MONITORING SUMBER

DAYA PERIKANAN
FILOGENETIK & FENETIK

Kelompok 2 Instrumentasi Sumber Daya Ikan M1

KELOMPOK 2 Winda Himatul Ulya (205080100111010)
Tarasukma Yosa Ramdhani (205080100111016)
 FILOGENETIK
Filogenetik merupakan suatu
metode yang digunakan untuk
melihat dan memodelkan
kedekatan suatu spesies
dengan spesies lainnya
Filogenetik adalah studi
mengenai hubungan antara
organisme dan memperlihatkan
hubungan kekerabatan
(phylogenetic relationship) satu
sama lain secara genetik
01
Identifikasi Molekuler
Filogenetik dapat digunakan
dalam identifikasi molekuler
untuk mengetahui hubungan
kekerabatan dalam suatu
populasi ikan di suatu daerah
 FENETIK
Fenetik adalah pengelompokan
atau klasifikasi organisme
berdasarkan kesamaan
karakter
02
Taksonomi numerik didasarkan Dalam analisis kekerabatan
atas bukti-bukti fenetik, yaitu fenetik ini, dilakukan
kemiripan yang diperlihatkan pembandingan morfologi,
objek studi yang diamati dan anatomi, dan polinologi
dicatat. untuk mencapai
klasifikasi yang lebih baik
berdasarkan kemiripan fenetik
beberapa prinsip harus diikuti
(Aldhebiani, 2018).
 METODE FILOGENETIK

Pengambilan Sampel Jaringan

EKSTRAKSI
Analisis
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Molekuler Elektroforesis
DNA Sekuensing

Analisis data molekuler sekuen DNA dilakukan menggunakan program MEGA5 yang kemudian dianalisis dengan Clustal W dan
Analisis Data
dibandingkan dengan GenBank melalui program BLAST.
STUDI KASUS 1
INTRODUCTION

Rinuak fish in Maninjau Lake and Badar fish in Siais Lake have high
morphological differentiations
In the past, the classification of the gobies group was generally based on
the external characters. However, identification of the species level was
proven to be difficult and problematic.
Further research is needed on Rinuak and Badar fish using a molecular
approach.
MATERIALS & METHODS

Twelve individuals out of the samples were used for phylogenetic analysis and
Study sites
preserved in 96% ethanol (PA).

Molecular works Polymerase Chain Reaction (PCR) : Proses amplifikasi DNA dilakukan pada mtDNA

The nucleotide sequences from the DNA sequencing of Rinuak and Badar fish was
edited using the DNA STAR program (Burland 2000). Then, DNA sequences were
Data analysis
obtained compare with the data on the Genbank to investigate the similarity of all
sequences.
RESULTS
(PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS)

The phylogenetic tree was constructed using

four methods (ML/NJ/ME/MP) analysis
generated almost in identical topologies, Anggota pohon filogenetik terdiri dari ikan
represented by the ML tree with 1000 Rinuak dan Badar pada subsilsilah pertama,
bootstrap replicates. Based on the tree Gobiopterus pada subsilsilah kedua, dan
constructed from COI genes, it can be keempat, sedangkan Sicyopterus, Stipodon,
observed that the Gobiidae group divided into Sicyopus, dan Lentipes pada subsilsilah ketiga.
four sublineages.

Semua anggota ikan Rinuak dan Badar dari tiga danau Sumatera hadir bersama pada sublineage pertama dengan divergensi urutan 0,0-0,5%.
Pada sublineage kedua, terdiri dari tiga spesies dari Gobiopterus, yaitu G. brachypterus, G. chuno, dan G. lacustris. Di antara spesies Gobiopterus
memiliki divergensi urutan 2,0-17,8%. Kehadiran divergensi urutan kecil (2,0%) antara G. chuno dari Bangladesh MK572237 dan G. brachypterus
dari India MG495939 dan (3,0%) antara G. brachypterus dari Jawa Tengah dan G. lacustris dari Filipina memerlukan studi identifikasi ulang dalam
taksonomi. Menurut Kartavsetv et al. (2013), nilai tersebut menunjukkan adanya perbedaan pada tingkat subspesies, semispesies, atau
siblingspesies.
METODE FENETIK

Tentukan organismenya
Keadaan karakter
Fenetik Tentukan tingkat kemiripannya
Kelompokan
Rekonstruksi fenogram berdasarkan hasil
clustering
STUDI KASUS 2 konstruksi karakter taksonomi
gastropoda khususnya berdasarkan
karakter morfologi akan memberikan
kontribusi penting dan besar bagi
perkembangan taksonomi khususnya
dan gastropoda pada umumnya.

Pengambilan spesimen telah banyak

dilakukan: gambaran fisik tentang
ukuran, bentuk, warna. Morfologi
cangkang dan tubuhnya. Aspek
anatomi, aspek fisiolog, aspek
ekologi, aspek perilaku, pertumbuhan
dan perkembangan, aspek
reproduksi, aspek dinamika
kependudukan, aspek konservasi.
 1
Spesies cangkang dikoleksi dari perairan Pulau Larat, Maluku

METODE Tenggara Barat Perairan Pulau Ambon, Ambon. Spesies C.

annulus yang digunakan sebanyak
2.926 cangkang
2.160 Pulau Larat dan 766 dari pulau Ambon.
1. Menentukan Spesies Penelitiannya menggunakan total 32 OTU ( satuan taksonomi
operasional)

2
pada tahap pengumpulan data dilakukan pengukuran berat
2. Pengumpulan data
cangkang, panjang cangkang, lebar cangkang, dan tinggi
cangkang
 HASIL
Pengamatan morfologi tahapan
perkembangan cangkang diperoleh
empat tahapan perkembangan yaitu
juvenil, sub dewasa, dewasa dan
pasca dewasa.
 HASIL

Pengelompokkan kesamaan
fenogram pada spesies C. annulus
 KESIMPULAN
Tahapan perkembangan C. annulus berdasarkan ukuran panjang in Pulau Ambon dan Larat: stadium
juvenil (11,00-14,99 mm), sub dewasa (15.00-18.99 mm), dewasa (19.00-22, 99 mm) dan pasca
dewasa (>23.00 mm). distribusi nilai coeicient similarity dan jarak phenetic antara 32 unit taksonomi C.
annulus berdasarkan karakter uji morfologi menunjukkan strain C. annulus dari Pulau Ambon dan
Pulau Larat memiliki tingkat phenetic morfologi yang sangat tinggi yaitu sekitar 95% atau beberapa
mencapai 100%
 DAFTAR PUSTAKA
Aldhebiani, A. Y. (2018). Species concept and speciation. Saudi Journal of Biological Sciences, 25(3), 437–
440.

Devy, S., Astarini, I. A., Putra, I. N. G., Sembiring, A., Yusmalinda, L. A., Malik, M. D. Al, & Pertiwi, N. P. D.
(2021). Keragaman Genetik Ikan Tongkol Abu-Abu (Thunnus tonggol) yang Didaratkan di Pasar Ikan
Sagulung, Batam, Kepulauan Riau Berdasarkan DNA Mitokondria. Journal of Marine and Aquatic Sciences,
7(2), 176. https://doi.org/10.24843/jmas.2021.v07.i02.p06

Laimeheriwa, B. M. (2017). Phenetic Relationship Study of Gold Ring Cowry, Cypraea Annulus (Gastropods:
Cypraeidae) in Mollucas Islands Based on Shell Morphological. Fisheries and Aquaculture Journal, 08(03).

Roesma, D. I., Tjong, D. H., & Aidil, D. R. (2020). Phylogenetic analysis of transparent gobies in three
sumatran lakes, inferred from mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) gene. Biodiversitas, 21(1), 43–48.
https://doi.org/10.13057/biodiv/d210107