PEMODELAN HOMOLOGI STRUKTUR TIGA DIMENSI PROTEIN

GEN CLOCK SECARA IN-SILICO MENGGUNAKAN PROGRAM SWISS-

MODEL PADA BURUNG PERGAM TUTU (Ducula forsteni) DAN

PEMANFAATANNYA SEBAGAI MEDIA PEMBELAJARAN

SUPRIANTO

A22116028

PROPOSAL

Diajukan untuk memenuhi salah satu persyaratan dalam menyelesaikan

Program Sarjana Strata Satu (S1) pada Program Studi Pendidikan Biologi

FKIP Universitas Tadulako

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

JURUSAN PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS TADULAKO

TAHUN 2019
 BAB 1

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Burung Pergam Tutu merupakan sejenis merpati yang berbadan besar

dengan panjang tubuhnya berkisar 48 cm (Coates dkk, 2000). Menurut Hadinoto

et al, (2012) sebagian besar burung menggunakan waktu hariannya untuk mencari

makan, baik untuk dirinya maupun untuk anggota keluarga burung tersebut.

Dalam beradaptasi oleh beberapa organisme diperkirakan terdapat pengaruh

endogen yang merupakan wujud dari aktivitas “Sikardian Clock” (Fidler dan

Gwinner, 2003). Sehingga dalam mempelajari sifat dan karakteristik yang dimiliki

oleh Burung Pergam Tutu (Ducula forsteni) perlu adanya pemahaman konsep

mengenai protein gen Clock.

Gen Clock adalah osilator endogen yang mengontrol ritme harian dalam
fisiologi dan perilaku hewan (Gekakis, et al, 1998). Osilator inti dari Clock
sirkadian terdiri dari loop umpan balik transkripsi-translasi yang melibatkan satu
set “Gen Clock” (Panda et al, 2002). Lebih lanjut Fidler dan Gwinner, (2003)
menyatakan bahwa Penelitian gen Clock sirkadian burung menunjukkan
kemiripan pada mamalia, keduanya mengkodekan unsur transkripsi dan translasi
terjemahan umpan balik sebagai inti sirkadian osilator. Pada mamalia, loop ini
terbentuk oleh unsur-unsur positif, Clock dan BMAL1 (Iuvone et al, 2005;.
Okamura et al, 2002). Protein yang dihasilkan gen Clock membentuk Periode
(PER) dan Cryptochrome (CRY) kompleks (Kwon et al, 2006), PER dan CRY
protein membentuk kompleks yang menghambat transkripsi mereka sendiri
dengan mengikat Clock dan BMAL1 kompleks dan memblokir fungsinya.
lingkaran negatif ini memungkinkan ritme harian dalam ekspresi Per dan Cry
transkrip dan produk protein (Iuvone et al, 2005;. Okamura et al, 2002).
Mempelajari karakteristik yang dimiliki Gen Clock pada Burung Pergam Tutu
perlu adanya studi molekuler dan data-data terperinci tetang struktur protein gen
Clock, seperti yang kita ketahui protein gen Clock membentuk Periode (PER) dan
Cryptochrome (CRY) kompleks (Kwon et al, 2006). Sampai saat ini data tersebut
masih sangat jarang dilaporkan, sehingga akan mempengaruhi eksistensi data
molekuler burung Pergam Tutu sebagai keperluan penelitian lebih lanjut, hal
tersebut dapat dikaji dengan menggunakan konsep Bioinformatika.
Bioinformatika merupakan cabang Bioteknologi yang menggunakan

komputer untuk menganalisis dan mengelola data DNA maupun protein

(Thieman & Palladino, 2013). Bioinformatika sesuai dengan perkembangan, telah

dibuat beberapa database sekuen nukleotida dan protein organisme tertentu yang

dikenal dengan nama GenBank (Fouriana, 2017). GenBank merupakan kumpulan

dari seluruh sekuen nukleotida dan protein yang ada (Mirzachi and Baxevanis,

2001). Salah satu ilmu terapan bioinformatika adalah pemodelan struktur tiga

dimensi protein gen dengan metode homologi.

Sebuah pemahaman mengenai struktur tiga dimensi protein sangatlah

penting untuk diteliti sebagai bahan informasi pembelajaran dalam memahami

sifat dan fungsi biokimia suatu protein tertentu dalam kajian molekuler secara

detil, Penentuan struktur protein dengan cara pengujian di laboratorium

memerlukan tahapan dan instrumentasi dengan biaya tinggi. Struktur tiga dimensi

protein dapat diprediksi secara ilmiah dengan menggunakan beberapa metode

secara in silico (Wijaya dan Hasana, 2016). Metode yang digunakan pada

penelitian ini adalah metode homologi menggunakan program SWISS-MODEL.

Protein yang akan diprediksi struktur tiga dimensinya adalah protein Gen Clock.

Sehingga dengan adanya pemodelan struktur tiga dimensi gen Clock akan
memudahkan dalam memahami sifat dan fungsi biokimia protein gen Clock

dalam kajian molekuler.

Pemodelan homologi telah terbukti menjadi metode pilihan untuk

menghasilkan struktur tiga dimensi protein dari urutan asam amino yang

ditunjukkan dalam beberapa pertemuan dari percobaan CASP5 tahunan

(Tramontano dan Morea, 2003 ). Prediksi struktur tiga dimensi protein gen Clock

yang dikaji melalui pendekatan bioinformatika dan analisis secara In-silico,

diharapkan dapat memahami sifat dan fungsi biokimia protein gen Clock pada

burung Pergam Tutu (Ducula fosteni). Sehingga hasil dari penelitian ini dapat

dijadikan sebagai bahan informasi dan media pembelajaran dalam bentuk poster.

Pembuatan media pembelajaran ini bertujuan agar menambah wawasan bagi

mahasiswa maupun peserta didik dalam proses pembelajaran yang terkait dengan

bidang ilmu tersebut, baik di tingkat perguruan tinggi maupun sekolah.

1.2 Rumusan masalah

Rumusan masalah pada penelitian ini sebagai berikut :

1. Bagaimana model struktur tiga dimensi protein yang diekspresikan oleh

protein gen Clock pada Burung Pergam Tutu (Ducula forsteni)?

2. Bagaimana hasil analisis data In-silico dari pemodelan struktur tiga dimensi

protein Gen Clock pada Burung Pergam Tutu (Ducula forsteni)?

3. Apakah layak penelitian struktur tiga dimensi protein Gen Clock pada Burung

Pergam Tutu (Ducula forsteni) dimanfaatkan sebagai media pembelajaran

biologi berupa poster?

1.3 Tujuan penelitian

 Tujuan dari penelitian ini adalah sebagai berikut :

1. Membuat model struktur tiga dimensi dari protein yang diekspresikan oleh

protein Gen Clock pada Burung Pergam Tutu (Ducula forsteni).

2. Memahami hasil data analisis In-silico dari protein yang diekspresikan oleh

protein Gen Clock pada Burung Pergam Tutu (Ducula forsteni).

3. Membuat hasil penelitian ini sebagai media pembelajaran biologi berupa

media poster.

1.4 Manfaat Penelitian

Manfaat dari penelitian ini sebagai berikut :

1.4.1 Manfaat Teoritis

1. Sebagai salah satu sumber pengembangan ilmu pengetahuan bagi peneliti

dalam membuat struktur tiga dimensi protein Gen Clock pada Burung Pergam

Tutu (Ducula forsteni).

2. Dapat dijadikan sebagai referensi untuk penelitian-penelitian selanjutnya

sesuai kajian teori terkait penelitian ini.

3. Dapat digunakan sebagai sumber data untuk konservasi Burung Pergam Tutu

di Indonesia.

1.4.2 Manfaat Praktis

1. Sebagai sumbangan ilmu pengetahuan untuk menambah referensi baru terkait

penelitian ini.

2. Sebagai bahan informasi ilmiah mengenai gen Clock burung Pergam Tutu.
3. Sebagai data yang dapat melengkapi informasi karakter genetik dan molekuler

gen Clock Burung Pergam Tutu.

4. Dalam penelitian membuat media pembelajarn untuk digunakan dalam bidang

pendidikan sebagi sumber belajar.

1.5 Batasan Ilmiah

1. Burung pergam tutu merupakan kelompok burung dari famili Columbidae

dikawasan Wallacea yang merupakan salah satu burung endemik dataran

Sulawesi dan populasi Pergam Tutu masih tergolong kedalam Least concern

atau kategori resiko rendah dan diperkirakan akan mengalami penurunan

jumlah populasi diatas 30 % pada sepuluh tahun kemudian. Ciri khas Pergam

Tutu adalah memiliki panjang sekitar 48 cm, kepala dan perut berwarna

keputih-putihan selaras dengan bagian dada serta kearah leher bawah

berwarna hijau.

2. Struktur tiga dimensi merupakan proses mengembangkan matematika

representasi dari tiga-dimensi benda (benda mati atau hidup) melalui

perangkat lunak.

3. Clock adalah osilator endogen yang mengontrol ritme harian dalam fisiologi

dan perilaku hewan. Clock merupakan filogenetis luas dan cenderung

mencerminkan mekanisme mendasar evolusioner kuno ketepatan waktu

penting untuk mengantisipasi variasi harian dalam kondisi lingkungan.

4. Media pembelajaran adalah sarana komunikasi dalam bentuk cetak maupun

pandang atau dengar, termasuk teknologi perangkat keras untuk menyalurkan

informasi tertentu.
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA DA KERANGKA PEMIKIRAN

2.1 Penelitian Relevan

 Zhan and Guo (2015) mengemukakan urutan asam amino dari protein

target dianalisis menggunakan program SWISS-MODEL untuk mencari templat

dan membuat model 3D. Kemudian, templat dengan identitas urutan maksimum

dan minimum e-value dipilih. Model 3D paling andal dari protein target yang

dibangun oleh ProMod Versi 3.70 dipilih berdasarkan nilai QMEAN4, GRE, dan

RMSD oleh SWISS-PDB Viewer tool. Prediksi lokasi ligan menentukan bahwa

residu asam amino GLU-312, TRP-334,ILE-341 dan VAL-382 yang terpapar

pada permukaan protein target menunjukkan interaksi kutub dengan substrat.

Wijaya dan Hasanah (2016) , menyatakan informasi struktur tiga dimensi

protein dapat diprediksi secara ilmiah dengan menggunakan beberapa metode

secara in silico. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode

homologi menggunakan program SWISS-MODEL. Protein yang akan diprediksi

struktur tiga dimensinya adalah protein alergen pangan. Hasil penelitian

menunjukkan bahwa prediksi struktur protein alergen B7TWE7 (UniProt ID) dari

Fagus sylfatica (beechnut) dengan metode homologi menggunakan program

SWISS-MODEL menghasilkan model struktur tiga dimensi protein dengan nilai

identity 72% dan e-value = 3,4x10-58. Template protein yang digunakan adalah

1e09A (PDB ID) dari Prunus avinus (cherry).

Sarwar et al, (2013) melakukan penelitian tentang pemodelan struktur tiga

dimensi Arabitol Dehydrogenase (ArDH) pada Candida albican. Metode yang

digunakan adalah homology modelling dengan analisis In-silico, analisis urutan

dan sifat fisikokimia menunjukkan bahwa protein ini sangat stabil, Analisis

docking yang disediakan energi bebas dari mengikat masing-masing substrat dari
pose terbaik sebagai arabinosa -9.8224calK / mol, dribose -11.3701Kcal / mol, d-

ribulosa -8.9230Kcal / mol, xilosa -9.7007Kcal / mol dan d-xylulose 9.7802Kcal /

mol.

Herman dan Putri (2015) melakukan penelitian virus dengue (DENV)

dengan pendekatan bioinformatika melalui analisis In-silico dan pemodelan

struktur tiga dimensi dengan metode homologi. Perbedaan residu asam amino

diidentifikasi menggunakan software Bioedit vs 7.2.5, sifat variasi asam amino

diprediksi menggunakan program pada situs ExPASy. Tiga dari residu hasil

penelitian memiliki perbedaan yang cukup bermakna, yaitu pada 140, 340 dan

362. Sementara prediksi 3D memperlihatkan adanya perbedaan struktur

permukaan pada residu140, 340, 362 dan 386. Perbedaan sifat maupun muatan

asam amino memberikan perbedaan struktur 3D protein selubung DENV-3.

Arnold et al, (2005) menyetakan SWISS-MODEL workspace adalah

layanan terintegrasi berbasis web didedikasikan untuk pemodelan homologi

struktur protein. Alur kerja dan penggunaan ruang kerja diilustrasikan oleh

pemodelan manusia Cyclin A1 dan manusia Protease Transmembran 3.

Keselarasan antara urutan domain Cyclin Cyclin A1 dan Cyclin A2 tidak ambigu,

dua urutan bagikan 60% identitas dan hanya mengandung satu celah. Berdasarkan

hal pengamatan tersebut, domain peraturan Cyclin A1 dapat dengan mudah

dimodelkan menggunakan mode otomatis dari pipa SWISS-MODEL.

2.2 Kajian Teori

2.2.1 Gen Clock

2.2.2 Kajian Molekuler Pergam Tutu

2.2.3 In Silico

Secara umum, istilah in silico digunakan untuk menggambarkan

eksperimen yang dilakukan dengan bantuan komputer. Uji in silico dapat

digunakan untuk mengetahui interaksi antara suatu senyawa dengan molekul

target, salah satunya reseptor. Interaksi senyawa dengan reseptor dapat

divisualisasikan dengan metode komputasi dan dapat digunakan untuk

mengetahui pharmacophore dari suatu senyawa (Ekins dkk, 2007).

Studi in silico merupakan pendekatan pada suatu kondisi/keadaan nyata

ke dalam simulasi komputer dengan menggunakan program tertentu dalam

mendesain obat. Metode in silico merupakan suatu metode yang menarik dan

menjanjikan dalam mengidentifikasi senyawa baru karena lebih cepat dan biaya

yang lebih ekonomis (Geldenhuys, 2006).

2.2.4 Struktur Tiga Dimensi

Struktur tiga dimensi (3D) protein sangat menarik untuk desain rasional

berbagai jenis eksperimen biologi, seperti mutagenesis situs-diarahkan atau

penemuan berbasis struktur spesifik inhibitor. (Bairoch, et al., 2005). Struktur

protein terdiri dari struktur primer, sekunder, tersier dan kuartener. Struktur

primer merupakan struktur yang nsederhana dengan urutan-urutan asam amino

yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata

dan tidak terjadi percabangan rantai (Wijaya dan hasana, 2016).

Arnold et al, (2005) menyatakan struktur tiga dimensi protein (3D) sangat

diminati desain rasional dari berbagai jenis percobaan biologi, seperti mutagenesis

diarahkan-situs atau penemuan berbasis struktur inhibitor spesifik. Dalam kasus

ini, pemodelan homologi terbukti menjadi metode pilihan untuk menghasilkan

model 3D protein yang andal dari sekuens asam amino seperti yang ditunjukkan

pada beberapa pertemuan percobaan CASP sebelumnya (Tramontano dan Morea,

2003; Moult, 2005). Multiple sequence alignments adalah alat yang umum dan

banyak digunakan dalam proyek biologi molekuler, dan seringkali dijadikan hasil

dari ekstensif eksplorasi teoretis dan eksperimental protein tertentu.

Penelitian dalam menentukan sekuen protein lebih cepat dibandingkan

dengan penelitian menentukan struktur tiga dimensi protein mendorong

munculnya pemikiran untuk memprediksi secara ilmiah struktur tiga dimensi

protein dari sekuen yang ada berdasarkan pada data struktur tiga dimensi protein

yang telah diketahui secara laboratorium (Berman, et al, 2007). Informasi struktur

tiga dimensi protein penting untuk memahami sifat dan fungsi protein ditingkat

molekular secara detil. Penentuan struktur protein dilakukan dengan cara

pengujian di laboratorium memerlukan tahapan dan instrumentasi dengan biaya

tinggi. Struktur tiga dimensi protein dapat diprediksi secara ilmiah dengan

menggunakan beberapa metode secara in silico. Metode yang digunakan pada

penelitian ini adalah metode homologi menggunakan program SWISS-MODEL

(Wiajaya dan Hasana, 2016).

Struktur protein terdiri dari struktur primer, sekunder, tersier dan

kuartener. Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-

urutan asam amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf

dalam sebuah kata dan tidak terjadi percabangan rantai. Struktur sekunder adalah

struktur dua dimensi protein merupakan kombinasi antara struktur primer yang
linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang

tulang belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah α-heliks

(Taylor et al, 2001).

Teknik pemodelan homologi adalah pemodelan struktur tiga dimensi

protein berdasarkan pada 84 : 83-94 pensejajaran barisan (alignment) sekuen asam

amino protein target dengan protein mirip yang telah diketahui struktur tiga

dimensinya secara laboratorium (template) (Sali & Blundell, 1993). Tingkat

kesulitan pengerjaannya dengan cara homologi secara komputasi lebih mudah

dibandingkan metode fold recognition dan metode ab initio. Pengerjaan dengan

metode homologi juga lebih cepat dibandingkan metode lainnya (Zaki & Bystroff,

2008). Apabila tidak ada protein template pada database maka pemodelan protein

dilakukan dengan metode ab initio.

2.2.5 Alignment

Pensejajaran dua sekuens DNA adalah langkah dasar dalam analisis data

biologis. Mengurutkan panjang Urutan DNA adalah salah satu masalah paling

menarik dalam bioinformatika. Beberapa teknik telah dilakukandikembangkan

untuk memecahkan masalah pensejajaran urutan ini seperti pemrograman dinamis

dan algoritma heuristik (Fareed et al, 2016).

Alignment adalah salah satu tugas paling menantang dalam bioinformatika.

Ada banyak teknik penyelarasan global yang telah diterapkan dalam biologi.

Namun demikian, pensejajaran Seluruh genom masih menjadi masalah dalam

bioinformatika karena ukurannya yang besar yang membutuhkan luas

perhitungan. Oleh karena itu, diperlukan teknik pelurusan urutan DNA yang
efisien dan akurat. Beberapa alat dapat digunakan untuk mencapai waktu eksekusi

yang baik dengan mensejajarkankan segmen cocok yang dapat digabungkan

bersama-sama menggunakan teknik pemrograman dinamis untuk menemukan

keselarasan. Banyak teknik pensejajaran urutan telah dikembangkan, khususnya,

untuk pencocokan string. Beberapa didasarkan pada pemrograman dinamis seperti

Needleman-Wunsch, BLAST, FASTA, yang didasarkan pada metode statistik

(Fareed et al, 2016).

Alignment sequences adalah pendekatan untuk mengambil kecocokan

terbaik antara dua atau lebih urutan. Faktor terpenting dalam penyelarasan urutan

adalah memilih skema penilaian yang digunakan, memilih skema penilaian yang

buruk akan menyebabkan keberpihakan yang tidak akurat (Fareed et al, 2016).

2.2.6 GenBank

GenBank adalah database publik dari semua urutan nukleotida dan protein

yang diketahui dengan mendukung catatan biografi dan biologis, yang dibangun

dan didistribusikan oleh Pusat Nasional untuk Informasi Teknologi Bioteknologi

(NCBI), sebuah divisi dari Perpustakaan Kedokteran Nasional (NLM), yang

terletak di kampus Institut Kesehatan USN (Benson dkk, 2000).

Benson, dkk (2007) menjelaskan bahwa GenBank adalah database

komprehensif yang berisi urutan nukleotida yang tersedia untuk umum untuk

lebih dari 260.000 organisme bernama, yang diperoleh terutama melalui

pengajuan dari laboratorium individu dan pengajuan batch dari proyek-proyek

skala besar. Sebagian besar pengiriman dilakukan menggunakan BankIt berbasis

web atau program Sequin mandiri dan nomor aksesi ditugaskan oleh staf Bank

Gen pada saat diterima.

NCBI membuat data GenBank tersedia tanpa biaya melalui Internet,

melalui FTP dan melalui beragam layanan pencarian dan analisis berbasis Web

yang beroperasi pada data GenBank (Benson dkk, 2007).

2.2.7 Media Pembelajaran

Media merupakan bagian dari komponen pembelajaran, manfaat dan

fungsi media dalam pembelajaran sangat dirasakan baik oleh tenaga pendidik

maupun siwa. Keberhasilan media dalam meningkatkan kualias belajar siwa

ditentukan pada bagaimana kemampuan guru dalam memilih media yang akan

digunakan (Mahnun, 2012).

Media pembelajaran merupakan alat bantu dalam proses pembelajaran

baik di dalam maupun di luar kelas. Guru membutuhkan media untuk membantu

tugasnya dalam menyampaikan pesan-pesan dari bahan pembelajaran yang

diberikan oleh guru kepada anak didik (Wahyunuhari,2013). Media pembelajaran

adalah segala sesuatu baik berupa fisik maupun teknis dalam proses pembelajaran

yang dapat membantu guru untuk mempermudah dalam menyampaikan materi

pelajaran kepada siswa sehingga memudahkan pencapaian tujuan pembelajaran

yang telah dirumuskan (Adam dan Syastra, 2015).

Adam dan Syastra (2015), menjelaskan berikut ini adalah beberapa fungsi

media pembelajaran:

1. Fungsi Media Pembelajaran Sebagai Sumber Belajar

 Secara teknis, media pembelajaran sebagai sumber belajar. Dalam kalimat

sumber belajar ini tersirat makna keaktifan yaitu sebagai penyalur, penyampai,

penghubung dan lain-lain. Fungsi media pembelajaran sebagai sumber belajar

adalah fungsi utamanya disamping adanya fungsi-fungsi lainnya. (Rohman,

2013).

2. Fungsi Semantik

Fungsi semantik adalah kemampuan media dalam menambah

pembendaharaan kata yang makna atau maksudnya benar-benar dipahami oleh

anak didik. Bahasa meliputi lambang (simbol) dari isi yakni pikiran atau perasaan

yang keduanya telah menjadi totalitas pesan yang tidak dapat dipisahkan.

3. Fungsi Manipulatif

Fungsi manipulatif ini didasarkan pada ciri-ciri umum yaitu kemampuan

merekan,menyimpan, melestarikan, merekonstruksikan dan metransportasi suatu

peristiwa atau objek. Berdasarkan karakteristik umum ini, media memiliki dua

kemampuan, yakni mengatasi batas-batas ruang dan waktu, mengatasi

keterbatasan inderawi.

4. Fungsi Psikologis, yang terdiri dari:

a. Fungsi Atensi

b. Fungsi Afektif

c. Fungsi Kognitif

d. Fungsi Imajinatif

e. Fungsi Motivasi

f. Fungsi Sosio-Kultural
2.2.8 Manfaat Media Pembelajaran

Peran pembelajar adalah menyediakan, menunjukkan, membimbing dan

memotivasi pelajar agar mereka dapat berinteraksi dengan berbagai sumber

belajar yang ada. Bukan hanya sumber belajar yang berupa orang , melainkan juga

sumber-sumber belajar yang lain. Bukan hanya sumber belajar yang sengaja

dirancang untuk keperluan belajar, melainkan juga sumber belajar yang telah

tersedia. Semua sumber belajar itu dapat kita temukan, kita pilih dan kita

manfaatkan sebagai sumber belajar bagi pebelajar kita (Falahudin, 2014).

Secara umum, manfaat media dalam proses pembelajaran adalah

memperlancar interaksi antara pembelajar dengan pebelajar sehingga kegiatan

pembelajaran akan lebih efektif dan efisien. Tetapi secara lebih khusus ada

beberapa manfaat media yang lebih rinci (Falahudin, 2014). Kemp dan Dayton

(1985) misalnya, mengidentifikasi beberapa manfaat media dalam pembelajaran,

yaitu:

1. Penyampaian materi pelajaran dapat diseragamkan

Setiap pembelajar mungkin mempunyai penafsiran yang berbeda-beda

terhadap suatu konsep materi pelajaran tertentu. Dengan bantuan media,

penafsiran yang beragam tersebut dapat dihindari sehingga dapat disampaikan

kepada pebelajar secara seragam. Setiap pebelajar yang melihat atau mendengar

uraian suatu materi pelajaran melalui media yang sama, akan menerima informasi

yang persis sama seperti yang diterima oleh pebelajar-pebelajar lain. Dengan

demikian, media juga dapat mengurangi terjadinya kesenjangan informasi

diantara pebelajar di manapun berada.

2. Proses pembelajaran menjadi lebih jelas dan menarik

Dengan berbagai potensi yang dimilikinya, media dapat menampilkan

informasi melalui suara, gambar, gerakan dan warna, baik secara alami maupun

manipulasi. Materi pelajaran yang dikemas melalui program media, akan lebih

jelas, lengkap, serta menarik minat pebelajar. Dengan media, materi sajian bisa

membangkitkan rasa keingintahuan pebelajar dan merangsang pebelajar bereaksi

baik secara fisik maupun emosional. Singkatnya, media pembelajaran dapat

membantu pembelajar untuk menciptakan suasana belajar menjadi lebih hidup,

tidak monoton, dan tidak membosankan.

3. Proses pembelajaran menjadi lebih interaktif

Jika dipilih dan dirancang secara baik, media dapat membantu pembelajar

dan pembelajar melakukan komunikasi dua arah secara aktif selama proses

pembelajaran. Tanpa media, seorang pembelajar mungkin akan cenderung

berbicara satu arah kepada pebelajar. Namun dengan media, pembelajar dapat

mengatur kelas sehingga bukan hanya pembelajar sendiri yang aktif tetapi juga

pebelajarnya.

4. Efisiensi dalam waktu dan tenaga

Keluhan yang selama ini sering kita dengar dari pembelajar adalah, selalu

kekurangan waktu untuk mencapai target kurikulum. Sering terjadi pembelajar

menjelaskan suatu materi pelajaran. Hal ini sebenarnya tidak harus terjadi jika

pembelajar dapat memanfaatkan media secara maksimal. Misalnya, tanpa media

seorang pembelajar tentu saja akan menghabiskan banyak waktu untuk

mejelaskan sistem peredaran darah manusia atau proses terjadinya gerhana

matahari. Padahal dengan bantuan media visual, topik ini dengan cepat dan

mudah dijelaskan kepada anak. Biarkanlah media menyajikan materi pelajaran

yang memang sulit untuk disajikan oleh pembelajar secara verbal.

5. Meningkatkan kualitas hasil belajar pebelajar

Penggunaan media bukan hanya membuat proses pembelajaran lebih

efisien, tetapi juga membantu pebelajar menyerap materi pelajaran lebih

mendalam dan utuh. Bila hanya dengan mendengarkan informasi verbal dari

pembelajar saja, pebelajar mungkin kurang memahami pelajaran secara baik.

Tetapi jika hal itu diperkaya dengan kegiatan melihat, menyentuh, merasakan,

atau mengalami sendiri melalui media, maka pemahaman pebelajar pasti akan

lebih baik.

6. Media memungkinkan proses pembelajaran dapat dilakukan di mana saja dan

kapan saja

Media pembelajaran dapat dirancang sedemikian rupa sehingga pebelajar

dapat melakukan kegiatan pembelajaran secara lebih leluasa, kapanpun dan

dimanapun, tanpa tergantung pada keberadaan seorang pembelajar. Program-

program pembelajaran audio visual, termasuk program pembelajaran

menggunakan komputer, memungkinkan pebelajar dapat melakukan kegiatan

belajar secara mandiri, tanpa terikat oleh waktu dan tempat. Penggunaan media

akan menyadarkan pebelajarbetapa banyak sumber-sumber belajar yang dapat

mereka manfaatkan dalam belajar. Perlu kita sadari bahwa alokasi waktu belajar
di sekolah sangat terbatas, waktu terbanyak justru dihabiskan pebelajar di luar

lingkungan sekolah.

7. Media dapat menumbuhkan sikap positif pebelajar terhadap materi dan proses

belajar.

Dengan media, proses pembelajaran menjadi lebih menarik sehingga

mendorong pebelajar untuk mencintai ilmu pengetahuan dan gemar mencari

sendiri sumber-sumber ilmu pengetahuan. Kemampuan pebelajar untuk belajar

dari berbagai sumber tersebut, akan bisa menanamkan sikap kepada pebelajar

untuk senantiasa berinisiatif mencari berbagai sumber belajar yang diperlukan.

8. Mengubah peran pembelajar ke arah yang lebih positif dan produktif.

Dengan memanfaatkan media secara baik, seorang pembelajar bukan lagi

menjadi satu-satunya sumber belajar bagi pebelajar. Seorang pembelajar tidak

perlu menjelaskan seluruh materi pelajaran, karena bisa berbagi peran dengan

media. Dengan demikian, pembelajar akan lebih banyak memiliki waktu untuk

memberi perhatian kepada aspek-aspek edukatif lainnya, seperti membantu

kesulitan belajar pebelajar, pembentukan kepribadian, memotivasi belajar, dan

lain-lain.

9. Media dapat membuat materi pelajaran yang abstrak menjadi lebih konkrit

Mengidentifikasi bentuk pasar dalam kegiatan ekonomi masyarakat

misalnya dapat dijelaskan melalui media gambar pasar dari yang tradisional

sampai pasar yang modern, demikian pula materi pelajaran yang rumit dapat

disajikan secara lebih sederhana dengan bantuan media. Misalnya materiyang

membahas tentang pusat pusat kerajaan Islam dinusantara dapat disampaikan

dengan penggunaan peta atau atlas, sehingga pebelajar dapat dengan mudah

memahami pembelajaran tersebut.

10. Media juga dapat mengatasi kendala keterbatasan ruang dan waktu

Sesuatu yang terjadi di luar ruang kelas, bahkan di luar angkasa dapat

dihadirkan di dalam kelas melalui bantuan media. Demikian pula beberapa

peristiwa yang telah terjadi di masa lampau, dapat kita sajikan di depan pebelajar

sewaktu-waktu. Dengan media pula suatu peristiwa penting yang sedang terjadi di

benua lain dapat dihadirkan seketika di ruang kelas.

11. Media dapat membantu mengatasi keterbatasan indera manusia

Obyek-obyek pelajaran yang terlalu kecil, terlalu besar atau terlalu jauh,

dapat kita pelajari melalui bantuan media. Demikian pula obyek berupa

proses/kejadian yang sangat cepat atau sangat lambat, dapat kita saksikan dengan

jelas melalui media, dengan cara memperlambat, atau mempercepat kejadian.

2.3 Kerangka Pemikiran

Burung Pergam Tutu merupakan salah satu spesies dari keluarga Columbidae

yang penyebarannya hanya terbatas di pulau Sulawesi dan Kepulauan Sula

(Birdlife International, 2016).

Dalam beradaptasi oleh beberapa organisme diperkirakan terdapat pengaruh

endogen yang merupakan wujud dari aktivitas “Sirkadian Clock” (Fidler dan

Gwinner, 2003) seperti pada Burung Pergam Tutu. Mempelajari karakteristik

yang dimiliki Gen Clock pada Burung Pergam Tutu perlu adanya studi molekuler,

hal ini dapat dilakukan secara In-silico dengan pendekatan bioinformatika

diharapkan dapat mempelajari sifat dan fungsi biokimia gen Clock melalui
pemodelan struktur tiga dimensi protein gen Clock dengan metode homologi.

Osilator inti dari Clock sirkadian terdiri dari loop umpan balik transkripsi-translasi

yang melibatkan satu set “Gen Clock” (Panda et al, 2002). Pola kerja protein gen

Clock memiliki sifat yang cukup unik untuk dikaji, salah satunya adalah mengatur

pola perilaku harian. Kemudian dengan mempelajari dan memahami penelitian

sebelumnya mengenai metode homologi tentang struktur tiga dimensi akan

menuntun kita untuk mengkaji sifat molekuler protein gen lebih lanjut. Pemodelan

struktur tiga dimensi melalui metode homologi dan analisis iIn-silico akan

mempermudah kita dalam memahami sifat dan fungsi biokimia gen Clock.

Struktur tiga dimensi protein berfungsi untuk memahami sifat dan fungsi

protein ditingkat molekular secara detil (Wijaya dan Hasanah, 2016). Sehingga

hasil akhir dari penelitian ini berupa struktur tiga dimensi protein gen Clock

diharapkan akan membantu dalam mengkaji sifat dan fungsi biokimia gen Clock

serta memberikan data-data terperinci seputar molekuler protein gen Clock.

Sehingga dengan begitu studi ini akan memberikan konstribusi dalam memperluas

jendela pengetahuan Burung Pergam Tutu melalui kajian molekuler dengan

pemodelan struktur tiga dimensi protein. Pemodelan homologi terbukti menjadi

metode pilihan untuk menghasilkan model 3D protein yang andal dari sekuens

asam amino seperti yang ditunjukkan pada beberapa pertemuan percobaan CASP

sebelumnya (Tramontano dan Morea, 2003; Moult, 2005). Oleh karenya

penelitian ini akan mengkaji sifat dan fungsi biokima protein gen Clock melalui

konsep bioinformatika secara In-silico menggunakan metode homologi untuk

pemodelan struktur tiga dimensi.

Data informasi karakter genetik burung pergam tutu
masih sangat jarang didapatkan sehingga hal tersebut
mempersulit cara untuk memperoleh data yang
diperlukan sebagai bahan penelitian atau konservasi.

Perlu adanya studi dengan pendekatan molekuler

melalui pemecahan masalah secara In-Silico untuk
memperoleh karakter genetik Burung Pergam Tutu
menggunakan Bioinformatika. Dalam mempelajari
karakter dan perilaku harian Burung Pergam Tutu
perlu adanya studi gen Clock.

Analisis In-Silico berupa Alignment dengan

Clustalw dan pemodelan struktur tiga dimensi
protein gen Clock melalui program SWISS-
MODEL Expasy.

Hasil analisis struktur tiga dimensi protein

gen Clock.

Uji coba dan analisis kelayakan dan

validasi media pembelajaran
 Media pembelajaran berupa
poster

Gambar 2.2 Kerangka Pemikiran

BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Jenis Penelitian

Jenis penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif kualitatif dengan

menggunakan analisa In Silico melalui program SWISS MODEL. Jenis penelitian

ini dilakukan untuk menjabarkan hasil penelitian berdasarkan studi yang

dilakukan, pada dasarnya penelitian ini melihat kecerdasan penulis dalam

menjabarkan hasil kajian penelitian yang diteliti. Analisa In Silico dilakukan

untuk menghasilkan data tentang protein gen Clock pada Burung Pergam Tutu

(Ducula forsteni) yang kemudian didapatkan dari hasil pemodelan struktur tiga

dimensi protein gen tersebut melalui workspace SWISS MODEL, hasilnya akan

dijelaskan secara deskriptif untuk menggambarkan hasil akhir.

3.2 Lokasi dan Waktu Penelitian

3.2.1 Lokasi Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pendidikan Biologi Fakultas

Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Tadulako.

3.2.2 Waktu Penelitian

Penelitian ini dilaksanakan pada bulan September 2019 sampai dengan

selesai.

3.3 Jenis dan Sumber Data

3.3.1 Jenis Data

Jenis data penelitian yang digunakan adalah data kuantitatif, diperoleh dari

Database urutan pusat GenBank NCBI (National Center for Biotechnology

Information) dan Laboratorium.

3.3.2 Sumber Data

Penelitian ini menggunakan data primer yang akan dikumpulkan secara

langsung oleh peneliti dari hasil analisis In Silico protein gen Clock. Sedangkan

data sekunder adalah data pendukung yang diperoleh dari beberapa artikel ilmiah,

jurnal, buku dan NCBI (National Center for Biotechnology Information).

3.4 Teknik Pengumpulan Data

3.4.1 Alat

Alat yang digunakan dalam melaksanakan penelitian ini diantaranya

adalah Laptop Lenovo 12 inci yang terkoneksi dengan jaringan internet.

Selanjutnya adalah Back Translation oleh gene infinity yang dapat diakses secara

online (www.geneinfinity.org/sms/sms_backtranslation.html) berfungsi untuk

membalikan sekuen asam amino menjadi sekuen nukleotida. Program ClustalW

Multiple Alignment pada Software Bioedit versi 7.2.6 yang diakses secara offline,

berfungsi mengurutkan sekuen beberapa nukleotida dan asam amino. Blastp yang

disediakan oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information), Software

Bioedit versi 7.2.6 dan modelling project yang disediakan oleh SWISS-MODEL

EXPASY (http://swissmodel.expasy.org/) diakses secara online untuk membuat

struktur tiga dimensi protein gen Clock .

3.4.2 Bahan

Bahan yang digunakan pada penelitian ini meliputi sekuen nukleotida

protein gen Clock dari Laboratorium dan beberapa file fasta hasil blast dari NCBI

(National Center for Biotechnology Information).

3.5 Prosedur Penelitian

3.5.1 Penentuan secara in silico

1. Survei informasi sekuens protein clock, masing- masing protein ditelusuri

pada database NCBI dengan menggunakan Query berupa nama protein.

2. Mengunduh sekuens asam amino informasi dasar protein tersebut dalam

format fasta.
3.5.2 Alignment sekuens nukleutida dan sekuens asam amino

1. Melakukan alignment masing-masing sekuens nukleotida dan sekuens asam

amino yang diperoleh dari hasil laboratorium.

2. Alignment menggunakan program ClustalW Multiple Alignment pada

software Bioedit yang diakses secara offline.

3. Hasil aligment tersebut dianalisis untuk melihat kemiripan dan perbedaan

dari masing-masing sekuens nukleotida dan sekuans asam amino.

3.5.3 Mencari protein yang homolog mengguankan BLAST

1. Melakukan BLAST protein terhadap clock pada database NCBI

2. Urutan hasil blast dilihat berdasarkan skor, accesion number dan identities.

3.5.4 Komposisi asam amino

Masing-masing kode akses dilihat komposisi asam aminonya menggunakan

software BioEdit yang diakses secara offline

3.5.5 Pemodelan struktur tiga dimensi

1. Struktur 3 dimensi protein clock Ducula forsteni dibuat mengguankan tool

modeling project yang disediakan oleh program SWISS MODEL EXPASY

2. Sekuens asam amino yang diperoleh diinput kedalam target sequence

kemudian di klik build models

3.5.6 Analisis struktur tiga dimensi

1. Evaluasi model 3D

2. Perbandingan struktur protein target dan template

3.5.7 Pemanfaatan media dan validasi bahan ajar

1. Teknik analisis data Mendesain media pembelajaran, peneliti mendesain

media pembelajaran berupa poster dengan memasukan hasil penelitian yang

didapatkan

2. Validasi media pembelajran, validasi dilakukan oleh tim ahli setelah

pembuatan desain media pembelajran selesai, dengan tiga ahli yaitu ahli

desian, ahli isi dan ahli media.

3. Revisi media pembelajran, revisi media pembelajran dilakukan dan

mengurangi kelemahan-kelemahan yang terdapat pada media pembelajran

4. Uji coba, uji coba dilakukan kepada mahasiswa yang akan dibagi kedalam

kelompok besar berjumlah 20 mahasiswa dan kelompok kecil 10

mahasiswa dengan jumlah keseluruhan responden sebanyak 30 mahasiswa.

5. Analisis kelayakan media pembelajaran

3.6 Instrumen Penelitian

Instrumen yang digunakan pada penelitian ini adalah Laptop Lenovo 12

inci dengan kapasitas 32 bit, program software SWISS MODEL EXPASY,

Software Bioedit versi 7.2.6, dan akses internet.

3.7 Teknik Analisis Data

3.7.1 Analisis in silico dan pemodelan struktur tiga dimensi protein gen Clock

Analisis In-Silico dilakukan dengan cara pembuatan struktur tiga dimensi

oleh masing-masing sampel sesuai dengan kode akses yang dimiliki dibuat
menggunakan program SWISS_MODEL Expasy tersedia secara online melalui

link : http://swissmodel.expasy.org/.

3.7.2 Analisis kelayakan media pembelajaran

Menghitung persentase data kelayakan media dapat menggunakan

formulasi yang dikemukakan oleh Arikunto (2010), sebagai berikut :

Ʃ𝑥
Rumus : 𝑃 = Ʃ𝑋𝑖 x 100 %

Keterangan :

P : Persentase

Ʃx : Jumlah jawaban penilaian

Ʃxi : Jumlah jawaban tertinggi

Setelah nilai persentase diperoleh, maka ditafsirkan dalam kalimat dengan

kriteria sebagai berikut :

Tabel 3.1 Kriteria persentase kelayakan media

Persentase (%) Kriteria Validasi

81 - 100 Sangat layak

61 – 80 Layak

41 – 60 Cukup layak

21 – 40 Kurang layak (revisi)

0 – 20 Tidak layak (revisi)

(Sumber : Arikunto, 2010)

DAFTAR PUSTAKA