TUGAS BIOTEKNOLOGI LINGKUNGAN

SUMBER DAYA GENOM UNTUK COWPEA TANGGUH IKLIM,

TANAMAN ESSENSIAL UNTUK KEAMANAN PANGAN

Dr. Sunardi, S.Si., M.Si

Program Studi Ilmu Lingkungan

Oleh :

RIZKY BAGUS ANJANA 18950325

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT TEKNOLOGI YOGYAKARTA
2019
 DAFTAR ISI

BAB I PENDAHULUAN .................................................................................1

1.1. Latar Belakang ............................................................................................1
1.2. Solusi ..........................................................................................................2
BAB II HASIL DAN PEMBAHASAN ...........................................................3
2.1. PEMBAHASAN ........................................................................................3
2.2. Prosedur Percobaan ( Pemetaan fisik dan BAC-end sequencing ) ................5
2.3. Sequencing MTP dan perakitan BAC ..........................................................7
2.4. Sekuensing dan perakitan senapan genome lengkap ....................................8
BAB III PENUTUP ..........................................................................................9
3.1 Kesimpulan .................................................................................................9
DAFTAR PUSTAKA .................................................................................... 10
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar belakang

Cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp.), Asli Afrika dan anggota keluarga
Fabaceae, adalah sumber utama protein di Afrika sub-Sahara, tempat ia tumbuh
untuk biji-bijian segar dan kering, dedaunan, dan hijauan. Cowpea juga
merupakan tanaman penting di beberapa bagian Asia, Amerika Selatan, dan
Amerika Serikat (Singh, 2014). Karena kemampuannya beradaptasi dengan
kondisi yang keras, kacang tunggak adalah tanaman yang sukses di daerah
kering dan semi kering di mana hanya sedikit tanaman lain yang berkinerja
baik. Cowpea penting untuk nutrisi dan pendapatan petani kecil di Afrika,
sementara juga berkontribusi pada keberlanjutan sistem penanaman melalui
fiksasi nitrogen atmosfer dan pencegahan erosi tanah. Terlepas dari
keterkaitannya dengan pertanian di negara berkembang dan ketahanannya
terhadap stres, hasil aktual kacang tunggak jauh lebih rendah daripada potensi
hasil yang diketahui, dan sumber daya genom kacang tunggak telah tertinggal
dari yang dikembangkan untuk tanaman tanaman utama lainnya.

Cowpea adalah diploid dengan nomor kromosom 2n = 22 dan perkiraan

ukuran genom 620 Mb (Chen et al., 2007). Genomnya berbagi tingkat
kolinearitas yang tinggi dengan legum musim panas lainnya, terutama kacang
polong (Phaseolus vulgaris L.) (Vasconcelos et al., 2015). Plasma nutfah
kacang tunggak beragam tersedia dari koleksi di Afrika (Institut Internasional
Pertanian Tropis [IITA], Nigeria), gudang USDA di Griffin, GA (AS),
Universitas California, Riverside, CA (AS), dan India (Biro Nasional)
Sumberdaya Genetik Tumbuhan [NBPGR] di New Delhi). Koleksi ini
mengandung keanekaragaman yang relevan dengan hama, patogen, arsitektur
tanaman, karakteristik benih, dan adaptasi terhadap lingkungan marginal.
Sumber daya yang dikembangkan sebelumnya untuk mendukung adopsi
penanda untuk pemuliaan termasuk pengujian GoldenGate 1536-SNP
(Muchero et al., 2009), yang telah memungkinkan pemetaan hubungan dan
analisis QTL (mis. Lucas et al., 2011; Muchero et al., 2013; Pottorff et al.,
2014) serta penilaian keanekaragaman landrace di seluruh Afrika (Huynh et al.,
2013).

1
 IT97K-499-35, dikembangkan di IITA, dirilis di Nigeria pada 2008
sebagai garis yang tahan terhadap sebagian besar ras gulma Striga gesnerioides
yang lazim di Afrika Barat. Variasi mata hitam ini juga telah dirilis sebagai
kultivar di Mali dan Ghana dengan nama masing-masing 'Djiguiya' dan
'Songotra'. Urutan ruang-gen yang menyumbang sekitar 160 Mb genom
IT97K-499-35 sebelumnya diterbitkan (Timko et al., 2008). Selain itu, 29 728
urutan konsensus 'unigene', berasal dari 183 118 EST dari perpustakaan cDNA
dari 17 aksesi kacang tunggak yang berbeda tersedia dalam perangkat lunak
HarvEST: Cowpea (harvest.ucr.edu) (Muchero et al., 2009).

1.2. Solusi
Di sini kami menyajikan sumber daya tambahan dari IT97K-499-35
termasuk rangkaian urutan dari 659 cakupan keseluruhan genome shotgun
(WGS) bacaan singkat dan jalur ubin minimum (MTP) BAC, peta fisik BAC,
lebih dari 1 juta SNP ditemukan dari urutan 36 aksesi yang beragam, dan
Illumina Cowpea iSelect Consortium Array yang mewakili sumber daya yang
dapat diakses publik untuk menyaring 51 128 SNPs. Sumber daya genomik ini
bukan merupakan urutan lengkap dari genom kacang tunggak, namun mereka
sudah cukup untuk mendukung pemetaan hubungan, analisis sintaksis, dan
evaluasi bahan yang saat ini digunakan dari empat program pemuliaan Afrika
Barat, yang melayani salah satu makanan terbanyak daerah tidak aman di
dunia.

2
 BAB II
HASIL DAN PEMBAHASAN

2.1. Pembahasan
Peningkatan variabilitas iklim diproyeksikan memiliki konsekuensi
negatif terbesar pada sistem pertanian dan manusia di negara berkembang
tropis dan subtropis, memperburuk kerawanan pangan pada populasi yang
sudah rentan (Thornton et al., 2014). Cowpea adalah tanaman yang relatif
kekeringan dan tahan panas yang menyediakan protein bagi hampir 200 juta
orang Afrika dan pendapatan tunai bagi petani kecil (Thomson, 2008).
Terbatasnya ketersediaan sumber daya genom untuk kacang tunggak telah
berkontribusi pada perkembangan yang relatif lambat dari varietas unggul yang
diadaptasi untuk mentolerir tekanan abiotik dan biotik. Laporan ini menyajikan
323 Mb WGS dan 497 Mb informasi sekuens BAC, sebuah alat untuk secara
bersamaan menguji 51 128 varian nukleotida tunggal, dan sebuah peta genetik
kepadatan tinggi yang menyediakan koordinat untuk sebagian besar sekuens
dan varian tersebut. Penerapan sumber daya ini dapat dibuat untuk studi
asosiasi genome-wide (GWAS) plasma nutfah kacang tunggak untuk
menemukan alel yang menguntungkan untuk sifat-sifat sederhana dan
kompleks, seperti yang telah dilakukan pada tanaman legum lainnya (misalnya
Kujur et al., 2015; Ray et al., 2015). Variasi yang berguna kemudian dapat
dihubungkan ke sekuens genom rakitan — termasuk BAC — yang dianotasi
untuk model gen sintenik P. vulgaris, sehingga meningkatkan presisi dan
kecepatan peningkatan kacang tunggak.

Salah satu kendala terbesar dalam membandingkan dan menggunakan

hasil yang diperoleh oleh kelompok penelitian yang berbeda adalah kurangnya
nomenklatur yang umum untuk kelompok pertalian kacang tunggak. Dengan
cakupan SNP yang tinggi dari genom dan koneksi ke sekuens genom kacang
tunggak, penelitian ini memberikan dasar untuk nomenklatur kromosom
terpadu untuk komunitas penelitian cowpear. Nomenklatur umum seperti itu
dapat mengadopsi penomoran kromosom P. vulgaris berdasarkan
perbandingan antara kedua spesies dan juga studi sitogenetik pada kacang
tunggak (Iwata-Otsubo et al., 2016) dan antara kacang tunggak dan kacang
biasa (Vasconcelos et al., 2015 ). Sementara beberapa pemda cowpea sebagian
besar identik dengan satu kromosom P. vulgaris, resolusi lebih lanjut
diperlukan untuk memenuhi nomenklatur tunggal untuk pemda yang hubungan

3
sinergisnya dengan kacang biasa kurang jelas. Tujuannya adalah untuk
memperluas penomoran kromosom standar untuk spesies Vigna diploid lain
yang genomnya telah diurutkan dan diintegrasikan ke dalam basis data genom
(Sakai et al., 2016). Ini akan memudahkan transfer informasi genom pada ciri-
ciri target dari satu spesies Fabaceae ke spesies lainnya.
Afrika Barat adalah wilayah dengan produksi dan konsumsi kacang
tunggak terbesar di dunia (FAOSTAT, 2012; Singh, 2014). Mengevaluasi
keragaman genetik yang ada dalam plasma nutfah pemuliaan Afrika Barat
adalah penting untuk mengelola program pemuliaan dan memastikan
keuntungan genetik di masa depan. Dengan menerapkan Cowpea iSelect
Consortium Array ke 146 jalur pemuliaan dan landrace, kami telah
memberikan tinjauan yang berguna tentang variabilitas genetik dalam plasma
nutfah yang dibudidayakan di Afrika Barat. Dua subpopulasi ditemukan dalam
bahan yang dievaluasi, yang tampaknya bertepatan dengan dua kelompok gen
utama Afrika (GP1 – Barat, Afrika Utara dan Tengah; GP 2 – Afrika Timur,
Selatan dan Tenggara; Huynh et al., 2013). Tidak diketahui mengapa banyak
landrace dari Afrika Barat yang termasuk dalam subpopulasi ini. Orang dapat
berspekulasi bahwa subset berbeda dari plasma nutfah yang lebih luas dibawa
oleh manusia selama gelombang migrasi yang berbeda. Subpopulasi 2 lebih
beragam daripada subpopulasi 1, yang mungkin diharapkan karena
mengandung plasma nutfah dari luar Afrika Barat. Karena semua aksesi ini
telah diadaptasi ke Afrika Barat, keberadaan dua subpopulasi utama pada saat
ini berarti bahwa persilangan yang relatif luas dapat dibuat tanpa
mengorbankan adaptasi. Pengetahuan genetik baru membantu memandu
strategi penyilangan. Zona agroekologi umum yang meluas melintasi area
produksi kacang tunggak dari empat negara termasuk Burkina Faso, Ghana,
Nigeria dan Senegal memfasilitasi koordinasi kegiatan pemuliaan dan
pertukaran plasma nutfah. Program pemuliaan IITA di Nigeria telah menjadi
distributor regional materi pemuliaan baru selama beberapa dekade terakhir,
menetapkan preseden yang sangat baik yang sekarang dapat direvitalisasi dan
diperluas menggunakan pengetahuan genom.

Nilai keanekaragaman rata-rata untuk seluruh genom harus ditafsirkan

secara hati-hati karena pola keragaman bervariasi di seluruh Pemda. Faktanya,
meskipun keragaman genetik secara keseluruhan dalam populasi pemuliaan
Afrika Barat relatif tinggi (He dan p = 0,31), kami mengidentifikasi daerah
genom dari penipisan keanekaragaman. Wilayah-wilayah tersebut mungkin

4
 mengandung alel yang menguntungkan untuk sifat-sifat penting yang menjadi
tetap selama domestikasi dan seleksi pemuliaan. Nilai He terendah dalam LG1
bertepatan dengan posisi SNP terkait dengan panjang polong dalam plasma
nutfah Cina V. subspesies ungu Unguatlata sesquipedalis (Xu et al., 2016). Satu
interpretasi bisa jadi bahwa telah ada seleksi untuk panjang polong yang
disukai dalam bahan-bahan ini. Juga, QTL yang dilaporkan sebelumnya untuk
toleransi panas (Cht-5) bertepatan dengan wilayah dengan keragaman rendah
LG3 (Lucas et al., 2013). Alel yang menguntungkan pada QTL ini
disumbangkan oleh garis IT82E-18, induk Afrika dari populasi RIL (Lucas et
al., 2013; Tabel 1). Keragaman rendah di wilayah LG3 ini mungkin
mencerminkan seleksi untuk kinerja hasil yang lebih baik dari kacang polong
Afrika Barat di bawah suhu musim pertumbuhan yang lebih tinggi. Ada
beberapa daerah genom di mana FST jauh lebih tinggi dari rata-rata lebar
genom, yang menunjukkan perbedaan genetik yang tinggi antara subpopulasi.
Menariknya, sekelompok nodul dianotasi dalam BAC yang terletak di salah
satu daerah ini. Karena nodulin memainkan peran kunci dalam pembentukan
simbiosis dengan bakteri Rhizobium (Legocki dan Verma, 1980), mungkin alel
nodulin yang berbeda berkorelasi dengan simbion rhizobial yang berbeda
untuk dua subpopulasi. Jika demikian, maka ini pantas dipertimbangkan
inokulan benih untuk mengoptimalkan asosiasi simbiosis.
Nilai He dan FST untuk setiap SNP (Data S7) terdiri dari sumber daya
berharga lainnya yang berasal dari karya ini. Mereka diperlihatkan untuk dua
subpopulasi, dan untuk landrace dan materi pemuliaan, menyediakan sumber
yang bermanfaat bagi peternak untuk meningkatkan keanekaragaman genetik
dalam program pemuliaan mereka atau untuk memasukkan alel unik ke dalam
populasi pemuliaan mereka. Juga, nilai-nilai He dapat digunakan sebagai
kriteria untuk memilih himpunan bagian penanda yang efisien untuk konversi
ke platform lain. Sub-set marker yang disesuaikan secara maksimal dan
informatif memiliki banyak aplikasi termasuk uji rutin kemurnian benih,
validasi kesetiaan plasma nutfah, verifikasi salib yang sukses dan panduan
seleksi keturunan pada generasi selanjutnya selama introgress sifat ke latar
belakang yang disukai melalui backcrossing.

2.2. Prosedur Percobaan ( Pemetaan fisik dan BAC-end sequencing )

Aksesi kacang tunggak IT97K-499-35 ditanam selama tiga generasi
dengan keturunan benih tunggal dan kemudian meningkat untuk menyediakan

5
pasokan benih untuk isolasi DNA. Materi tersebut disaring dengan uji Illumina
GoldenGate (Muchero et al., 2009), menetapkan bahwa homozigositas
diperoleh. Daun bibit muda ditangkap di UCR dan dikirim di atas es kering ke
Amplicon Express (Pullman, WA, USA) untuk pemurnian nuklei dan ekstraksi
DNA terutama nuklir. Dua perpustakaan BAC kemudian dibangun oleh Ampli-
con Express dari DNA dengan berat molekul tinggi menggunakan enzim
restriksi HindIII dan MboI. Setelah pencernaan sebagian dengan enzim
restriksi, fragmen DNA kacang tunggak MW tinggi diikat dengan Hin-dIII atau
BamHI yang dilinearisasi vektor BAC pCC1. Molekul DNA yang diikat
dimasukkan ke dalam sel Escherichia coli DH10B dengan elektroprasi dan
disepuh pada agar-agar LB yang mengandung 12,5 lg / ml kloramfenol, 0,5
mM IPTG dan 40 lg ml — 1 X-Gal dan dikultur semalam. Koloni putih diambil
dan diinokulasi ke dalam 384-well plate yang mengandung buffer pembekuan
LB. Kultur diinkubasi pada suhu 37 ° C selama 24 jam dengan aerasi, dan
kemudian disimpan pada suhu -80 ° C. Perpustakaan berisi masing-masing 36
864 klon, dengan ukuran rata-rata memasukkan 150 kb untuk perpustakaan
HindIII dan 130 kb untuk perpustakaan MboI.

Klon BAC dari dua perpustakaan (36 096 dari HindIII dan 23 312 dari
MboI) sidik jari menggunakan prosedur sidik jari berbasis SNaPshot (Luo et
al., 2003). BAC DNA secara bersamaan dicerna dengan lima enzim restriksi
(BamH1, EcoRI, XbaI, XhoI, dan HaeIII), dan kemudian diberi label dengan
kit pelabelan SNaPshot (Luo et al., 2003). Fragmen-fragmen tersebut
berukuran pada instrumen ABI3730XL dengan standar ukuran GS1200Liz
(Gu et al., 2009). Ukuran fragmen dalam kisaran 100-1000 bp dikompilasi
untuk perakitan komputasi. Setelah menghapus sidik jari di bawah standar,
kontaminasi silang potensial dan klon dengan kurang dari 40 fragmen total,
sidik jari dari 43 717 klon (73,6%) digunakan untuk perakitan contig awal
menggunakan perangkat lunak FPC (Soderlund et al., 2000). Perakitan awal
ini dilakukan dengan string yang relatif tinggi (1 9 10-45) untuk
meminimalkan co-assembly klon dari daerah yang tidak terkait genom.
Fungsi ‘DQer’ dari perangkat lunak FPC digunakan untuk perakitan tahap
kedua dengan membongkar contigs yang berisi lebih dari 15% klon yang
dipertanyakan. Fungsi penggabungan 'Satu-ke-Ujung' dan 'Ujung-ke-ujung'
dari FPC digunakan untuk perakitan tahap akhir, ketiga dengan penurunan
bertahap dari keketatan perakitan berdasarkan pada nilai batas skor Sulston
(turun ke 1 9 10-35) . Akhirnya, 10% contigs terbesar menjadi sasaran

6
 pengeditan manual, memeriksa dengan analisis peta CB dan menyambung
contigs dengan hasil analisis CB di 1-9 10-30.
DNA BAC yang sama digunakan untuk sidik jari juga digunakan untuk
BES. Klon BAC disekuensing menggunakan pIndigoBAC5 Reverse End
Sequencing primer (50-TACGCCAAGCTATTTAGGTGAGA-30) dan kimia
terminator BigDye (Biosystems Terapan, Foster City, CA, USA) pada
sequencer ABI3730XL otomatis (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).
Bacaan urutan mentah dipangkas dengan program Phred menggunakan skor
kualitas 20 (Ewing dan Green, 1998). BES dari sekuens vektor, E. coli,
mitokondria dan kloroplas diidentifikasi menggunakan BLASTN. Urutan
kloroplas dari kacang biasa (DQ886273.1), kedelai (DQ317523), Medicago
truncatula (AC093544), Lotus japonicus (AP002983), dan sekuens DNA
mitokondria dari Arabidopsis (Y08501.2) dan beras (DQ167399.1) digunakan
untuk mengidentifikasi kontaminasi organel. BES berkualitas tinggi yang
dihasilkan kemudian diolah dengan program RepeatMasker
(www.repeatmasker.org) untuk mengidentifikasi pengulangan yang ditandai.
Cowpea BES dengan lebih dari 80% dari panjang urutan yang menunjukkan
homologi untuk pengulangan yang diketahui telah dihapus, jika BES disimpan
tetapi daerah berulang ditandai menggunakan huruf N. Perbandingan diri
dilakukan dengan urutan proses yang diulang RepeatMasker untuk difilter
lebih lanjut. ter elemen pengulangan spesifik kacang tunggak.
2.3. Sequencing MTP dan perakitan BAC
Satu set MTP BAC dipilih menggunakan metode FMTP dari Bozdag et al.
(2013). MTP BACs diurutkan berpasangan-end (basis 2 9 100) menggunakan
Illumina HiSeq2000 (Illumina, Inc, San Diego, CA, USA). Sequencing
dilakukan dalam dua set 2197 BAC (Vu1 dan Vu2) menerapkan desain pooling
kombinatorial (Lonardi et al., 2013). Setelah pemangkasan kualitas,
pembacaan di setiap kelompok 'diiris' menjadi sampel yang lebih kecil dengan
ukuran optimal, didekonvolusi, dan kemudian dihubungkan BAC-by-BAC
menggunakan SPAdes (Bankevich et al., 2012), sebagaimana dijelaskan secara
rinci oleh Lonardi et Al. (2015). Dari 4394 BAC yang dimaksudkan, 4355
menghasilkan bacaan yang cukup untuk menghasilkan perakitan.
Untuk memperkirakan persentase sekuens BAC yang tumpang tindih, 19-
mers yang terjadi setidaknya empat kali diidentifikasi dan digunakan untuk
penyembunyian berulang sekuens. Urutan bertopeng ulangi kemudian
BLASTed terhadap diri mereka sendiri menggunakan cutoff e-value dari e-40.
Hanya urutan yang tumpang tindih > 300 bp yang dianggap tumpang tindih.
Untuk memperkirakan kandungan gen dari majelis BAC, sekuens BAC

7
 dibandingkan dengan 'unigenes' yang diturunkan EST dari kacang tunggak
(http: // harvest. Ucr.edu) dan model gen P. vulgaris (Schmutz et al., 2014)
menggunakan BLAST ( batas e-value masing-masing e-40 dan e-25).
2.4. Sekuensing dan perakitan senapan genome lengkap
Batch yang sama dari DNA nuklir IT97K-499-35 yang digunakan untuk
konstruksi perpustakaan BAC digunakan untuk sekuensing WGS. Sekitar 394
M pembacaan ujung berpasangan (setara dengan sekitar 659 cakupan) dengan
panjang pembacaan rata-rata sekitar 100 pangkalan setelah pemangkasan
kualitas diproduksi di Pusat Nasional untuk Sumber Daya Genom (NCGR;
Santa Fe, NM, USA) pada GAII Illumina instrumen sequencing. Tambahan
sekitar 90 M pembacaan Illumina diproduksi menggunakan instrumen
sequencing Illumina HiSeq di NCGR dari satu perpustakaan 5 LIB panjang-
pasang berpasangan (LIPE) yang dibuat dari batch yang sama dari DNA nuklir.

Untuk perakitan, dua set tambahan urutan Sanger dimasukkan. Satu set
sekuens Sanger adalah dasar dari publikasi sebelumnya pada 'sekuens ruang-
gen' (GSS; Timko et al., 2008), terdiri dari sekitar 250.000 bacaan dari fragmen
yang difilter dengan metil IT97K-499-35. Set urutan Sanger lainnya termasuk
BES yang dijelaskan di atas. Perakitan menggabungkan bacaan pendek
berpasangan, LIPE, GSS, dan data BES menggunakan SOAPdenvo dengan k
= 31 (Luo et al., 2012). Untuk memperkirakan kandungan gen dari perakitan
WGS, sekuens diblast terhadap 'unigenes' yang diturunkan EST
(http://harvest.ucr.edu) dan model gen P. vulgaris (Schmutz et al., 2014),
menggunakan e- nilai cutoffs masing-masing e-40 dan e-25.

8
 BAB III

PENUTUP

3.1. Kesimpulan
Secara total, 146 aksesi di genotipe dengan Cowpea iSelect Consortium
Array. Lokus monomorfik dihilangkan, seperti SNP dengan panggilan yang
hilang atau heterozigot di lebih dari 20% sampel. Sebanyak 46.620 SNP
polimorfik melewati penyaringan ini. STRUKTUR perangkat lunak v.2.3.4
(Pritchard et al., 2000) digunakan untuk menyimpulkan struktur populasi.
SNP dengan frekuensi alel minor (MAF) <0,05 dikeluarkan. STRUKTUR
dijalankan empat kali untuk setiap jumlah subpopulasi (K) hipotetis antara 1
dan 6, dengan periode pembakaran 10.000 dan 50.000 iterasi Rantai Monte
Carlo Markov. Nilai LnP (D) diplot dan nilai DK dihitung menurut Evanno et
al. (2005) untuk memperkirakan jumlah optimal dari subpopulasi. Upaya
terakhir pada K yang disimpulkan (K = 2) dilakukan untuk menugaskan
individu ke subpopulasi berdasarkan probabilitas keanggotaan ≥0.80. Aksesi
dengan probabilitas lebih rendah dari 0,80 dianggap 'dicampur.' Sebanyak 45
aksesi ditugaskan untuk subpopulasi 1, 44 ditugaskan untuk subpopulasi 2,
dan 57 dianggap 'terpaku' (Tabel S6). PCA dilakukan di TASSEL v5.0
(Bradbury et al., 2007) menggunakan SNPs dengan MAF> 0,05, dan hasilnya
ditampilkan menggunakan TIBCO Spotfire® 6.5.0 (TIBCO Software Inc.,
Palo Alto, CA, USA).
Nilai PIC, He, dan μ dihitung untuk semua 46.620 SNP di seluruh
rangkaian sampel, dan kemudian secara terpisah untuk subpopulasi 1 dan
subpopulasi 2 (masing-masing 45 dan 44 sampel, masing-masing; 45 820 SNP
polimorfik). PIC dihitung menggunakan metode Botstein et al. (1980), He
(untuk dua alel) dihitung sebagai He = 1 − ∑𝑘𝑖=1 𝑃𝑖 2 di mana Pi adalah
frekuensi untuk alel ke-i di antara total alel k. μ dievaluasi seperti pada Xu et
al. (2016). Nilai FST (Nei, 1977) dihitung per lokus untuk aksesi subpopulasi
1 dan 2, dan juga untuk landraces dan jalur perkembangbiakan. Dia dan FST
diplot sepanjang peta genetika konsensus dengan rata-rata nilai melintasi
jendela geser 5 tempat sampah dalam 1 langkah bin. Gambar dibuat
menggunakan TIBCO Spot fi le_6.5.0.

9
 DAFTAR PUSTAKA

Bankevich, A., Nurk, S., Antipov, D. et al. (2012) SPAdes: a new genome
assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing. J.
Comput. Biol. 19, 455–477.
Bozdag, S., Close, T. and Lonardi, S. (2013) A graph-theoretical approach to
the selection of the minimum tiling path from a physical map.
IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform. 10, 352–360.

FAOSTAT (2012) Statistical database of the Food and Agriculture

Organiza- tion of the United Nations.
http://faostat.fao.org/site/339/default.aspx.
Garrison, E. and Marth, G. (2012) Haplotype-based variant detection
from short-read sequencing. arXiv, 1207, 3907.
Huynh, B.L., Close, T.J., Roberts, P.A. et al. (2013) Gene pools and the
genetic architecture of domesticated cowpea. Plant Genome, 6, doi:
10.3835/plantgenome2013.03.0005.

Iwata-Otsubo, A., Lin, J.Y., Gill, N. and Jackson, S.A. (2016) Highly
distinct chromosomal structures in cowpea (Vigna unguiculata), as
revealed by molecular cytogenetic analysis. Chromosome Res. 24,
197–216.
Kujur, A., Bajaj, D., Upadhyaya, H.D. et al. (2015) A genome-wide SNP scan
accelerates trait-regulatory genomic loci identification in chickpea.
Sci. Rep. 5, 11166.
Lonardi, S., Duma, D., Alpert, M. et al. (2013) Combinatorial pooling enables selective
sequencing of the barley gene space. PLoS Comput. Biol. 9, e1003010.
Lorenc, M.T., Hayashi, S., Stiller, J. et al. (2012) Discovery of single nucleo- tide
polymorphisms in complex genomes using SGSautoSNP. Biology (Basel), 1,
370–382.
Lucas, M.R., Diop, N.N., Wanamaker, S., Ehlers, J.E., Roberts, P.A. and Close,
T.J. (2011) Cowpea–soybean synteny clarified through an improved genetic
map. Plant Genome, 4, 218–225.

10
11
12