SITOGENETIKA
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa yang telah melimpahkan
rahmat, karunia, dan ijin-Nya sehingga penulis dapat menyusun laporan
Praktikum Sitogenetika ini. Laporan Praktikum Sitogenetika ini dibuat untuk
melengkapi tugas Mata Kuliah Sitogenetika.
Dalam penyusunan laporan ini, penulis tidak lepas dari bimbingan,
pengarahan dan bantuan dari berbagai pihak, maka pada kesempatan ini penulis
menyampaikan ucapan terima kasih kepada:
1. Dekan Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret;
2. Tim dosen Mata Kuliah Sitogenetika;
3. Co-Assisten yang telah membimbing dan mengarahkan praktikan;
4. Rekan-rekan dan semua pihak yang tidak dapat saya sebutkan satu per
satu.
Penulis menyadari seandainya dalam penulisan laporan ini masih ada
kekurangan, untuk itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang bersifat
membangun demi hasil yang lebih baik lagi. Penulis juga berharap semoga
laporan ini dapat bermanfaat dan memberi tambahan ilmu bagi pembaca. Amin.
Penyusun
iii
DAFTAR ISI
iv
2. Alat dan Bahan......................................................................................18
3. Cara Kerja..............................................................................................18
D. Hasil pengamatan dan Pembahasan......................................................20
1. Hasil Pengamatan..................................................................................20
2. Pembahasan...........................................................................................22
E. Kesimpulan dan Saran............................................................................21
1. Kesimpulan............................................................................................24
2. Saran......................................................................................................24
DAFTAR PUSTAKA
III. PEMBUATAN PREPARAT KROMOSOM TANAMAN......................26
A. Pendahuluan............................................................................................26
1. Latar Belakang.......................................................................................26
2. Tujuan Praktikum..................................................................................26
B. Tinjauan Pustaka.....................................................................................28
C. Metodologi Praktikum............................................................................30
1. Waktu dan tempat Praktikum................................................................30
2. Alat dan Bahan......................................................................................30
3. Cara Kerja..............................................................................................30
D. Hasil pengamatan dan Pembahasan......................................................31
1. Hasil Pengamatan..................................................................................31
2. Pembahasan...........................................................................................38
E. Kesimpulan dan Saran............................................................................42
1. Kesimpulan............................................................................................42
2. Saran......................................................................................................42
DAFTAR PUSTAKA
IV. IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI KROMOSOM TANAMAN41
A. Pendahuluan............................................................................................45
1. Latar Belakang.......................................................................................45
2. Tujuan Praktikum..................................................................................46
B. Tinjauan Pustaka.....................................................................................47
C. Metodologi Praktikum............................................................................50
v
1. Waktu dan tempat Praktikum................................................................50
2. Alat dan Bahan......................................................................................50
3. Cara Kerja..............................................................................................50
D. Hasil pengamatan dan Pembahasan......................................................51
1. Hasil Pengamatan..................................................................................51
2. Pembahasan...........................................................................................52
E. Kesimpulan dan Saran............................................................................54
1. Kesimpulan............................................................................................54
2. Saran......................................................................................................54
DAFTAR PUSTAKA
V. KARYOTIPING KROMOSOM TANAMAN..........................................56
A. Pendahuluan............................................................................................56
1. Latar Belakang.......................................................................................56
2. Tujuan Praktikum..................................................................................57
B. Tinjauan Pustaka.....................................................................................58
C. Metodologi Praktikum............................................................................61
1. Waktu dan tempat Praktikum................................................................61
2. Alat dan Bahan......................................................................................61
3. Cara Kerja..............................................................................................61
D. Hasil pengamatan dan Pembahasan......................................................62
1. Hasil Pengamatan..................................................................................62
2. Pembahasan...........................................................................................62
E. Kesimpulan dan Saran............................................................................65
1. Kesimpulan............................................................................................65
2. Saran......................................................................................................65
DAFTAR PUSTAKA
vi
DAFTAR TABEL
vii
DAFTAR GAMBAR
viii
I. MENGENAL MIKROSKOP
A. Pendahuluan
1. Latar Belakang
Salah satu alat laboratorium yang keberadaannya sangat penting
dalam menunjang terlaksananya Tri Darma Perguruan Tinggi adalah
mikroskop. Alat ini merupakan alat bantu untuk mengamati benda-benda
atau jasad renik yang berukuran sangat kecil (mikroskopis) yang tidak bisa
dilihat dengan mata biasa (manusia). Mikroskop adalah alat yang
berfungsi untuk melihat/mengamati benda-benda yang berukuran sangat
kecil yang tak dapat terlihat dengan mata telanjang. Mikroskop berasal
dari bahasa latin, yaitu "micro" yang berarti kecil dan kata "scopein" yang
berarti melihat, jadi mikroskop adalah alat untuk melihat benda-benda
kecil atau objek mikroskopis.
Satuan ukuran untuk benda yang diamati dengan mikroskop adalah
mikrometer (μm) atau mikron yang setara dengan 0,001 centimeter.
Dengan menggunakan mikroskop, obyek dengan ukuran kecil akan dapat
dilihat karena mikroskop mampu memperbesar ukuran benda yang dilihat.
Ukuran perbesarannya mulai dari 40 kali, 100 kali, 400 kali, 1000 kali
bahkan lebih. Jika mengunakan ukuran 1000 kali perlu menggunakan
minyak imersi karena lensa obyektif menempel pada preparat. Minyak ini
melapisi lensa tidak langsung kontak dengan obyek. Meski mikroskop
dapat digunakan untuk melihat obyek yang berukuran kecil, namun obyek
yang akan dilihat harus disiapkan dengan baik yaitu sel harus menyebar
tidak saling menumpuk.
Berdasarkan sumber cahayanya, mikroskop dibagi menjadi dua,
yaitu, mikroskop cahaya dan mikroskop elektron. Berdasarkan jumlah
lensa okuler yang digunakan, mikroskop dibedakan menjadi beberapa
jenis, yakni: Mikroskop monokuler, Mikroskop binokuler, dan Mikroskop
trinokuler.
1
2
2. Tujuan Praktikum
Tujuan praktikum ini adalah mengenal bagian-bagian mikroskop dan
fungsinya.
3
B. Tinjauan Pustaka
Ketika mikroskop pertama kali diperkenalkan kepada para ilmuwan
pada abad ke -17, sebuah revolusi dimulai. Tiba-tiba, sebuah dunia baru, yang
tidak terlihat dengan mata telanjang, terbuka bagi para penjelajah yang
penasaran. Sejak Grew melakukan pengamatannya, mikroskop telah
mengalami banyak variasi, berkembang dari mikroskop majemuk awal
tabung logam berongga dengan lensa di setiap ujungnya hingga mikroskop
resolusi super yang modern, canggih, dan unik yang tersedia bagi para
peneliti saat ini. Kemajuan ini dimulai dengan kesadaran Grew yang
sederhana dan pada saat itu mengejutkan bahwa sel tumbuhan sama rumitnya
dengan sel hewan, dan bahwa berbagai bagian tubuh tumbuhan memang
memenuhi syarat untuk disebut “organ”, kemudian berlanjut ke
perkembangan sel-sel hewan (Somssich 2022).
Tidak diketahui secara persis siapa sebenarnya penemu Mikroskop
pemindai elektron (Scanning Electron Microscope-SEM) ini. Publikasi
pertama kali yang mendiskripsikan teori SEM dilakukan oleh fisikawan
Jerman Dr. Max Knoll pada 1935, meskipun fisikawan Jerman lainnya Dr.
Manfred von Ardenne mengklaim dirinya telah melakukan penelitian suatu
fenomena yang kemudian disebut SEM hingga tahun 1937. Tahun 1942 tiga
orang ilmuwan Amerika yaitu Dr. Vladimir Kosma Zworykin, Dr. James
Hillier, dan Dr. Snijder, benar-benar membangun sebuah mikroskop
elektron metode pemindaian (SEM) dengan resolusi hingga 50 nm atau
magnifikasi 8.000 kali. Sebagai perbandingan SEM modern sekarang ini
mempunyai resolusi hingga 1 nm atau pembesaran 400.000 kali. Mikroskop
elektron cara ini memfokuskan sinar elektron (electron beam) dipermukaan
objek dan mengambil gambarnya dengan mendeteksi elektron yang muncul
dari permukaan objek (Heuser 2016).
Mikroskop adalah suatu benda yang berguna untuk memberikan
bayangan yang diperbesar dari benda-benda yang terlalu kecil untuk dilihat
dengan mata telanjang. Antony Van Leuwenhoek orang yang pertama kali
menggunakan mikroskop walaupun dalam bentuk sederhana. Tahun 1600
4
Hans dan Z Jansen telah menemukan mikroskop yang lebih maju dengan
nama mikroskop ganda. Seiring perkembangan dan kemajuan teknologi yang
sangat cepat, perkembangan mikroskop saat ini telah semakin canggih. Di
mana saat ini keberadaan mikroskop telah terintegrasi dalam satu paket unit,
berupa mikroskop digital (digital microscope) yang terdiri dari mikroskop
biasa dengan kamera digital yang dibangun ke dalamnya. Gambar yang
terlihat melalui Mikroskop Digital langsung diproyeksikan ke monitor
komputer dan disimpan pada file komputer. Mikroskop terdiri dari beberapa
bagian yang memiliki fungsi tersendiri (Merlina 2021).
Abad 20 yaitu zaman modern di mana teknologi berkembang pesat.
Abad 20 ini menghasilkan mikroskop yang dapat dihubungkan dengan
gadget, sehingga hasil preparat dapat dilihat di gadget secara online.
Terkhusus pada mikroskop jenis trinokuler yang dapat dilihat menggunakan
dua lensa okuler dan lensa satunya dapat dihubungkan dengan gadget
(Sugianto et al. 2020).
Fungsi utama mikroskop adalah untuk melihat dan juga untuk
mengamati objek dengan ukuran sangat kecil yang tidak bisa dilihat dengan
mata normal. Fungsi lainnya dari mikroskop tetap akan selaras pada fungsi
utamanya, bedanya beberapa dari jenis mikroskop dibuat untuk fungsi yang
lebih detail lagi. Contohnya ada jenis mikroskop yang dibuat hanya untuk
mengamati satu jenis objek mikroskopis saja. Fungsi mikroskop tetap untuk
mengamati objek dengan ukuran sangat kecil (mikroskopis) yang tidak
mampu dilihat dengan mata telanjang (Irhami, 2019).
Mikroskop cahaya meneruskan cahaya yang tampak kemudian
diteruskan ke lensa kaca. Lensa ini membengkokkan cahaya dengan citra
spesimen yang diperbesar ketika diproyeksikan ke mata. Mikroskop cahaya
mempunyai perbesaran maksimum 1000 kali. Mikroskop elektron berfungsi
memfokuskan seberkas elektron melalui spesimen atau pada permukaannya.
Resolusi berbanding terbalik dengan panjang gelombang radiasi yang
digunakan mikroskop untuk bercitra, dan berkas elektron memiliki panjang
gelombang yang jauh lebih pendek daripada cahaya. Mikroskop elektron
5
C. Metodologi Praktikum
1. Waktu dan Tempat
Praktikum Sitogenetika mengenai mengenal mikroskop dilaksanakan
di Ruang Sidang Pemuliaan Tanaman Gedung C Lantai 2 FP UNS pada
tanggal 26 Oktober 2023 pukul 11 WIB.
2. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum Sitogenetika
mengenal mikroskop adalah sebagai berikut:
a. Mikroskop Monokuler
b. Mikroskop Binokuler
c. Mikroskop Trinoluker
3. Cara Kerja
1. Mengamati bagian-bagian mikroskop.
2. Menggambarkan mikroskop (monokuler, binokuler dan trinokuler).
3. Menyebutkan dan menjelaskan fungsi bagian bagian mikroskop.
7
No Bagian-bagian Fungsi
Mikroskop
10 Lengan Mikrospkop berfungsi sebagai pegangan ketika
mikroskop akan dipindahkan atau dibawa
9
A. Pendahuluan
1. Latar Belakang
Secara umum, mata manusia tidak didesain untuk dapat melihat
benda dengan berbagai ukuran. Manusia tidak bisa melihat benda
berukuran kecil atau mikro seperti bakteri, virus, dan struktur jaringan
daun dengan kasat mata. Diperlukan alat bantu khusus untuk melihat
benda berukuran mikro yang disebut dengan mikroskop. Mikroskop
adalah alat yang digunakan untuk melihat objek mikroskopis yang tidak
dapat dilihat oleh mata.
Praktikum kali ini adalah penggunaan preparat kering jaringan
tumbuhan sebagai objek untuk diamati menggunakan mikroskop. Tujuan
dari pengamatan preparat kering adalah agar mengetahui struktur-struktur
jaringan preparat tersebut. Preparat kering adalah sayatan dari jaringan
mikroskopis yang telah diawetkan (menggunakan formalin). Praktikum
kali ini menggunakan preparat kering daun karet merah (Fiscus elastica).
Pengamatan preparat sangat diperlukan alat bantu mikroskop karena
pada praktikum ini mengamati preparat jaringan. Pengamatan preparat
kering dengan mikroskop dilakukan dengan beberapa langkah-langkah
seperti mengatur lensa dan meja preparat. Langkah-langkah dalam
menggunakan mikroskop harus diperhatikan dan dilakukan dengan tepat
agar tidak terjadi kerusakan pada mikroskop.
2. Tujuan Praktikum
Tujuan praktikum ini adalah mendapatkan gambar mikroskopik
dengan menggunakan preparat jadi/preparat kering.
15
16
B. Tinjauan Pustaka
Preparat adalah gelas objek yang berisi sampel hewan, tumbuhan atau
benda hidup lainnya yang dapat diamati menggunakan mikroskop. Pembuatan
preparat mikroskopis dapat disesuaikan dengan sifat preparat masing-masing
jaringan. Sifat preparat mikroskopis ada tiga yaitu sementara, semi permanen,
dan permanen. Preparat sementara hanya untuk keperluan sementara dan
tidak untuk disimpan dalam jangka waktu lama. Preparat semi permanen
adalah sediaan yang dapat disimpan dalam jangka waktu beberapa bulan
sedangkan preparat permanen dapat disimpan dalam jangka waktu lebih lama
(bertahun-tahun). Preparat semi permanen dan permanen adalah preparat
awetan atau preparat yang sudah diawetkan melalui beberapa metode (Robika
et al. 2023).
Keuntungan penggunaan media berupa specimen atau preparat awetan
antara lain adalah sebagai berikut: efektif mengenalkan gejala struktural
objek, mudah dilakukan penyimpanan, tidak merusak sumberdaya alam,
mudah dibawa atau dipindahkan dan memudahkan pengenalan objek,
terutama untuk objek yang sulit ditemukan, karena terbatas atau tidak setiap
saat tersedia. Definisi preparat kering yaitu preparat basah yang diawetkan
dengan cara fiksasi dan disimpan dalam wadah dengan diberi komponen satu
macam zat seperti formalin (Setiati et al. 2021).
Formalin digunakan untuk fiksasi hasil sayatan pada jaringan
organisme. Jaringan yang telah difiksasi dengan formalin buffer fosfat 10%
selama kurang lebih 5 tahun, menunjukkan bahwa jaringan dapat tetap dapat
digunakan untuk pengamatan setelah jangka waktu yang relatif
lama. Penggunaan formalin dapat meningkatkan fleksibilitas preparat,
sehingga metode ini dapat diterapkan (Shigano et al. 2016).
Formalin memiliki unsur aldehid yang mudah bereaksi dengan protein,
ketika diberikan ke jaringan formalin akan mengikat unsur protein mulai dari
bagian permukaan jaringan sampai ke bagian dalamnya. Matinya protein
setelah terikat unsur kimia dari formalin akan membuat jaringan tidak akan
diserang bakteri pembusuk yang menghasilkan senyawa asam, sehingga
17
preparat akan menjadi lebih awet. Formalin tersebut mengikat dengan protein
serta senyawa lain dan sisanya tetap dalam bentuk formalin bebas yang
kemudian akan diserap ke dalam jaringan (daging). Jaringan akan terlindungi
dari udara luar sehingga penguapan terjadi sangat lambat (Dewi 2019).
Sel epidermis adalah jaringan yang terdapat di atas dan bawah jaringan
daun, berfungsi melindungi bagian-bagian di bawahnya dan di atasnya.
Jaringan pengangkut adalah xilem yang berfungsi mengalirkan air dan
mineral dan floem yang berfungsi menyalurkan hasil fotosintesis ke seluruh
bagian tumbuhan. Jaringan palisade dan spons sama-sama berfungsi sebagai
tempat berlangsungnya fotosintesis, tetapi penelitian menunjukkan bahwa
jaringan palisade lebih banyak memiliki kloroplas sehingga lebih sering
terjadi fotosintesis di jaringan palisade dengan cahaya langsung. Jaringan
spons juga berfungsi sebagai tempat penyimpanan sementara hasil
fotosintesis (Xiao et al. 2016).
Pada daun karet merah terdapat sistolit. Sistolit atau kristal kalium
oksalat berada di Sel litokis yaitu senyawa metabolit sekunder. Kristal ini
terbentuk akibat adanya aktivitas metabolisme dalam tumbuhan. Sistolit
memiliki fungsi seperti metabolit sekunder pada umumnya, yaitu
mempertahankan bentuk dan tekstur daun. Secara otomatis, sistolit dapat
melindungi bagian-bagian daun lainnya (Febriyani et al. 2022).
18
C. Metodologi Praktikum
1. Waktu dan Tempat
Praktikum Sitogenetika mengenai mengenal mikroskop dilaksanakan
di Ruang Sidang Pemuliaan Tanaman Gedung C Lantai 2 FP UNS pada
tanggal 26 Oktober 2023 pukul 11 WIB.
2. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan untuk acara 2 tentang pengamatan
preparat kering adalah sebagai berikut.
a. Mikroskop
b. Preparat kering
3. Cara Kerja
a. Mengatur meja preparat dalam permukaan yang darat agar
memudahkan pengamatan.
b. Mengatur perbesaran lensa objektif pada fase yang lebih rendah
menggunakan revolver (10X).
c. Menyalakan lampu dan atur sedemikian rupa agar jumlah sinar yang
diperlukan dapatcterpenuhi untuk melakukan pengamatan preparat.
d. Membuka diafragma dengan menggunakan tuas dan sesuaikan
lubangnya agar sinar yang diterima mata dapat optimal, tidak terlalu
redup maupun terang.
e. Memastikan lensa objektif berada cukup jauh dari meja preparat
dengan cara mengatur makrometer searah jarum jam.
f. Meletakkan preparat jadi/kering yang telah disiapkan pada meja
preparat, tepat di bawah lensa objektif. Menggunakan penjepit agar
preparat tidak bergeser.
g. Menaikkan meja preparat mendekati lensa objektif hingga berjarak
sekitar 0.5 cm dengan menggunakan makrometer.
h. Melihat bayangan benda melalui lensa okuler sambil menaikturunkan
meja preparat menggunakan mikrometer agar mendapatkan bayangan
objek yang jelas.
19
Tabe
T
21
Tabel 2.1 Bagian Sel Daun Karet Merah (Ficus elastica) dan Fungsinya
No Bagian Sel Daun Karet
Fungsi
. Merah
Memberikan perlindungan fisik
terhadap hilangnya kadar air dan
1. Epidermis atas
kerusakan mekanis pada jaringan
di bawahnya
sebagai tempat di mana
fotosintesis berlangsung karena
klorofil banyak terkandung di
2. Palisade atas
jaringan ini sehingga dapat
menyerap cahaya matahari untuk
energi
Jaringan xilem berfungsi untuk
mengangkut air dan garam
3. Jaringan pengangkut mineral, sedangkan jaringan
floem berfungsi untuk
mengangkut hasil fotosintesis
untuk melindungi jaringan daun
4. Epidermis bawah
di atasnya
Tempat berlangsungnya proses
5. Palisade bawah
fotosintesis
sebagai tempat penyimpanan
sementara hasil fotosintesis yang
6. Jaringan spons
berupa oksigen dan tempat
terjadinya fotosintesis
untuk pelindungan dan
7. Sistolit
mempertahankan bentuk daun
Sumber : Laporan Sementara
22
2. Pembahasan
Langkah pertama yang dilakukan untuk mengamati preparat di
mikroskop adalah mengatur meja preparat dalam permukaan yang darat
agar memudahkan pengamatan. Mengatur perbesaran lensa objektif pada
fase yang lebih rendah menggunakan revolver (10X). Menurut Subali et al.
(2019), untuk dapat melihat objek preparat dengan jelas, harus menggeser
lensa okuler dengan memutar makrometer untuk secara kasar dan
mikrometer secara halus. Menyalakan lampu dan atur sedemikian rupa
agar jumlah sinar yang diperlukan dapat terpenuhi untuk melakukan
pengamatan preparat. Membuka diafragma dengan menggunakan tuas dan
sesuaikan lubangnya agar sinar yang diterima mata dapat optimal, tidak
terlalu redup maupun terang. Memastikan lensa objektif berada cukup jauh
dari meja preparat dengan cara mengatur makrometer searah jarum jam.
Menurut Thorn (2016), lensa objektif merupakan bagian terpenting yang
digunakan untuk melihat preparat melalui perbesaran yang diinginkan
dengan memutar revolver.
Preparat jadi/kering diletakkan di bawah lensa objektif dan dijepit
dengan penjepit agar preparat tidak bergeser. Menaikkan meja preparat
mendekati lensa objektif hingga berjarak sekitar 0.5 cm dengan
menggunakan makrometer. Melihat bayangan benda melalui lensa okuler
sambil mengatur meja preparat menggunakan mikrometer agar
mendapatkan bayangan objek yang jelas. Melihat objek preparat dari arah
samping sambil menyesuaikan lensa objektif dengan perbesaran yang lebih
tinggi pada kedudukannya. Memfokuskan preparat dengan cara memutar
mikrometer ke arah berlawanan jarum jam dengan perlahan. Jika hasil
pengamatan belum terlihat jelas maka mengatur pencahayaan. Memutar
revolver pada perbesaran yang lebih besar (40X) untuk pengamatan yang
lebih besar sehingga lebih jelas. Menurut Mertha et al. (2019), pengamatan
pada preparat diamati dengan perbesaran kecil hingga perbesaran besar
untuk mempermudah saat pengamatan preparat. Memutar revolver pada
lensa objektif ke keadaan semula yaitu perbesaran paling kecil setelah
23
A. Pendahuluan
1. Latar Belakang
Kromosom merupakan objek kajian yang penting dalam
sitogenetika. Kromosom adalah suatu badan dalam sel hidup yang
mengandung materi genetik. Secara kimia, kromosom terdiri atas DNA,
protein histon, dan protein non histon. DNA adalah bahan yang
mengandung informasi genetik. Sebagian besar DNA suatu organisme
berada pada suatu badan yang disebut kromosom.
Pembuatan preparat (sediaan) kromosom merupakan tahap kegiatan
penting dalam pengamatan (penelitian) kromosom suatu jenis tanaman.
Pengamatan kromosom dilakukan dengan pembuatan preparat mikroskopis
dan pengamatan kromosom dengan mikroskop. Pengamatan kromosom
biasanya dilakukan pada metafase mitosis, karena pada fase tersebut
kromosom telah mengalami kontraksi maksimum menjadi lebih pendek
dan tebal sehingga mudah diamati. Pada pewarnaan sederhana, kromosom
tampak sebagai struktur yang homogen, sehingga hanya dapat diketahui
jumlah, bentuk dan ukuran kromosom.
Pembuatan preparat kromosom dapat dilakukan dengan metode
Squash (pencet) dengan tahapan kegiatan yaitu yang pertama pengambilan
bahan tanam berupa jaringan meristematik, kedua pra-perlakuan, ketiga
fiksasi, keempat Maserasi, kelima Pengecatan, dan dan Squash
(Pemencetan). Setiap jenis tanaman diperlukan optimasi, yaitu penentuan
bahan dan cara pelaksanaan yang optimal pada setiap tahapan kegiatan
pembuatan preparat, agar diperoleh preparat yang baik.
2. Tujuan
Tujuan praktikum Sitogenetika Acara 3, yaitu Pembuatan Preparat
Kromosom Tanaman adalah sebagai berikut:
a. Mempelajari teknik/metode pembuatan preparat mikroskopis untuk
pengamatan kromosom tanaman.
26
27
B. Tinjauan Pustaka
Bawang merah adalah tanaman yang banyak dimanfaatkan dan
dibudidayakan. Tanaman ini sering digunakan pada pengamatan mitosis
karena memiliki pertumbuhan yang cepat, mudah didapat, dan harganya
terjangkau. Pengamatan mitosis yang menggunakan akar bawang merah akan
memudahkan pengamatan karena memiliki jumlah kromosom yang sedikit
dan berukuran besar (Abdullah et al. 2019).
Bawang merah merupakan spesies diploid (2 n = 2 x = 16) dengan
ukuran genom kira-kira. 16.400 Mb/1C. Data tersebut menunjukkan bahwa
bawang merah adalah tanaman diploid terbesar yang dibudidayakanF. Ukuran
genom yang besar sering dikaitkan dengan akumulasi kromosom yang
berulang. Hal tersebut memudahkan pengamatan kromosom pada preparat.
Bawang merah sering digunakan sebagai preparat mitosis dalam pengamatan
kromosom (Finkers et al. 2021).
Pembuatan sediaan atau preparat kromosom untuk pengamatan proses
mitosis dan morfologi kromosom umumnya dilakukan menggunakan teknik
yang sangat sederhana, yaitu metode squash. Untuk menghasikan Adanya
preparat squash ujung akar bawang (Allium cepa) tanpa perlakuan zat
antimitosis, dapat dengan mudah menemukan fase-fase mitosis yang
mencakup profase, metafase, anafase dan telofase dibawah mikroskop
(Mertha et al. 2019). Metode squash adalah suatu metode untuk memperoleh
kaca objek dengan cara meremas suatu potongan jaringan atau suatu
organisme secara keseluruhan sehingga kaca objek tipis dapat diamati di
bawah mikroskop. Kriteria preparat yang baik yang dimaksud dalam metode
pembelahan sel squash adalah memperlihatkan sel-sel yang merupakan sel
yang saling tersebar, tidak terakumulasi dan membentuk satu lapisan sel, serta
fase pembelahan sel dan kromosom tampak berwarna (Susilawati 2020).
Metode squash adalah metode yang digunakan untuk mendapatkan
suatu sediaan dengan cara memencet suatu potongan jaringan sehingga
kromosom dapat menyebar dan dapat diamati di bawah mikroskop. Tahapan
dalam metode squash yaitu pemilihan sampel, perendaman bahan dengan
29
C. Metode Praktikum
1. Waktu dan Tempat
Praktikum Sitogenetika Acara 3 yaitu Pembuatan Preparat
Kromosom Tanaman dilaksanakan pada hari Kamis, 16 November 2023
pukul 11.00 – 12.00 WIB. Praktikum dilaksanakan di Ruang Sidang Akhir
Pemuliaan Tanaman Gedung D Lantai 2 Fakultas Pertanian Universitas
Sebelas Maret Surakarta
2. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan untuk pembuatan preparat
kromosom tanaman adalah sebagai berikut.
a. Jaringan meristimatis bawang merah (Allium cepa L.)
b. Object glass dan deglass
c. Mikroskop Binokuler
d. Pinset
e. Gunting
f. Jarum pentul
g. Pensil berpenghapus
h. Larutan aceto-orcein
i. Bahan lain: asam acetat 45%, HCl 1N, aquades, gliserin
3. Cara Kerja
Metode Pemencetan (squashing) dan pengecatan aceto-orcein
a. Mengambil cuplikan bahan tanam berupa ujung akar/daun
b. Melakukan Pra-perlakuan untuk memperoleh penyebaran kromosom
dengan air es (cold water), yakni bahan direndam selama 24 jam.
c. Fiksasi untuk mematikan sel dengan larutan asam asetat 45 %
d. Hidrolisis menggunakan larutan HCl 1N (5-10 menit suhu kamar)
e. Pewarnaan kromosom dengan larutan aceto-orcein 2%
f. Pemencetan (squashing) cuplikan bahan tanam pada obyek glas.
g. Mengamati kromosom menggunakan mikroskop (digambar/difoto).
h. Evaluasi kualitas preparat berdasar foto kromosom.
31
Tabel 3.1 Hasil Pengamatan Preparat Kromosom Bawang Merah (Allium cepa L.)
Evaluasi Kualitas Preparat
Metod Pra Kejelasan Kejelasan
Fiksasi Hasil Foto Preparat Kromosom Kejernihan Penyebaran
e Perlakuan Gambar Warna
Sitoplasma Kromosom
Kromosom Kromosom
Kromosom Kromosom
Asam
Asetat Kurang Tidak
2 Air Es Agak jelas Agak jelas
45% (1 Jernih tersebar
jam)
Gambar 3.4 Kromosom Air Es
A.Asetat (1 Jam)
Asam
Asetat Agak
3 Tanpa Agak Jernih Agak Jelas Agak Jelas
45% (3 tersebar
jam)
Gambar 3.5 Kromosom Tanpa
A.Asetat (3 Jam)
Asam
Asetat Tidak
4 Air Es Tidak Jernih Tidak jelas Tidak jelas
45% (3 tersebar
jam)
Tabel 3.2 Fase-fase Mitosis Kromosom Bawang Merah (Allium cepa L.)
Foto Interfase Foto Profase Foto Metafase Foto Anafase Foto Telofase
Gambar 3.1 Interfase Gambar 3.2 Profase Gambar 3.3 Metafase Gambar 3.4 Anafase Gambar 3. 5 Telofase
38
2. Pembahasan
Langkah-langkah pembuatan preparat kromosom adalah dapat
dimulai dengan penentuan bahan tanam, dapat berupa ujung daun atau
ujung akar. Sampel bahan tanam dimasukkan ke dalam aquades
sebanyak 3 kali. Untuk pra perlakuan sampel dilakukan penyimpanan
di kulkas selama 24 jam. Sayatan dimasukkan ke asam asetat selama
45% selama 20 menit setelah dilakukan pra perlakuan, maupun yang
tidak dilakukan pra perlakuan. Menurut Dafrita dan Sari (2020),
fiksasi dilakukan dengan larutan asam asetat glasial 45% kurang lebih
20 menit setelah itu, potongan ujung akar tersebut dicuci dengan
akuades sebanyak 3 kali pengulangan. Preparat yang sudah dicuci
dengan akuades sebanyak 3 pengulangan, dimasukkan ke HCl 1N
selama 5 menit. Menurut Aziz (2019), proses maserasi dilakukan
dengan menggunakan larutan HCl 1N selama 15 menit, maserasi
bertujuan untuk melisiskan lamela tengah.
Preparat yang sudah dicuci dengan akuades sebanyak 3
pengulangan, preparat dimasukkan ke aceto orcein 2% selama 1 menit
untuk pewarnaan. Preparat yang sudah dilakukan pewarnaan
diletakkan di kaca preparadan ditetesi dengan larutan gliserin. Tahap
selanjutnya preparat ditutup dengan de glass dan dilakukan
pemencetan (squashing). Menurut Yuniastuti et al. (2023), metode
squash pada preparat dapat dilakukan dengan menggunakan ujung
kuas atau karet penghapus di atas preparat yang sudah ditutup de
glass.
Tujuan dilakukannya fiksasi adalah untuk membuat struktur
unsur-unsur jaringan menjadi stabil, tidak mengalami perubahan
(post-mortem) pasca kematian. Apabila individu mati maka ada
dua hal yang bisa merusak struktur jaringan yaitu pengaruh enzim
proteolitik dan pengaruh bakteri pembusuk. Menurut Rusmiatik
(2019) dengan fiksasi, jaringan lebih tahan terhadap perlakuan dan
dapat menaikkan indeks bias jaringan. Hidrolisis adalah kegiatan
39
merendam preparat pada larutan asam atau garam atau basa untuk
memisahkan molekul air. Menurut Sari dan Harlita (2020) hidrolisis
adalah suatu usaha untuk melunakkan elemen-elemen sel atau
A. Pendahuluan
1. Latar Belakang
Kromosom (badan dalam sel hidup yang mengandung materi
genetik) terdiri atas beberapa bagian, yakni: sentromer (lekukan primer),
lekukan sekunder dan satelit, nukleolus, telomer, daerah heterokromatin
dan eukromatin. Sifat-sifat yang sering digunakan dalam identifikasi dan
klasifikasi kromosom adalah ukuran kromosom, letak sentromer, dan pola
pita kromosom dengan teknik pemetaan.
Letak sentromer merupakan salah satu sifat morfologi kromosom
yang penting. Kromosom terbagi oleh sentromer atas dua lengan, yakni
lengan pendek (disingkat p) dan lengan panjang (disingkat q). Berdasarkan
letak sentromer, dibedakan atas beberapa bentuk kromosom, yaitu
metasentris, sub-metasentris, akrosentris dan telosentris. Metasentris
adalah sentromer terletak di tengah-tengah kromosom, sub-metasentris
adalah sentromer terletak lebih dekat ke salah ke salah satu ujung
kromosom, akrosentris adalah sentromer terletak di dekat ujung
kromosom, dan telosentris adalah sentromer terletak di ujung kromosom.
Jumlah, bentuk, ukuran kromosom dan posisi sentromer pada
kromosom tumbuhan bersifat khas, sehingga memudahkan proses
karakterisasi kromosom pada spesies. Karakterisasi kromosom tersebut
ditampilkan dalam bentuk karyotype atau karyogram sebagai susunan
lengkap pasangan homolog yang disusun dalam seri kromosom dari yang
terbesar hingga terkecil. Pasangan kromosom yang digambar tunggal
disebut ideogram. Parameter yang diamati dalam penyusunan karyotype
antara lain: panjang kromosom, jumlah kromosom, posisi sentromer,
ukuran dan posisi satelit, ukuran dan posisi lekukan sekunder, derajat dan
distribusi heterokromatin, perbandingan pasangan kromosom terpanjang
dan terpendek, serta perbandingan lengan panjang dan pendek.
45
46
2. Tujuan
Tujuan dari praktikum Sitogenetika acara 4 mengenai Identifikasi
dan karakterisasi kromosom adalah sebagai berikut.
a. Mempelajari teknik identifikasi/karaktersisasi kromosom tanaman.
b. Melakukan identifikasi sifat-sifat kromosom suatu jenis tanaman
(jumlah, ukuran, dan bentuk kromosom).
47
B. Tinjauan Pustaka
Buah salak ( Salacca zalacca) adalah pohon palem tropis unik yang
menghasilkan buah, yang secara botani dikenal sebagai buah berbiji, dengan
kulit kasar dan bersisik menyerupai sisik ular. Pohon salak merupakan
tanaman berbunga kecil (1–5 m) dengan daun majemuk, bertangkai, berduri,
anak daun tidak bertangkai, bentuk lanset, ujung runcing, tepi dan pangkal
rata, permukaan bawah berlapis lilin, selalu hijau dan berasal dari Asia
Tenggara. Bunga salak adalah bunga jantan yang memiliki tongkol dan
bunga betina pada pohon yang berbeda. Penyerbukan alami pohon salak
adalah xenogami yang difasilitasi oleh angin, hujan atau serangga sedangkan
penyerbukan buatan manusia dilakukan dengan pemeriksaan manual oleh
petani untuk meningkatkan produksi buah, karena bunga betina mulai layu di
dalamnya 2–3 hari setelah pembukaan jika tidak diserbuki (Mazumdar et al.
2019).
Kromosom memiliki tiga elemen struktur utama yang diperlukan
untuk replikasi dan pemeliharaan: sentromer, telomer dan unit replikasi.
Sentomer merupakan daerah lekukan primer di bagian tengah kromosom
yang bersifat khusus dan tetap, berfungsi sebagai titik terlekatnya spindel
mikrotubul yang bertanggung jawab dalam pergerakan kromosom saat
pembelahan sel. Sentromer juga digunakan sebagai tempat melekatnya sister
kromatid. Peranan sentromer merupakan komponen kunci dalam proses
segregasi kromosom. Proses pembelahan sel, DNA repetitif pada sentromer
berperan memisahkan kohesi antar sister kromatid dan mengatur kromatin
pada nukleus saat interfase. Telomer memiliki peranan penting dalam
melindungi ujung pada kedua lengan kromosom, yang ditandai dengan
adanya urutan nukleotida yang khas. Pada telomer juga ditemukan DNA
repetitif. DNA repetitif pada telomer mengikat protein yang melindungi
ujung kromosom dari degradasi serta mencegah gen hilang pada saat DNA
memendek setelah satu putaran replikasi (Aziz 2019).
Kromosom dilipat menjadi wilayah lokus yang sangat berinteraksi,
yang disebut domain asosiasi topologi (TAD), yang diyakini menentukan
48
C. Metode Praktikum
1. Waktu dan Tempat
Praktikum Sitogenetika mengenai mengenal mikroskop dilaksanakan
di Ruang Sidang Pemuliaan Tanaman Gedung C Lantai 2 FP UNS pada
tanggal 2 November 2023 pukul 11 WIB.
2. Alat dan Bahan
a. Preparat mikroskopis kromosom tanaman
b. Mikroskop cahaya
c. Camera
d. Komputer dan Software pengolah data digital foto.
3. Cara Kerja
a. Menggambar kromosom salak yang sudah diberikan menggunakan
Corel Draw.
b. Pengamatan panjang kromosom, yakni panjang lengan pendek (p),
panjang lengan panjang (q), dan panjang total (p+q), dilakukan dengan
memaparkan gambar kromosom pada millimeter block kemudian
diukur berdasar mikrografi obyek mikrometer.
c. Bentuk masing-masing kromosom ditentukan berdasarkan nisbah
panjang lengan kromosom (q/p)
d. Mengurutkan kromosom berdasarkan ukuran yang sudah diidentifikasi.
51
20 2 2 1,00 Metasentrik
22 2 2 1,00 Metasentrik
27 2 2 1,00 Metasentrik
28 2 2 1,00 Metasentrik
Submetasentr
14 2 1 2,00 ik
Submetasentr
15 2 1 2,00 ik
Sumber : Laporan Sementara
2. Pembahasan
Jumlah kromosom salak yang sudah diidentifikasi berjumlah 14
pasang atau 28 kromosom. Menurut Febriadi et al. (2023), kromosom
memiliki fungsi utama dalam bertanggung jawab pada pemisahan DNA
dalam jumlah yang sama dan berpasangan, membawa sifat dari kedua
orangtua pada setiap pembelahan sel. Jumlah kromosom salak yang
diidentifikasi sesuai dengan jumlah kromosom salak pada umumnya yaitu
14 pasang. Jumlah kromosom menentukan ciri-ciri suatu spesies.
53
A. Pendahuluan
1. Latar Belakang
Kromosom adalah bentuk nukleoprotein, yang membawa materi
informasi genetik yaitu DNA yang berfungsi sebagai unit penurunan sifat
dan juga membawa informasi untuk mengatur aktivitas sel. Kromosom
pada tumbuhan memiliki jumlah yang banyak jika dilihat menggunakan
mikroskop. Kromosom manusia dengan kromosom tumbuhan sangat
berbeda, dimana kromosom tumbuhan terdapat berbagai macam jenis
sesuai dengan spesies tumbuhan yang ada, perbedaan dapat terlihat antara
tumbuhan itu sendiri dimana setiap spesies tumbuhan berbeda dengan
tumbuhan lainnya, bahkan dapat berbeda antar tipe kultivar dan tumbuhan
liar. Kromosom memiliki fungsi utama yaitu dalam pemisahan DNA
dalam jumlah yang sama dan kromosom juga menentukan bahwa
keturunan yang dihasilkan memiliki sifat dari tetua pada setiap
pembelahan sel
Kromosom dapat digunakan sebagai penanda genetik (penciri
makhluk hidup) karena kromosom bersifat kekal dan diwariskan dari satu
generasi ke generasi berikutnya. Susunan kromosom setiap spesies bersifat
spesifik, baik dalam hal jumlah maupun struktur. Susunan kromosom
lengkap suatu individu/spesies yang menunjukkan jumlah, ukuran, bentuk,
dan sifat-sifat morfologi kromosom disebut kariotipe. Kromosom-
kromosom tersebut apabila disusun secara berderet mulai dari ukuran
terpanjang sampai yang terpendek disebut karyogram. Karyogram
disajikan dalam bentuk diagram yang disebut idiogram.
Penyusunan kromosom dilakukan dengan menggunakan aplikasi
desain grafis seperti CorelDraw, photoshop, atau aplikasi grafis yang lain.
Penyusunan karyotype dengan bantuan sistem komputer telah banyak
diterima oleh laboratorium sitogenetika. Sistem ini sangat akurat, efisien
56
57
B. Tinjauan Pustaka
Letak sentromer merupakan salah satu sifat morfologi kromosom
yang penting dalam identifikasi kromosom. Langkah-langkah utama untuk
mengidentifikasi sentromer adalah sebagai berikut poros tengah dari satu
kromosom diekstraksi, kemudian sentromer diidentifikasi sesuai dengan
parameter karakteristik kromosom. Sebagian besar metode ekstraksi garis
tengah didasarkan pada MAT (transformasi sumbu medial) dan metode
penjarangan yang berbeda, seperti transformasi jarak, ekstraksi batas dan
penyempurnaan. Identifikasi sentromer, sebagian besar metode didasarkan
pada karakteristik sentromer, misalnya ciri geometris dan piksel
kromosom. Sebagian besar segmentasi kromosom terutama untuk analisis
kariotipe, dalam mengidentifikasi dan menghitung kromosom disentrik dapat
menggunakan perangkat lunak (Shen et al. 2019).
Kariotipe adalah pengaturan dan penyusunan kromosom secara
standar berdasarkan panjang, jumlah serta bentuk kromosom dari suatu
organisme. Pengamatan kariotipe dilakukan pada jaringan meristem pada fase
tertentu seperti metafase. Kariotipe dilakukan dengan melihat kromosom di
mikroskop lalu diurutkan dari kromosom terpanjang ke yang terpendek.
Kariotipe dilakukan dengan tujuan menentukan konsistensi antar individu.
Setiap klon dipetakan ke preparasi kromosom dari setidaknya tujuh individu
dari setiap spesies dan tiga aksesi berbeda (Lusinska et al. 2018).
Kegiatan kariotipe, kromosom metafase pita G yang diperoleh dari
jaringan aktif (meristematik) diklasifikasikan berdasarkan panjang dan pola
pitanya untuk menyusun kariogram. Kariogram merupakan urutan
kemunculan kromosom berdasarkan ukurannya yang disajikan dalam
idiogram. Kegiatan tersebut merupakan langkah awal tahap analisis seluruh
sampel yang diterima di laboratorium sitogenetika. Kariogram dilakukan
dengan menggunakan perangkat lunak dengan menyusun menggunakan
idiogram. Zaman modern saat ini hasil gambar kariogram yang jelas dan
jernih dapat dihasilkan mengguanakn alat elektronik (Bokkhari et al. 2022).
59
C. Metode Praktikum
1. Waktu dan Tempat
Praktikum Sitogenetika acara 5 mengenai Karyotiping Kromosom
Tanaman dilaksanakan pada hari Kamis, 9 November 2023 pukul 11.00 –
12.00 WIB. Praktikum dilaksanakan di Ruang Sidang Akhir Pemuliaan
Tanaman Gedung D Lantai 2 Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret
Surakarta.
2. Alat dan Bahan
Alat dan bahan yang digunakan pada praktikum acara 5 ini yaitu
sebagai berikut:
a. Foto kromosom tanaman
b. Komputer dan Software pengolah data digital foto.
3. Cara Kerja
Cara kerja yang dilakukan pada praktikum Acara 5 sitogenetika
mengenai Karyotyping Kromosom Tanaman ini yaitu:
a. Menentukan pasangan kromosom homolog berdasar kemiripan bentuk
dan ukuran kromosom.
b. Menyusun kromosom secara berurutan, dari ukuran terpanjang sampai
terpendek.
c. Menentukan rumus karyotipe (susunan kromosom) yang mencakup
jumlah dan bentuk kromosom.
62
yang memiliki jumlah lengan panjang (q) dan lengan pendek (p) terbesar
ke yang terkecil. Kromosom tahap prometafase atau metafase awal
diprotret dan dibuat mikrografinya. Gambar kromosom hasil pemotretan
diperbesar dan dicetak dengan program photoshop, selanjutnya hasil cetak
gambar kromosom digunakan untuk pengamatan jumlah kromosom,
ukuran kromosom (panjang lengan panjang, lengan pendek, dan panjang
total), bentuk kromosom berdasarkan rasio lengan kromosom (r = p/q),
dan parameter lainnya.
Penentuan rumus karyogram kromosom salak (Salacca zalacca)
didasarkan pada letak sentromernya. Hal tersebut dikarenakan letak
sentromer menentukan bentuk satu pasang kromosom. Pasangan
kromosom homolog didasarkan pada kemiripan bentuk dan ukuran
kromosom. Menurut Puspita et al. (2020), ketelitian dalam melakukan
teknik squeeze juga sangat menentukan untuk memperoleh metafase atau
prometafase dengan posisi sentromer yang jelas. Hasil yang terlihat adalah
kariogram yang menunjukkan urutan kromosom dari yang terpanjang
sampai terpendek dan berpasangan berdasarkan kemiripan bentuk serta
ukuran kromosom. Berdasarkan praktikum ini terdapat 12 pasang
kromosom salak (Salacca zalacca) yang berbentuk metasentrik (m) dan 2
pasang kromosom salak (Salacca zalacca) yang berbentuk submetasentrik
(sm). Rumus karyogram dari salak (Salacca zalacca) adalah 2n = 28 =
11m + 2 sm.
Kromosom yang telah disusun pada software coreldraw kemudian
disusun berdasarkan ukuran kromosom yang terpanjang hingga terpendek.
Hasil kariotiping disajikan dalam bentuk karyogram dan ideogram
berbentuk diagram batang. Ideogram dibuat menggunakan MS Office
Visio atau website draw.io. Menurut Yusuf (2018), ideogram standar yang
dihasilkan di sini membantu memetakan prediksi fragmen kromosom
(PCF) dari urutan genom langsung ke kromosom dan menghasilkan
kumpulan urutan tingkat kromosom spesies. Langkah pertama yaitu
mengatur ukuran grid di halaman baru, lalu membuat garis koordinat yang
64
sejajar berjumlah 2 garis dengan ketentuan garis yang atas adalah untuk
lengan panjang dan garis yang bawah adalah untuk lengan pendek. Rasio
panjang lengan kromosom ditentukan berdasarkan panjang lengan
terpanjang dari kromosom hasil gambar ulang. Langkah selanjutnya
adalah membuat bangun balok berwarna hitam dengan ketinggian atau
rasio panjang lengan kromosom masing-masing sesuai dengan data yang
ada di MS Excel. Gambar 5.1 menunjukan bahwa diagram bagian bawah
merupakan lengan pendek dan diagram atas merupakan lengan panjnag.
Diagram menghasilkan kromosom yang memiliki ukuran dari terpanjang
ke terpendek.
Kelainan kromosom atau mutasi genetik pada organisme dapat
mengakibatkan perubahan pada struktur atau jumlah kromosom yang
mendasari karakteristik individu tersebut. Kromosom salak yang diamati
tidak terjadi kelainan, artinya struktur dan jumlah kromosom dalam sel
salak tersebut normal. Setiap spesies memiliki jumlah kromosom yang
khas, pada manusia, jumlah kromosom normal adalah 46, dengan 23
pasang (satu set dari masing-masing tetua). Menurut Nirmala (2019), tidak
adanya kelainan kromosom dalam sampel salak yang diamati bisa
menunjukkan bahwa kromosom salak tersebut memiliki struktur dan
jumlah yang normal sesuai dengan spesiesnya. Kromosom yang normal
sangat penting karena kelainan kromosom atau mutasi genetik bisa
memengaruhi pertumbuhan, perkembangan, atau reproduksi organisme.
65