Langkah Docking
Langkah Docking
6. Refrence ligand >> pilih yang bawah (FMM_91 (A) >> next
7. Refrence ligand , pilih cavities yang sudah dipilih tadi >> klik next hingga muncul data output>>
mau disimpan dimana>> start
8. Skip run, lalu klik proses >> pilih RMSD yang paling kecil (di ss, dimasukin datanya) >> close
12. Klik ligand map >> ligand (bagian atas) diganti dengan hasil data yang paling kecil tadi >> show
interaction
13. Kemudian di cari elemen elemennya, bisa di zoom in zoom out. Kemudian di ss
14. Buka chem draw >> convert name to structure >> masukkan nama obat >> OK >> struktur di copy
16. Klik file>>save as>>dikasih nama>> type di ubah menjadi “SYBYL2 (*mol2)>> save
18. Klik docking >> docking wizard >>muncul tampilan, dan di centang obatnya (FMM_91 [A] di
uncentang) >> next >> pilih cavities yang sudah dipilih >> next terus sampai muncul data
output>>mau di simpan dimana>> OK>> Start >> continue >> skip run
19. Pencet proses >> Dilihat MolDock yang paling kecil >> close
20. Pencet file >>import docking result >> pilih yang kedua >> open
22. Klik ligand map >> ligand (bagian atas) diganti dengan obatnya yang 00 >> show interaction
23. Buat tabel untuk semua data , dan ditambahkan hasil screenshot