Machine Translated by Google

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di: https://www.researchgate.net/publication/372140772

Identifikasi Gen Terkait Respirasi Seluler pada Musa acuminata sebagai Respon
terhadap Stres Air

Artikel di Asian Journal of Crop Science · Juli 2023

DOI: 10.3923/ajcs.2023.50.58

KUTIPAN BACA

0 93

4 penulis, termasuk:

Simon Duve Erly Marwani

Institut Teknologi Bandung Institut Teknologi Bandung
2 PUBLIKASI 0 KUTIPAN 16 PUBLIKASI 45 KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Husna Nugrahapraja

Institut Teknologi Bandung

52 PUBLIKASI 281 KUTIPAN

LIHAT PROFIL

Semua konten setelah halaman ini diunggah oleh Simon Duve pada tanggal 06 Juli 2023.

Pengguna telah meminta penyempurnaan file yang diunduh.

Machine Translated by Google
Machine Translated by Google

AKSES TERBUKA Jurnal Ilmu Tanaman Asia

ISSN 1994-7879
DOI: 10.3923/ajcs.2023.50.58

Artikel Penelitian
Identifikasi Gen Terkait Respirasi Seluler di
Musa acuminata sebagai Respon terhadap Stress Air
Simon Duve, Erly Marwani, Husna Nugrahapraja and Sri Nanan Widiyanto

School of Life Science and Technology, Bandung Institute of Technology, Kota Bandung, 40132, Jawa Barat, Indonesia

Abstrak
Latar Belakang dan Tujuan: Pertumbuhan dan produktivitas tanaman pisang dapat terganggu akibat cekaman air. Respon pisang
tanaman bisa berbeda pada tingkat molekuler berdasarkan tingkat keparahan stres air. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil ekspresi gen pada
jalur glikolisis dipengaruhi oleh tingkat stres air yang berbeda pada planlet pisang. Bahan dan Metode: Kumpulan data transkriptome dari
empat perpustakaan cDNA digunakan untuk membuat profil ekspresi gen yang terkait dengan respirasi sel. Perpustakaan cDNA dihasilkan dari
Musa tajam (genom AAA, cv. Barangan Merah) planlet yang diberi perlakuan pada tingkat cekaman air yang berbeda, yaitu rendah (2,5% PEG), sedang
(7,5% PEG) dan tinggi (10% PEG). Data transkriptome dianalisis menggunakan perangkat lunak DAVID, KEGG dan DeSeq2. Hasil: Berdasarkan DAVID
Terdapat 13 gen dalam glikolisis yang terkena cekaman air yang dikelompokkan dalam 6 protein famili. Secara dominan, semua gen diidentifikasi
di jalur glikolisis diregulasi dalam tingkat stres tinggi. Protein 4 keluarga berkontribusi terhadap metabolisme piruvat, sedangkan 2 keluarga
protein berkontribusi pada metabolisme fermentasi. Hal ini dapat diindikasikan bahwa stress air menyebabkan terjadinya hipoksia sehingga energi harus dihasilkan
MaFBA6
menggunakan metabolisme anaerobik. Gen dipilih MaFBA8untuk
dan,digunakan Dan PDCB
memvalidasi mRNA-seq dan
analisis transkriptome. Kesimpulan: Planlet pisang merespons cekaman air dengan meningkatkan ekspresi gen terkait glikolisis.
Dengan analisis transkriptomik, gen terkait respirasi dapat diidentifikasi untuk mengetahui respons tanaman pisang terhadap cekaman air.

Kata kunci: Respirasi seluler, glikolisis, hipoksia, Hidung tajam , transkriptom, tekanan air

Kutipan: Duve, S., E. Marwani, H. Nugrahapraja dan SN Widiyanto, 2023. Identifikasi gen terkait respirasi seluler sebagai respons terhadap stres air. Asian Musa tajam sebagai

J. Crop Sci., 15: 50-58.

Corresponding Author: Sri Nanan Widiyanto, School of Life Science and Technology, Bandung Institute of Technology, Kota Bandung, 40132, Jawa Barat,
Indonesia

Hak Cipta: © 2023 Simon Duve alat . Ini adalah artikel akses terbuka yang didistribusikan berdasarkan ketentuan Lisensi atribusi creative commons, yang mengizinkan

penggunaan, distribusi, dan reproduksi tanpa batas dalam media apa pun, asalkan penulis dan sumber asli dicantumkan.

Kepentingan yang Bersaing: Para penulis telah menyatakan bahwa tidak ada kepentingan yang bersaing.

Ketersediaan Data: Semua data yang relevan ada dalam makalah dan file informasi pendukungnya.
Machine Translated by Google
Asia J. Ilmu Tanaman, 15
(2):
PERKENALAN
Stres air merupakan salah satu faktor abiotik utama yang
membatasi produksi pisang. Di sisi lain, peningkatan jumlah
penduduk dunia menyebabkan terjadinya perubahan iklim yang
berdampak buruk terhadap produktivitas tanaman, sehingga sektor
pertanian menghadapi tantangan baru untuk menghasilkan tanaman
yang lebih toleran terhadap. Musa tajam
tekanan lingkungan1 cv. Barangan
Merah, makanan pokok di Asia Tenggara, ditanam di daerah tropis
yang terkena dampak perubahan iklim. Perubahan iklim menyebabkan
curah hujan tidak menentu, sehingga produktivitas tanaman pisang
seringkali menurun akibat tidak tersedianya air2 . Tanaman pisang
sebagai tanaman komersial di Indonesia dapat terkena dampak
stres air, yang seringkali dikaitkan dengan peningkatan kerusakan
oksidatif3 . Untuk bertahan hidup, tanaman merespons dan
beradaptasi terhadap tekanan air melalui perubahan morfologi,
fisiologis, biokimia, dan molekuler.
Pada tingkat morfologi terjadi perubahan pada jumlah daun,
akar dan tinggi tanaman. Selain itu, perubahan warna daun menjadi
kekuningan, menyebabkan kecoklatan dan layu4 . Pada
tingkat fisiologis dan biokimia, penutupan stomata yang disebabkan
oleh kekeringan, penurunan kandungan klorofil, akumulasi osmolit
dan mekanisme pemulungan spesies oksigen reaktif (ROS)5 .
Selain itu, beberapa protein pelindung, seperti
dehidrin, protein kejutan panas, dan banyak protein embriogenesis
akhir, disintesis. Respons ini merupakan strategi tanaman untuk
mengatasi stres air. Pada tingkat molekuler, tekanan air menginduksi
transduksi sinyal, faktor transkripsi yang responsif terhadap
kekeringan, protein kinase dan biosintesis metabolit sekunder6 .
Respon molekuler tanaman pisang terhadap cekaman
air dapat bervariasi tergantung tingkat keparahannya, sehingga masih
diperlukan pengetahuan yang lebih baik untuk mengungkap mekanisme
toleransi pada tanaman pisang.
Pengetahuan tentang respon molekuler dapat dipelajari dengan
pendekatan transkriptomik. Dengan berkembangnya teknologi
pengurutan DNA throughput tinggi, Next-Generation Sequencing
(NGS) dapat digunakan untuk memahami profil transkriptom dan
kuantitasnya. Teknologi NGS telah banyak dipelajari untuk
mendapatkan dataset transkriptome dari tanaman pisang seperti
dan 6,7. Tutul
. , Mbalbisian
. Memilih beberapa gen dalam glikolisis dan memvalidasinya dengan
.
Bersifat sorga
Dalam penelitian lain, teknologi NGS diterapkan untuk
menghasilkan dataset transkriptome planlet pisang
secara in vitro cv. Barangan
M.akuminata Merah. 4 perpustakaan cDNA dari perlakuan stres
air yang diinduksi oleh polietilen glikol 6000 (PEG): Kontrol (tanpa
PEG), tingkat stres rendah (2,5% PEG), tingkat stres sedang (7,5%
PEG) dan tingkat stres tinggi (10% PEG) kemudian diurutkan
menggunakan Illumina MiSeq™2000 dan menghasilkan data
transkriptome yang digunakan sebagai
51
50-58, 2023
referensi dalam penelitian ini. Dataset transkriptome penelitian ini
telah didaftarkan dan diunggah ke database NCBI BioProject
(BioProject ID PRJNA970186). Statistik analisis transkriptome
menunjukkan 104.118.407 basa nukleotida telah teridentifikasi dan
berhasil dirangkai menjadi 147.811 contig.
Selain itu, analisis pengayaan ontologi gen menunjukkan bahwa lima
proses biologis utama dipengaruhi oleh cekaman air, yaitu
fotosintesis, respons terhadap cekaman, respirasi sel, morfogenesis,
perkembangan organ, dan biosintesis metabolit sekunder.
Respirasi seluler merupakan proses katabolisme senyawa
organik menjadi anorganik yang terjadi secara aerobik dan anaerobik.
Respirasi seluler adalah mekanisme konversi energi untuk
menghasilkan ATP yang digunakan untuk banyak proses
pertumbuhan dan perkembangan. Penelitian terhadap pisang yang
terkena tekanan osmotik ringan menunjukkan peningkatan kebutuhan
energi, yang meningkatkan respirasi aerobik dan menyebabkan
hipoksia2 . Berdasarkan hasil analisis transkriptome, respirasi sel
merupakan salah satu proses biologis yang dipengaruhi oleh
cekaman air pada tanaman pisang. Dalam kondisi stres air, tanaman
tidak dapat menyerap air dari media dan cenderung menutup stomata untuk menghin
kehilangan air. Oleh karena itu, tumbuhan tidak dapat memperoleh oksigen,
sehingga proses anaerobik cenderung menghasilkan energi. Proses ini
dapat menyebabkan peningkatan proses glikolisis dan fermentasi untuk
menghasilkan energi. Peningkatan respirasi juga dapat menyebabkan
penurunan kandungan oksigen sehingga mengakibatkan anoksia pada tanaman8 .
Oleh karena itu, pembuatan profil transkriptome dalam proses ini harus
dianalisis dan divalidasi untuk memastikan bahwa data transkriptome
yang dianalisis dapat mengungkap mekanisme respon tanaman pisang
terhadap cekaman air pada tingkat cekaman yang berbeda.
Dalam penelitian ini, data transkriptom dari planlet pisang yang
terpapar pada tingkat cekaman berbeda dianalisis untuk mendapatkan
informasi tentang mekanisme respon pisang terhadap cekaman air.
Data referensi transkriptome diperoleh dari penelitian sebelumnya
dan saat ini disimpan di database NCBI. Penelitian saat ini bertujuan
untuk membuat profil ekspresi gen pada jalur glikolisis yang
dipengaruhi oleh cekaman air pada planlet pisang. Oleh karena itu,
analisis transkriptome dilakukan untuk mengidentifikasi gen yang
terkait dengan glikolisis.
Quantitative Real-time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR)
dalam percobaan independen dan mengkonfirmasi keberhasilan
RNA-seq untuk profil transkriptome planlet pisang yang terkena
cekaman air.
BAHAN DAN METODE
Wilayah studi: Penelitian dilakukan di
Laboratorium Transformasi dan Mikropropagasi, Pabrik
Machine Translated by Google
Asia J.
Ilmu Tanaman, 15 50-58, 2023
Science and Biotechnology, Institut Teknologi Bandung,
Indonesia. Penelitian ini dilakukan mulai bulan September 2022
sampai dengan Februari 2023 terdiri dari analisis transkriptomik dan
analisis ekspresi gen dengan qRT-PCR.
Bahan tanaman, kondisi pertumbuhan dan stres air
perlakuan: Secara in vitro , planlet pisang Musa tajam
(Barangan Merah) dipasok oleh Asia Tenggara
Pusat Regional Biologi Tropis SEAMEO BIOTROP
(Bogor, Indonesia). Planlet dipelihara di Murashige
dan media Skoog9 mengandung PEG 2,5, 7,5 dan 10% (b/v)
6000. Planlet yang ditanam pada media tanpa PEG digunakan sebagai
sebuah kontrol. Planlet pisang ditanam selama 30 hari dengan a
16/8 jam periode terang/gelap dan suhu dijaga
konstan pada 25EC. Sampel ini digunakan untuk RNA
sequencing untuk menghasilkan empat perpustakaan cDNA. Transkriptom
kumpulan data digunakan dalam penelitian ini untuk menganalisis
gen yang berhubungan dengan glikolisis. Eksperimen independen telah ditetapkan
untuk validasi qRT-PCR, termasuk tiga PEG berbeda
konsentrasi dan perlakuan kontrol.
Pengayaan ontologi gen dan analisis jalur:
4 perpustakaan cDNA digunakan sebagai referensi
analisis transkriptomik. Istilah ontologi gen (GO) adalah
ditugaskan menggunakan DAVID v6.7 (Database untuk Anotasi,
Visualisasi dan Penemuan Terintegrasi) yang terhubung ke KEGG
(Ensiklopedia Kyoto Gen dan Genom) untuk tampil
prediksi jalur. Data transkriptome untuk DAVID adalah
Arabidopsis
dianalisis dan diidentifikasi sebagai ortologisthaliana
gen. Istilah GO yang terkait dengan glikolisis dipilih dan
dianalisis menggunakan KEGG untuk menentukan produk gen tertentu.
Analisis dan seleksi ekspresi gen diferensial
gen kandidat: Analisis DEG dilakukan pada
data transkriptome menggunakan perangkat lunak DESeq2. Transkrip per
Jutaan bacaan (TPM) digunakan sebagai parameter evaluasi DEG
dan gen dikelompokkan berdasarkan rasio TPM terhadap
kontrol. Ekspresi gen yang berbeda dianalisis dengan a
cutoff rasio log10>1 untuk mendapatkan daftar gen yang ada
terpengaruh lebih dari 10 kali dibandingkan dengan kontrol8 .
Tabel 1: Pasangan primer untuk gen terpilih dan gen housekeeping
Gen Anotasi fungsional Nomor akun
MaACT Aktin Ma10_p01140.1
MaBT Beta tubulin Ma01_p13380.1
MaFBA6 Aldolase (FBA6) Ma05_p27790.1
MaFBA8 Aldolase (FBA8) Ma05_p27790.1
PDCB Dekarboksilase piruvat yang bergantung Ma05_p30490.1
pada tiamin pirofosfat
(2):
dari 3 kandidat gen yang terlibat dalam tingkat stres tinggi
dipilih untuk analisis selanjutnya. Analisis dilakukan untuk
memvalidasi ekspresi gen mRNA-seq dan diferensial
analisis.
Desain dan optimalisasi primer RT-qPCR:
CV. Setiap gen kandidat dan gen rumah tangga dirancang
menggunakan Primer3Plus (Tabel 1). Parameter yang dipilih adalah produk
kisaran ukuran 100-250 bp, ukuran primer 20-22 bp, primer Tm
57-60EC (dengan selisih Tm maksimum = 2EC) dan kandungan GC
45-60%. Primer disintesis oleh pemasok
(Macrogen, Singapura) dan primernya dioptimalkan
dan diuji pada konsentrasi 10 nM untuk elektroforesis dan
qRT-PCR. Produk PCR dijalankan dalam gel agarosa 2%.
elektroforesis dan pewarnaan menggunakan EtBr. Kurva leleh di
qRT-PCR diperiksa untuk mengkonfirmasi satu produk di PCR.
analisis qRT-PCR dan penentuan ekspresi gen
level: Untuk validasi qRT-PCR tingkat ekspresi gen,
total RNA diisolasi dari percobaan independen.
RNA diekstraksi dari empat sampel dengan berbeda
pengobatan stres air menggunakan metode CTAB yang dijelaskan oleh
Diningrat alat . 10. Kualitas dan kuantitas RNA diukur
menggunakan Spektrofotometer Nanodrop™ Lite (Thermo Scientific,
USA) dan dikonfirmasi dengan elektroforesis gel pada agarosa 1,5%.
CDNA ditranskripsi terbalik dari total RNA menggunakan
Kit Transkripsi Terbalik GoScript™ (Promega, AS). cDNAnya
reaksi sintesis dilakukan dengan inkubasi selama 5 menit pada suhu 25EC,
diikuti dengan inkubasi selama 1 jam pada 42EC dan penonaktifan
reverse transkriptase selama 15 menit pada 70EC. Validasi gen
ekspresi dilakukan dengan reverse transkriptase qRT-PCR
menggunakan QuantStudio 1 (Thermo Scientific, AS). qRT-PCR
dilakukan menggunakan GoTaq® qPCR Master Mix menurut
manual pabrikan (Promega, USA). Reaksi PCR
dilakukan mengikuti prosedur dari Diningrat. 10, alat
dengan beberapa optimasi. Program reaksi dimulai dengan
pra-denaturasi pada 95EC selama 15 menit, diikuti oleh 40 siklus
polimerisasi (15 detik pada 95EC, 30 detik pada 58EC dan 30 detik pada
72EC). 3 ulangan teknis dilakukan di
Jumlah uji qRT-PCR.
Maju Balik Ukuran produk (bp)
CTGACTGGCAGCAGGACATA CCAAATCGTGCCTTTGAACT 162
AGTCCGGAGCTTCAACCTTT ACGCTGACGATGGAGAAGAC 221
CTCAGGAGGGCAGAGTGAAG CTCGCCTTCTCGACATTCTC 162
GAGGCACATCTCCCTCTGAT TCAGAGAGCCTCCATGTCAA 245
TGTGCTTCATCGAGGTCATC AGTCTCGGACGCAAGAACAT 215
52
Machine Translated by Google

Asia J. (2):
Ilmu Tanaman, 15 50-58, 2023

Analisis statistik: DESeq2 dalam versi perangkat lunak R
1.2.5001 digunakan untuk melakukan analisis statistik untuk DEG oleh
membandingkan ekspresi gen antara kontrol dan
kelompok eksperimen. Perangkat lunak SPSS versi 23.0 digunakan
untuk menganalisis semua data ekspresi gen, dengan Analisis Satu Arah
Varians (ANOVA). Perbedaan nilai rata-rata adalah
dianggap signifikan secara statistik pada p<0,05.
HASIL
Ontologi gen dan gen yang diekspresikan secara berbeda (DEG):
Analisis pengayaan ini menunjuk pada fungsi penting
dalam respirasi seluler. Analisis DAVID dan KEGG terungkap
bahwa jalur glikolisis/glukoneogenesis diinduksi
di semua tingkat stres. Secara umum, 13 gen teridentifikasi pada
jalur glikolisis dapat diklasifikasikan menjadi 6 keluarga protein, yaitu,
aldolase, alkohol dehidrogenase, fosfogliserat mutase,
piruvat kinase, piruvat dekarboksilase dan
gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase. Gen
diidentifikasi sebagai protein keluarga aldolase adalah MaFBA6 , MaFBA8
dan MaPDE345 . Gen diidentifikasi sebagai alkohol dehidrogenase
adalah MaHOT5 Dan MaADH1 . Gen diidentifikasi sebagai
fosfogliserat mutase adalah Gen yangMaiPGAM1
diidentifikasi.
seperti piruvat kinase dan gen diidentifikasiMaPKB .
MaPKA
MaPDC2 , PDCA
sebagai piruvat dekarboksilase adalah dan . Akhirnya, gen diidentifikasi
PDCB
sebagai gliseraldehida-3-
MaGAPC2
fosfat dehidrogenase dan Semua gen dianalisis
menggunakan DESeq2 untuk mendapatkan keuntungan
informasi tentang ekspresi gen diferensial untuk mendapatkan a
gambaran yang lebih luas tentang perubahan glikolitik
jalan. Secara total, 13 gen diidentifikasi dalam
jalur glikolisis, tercantum pada Tabel S1. Kebanyakan gen seperti itu
diidentifikasi dalam tingkat stres tinggi, sementara empat gen berbeda
diidentifikasi dalam tingkat stres rendah dan sedang. Misalnya,
gen Ma05_p27790.1 (aldolase, ) MaFBA6
diturunkan regulasinya
pada tingkat rendah dan diregulasi pada tingkat stres sedang dan tinggi.
Sementara itu, gen lain mengalami peningkatan regulasi di semua tingkat stres
(Gbr. 1). Visualisasi jalur menggunakan KEGG menunjukkan bahwa
gen yang terkena dampak difokuskan pada produksi asetaldehida
(Gbr. 2, Tabel 2).
Validasi gen dengan PCR kuantitatif waktu nyata
(qRT-PCR): Bagian dari tiga gen yang dipengaruhi oleh tekanan air di
planlet pisang dipilih untuk validasi untuk mengkonfirmasi
akurasi dan ketahanan analisis statistik. Oleh karena itu, sebuah
percobaan independen dilakukan dengan tiga PEG berbeda
konsentrasi dan perlakuan kontrol. Tiga gen (dan ) divalidasi MaFBA6 ,
MaFBA8 menggunakan
PDCB qRT-PCR dengan
MaACT Dan MaBT
2 gen penjaga rumah (). Gel agarosa
elektroforesis produk PCR menunjukkan bahwa setiap gen
memiliki satu pita dan sesuai dengan ukuran produk PCR mereka (Gbr. 3).
Secara umum, nilai ekspresi gen relatif serupa
MaFBA6
mRNA-seq. Misalnya, gen diturunkan regulasinya
MaGAPCP-1 . rendah dan diregulasi pada tingkat stres tinggi. Demikian MaFBA8
pula, PDCB
gen diregulasi di semua tingkat stres
(Gbr. 4).

BP2 BP7 BP10

2.0

1.5

1.0

0,5
p1
oa
nahabutgairl0
e Lkil
p

FBA6 FBA8 PKA PKB PDCA

PANAS5 PDCB ADH1 PDC2
PDE345 iPGAM1 GAPC2 GAPC-1
-0,5

-1.0

-1.5

Gambar 1: Ekspresi relatif gen yang dipengaruhi oleh cekaman air pada tanaman pisang yang diberi perlakuan PEG sebesar 2,5% (BP2), 7,5%
(BP7) dan 10% (BP10) berdasarkan mRNA-seq, DEG dinormalisasi ke kontrol (BK)

53
Machine Translated by Google

Asia J. (2):50-58, 2023

Ilmu Tanaman, 15

GLIKOLISIS/GLUKONEGENESIS
Metabolisme pati dan
sukrosa

3.1.3.10 -D-Glukosa-IP

5.4.2.2
D-Glukosa
3.1.39 2.7.1.199
(ekstraseluler)
2.7.1.1 2.7.1.63
-D-Glukosa
2.7.1.2 27.1.1.147 -D-Glukosa-6P

5.1.3.3 5.1.3.15 5.3.1.9 5.3.1.9

-D-Glukosa-6P
2.7.1.1 2.7.1.63 -D-Fruktosa-6P
5.3.1.9
-D-Glukosa 2.7.1.2 27.1.147
Jalur
3.1.3.11 2.7.1.11 27.1.146 2.7.1.90
pentosa
Arbutin-6P
Arbutin fosfat
2.7.1.- 3.2.1.86
(ekstraseluler)
Salisin
2.7.1.- 3.2.1.86 -D-Fruktosa-1,6P2
(ekstraseluler)
Salisin-6P
4.1.2.13 Ma05_p27790.1
Ma06_p11050.1
Gliseraldehida-3P
5.3.1.1
Gliseron-P
7.2.1.12 1.2.1.59
Ma06_p01470.1
Gliserat-1,3P2
1.2.1.9 1.2.7.6 5.4.2.4
1.2.1.90
2.7.2.3 Gliserat-2,3P2

Fiksasi karbon 5.4.2.11

pada organisme fotosintetik
Gliserat-3P

5.4.2.11 5.4.2.12 3.1.3.80

Ma07_p23360.3

Gliserat-2P

4.2.1.11

4.1.1.32 Fosfo nolpiruvat

oksaloasetat 4.1.1.49

Metabolisme piruvat 2.7.1.40 Ma02_p22100.1

Ma09_p24220.1
Siklus 1.2.7.1 Ma03_p28290.1
2.7.9.1 2.7.9.2
sitrat 1.2.7.11 Ini PP

Asetil- 2-Hidroksi-
Dengan etil-ThPP 1.2.4.1
2.3.1.12 1.2.4.1 1.1.1.27 L-laktat Ma11_p23090.1
S-Asetil- 4.1.1.1 Ma05_p30490.1
Piruvat
dihidrolipoamida-E Ma03_p09880.1

6.2.1.1 6.2.1.13 1.8.1.4 4.1.1.1

Dihidro- Lipoamida-E 1.1.55 Metabolisme propanoat
lipoamida-E 1.1.1.1 Ma08_p29910.1
1.2.1.3 1.1.1.2
1.1.2.7 Etanol Ma02_p09950.1
Asetat 1.2.1.5 1.2.1.- EutG
Asetaldehida 1.1.2.8

Gambar 2: Stres air mempengaruhi glikolisis/glukoneogenesis planlet pisang berdasarkan ilustrasi jalur KEGG
Bintang merah menunjukkan gen yang diubah oleh cekaman kekeringan pada sampel BP10

54
Machine Translated by Google

Asia J. Ilmu Tanaman, 15

(2):
50-58, 2023

bp
1.500

1.000 900
800
700
600
500
400
300
200

100

2% agarosa
Tangga BERTINDAK BT FBA6 FBA8 PDCB
100 bp 162 hal 221bp 162bp 245bp 215bp

Gambar 3: Elektroforesis gel agarosa dari produk PCR untuk gen yang dipengaruhi oleh cekaman air pada tanaman pisang, tangga 100 bp
digunakan untuk membandingkan pita PCR dengan ukuran amplikon

0,6
BP2
BP7
0,5
BP10

0,4

0,3

0,2
isaahkaifnb
n n
itfa eoKi(rl
r)aaegulpp
uitta

0,1

-0,1 MaFBA6 MaFBA8 PDCB

-0,2

Gambar 4: Nilai ekspresi gen relatif protein B Ma05_p27790.1 (aldolase, MaFBA6 Dan MaFBA8 ), Ma05_p30490.1 (Tiamin
keluarga piruvat dekarboksilase yang bergantung pada pirofosfat, pada PDCB ) gen dalam sampel BP2, BP7 dan BP10
qRT-PCR

Tabel S: Profil ekspresi 13 gen terkait glikolisis/glukoneogenesis berdasarkan mRNA-seq

Nilai ekspresi relatif (perubahan log10 kali lipat)
pada tingkat stres air yang berbeda
--------------------------------------------------- -----------

TIGA_ID Musa ID Singkatan Nama gen BP2 BP7 BP10

AT2G36460 Ma05_p27790.1 MaFBA6 Protein superfamili aldolase -1,1528 0,9046 1.1862
AT3G52930 Ma05_p27790.1 MaFBA8 Protein superfamili aldolase 1.2263
AT2G01140 Ma06_p11050.1 MaPDE345 Protein superfamili aldolase 0 1,4602 00 1.5560
AT5G43940 Ma08_p29910.1 MaHOT5 Dehidrogenase pengikat seng seperti GroES
protein keluarga 0 0 1.0448
AT1G09780 Ma07_p23360.3 MaiPGAM1 Fosfogliserat mutase, tidak 0 0 0,9885

bergantung pada 2,3-bifosfogliserat

AT2G36580 Ma02_p22100.1 MaPKA Protein keluarga piruvat kinase A 0,9612 1.3203
AT5G08570 Ma09_p24220.1 MaPKB Protein keluarga piruvat kinase B 1.6033
AT4G33070 Ma11_p23090.1 PDCA Protein keluarga piruvat dekarboksilase yang 00 0 0 0,9942 1.1722

bergantung pada tiamin pirofosfat A

AT5G01320 Ma05_p30490.1 PDCB Protein keluarga piruvat dekarboksilase yang 0 0 1.0795

bergantung pada tiamin pirofosfat B

AT1G77120 Ma08_p29910.1 MaADH1 Alkohol dehidrogenase 1 0,9206 0,9849 1.5818
AT1G13440 Ma06_p01470.1 MaGAPC2 Gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase 0 0 1.1121

C2
AT1G79530 Ma06_p01470.1 MaGAPCP-1 Gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase 0 1.0630 0,9685

dari plastid 1
AT5G54960 Ma05_p30490.1 MaPDC2 Dekarboksilase piruvat 2 0 0 0,9583

55
Machine Translated by Google

Asia J. (2):
Ilmu Tanaman, 15 50-58, 2023

Tabel 2: Daftar gen yang dipengaruhi oleh stres air dalam metabolisme glikolisis/glukoneogenesis
Kode enzim ID Musa Singkatan Nama gen
4.1.2.13 Ma05_p27790.1 MaFBA6 Protein superfamili aldolase
4.1.2.13 Ma05_p27790.1 MaFBA8 Protein superfamili aldolase
4.1.2.13 Ma06_p11050.1 MaPDE345 Protein superfamili aldolase
1.1.1.1 Ma08_p29910.1 MaHOT5 Protein keluarga dehidrogenase pengikat seng seperti GroES
5.4.2.12 Ma07_p23360.3 MaiPGAM1 Fosfogliserat mutase, tidak bergantung pada 2,3-bifosfogliserat
2.7.1.40 Ma02_p22100.1 MaPKA Protein keluarga piruvat kinase A
2.7.1.40 Ma09_p24220.1 MaPKB Protein keluarga piruvat kinase B
4.1.1.1 Ma11_p23090.1 PDCA Protein keluarga piruvat dekarboksilase yang bergantung pada tiamin pirofosfat A
4.1.1.1 Ma05_p30490.1 PDCB Protein keluarga piruvat dekarboksilase yang bergantung pada tiamin pirofosfat B
1.1.1.1 Ma08_p29910.1 MaADH1 Alkohol dehidrogenase 1
1.2.1.12 Ma06_ p01470.1 MaGAPC2 Gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase C2
1.2.1.12 Ma06_p01470.1 MaGAPCP-1 Gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase dari plastid 1
4.1.1.1 Ma05_p30490.1 MaPDC2 Dekarboksilase piruvat 2

DISKUSI dengan konsentrasi sukrosa15. Peningkatan regulasi dan MaGAPC2

MaGAPCP-1
menunjukkan bahwa sukrosa dikonsumsi lebih tinggi
Fruktosa 1,6-bifosfat aldolase (FBA) adalah kuncinya untuk memenuhi kebutuhan energi untuk kemampuan bertahan hidup.

enzim pada tanaman yang terlibat dalam glikolisis dan
glukoneogenesis di sitoplasma. Gen-gen ini dapat mengkatalisis
kondensasi reversibel D-gliseraldehida 3-fosfat
dan dihidroksiaseton fosfat untuk membentuk fruktosa
1,6-bifosfat11. FBA juga ditemukan dalam siklus Calvin ke
Itu Tidak bergantung pada 2,3-bifosfogliserat
fosfogliserat mutase (iPGAM) adalah aktivitas enzimatik utama
dalam glikolisis dan katalisis interkonversi reversibel
3-fosfogliserat menjadi 2-fosfogliserat. Dalam penelitian ini,
MaiPGAM1 sangat diekspresikan pada tingkat tekanan air yang tinggi

mengkatalisis kondensasi fruktosa-1,6-bifosfat Arabidopsis thaliana

menekankan. Selanjutnya penelitian di menunjukkan

dan kondensasi sedoheptulosa-1,7-bifosfat.
Keluarga FBA diklasifikasikan menjadi 2 subfamili di
Arabidopsis thaliana , termasuk 3 anggota (FBA1-3) terjadi
di plastida dan lima (FBA4-8) terlokalisasi di sitoplasma12.
Dalam penelitian MaFBA6 Dan MaFBA8 terkena dampak air
ini, stres pada semua tingkat stres. Menariknya, regulasi MaFBA6
diturunkan pada tingkat stres rendah dan ditingkatkan pada tingkat stres tinggi.
Pola ini juga divalidasi dengan analisis qRT-PCR. Itu
MaPDE345 gen (juga disebut FBA3) telah diregulasi rendah
dan tingkat stres tinggi berdasarkan analisis transkriptome.
Peningkatan ekspresi gen FBA juga dilaporkan
Sesuvium portulacastrum sebagai respons terhadap kekeringan
toleransi13.
Gliseraldehida-3-Fosfat Dehidrogenase (GAPDH) adalah
enzim yang mengubah gliseraldehida 3-fosfat menjadi
gliserat-1, 3-bifosfat. Reaksi ini menghasilkan NADH
bahwa iPGAM memiliki peran penting dalam pergerakan stomata,
pertumbuhan vegetatif dan produksi serbuk sari16.
Piruvat kinase mengkatalisis langkah terakhir glikolisis, penting
untuk menghasilkan Adenosin Trifosfat (ATP). Piruvat
kinase dapat mengkatalisis transfer gugus fosfat dari
dulu fosfoenolpiruvat (PEP) menjadi adenosin difosfat (ADP),
menghasilkan satu molekul piruvat dan satu molekul ATP.
MaPKA
Dalam penelitian Dan MaPKB
ini, diregulasi pada pisang
planlet terkena stres air. Piruvat kinase yaitu
sangat dinyatakan menunjukkan produksi energi yang lebih tinggi di
respons terhadap kondisi stres air. Di tebu, kekeringan
stres dapat menginduksi ekspresi gen piruvat kinase17.
Regulasi piruvat kinase dalam glikolisis sangat penting dalam kondisi stres
situasi. Gula larut memainkan peran penting dalam tanaman
metabolisme sebagai sumber karbon dan energi dalam sel
tanaman yang mengalami stres harus terus-menerus menyesuaikan pasokan dan

dan dikatalisis oleh GAPDH menjadi NADPH di sitoplasma14. penggunaan karbon.

NADPH disintesis melalui siklus piruvat-oksaloasetat-malat (siklus Alkohol dehidrogenase (ADH) dan piruvat
POM) untuk donor elektron. Di dalam dekarboksilase (PDC) adalah kunci untuk membangun fermentatif
MaGAPC2
penelitian ini, 2 gen (dan ) terpengaruh MaGAPCP-1 metabolisme pada tanaman selama kekurangan oksigen. Dalam penelitian ini,
oleh stres air. MaGAPC secara khusus diekspresikan dalam sitosol, MaADH1
protein keluarga ADH () dan PDC Dan MaHOT5
MaGAPCP-1
sementara itu diekspresikan dalam plastida. PDCA
protein keluarga (dan PDCB
) secara signifikan
Dalam glikolisis, gen-gen ini penting untuk memecah glukosa diregulasi berdasarkan data transkriptome. Keluarga ini
untuk energi. Penelitian yang dilakukan Arabidopsis thaliana protein berperan dalam fermentasi akibat hipoksia.
menunjukkan bahwa GAPC2 dinyatakan lebih tinggi secara simultan Hipoksia terjadi pada cekaman kekeringan akibat penutupan stomata

56
Machine Translated by Google
Asia J.
Ilmu Tanaman, 15 50-58, 2023
menjaga air pada tanaman. Ekspresi ADH yang lebih tinggi
dan gen PDC menunjukkan tanaman pisang menghasilkan
energi dari fermentasi sebagai respons terhadap stres air.
Penelitian yang dilakukan pada tahun menunjukkan
Arabidopsishalthaliana
itu
Gen ADH1, PDC1 dan PDC2 diekspresikan lebih tinggi pada
kondisi aerobik18.
Identifikasi gen pada planlet pisang
mengalami stres air menunjukkan daftar gen yang berperan
dalam menjaga homeostatis energi. Secara keseluruhan, gen di
jalur glikolitik menunjukkan peningkatan ekspresi pada
tingkat stres yang tinggi. Dalam penelitian ini dilakukan identifikasi gen
hanya berdasarkan analisis transkriptomik dan validasi gen
ekspresi dengan qRT-PCR. Analisis fenotipik diperlukan sebagai
perbandingan untuk menjelaskan bagaimana perubahan ekspresi gen pada
jalur glikolisis dapat mempengaruhi kondisi fenotipik tanaman
ketika stres karena stres air. Namun, akibat dari hal ini
penelitian dapat dijadikan referensi untuk memberikan wawasan mengenai hal tersebut
respon molekuler tanaman pisang terhadap cekaman air.
KESIMPULAN
Pembuatan profil transkriptome pada pisang menunjukkan adanya perubahan
respirasi sel setelah menerapkan rendah, sedang dan tinggi
stres air. Berdasarkan analisis transkriptom, hal tersebut bisa saja terjadi
menyimpulkan bahwa planlet pisang merespons cekaman air dengan
menghasilkan energi dari glikolisis dan fermentasi
metabolisme. mRNA-seq juga divalidasi menggunakan qRT-PCR
sehingga analisis transkriptome dapat dikonfirmasi. Pekerjaan ini
berkontribusi pada pemahaman yang lebih baik tentang molekuler
mekanisme dan menyediakan alur kerja untuk mempelajari tanggapannya
stres air.
PERNYATAAN SIGNIFIKANSI
Beberapa gen yang berhubungan dengan respirasi sel sudah ada
terdeteksi di Musa spp. dan berperan dalam respon tanaman terhadap
stres air. Musa tajam planlet dibudidayakan
dengan induksi cekaman air menggunakan PEG6000 di tempat yang berbeda
tingkat stres. Kumpulan data transkriptome digunakan untuk mendapatkan
informasi tentang profil gen yang berhubungan dengan seluler
pernafasan. Jalur glikolisis/glukoneogenesis adalah
dipengaruhi oleh stres air di semua tingkat stres. Sebanyak 13 gen
diidentifikasi dalam jalur glikolisis/glukoneogenesis
yang dapat diklasifikasikan menjadi 6 protein keluarga. Hasil saat ini
berkontribusi pada pemahaman yang lebih baik tentang molekuler
mekanisme dan menyediakan alur kerja untuk mempelajari tanggapannya
stres air.
(2):
UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini didukung oleh beberapa pihak: Guru
Gelar ke Program Beasiswa Doktor untuk Keunggulan
Sarjana (PMDSU)-Direktorat Jenderal Tinggi
Pendidikan, Kementerian Pendidikan Nasional, Indonesia dan
Program Penelitian, Pengabdian kepada Masyarakat, dan Inovasi,
Fakultas Ilmu dan Teknologi Hayati, Institut Teknologi
Bandung, Bandung, Indonesia.
REFERENSI
1. Michaletti, A., MR Naghavi, M. Toorchi, L. Zolla dan
S. Rinalducci, 2018. Metabolomik dan proteomik mengungkap
respons stres kekeringan jaringan daun dari gandum musim semi.
Sains. Rep., Jil. 8.10.1038/s41598-018-24012-y.
2. Zorrilla-Fontanesi, Y., M. Rouard, A. Cenci, E. Kissel dan
H. Lakukan alat ., 2016. Transkriptomik akar diferensial pada a
tanaman non-model poliploid: Pentingnya respirasi
selama stres osmotik. Sains. Rep., Jil. 6.10.1038/srep22583.
3. Bidabadi, SS, M. Mahmood, B. Baninasab dan C. Ghobadi,
2012. Pengaruh asam salisilat terhadap morfologi dan
respon fisiologis ujung pucuk pisang Musa tajam CV.
(ÿBeranganÿ, AAA) terhadap secara in vitro stres air yang disebabkan oleh
polietilen glikol. Tanaman Omics J., 5:33-39.
4. Surendar, KK, DD Devi, I. Ravi, P. Jeyakumar dan
K. Velayudham, 2013. Cekaman air mempengaruhi relatif air tanaman
kandungan, protein larut, kandungan klorofil total dan hasil
dari Pisang Ratoon. Int. J.Hortic., 3: 96-103.
5. Surendar, KK, DD Devi, I. Ravi, S. Krishnakumar, dan SR Kumar
dan K. Velayudham, 2013. Stres air pada pisang-A review.
Banteng. Mengepung. Farmakol. Ilmu Kehidupan, 2: 1-18.
6. Muthusamy, M., S. Uma, S. Backiyarani, MS Saraswathi
dan A. Chandrasekar, 2016. Perubahan transkriptomik
kultivar pisang yang toleran kekeringan dan sensitif
terkena stres kekeringan. Depan. Ilmu Tanaman,
Jil. 7. 10.3389/fpls.2016.01609.
7. Backiyarani, S., S.Uma, MS Saraswathi, AS Saravanakumar
dan A. Chandrasekar, 2015. Analisis transkriptome buah pisang
secara in vitro ()Musa balbisiana
berdasarkan pengurutan generasi berikutnya
teknologi. orang Turki. J.Pertanian. Untuk., 39: 705-717.
8. Santos, AS, EP Amorim, CF Ferreira dan CP Pirovani, 2018.
Stres air masuk Musa spp.: Tinjauan sistematis. PLoS SATU,
Jil. 13. 10.1371/jurnal.pone.0208052.
9. Murashige, T. dan F. Skoog, 1962. Media yang direvisi untuk cepat
pertumbuhan dan uji bio dengan kultur jaringan tembakau.
Fisiol. Tanaman., 15: 473-497.
10. Diningrat, D.S., S.M. Widiyanto, A. Pancoro, Iriawati and
D.Shim alat ., 2015. Identifikasi Terminal Berbunga1
(TFL1) gen yang berasosiasi dengan bunga Tectona
jati (). grandis
regulasi pengembangan menggunakan RNA-seq. Res. J.Bot., 10:1-13.
57
Machine Translated by Google
Asia J.
11. van der Linde, K., N. Gutsche, HM Leffers, C. Lindermayr,
B. Müller, S. Holtgrefe dan R. Scheibe, 2011. Peraturan
fungsi aldolase sitosol tanaman dengan modifikasi redoks.
Fisiol Tumbuhan. Biokimia., 49: 946-957.
12. Lu, W., X. Tang, Y. Huo, R. Xu dan S. Qi Identifikasi alat
dan karakterisasi fruktosa
Gen 1,6-bifosfat aldolase terungkap Arabidopsis
keluarga gen dengan respons beragam terhadap tekanan abiotik.
Gen, 503: 65-74.
13. Fan, W., Z. Zhang dan Y. Zhang, 2009. Kloning dan molekuler
karakterisasi fruktosa-1,6-bifosfat aldolase
gen diatur oleh salinitas tinggi dan kekeringan di
Sesuvium portulacastrum . Rep Sel Tumbuhan, 28: 975-984.
14. Wang, S., H. Chen, X. Tang, H. Zhang, G. Hao, W. Chen
dan YQ Chen, 2020. Peran gliseraldehida-3-fosfat
dehidrogenase dalam pasokan NADPH dalam minyak
jamur berserabut. Depan.Alpen Mortierella
Mikrobiol.,
Penuh. 11. 10.3389/fmicb.2020.00818.
Lihat statistik publikasi
(2):50-58, 2023
Ilmu Tanaman, 15
15. Lee, DH, SJ Park, CS Ahn dan HS Pai, 2017. MRF keluarga
gen terlibat dalam kontrol penerjemahan, terutama di bawah
kondisi kekurangan energi, dan ekspresi mereka dan
fungsi dimodulasi oleh jalur pensinyalan TOR.
., 2012. Sel Tumbuhan, 29: 2895-2920.
16. Zhao, Z. dan SM Assmann, 2011. Enzim glikolitik,
fosfogliserat mutase, memiliki peran penting dalam stomata
pergerakan, pertumbuhan vegetatif, dan produksi serbuk sari
Arabidopsis thaliana . . . . J.Eks. Bot., 62: 5179–5189.
17. Li, C., Q. Nong, MK Solanki, Q. Liang dan J. Xie alat ., 2016.
Profil ekspresi diferensial dan jalur gen di
daun tebu pada tahap pemanjangan sebagai respons terhadap kekeringan
menekankan. Sains. Rep., Jil. 6.10.1038/srep25698.
18. Ventura, I., L. Brunello, S. Iacopino, MC Valeri dan
G.Novi alat ., 2020. Fenotip Arabidopsis mengungkap
pentingnya alkohol dehidrogenase dan piruvat
dekarboksilase untuk pertumbuhan tanaman aerobik. Sains. Reputasi.,
Jil. 10.10.1038/s41598-020-73704-x.
58