untuk verifikasi homologi antara gen embrioid kelapa sawit kultur

 Pohon filogenetik di analisa berdasarkan neighbor-joining dengan

boostraps 1000 measurements.
 Hasil analisa filogenetik ke-26 embrioid kelapa sawit kultur

jaringan tersebut dibagi menjadi 2 cabang. Berdasarkan analisa
filogenetik tersebut, kesamaan sebesar 41-100%.
 Pohon filogenetik kelapa sawit embrioid hasil kultur jaringan

disajikan pada Gambar 1.
Pohon filogenetik gen embrioid
kelapa sawit kultur jaringan
(Elaeis guineensis Jacq.).
Gambar 1. Pohon filogenetik

dua puluh enam (26)
kelapa sawit embrioid kultur
jaringan menggunakan
metode Neighbor-Joining
dengan bootstrap 1000
measurements dan
kooefisien keragaman 0.20
Terdapat 2 cabang.
 Dari hasil tersebut terlihat adanya kesamaan gen embrioid
dari sampel yang digunakan.
 Hal ini menunjukkan adanya potensi penelitian lebih lanjut

identifikasi gen embrioid yaitu gen bersosiasi terhadap callogenesis
dan embryogenesis kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.)
 Untuk membantu pemulia kelapa sawit kultur jaringan. Menurut

laporan penelitian Cochard, et. al (1999) dan Wahid, et. al (2005).
 Dengan demikian penelitian terkait gen embrioid menjadi

sangat penting untuk memperbesar peluang keberhasilan
kultur jaringan kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) untuk
meningkatkan produktivitas tanaman. Yang akhirnya dapat
memenuhi permintaan minyak kelapa sawit terus meningkat
sesuai dengan laporan Wooi (1995) dan Gan dan Li (2014).
KESIMPULAN DAN SARAN
Kesimpulan
 Terdapat 26 nukleotida gen embrioid kelapa sawit hasil kultur
jaringan pada database Gen-Bank (NCBI) dengan panjang
gen pada kisaran 850-936 base pair.
 Variabilitas karakter fisiko-kimia, potensial peptipe transit, lokasi

sub-selluler serta homologi filogenetik gen embriod kelapa
sawit (Elaeis guineensis Jacq.) diklasifikasikan pada penelitian
ini.
Saran
 Diperlukan penelitian identifikasi lanjutan spesifik gen
embrioid kultur jaringan untuk membantu pemulia merakit klon-
klon unggul kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.).
TERIMA KASIH

Topik Khusus Retno Puji Astari

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Topik Khusus Retno Puji Astari

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

ANALISA BIOINFORMATIKA GEN EMBRIOID KELAPA SAWIT

KULTUR JARINGAN (Elaeis guineensis Jacq.)

Dibimbing oleh: Prof. Mohammad Basyuni, S. Hut, M.Si, Ph.D

PROGRAM DOKTOR ILMU PERTANIAN

Diseminarkan pada: Senin, 11 Juli 2022 pukul 10.00 wib

 Tanaman penting dunia penghasil minyak, bernilai ekonomi tinggi.

 Kebutuhan benih kelapa sawit unggul terus meningkat

 Kultur jaringan salah satu teknologi potensial untuk

 Identifikasi genotipe kelapa sawit embrioid salah satu faktor

 Dengan perkembangan teknologi, analisa bioinformatika dapat

Penelitian ini bertujuan untuk:

Sebagai tahap awal identifikasi gen yang berasosiasi

Hipotesis penelitian ini adalah:

2. Gen embrioid kelapa sawit kultur jaringan (Elaeis guineensis Jacq.)

Waktu dan Tempat:

Bahan dan Alat:

 Penelitian menggunakan metode bioinformatika berbasis website

 Karakter fisiko-kimia dengan parameter:

 Potensial transit dengan parameter: sinyal peptide,

 Analisa bioinformatika lokasi seluler gen embrioid kelapa sawit.

 Analisa filogenetik berdasarkan neighbor-joing approach pada

Karakterisasi fisiko-kimia gen embrioid kelapa sawit

 Berdasarkan hasil penelusuran pada database Gen-Bank

 Dengan berat molekul 70136.34 sampai dengan 79411.77 satuan.

 Variasi pada karakter fisiko-kimia tersebut, sejalan dengan hasil

Keterangan: C1-C26 sample per nomor aksesi.

terdeteksi pada signal peptipe of Type)

target peptipe, chloroplast transite peptide

 Berdasarkan hasil tersebut gen embrioid terdeteksi pada 14 lokasi

 Berdasarkan hasil tersebut diketahui lokasi sub-selluler maksimum

 Hasil penelitian pada Tabel 3, menyajikan lokasi sub-selluler gen

 Untuk verifikasi homologi antara gen embrioid kelapa sawit kultur

 Pohon filogenetik di analisa berdasarkan neighbor-joining dengan

 Hasil analisa filogenetik ke-26 embrioid kelapa sawit kultur

 Pohon filogenetik kelapa sawit embrioid hasil kultur jaringan

Gambar 1. Pohon filogenetik

 Hal ini menunjukkan adanya potensi penelitian lebih lanjut

 Untuk membantu pemulia kelapa sawit kultur jaringan. Menurut

 Dengan demikian penelitian terkait gen embrioid menjadi

 Variabilitas karakter fisiko-kimia, potensial peptipe transit, lokasi

Anda mungkin juga menyukai