IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI GEN CALPAIN (CAPN1) PADA

KAMBING KACANG

Makalah

Diajukan Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Bioinformatika

Oleh :

HUSNUL HATIMA
F1E1 17 024

PROGRAM STUDI BIOTEKNOLOGI

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS HALU OLEO
KENDARI
2020
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Kambing kacang dengan nama latin Capra hircus merupakan salah

satu spesies kambing asli Indonesia. Jenis kambing kacang salah satu ras

unggul yang pertama kali di kembangkan di Indonesia. Jenis kambing ini

termasuk dalam jenis kambing lokal dan sudah banyak tersebar di hampir

seluruh wilayah Indonesia. Kambing kacang termasuk dalam jenis kambing

potong atau pedaging. Kambing kacang memiliki ciri-ciri fisik antara lain

yang ukurannya lebih kecil dibandingkan spesies kambing lainnya.

Kambing ini juga memiliki telinga kecil, berdiri dan tegak, bertanduk, wajah

yang cenderung lurus, berekor kecil dan tegak, berbulu gelap kecoklatan

(Abadi dkk., 2015).

Azmirdayanti dkk. (2017) menyatakan bahwa kambing kacang

memiliki keunggulan dari segi adaptasi. Kambing jenis ini mampu

beradaptasi pada lahan tandus dengan ketersediaan pakan yang terbatas serta

mempunyai daya tahan terhadap penyakit yang tinggi. Kambing kacang

tersebut berpotensi untuk dikembangkan, karena kambing kacang adaptif

terhadap lingkungan lokal Indonesia serta memiliki daya reproduksi yang

sangat tinggi. Namun, sampai saat ini pemuliaan dalam rangka perbaikan

mutu dan peningkatan mutu genetik kambing kacang belum menunjukkan

hasil terbaik (Rahmat, 2008).

 Peningkatan mutu genetik kambing kacang dapat dilakukan melalui

perkawinan silang. Perkawinan silang dilakukan dengan memilih rumpun

kambing yang lebih unggul daripada rumpun lainnya. Setelah dilakukan

perkawinan silang akan muncul keturunan yang lebih unggul dibandingkan

kualitas induknya. Keunggulan ini dapat dilihat dari segi fisik dan non fisik

keturunannya. Umumnya, berdasarkan fisik keturunan dari persilangan

tersebut akan memiliki ukuran tubuh yang lebih besar dan untuk non fisik

dapat dilihat dari kemampuan adaptasi. Selain itu, untuk kambing kacang

sendiri yang merupakan kambing pedaging yang banyak dikonsumsi,

kualitas daging dan kandungan gizi dalam daging akan sangat diperhatikan

(Rezeki dkk., 2019).

Kualitas daging yang bermutu dimasyarakat biasanya dinilai dari

keempukan daging tersebut, tidak keras atau alot sehingga mudah untuk

dipotong. Adapun komponen yang berperan dalam keempukan suatu daging

kambing yaitu enzim calpain (gen CAPN1). Identifikasi dan karakterisasi

gen calpain (CAPN1) pada kambing kacang dirasa sangat perlu dilakukan.

Hal tersebut dilakukan sebagai upaya untuk memperbaiki mutu genetik pada

kambing kacang terutama pada sifat daging yang nantinya akan di konsumsi

oleh masyarakat.

1.2. Rumusan Masalah

Rumusan masalah yang ada pada makalah ini adalah bagaimana

metode yang digunakan untuk mengidentifikasi dan karakterisasi gen

calpain (CAPN1) pada kambing kacang?

1.3. Tujuan Makalah

Tujuan yang ingin dicapai pada makalah ini adalah untuk mengetahui

metode yang digunakan untuk mengidentifikasi dan karakterisasi gen

calpain (CAPN1) pada kambing kacang.

1.4. Manfaat Makalah

Manfaat yang dapat diambil dalam makalah ini adalah dapat

mengetahui metode identifikasi dan karakterisasi gen, dapat menjadi acuan

untuk membuat makalah dengan konsep yang sama dan dapat menjadi

sumber literatur karya tulis yang sejalan.

 BAB II
MATERI DAN METODE

2.1. Kambing Kacang (Capra hircus)

Keputusan Menteri Pertanian nomor 2840/Kpts/LB.430/8/2012

menetapkan bahwa kambing kacang merupakan salah satu rumpun kambing

lokal Indonesia yang mempunyai sebaran asli geografis di sebagian besar

wilayah negara Republik Indonesia, dan telah dibudidayakan secara turun

temurun. Kambing kacang (Capra hircus) merupakan salah satu jenis

kambing memiliki ukuran tubuh yang relatif kecil, memiliki daya adaptasi

terhadap lingkungan yang tinggi dan reproduksinya digolongkan sangat

tinggi (Tmeneak dkk., 2015). Adapun klasifikasi dari kambing kacang

adalah sebagai berikut:

Kerajaan Animalia

Filum Chordata

Kelas Mammalia

Ordo Artiodactyla

Famili Bovidae

Genus Capra

Spesies Capra aegagrus

Subspesies Capra a hircus

2.2. Gen Calpain (CAPN1)

Calpain merupakan salah satu kelompok enzim protease yang dalam

aktivitasnya membutuhkan ion kalsium. Enzim ini beramplikasi tergantung

kalsium seperti transduksin sinyal, proliferasi sel, progresi siklus sel,

diferensiasi, fusi membran, apoptosi dan aktivasi platelet. Calpain terlibat

dalam migrasi sel melalui perubahan arsitektur adhesi sel dan komponen

sitoskeletal, melalui keterlibatannya dalam jalur sinyal intraseluler.

Kemampuan sel endotel, limfosit dan sel 3T3 NH3 untuk menyebar

terhambat ketika calpain dalam sel tersebut dihambat (Hardiany, 2013).

Pada semua tipe sel, hambatan pada calpain mengurangi kecepatan

migrasi dan sifat invasif sel. Kecepatan migrasi yang berkurang tersebut

bergantung pada kekuatan kontak adhesive antar sel dan matriks. Sel yang

ditumbuhkan pada matriks dengan kekuatan adhesive rendah, tidak

memerlukan calpain untuk bermigrasi, sedangkan sel yang ditumbuhkan

pada matriks dengan kekuatan adhesive yang lebih tinggi gagal

berpindah/melepaskan diri ketika calpain dihambat (Perrin, 2002).

2.3. Metode Identifikasi dan Karakterisasi Gen

Metode identifikasi dan karakterisasi gen diawali dengan menyiapkan

atau preparasi sampel berupa darah dari lima ekor kambing kacang yang

berbeda. Hal ini penting dilakuakn karena teknik preparasi sampel adalah

proses yang harus dilakukan untuk menyiapkan sampel sehingga siap untuk

dianalisis menggunakan instrumentasi yang sesuai. Setelah preparasi

sampel, darah yang sudah diperoleh kemudian diekstraksi, PCR dan

dielektroforesis. Ekstraksi merupakan suatu langkah awal pengisolasian

molekul DNA. Penelitian dalam jurnal acuan yang digunakan, template

DNA dikirim ke Macrogen Korea (Rezeki dkk., 2019).

 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN

2.1. Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan teknik dasar dari bioteknologi dan

biomolekular yang harus dikuasai di laboratorium. Isolasi DNA bertujuan

untuk memisahkan DNA dari partikel-partikel lainnya seperti lipid, protein,

polisakarida dan zat lainnya. Isolasi DNA berguna untuk beberapa analisis

molekuler dan rekayasa genetika seperti genom editing, transformasi dan

PCR (Haryadi dkk., 2018).

Pada penelitian ini semua hasil isolasi DNA total yang diperoleh,

dielektroforesis pada agarosa 1 % sepeti ditampilkan pada Gambar 1.

Gambar 1. Hasil elektroforesis DNA total sampel darah pada 5 ekor

kambing kacang.

Hasil elektroforesis DNA pada Gambar 1. menunjukkan semua

sampel menghasilkan pita DNA dengan ketebalan pita yang beragam. Pada

sampel 3 dan sampel 4 tampak pita DNA yang sangat tebal, sedangkan pada

sampel 1, 2, dan 5 tampak ketebalan pita yang hampir sama.

2.2. Amplifikasi DNA dengan metode PCR

Tahapan PCR dilakukan berdasarkan hasil optimasi suhu annealing.

Amplifikasi dilakukan dengan sepasang primer yang memiliki 18 basa

nukleotida yaitu primer forward F:- 5’CCAGGGCCAGATGGTGAA-3’

dan primer reverse R:-5’CGTCGGGTGTCAGGTTGC-3’. Hasil PCR

menunjukkan bahwa sampel teramplifikasi pada panjang fragmen DNA

target yaitu sepanjang ± 709 bp dapat dilihat pada Gambar 2.

Gambar 2. Hasil amplifikasi gen calpain (CAPN1) pada gel agarose

1%

Keterangan :

M = marker DNA 1 kb,

sampel 1-5 = produk amplifikasi gen CAPN1

2.3. Penentuan urutan DNA

Sekuensing dilakukan dengan mengirim DNA hasil amplifikasi ke

jasa komersial Macrogen Korea. Setelah hasil sekuensing didapat, data

dianalisis menggunakan software program Basic Local Alignment Search

Tool (BLAST) dan Clustal W dari program Mega 6.01, dan dibandingkan

dengan data di GenBank http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/. Kemiripan urutan

 DNA kambing kacang diketahui dengan melakukan penjajaran DNA sampel

dengan data nukleotida di NCBI. Hasil penjajaran DNA dapat dilihat pada

Gambar 3.

Gambar 3. Hasil BLAST dari sekuens gen calpain kambing kacang

Dari hasil pencarian di GenBank pada Gambar 3. terlihat bahwa gen

CAPN1 pada kambing kacang memiliki persamaan sekuens dengan gen

CAPN1 pada Capra hircus breed Barbari 98% dan gen CAPN1 Capra

hircus breed Black Bengal. Setelah didapatkan sekuens yang mirip maka

sekuens tersebut dilakukan penjajaran pada Clustal W dari program Mega

6.01.

2.4. Penjajaran urutan DNA

Gambar 4. Hasil penjajaran urutan DNA, A) Adenin, G) Guanin, T) Timin, C) Sitosin

Hasil penjajaran pada Gambar 4. menunjukkan bahwa gen CAPN1

pada kambing kacang memiliki sekuens DNA yang mirip dengan gen

calpain pada Capra hircus breed Barbari 98%,Capra hircus gene exons 7, 9

dan Capra hircus breed Black Bengal. Gen calpain pada Capra hircus

breed Barbari terletak pada Exons 14 dan Capra hircus breed Black Bengal

terletak pada Exons 9.

Untuk menentukan jarak genetik suatu spesies, dianalisis

menggunakan program Mega 6.01. Hasil analisis jarak dapat dilihat pada

Gambar 5.
 Gambar 5. Hasil analisis jarak genetik gen calpain pada kambing kacang.

Dari hasil analisis pada Gambar 5. semakin rendah angka yang

terlihat hal tersebut menunjukkan semakin dekat jarak antara sekuen

pembanding dan semakin tinggi tingkat kemiripannya. Sampel 1, 2, 3, 4 dan

5 memiliki jarak terendah dengan Capra hircus gene exons 7, 9, Capra

hircus breed Barbari dan Capra hircus breed Black Bengal.

Pohon filogenetik yang menggambarkan hubungan kekerabatan gen

calpain dengan gen lainnya dapat dilihat pada Gambar 6.

Gambar 6. Pohon filogenetik gen calpain pada kambing kacang

 Hasil sekuensing kemudian di alignment (Clustal W) untuk

menentukan apakah hasil sekuen homolog dengan lainnya. Pohon

filogenetik dibuat menggunakan software MEGA 6. Pohon filogenetik

digunakan untuk melihat kekerabatan dan jarak genetik suatu spesies.

Sampel 1, 2, 3 dan 4 memiliki kekerabatan dekat dengan Capra hircus

exons 7, 9, Capra hircus breed Barbari dan Capra hircus breed Black

Bengal. Sampel 5 berbeda cabang namun memiliki jarak genetik terendah

dengan Capra hircus exons 9.

 BAB IV
PENUTUP

4.1. Kesimpulan

Kesimpulan dari makalah ini adalah metode yang digunakan untuk

mengidentifikasi dan karakterisasi gen calpain (CAPN1) pada kambing

kacang yaitu diawali dengan tahap preparasi sampel, diekstraksi, PCR dan

dielektroforesis. T DNA hasil amplifikasi ke jasa komersial Macrogen

Korea. Setelah hasil sekuensing didapat, data dianalisis menggunakan

software program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dan Clustal

W dari program Mega 6.01 dan dibandingkan dengan data di GenBank

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/. Kemiripan urutan DNA kambing kacang

diketahui dengan melakukan penjajaran DNA sampel dengan data

nukleotida di NCBI.

Adapun kesimpulan dalam penelitian ini adalah gen calpain

(CAPN1) kambing kacang (Capra hircus) berhasil teramplifikasi dengan

panjang ± 709 bp sesuai dengan primer yang digunakan. Semua sampel

memiliki hubungan kekerabatan yang dekat antar sampel dan dengan

beberapa jenis kambing lainnya yang sudah tersedia datanya di GenBank.

4.2. Saran

Saran yang dapat penulis beriakn adalah baiknya kepada pembaca

atau pencari literatus untuk langsung mengambil referensi dalam jurnal yang

telah dicantumkan pada catatan kaki atau daftar pustaka.

 DAFTAR PUSTAKA

Abadi, T., Lestari, C.M.S. dan Purbowati, E., 2015, Pola Pertumbuhan Bobot
Kambing Kacang Betina di Kabupaten Grobongan, Jurnal Agrikultur
Hewan, 4(1): 93-97

Azmidaryanti, R., Misrianti, R. dan Siregar, S., 2017, Perbandingan Morfometrik

Kambing Kacang yang Dipelihara Secara Semi Intensif dan Intensif di
Kabupaten Kampar, Provinsi Riau, Jurnal Ilmu Produksi dan
Teknologi Hasil Peternakan, 05(2): 84-88

Hardiany, N.S., 2013, Cathepsin dan Calpain: Enzim Pemecah Protein dalam Sel,
Jurnal Kedokteran Indonesia, 1(1): 75-81

Hariyadi, S., Erlia, N. dan Muhamad, A.Rais., 2018, Perbandingan Metode Lisis
Jaringan Hewan dalam Proses Isolasi DNA Genom pada Organ Liver
Tikus Putih (Rattus norvegicus), Proceeding Biology Education
Conference, 15(1): 689-692

Perrin, B.J., Huttenlocher, A., 2002, Calpain, The International Journal of

Biochemistry & Cell Biology, 32(1): 722-725

Rahmat, D., 2008, Partisipasi dan Motivasi Peternak dalam Perbaikan Mutu
Genetik Domba, Jurnal Ilmu Ternak, 8(1): 47 – 51

Rezeki, S., Zahrial, H., Herrialfian, Hasan, M. dan Jalaluddin, M., 2019,
Identifikasi dan Karakterisasi Gen Calpain (CAPN1) pada Kambing
Kacang, Jurnal Ilmiah Mahasiswa Veteriner, 3(4): 197-205

Tmaneaka, M.I., Veronika, Y.B. dan Margaretha, N., 2015, Penampilan Produksi
Ternak Kambing Kacang Jantan dari Berbagai Kelompok Umur di
Kecamatan Insana Utara Kabupataen Timor Tengah Utara, Jurnal of
Asean Studies, 1(1): 9-11