Bab 2

Konteks Kimiawi Kehidupan

Power Point Bahan Ajar

Biologi
Edisi Kedelapan
Neil Campbell dan Jane Reece

PENERBIT ERLANGGA

Gambaran Umum: Hubungan Kimiawi dengan Biologi

Biologi merupakan sains multidisiplin
Organisme hidup tunduk pada hukum dasar fisika
dan kimia
Satu contohnya adalah penggunaan asam format
oleh semut untuk memelihara kebun setan,
tegakan pepohonan Duroia

Peraga 2.1 Siapa yang merawat kebun ini?

Bentangan hutan di dekat hulu Amazon, Peru ini memukau para

pelancong. Area ini nyaris seluruhnya didominasi oleh satu spesies
tumbuhan yang disebut Duroia hirsuta. Para pelancong dan penghuni
asli menyebut tegakan pepohonan Duroia ini sebagai kebun setan.

Peraga 2.2a Apa yang membentuk kebun setan di hutan hujan?

PERCOBAAN
Semaian
Cedrela
Pohon
Duroia

Kebun
setan

Di dalam,
tak terlindungi

Penghalang
serangga

Di dalam,
terlindungi

Di luar,
terlindungi

Di luar,
tak terlindungi

Peraga 2.2b Apa yang membentuk kebun setan di hutan hujan?

Jaringan mati di daun (cm2)

setelah sehari

HASIL

16
12
8
4
0

Di dalam,
Di dalam,
Di luar,
Di luar,
tak terlindungi terlindungi tak terlindungi terlindungi

Semaian Cedrela, di dalam dan di luar kebun setan

Konsep 2.1: Materi terdiri atas unsur-unsur kimia

dalam bentuk murni maupun kombinasi yang disebut
senyawa
Organisme tersusun dari materi
Materi adalah segala sesuatu yang menempati
ruang dan memiliki massa

Unsur dan Senyawa

Materi tersusun dari unsur-unsur
Unsur (element) adalah zat yang tidak
dapat dipecah lagi menjadi zat lain oleh
reaksi kimia
Senyawa (compound) adalah zat yang
terdiri atas dua atau lebih unsur berbeda
yang berkombinasi dalam rasio tetap
Senyawa memiliki karakteristik yang
berbeda dari unsur-unsur penyusunnya

Peraga 2.3 Sifat emergen suatu senyawa

Natrium

Klorin

Natrium klorida

Logam natrium berkombinasi dengan gas beracun klorin, membentuk

senyawa natrium klorida, atau garam dapur, yang dapat dimakan

Unsur-unsur Esensial Kehidupan

Sekitar 25 dari 92 unsur alam diketahui penting bagi
kehidupan
Karbon, hidrogen, oksigen, dan nitrogen menyusun
96% materi hidup
Sisa 4%-nya sebagian besar tersusun atas kalsium,
fosfor, kalium, dan sulfur
Unsur kelumit (trace element) adalah unsur yang
dibutuhkan oleh organisme dalam jumlah yang
sangat sedikit

Tabel 2.1

Peraga 2.4a Efek defisiensi (kekurangan) unsur esensial

Peraga ini menunjukkan

efek defisiensi nitrogen
pada jagung. Pada
percobaan terkontrol ini,
tumbuhan yang lebih tinggi
di sebelah kiri ditanam di
tanah yang kaya nitrogen,
sedangkan tumbuhan yang
lebih pendek di sebelah
kanan ditanam di tanah
yang miskin nitrogen.

(a) Defisiensi nitrogen

Peraga 2.4b Efek defisiensi (kekurangan) unsur esensial

Gondok adalah
pembesaran kelenjar tiroid,
akibat defisiensi unsur
yodium. Gondok ini
mungkin dapat
disembuhkan dengan
suplemen yodium.

(b) Defisiensi yodium

Konsep 2.2: Sifat suatu unsur bergantung

pada struktur atom-atomnya
Setiap unsur terdiri atas atom jenis tertentu
yang berbeda dari atom-atom unsur lain
Atom adalah unit terkecil materi yang masih
mempertahankan sifat suatu unsur

Partikel Subatom
Atom tersusun dari partikel subatom
Partikel subatom yang relevan meliputi:
Neutron (tanpa muatan listrik/netral)
Proton (muatan positif)
Elektron (muatan negatif)

 Neutron dan proton membentuk nukleus atom

Elektron membentuk awan bermuatan negatif
di sekeliling nukleus
Massa neutron dan proton nyaris identik dan
diukur dengan satuan dalton

Peraga 2.5 Model sederhana atom helium (He)

Awan bermuatan
negatif (2 elektron)

Elektron
Nukleus

(a)

(b)

Nukleus helium terdiri atas 2 neutron (cokelat) dan 2 proton

(merah muda). Dua elektron (kuning) terdapat di luar nukleus.

Nomor Atom dan Massa Atom

Atom dari berbagai unsur berbeda dalam
jumlah partikel subatomnya
Nomor atom suatu unsur adalah jumlah proton
dalam nukleusnya
Nomor massa adalah penjumlahan proton dan
neutron dalam nukleus atom
Massa atom, atau massa total atom, dapat
diperkirakan dari nomor massa

Isotop
Semua atom dari suatu unsur memiliki jumlah
proton yang sama, tetapi berbeda jumlah
neutronnya
Isotop adalah dua atom dari suatu unsur yang
berbeda jumlah neutronnya
Isotop radioaktif meluruh secara spontan,
melepaskan partikel dan energi

 Beberapa aplikasi penggunaan isotop

radioaktif dalam riset biologis adalah
menentukan umur fosil
merunut atom melalui proses metabolisme
mendiagnosis kelainan medis

Peraga 2.6a Perunut radioaktif

TEKNIK
Senyawa yang mencakup
perunut radioaktif (biru
terang)

Sel manusia
1

Sel manusia diinkubasi dengan

senyawa yang digunakan sel untuk
membuat DNA. Satu senyawa
dilabeli dengan 3H.

2 Sel-sel ditempatkan
dalam tabung uji;
DNA sel diisolasi; dan
senyawa berlabel
yang tidak dipakai
dibuang.

Inkubator
1
10C

2
15C

3
20C

4
25C

5
30C

6
35C

7
40C

8
45C

9
50C

DNA (lama dan baru)

Peraga 2.6b Perunut radioaktif

TEKNIK

3 Tabung uji ditempatkan dalam penghitung sintilasi.

Peraga 2.6c Perunut radioaktif

Jumlah per menit

( 1.000)

HASIL

30

Suhu optimum
bagi sintesis
DNA

20
10
0

10

20 30 40
Suhu (C)

50

Peraga 2.7 Pindaian PET, penggunaan isotop radioaktif di bidang kedokteran

Jaringan
kanker
tenggorokan

PET (positronemmision
tomography),
mendeteksi lokasi
aktivitas kimiawi
tinggi di dalam tubuh.
Warna kuning cerah
pada peraga ini
mengidentifikasi
wilayah jaringan
kanker tenggorokan.

Tingkat Energi Elektron

Energi adalah kapasitas yang menyebabkan
perubahan
Energi potensial adalah energi yang dimiliki
materi karena lokasi atau strukturnya
Elektron-elektron dari suatu atom berbeda
jumlah energi potensialnya
Tingkat energi potensial elektron (tingkat
energi elektron) disebut kulit elektron

Peraga 2.8 Tingkat energi elektron-elektron suatu atom

(a) Bola yang memantul

menuruni undakan menjadi
analogi bagi tingkat energi
elektron

Kulit ketiga (tingkat energi

tertinggi)
Kulit kedua (tingkat
energi kedua)
Kulit pertama (tingkat
energi terendah)

(b

Nukleus
atom

Energi
yang
diserap

Energi
yang
dikeluarkan

Distribusi Elektron dan Sifat Kimia

Perilaku kimiawi atom ditentukan oleh distribusi
elektron dalam kulit-kulit elektron atom
Tabel periodik unsur menunjukkan distribusi
elektron untuk masing-masing unsur

Peraga 2.9 Diagram distribusi elektron untuk ke-18 unsur pertama dalam tabel periodik

Hidrogen
1H

Massa atom

Kulit
pertama

2
He
4.00

Nomor atom

Helium
2He

Simbol unsur
Diagram
distribusi
elektron

Litium
3Li

Berilium
4Be

Boron
5B

Karbon
6C

Nitrogen
7N

Oksigen
8O

Fluorin
9F

Neon
10Ne

Silikon
14Si

Fosfor
15P

Sulfur
16S

Klorin
17Cl

Argon
18Ar

Kulit
kedua

Natrium Magnesium Aluminium

12Mg
11Na
13Al
Kulit
ketiga

Pada diagram di atas, elektron direpresentasikan sebagai titik kuning

dan kulit elektron sebagai lingkaran konsentrik.

 Elektron valensi adalah elektron yang terletak

di kulit terluar, disebut juga kulit valensi
Perilaku kimiawi suatu atom terutama
ditentukan oleh elektron valensinya
Unsur dengan kulit valensi penuh tidak reaktif
secara kimia (inert/lembam)

Orbital Elektron
Orbital adalah ruang berdimensi-tiga tempat
suatu elektron menghabiskan 90% waktunya
Setiap kulit elektron terdiri atas orbital dengan
jumlah spesifik

Peraga 2.10. Orbital-orbital elektron

Neon, dengan dua kulit terisi (10 elektron)

(a) Diagram distribusi

elektron

(b) Orbital-orbital
elektron yang
terpisah

Kulit pertama

Kulit kedua

x
z

orbital 1s

orbital 2s

tiga orbital 2p

(c) Orbital-orbital elektron

yang ditumpangtindihkan

Orbital-orbital 1s, 2s, and 2p

Konsep 2.3: Pembentukan dan fungsi

molekul bergantung pada ikatan kimia
antaratom
Atom dengan kulit valensi tak lengkap
dapat menggunakan bersama atau
mentransfer elektron valensi dengan atom
lain tertentu
Interaksi ini biasanya mengakibatkan
atom-atom menjadi tetap berdekatan,
ditahan oleh gaya tarik-menarik yang
disebut ikatan kimia

Ikatan Kovalen
Ikatan kovalen adalah pemakaian bersama
pasangan elektron valensi oleh dua atom
Pada ikatan kovalen, elektron berpasangan
dihitung sebagai bagian dari setiap kulit valensi
atom

Peraga 2.11 Pembentukan ikatan kovalen

Atom hidrogen
(2 H)

Molekul hidrogen (H2)

 Molekul terdiri atas dua atau lebih atom yang

disatukan oleh ikatan kovalen
Ikatan kovalen tunggal atau ikatan tunggal
(single bond) adalah pemakaian bersama
sepasang elektron valensi
Ikatan kovalen ganda atau ikatan ganda
(double bond) adalah pemakaian bersama
dua pasang elektron valensi

 Notasi yang digunakan untuk

merepresentasikan atom-atom dan
ikatannya disebut rumus struktur
Contohnya, HH

Rumus ini dapat disingkat lagi dengan

sebuah rumus molekul
Contohnya, H2

Peraha 2.12a Ikatan kovalen dalam empat molekul

Nama dan
rumus
molekul

(a) Hidrogen (H2)

Diagram
distribusi
elektron

Struktur
titik Lewis
dan rumus
struktur

Model
pengisianruang

Peraha 2.12b Ikatan kovalen dalam empat molekul

Nama dan
rumus
molekul

(b) Oksigen (O2)

Diagram
distribusi
elektron

Struktur
titik Lewis
dan rumus
struktur

Model
pengisianruang

Peraha 2.12c Ikatan kovalen dalam empat molekul

Nama dan
rumus
molekul

(c) Air (H2O)

Diagram
distribusi
elektron

Struktur
titik Lewis
dan rumus
struktur

Model
pengisianruang

Peraha 2.12d Ikatan kovalen dalam empat molekul

Nama dan
rumus
molekul

(d) Metana (CH4)

Diagram
distribusi
elektron

Struktur
titik Lewis
dan rumus
struktur

Model
pengisianruang

 Ikatan kovalen dapat terbentuk di antara atomatom unsur sama atau unsur berbeda
Senyawa adalah gabungan dua atau lebih
unsur berbeda
Kapasitas pengikatan disebut valensi atom

 Elektronegativitas adalah gaya tarik suatu

atom terhadap elektron-elektron pada suatu
ikatan kovalen
Semakin elektronegatif suatu atom, semakin
kuat atom ini menarik elektron-elektron yang
digunakan bersama ke arah dirinya sendiri

 Pada ikatan kovalen nonpolar, atom-atom

menggunakan elektron bersama secara
setara
Pada ikatan kovalen polar, satu atom lebih
elektronegatif, dan atom-atom tidak
menggunakan elektron bersama secara
setara
Pengunaan elektron bersama yang tidak
setara menyebabkan terjadinya muatan
parsial positif atau negatif untuk setiap atom
atau molekul

Peraga 2.13 Ikatan kovalen polar dalam molekul air

H
H2O

Karena oksigen lebih elektronegatif daripada hidrogen, maka

elektron-elektron bersama ditarik lebih dekat ke arah oksigen.
Hal ini mengakibatkan muatan negatif parsial pada oksigen dan
muatan positif parsial pada hidrogen.

Ikatan Ionik
Atom-atom kadang menarik elektron dari
mitra ikatannya
Contohnya adalah transfer elektron dari
natrium ke klorin
Setelah transfer elektron, kedua atom
menjadi bermuatan
Atom (atau molekul) yang bermuatan
disebut ion

Peraga 2.14 Transfer elektron dan ikatan ionik

Na

Cl

Na

Cl

Na
Atom natrium

Cl
Atom klorin

Na+
Ion natrium
(kation)

Cl
Ion klorida
(anion)

Natrium klorida (NaCl)

Tarik-menarik di antara atom-atom bermuatan (ion) yang berlawanan

disebut ikatan ionik. Ikatan ionik dapat terbentuk antara dua ion yang
memiliki muatan berlawanan, meskipun ion-ion itu terbentuk bukan
karena transfer elektron satu sama lain.

 Kation adalah ion bermuatan positif

Anion adalah ion bermuatan negatif
Ikatan ionik adalah tarik-menarik antara anion
dan kation

 Senyawa yang terbentuk oleh ikatan ionik

disebut senyawa ionik, atau garam
Garam, seperti natrium klorida (garam dapur),
sering ditemukan di alam sebagai kristal

Peraga 2.15 Kristal natrium klorida

Na+
Cl

Ion natrium (Na+) dan klorida (Cl) dipertahankan oleh ikatan

ionik. Rumus NaCl memberi tahu kita bahwa rasio Na + terhadap
Cl adalah 1:1

Ikatan Kimia Lemah

Sebagian besar ikatan kimia terkuat pada
organisme adalah ikatan kovalen yang
membentuk molekul-molekul sel
Ikatan kimia lemah, seperti ikatan ionik
dan hidrogen, juga penting
Ikatan kimia lemah memperkuat bentukbentuk molekul besar dan membantu
molekul-molekul melekat satu sama lain

Ikatan Hidrogen
Ikatan hidrogen terbentuk ketika atom
hidrogen yang berikatan-kovalen
dengan suatu atom elektronegatif juga
tertarik ke atom elektronegatif lain
Dalam sel hidup, mitra-mitra
elektronegatif itu biasanya adalah atom
oksigen atau nitrogen

Peraga 2.16 Ikatan hidrogen

Air (H2O)

Ikatan hidrogen
terbentuk dari
gaya tarikmenarik antara
muatan positif
parsial pada
atom hidrogen
air dan muatan
negatif parsial
pada atom
nitrogen amonia

Amonia (NH3)

Interaksi Van der Waals

Jika elektron-elektron dalam molekul atau atom
terdistribusi tidak simetris, maka elektronelektron tersebut dapat menghasilkan wilayah
bermuatan positif atau negatif
Interaksi Van der Waals adalah tarikan antara
molekul-molekul yang saling berdekatan
sebagai hasil dari muatan-muatan tersebut

 Secara bersama-sama, interaksi van der

Waals dapat sangat kuat, contohnya interaksi
antara molekul ujung rambut jari cicak dengan
permukaan dinding

Bentuk dan Fungsi Molekul

Bentuk molekul biasanya sangat penting bagi
fungsinya
Bentuk molekul ditentukan oleh posisi dari
orbital-orbital valensi atomnya
Pada ikatan kovalen, orbital s dan p dapat
berhibridisasi, menciptakan bentuk molekul
spesifik

Peraga 2.17a Bentuk-bentuk molekul akibat orbital hibrid

orbital s

Tiga orbital p

Empat orbital hibrid

Tetrahedron
(a) Hibridisasi orbital
Satu orbital s dan tiga orbital p pada kulit valensi yang terlibat dalam
ikatan kovalen berkombinasi membentuk empat orbital hibrid yang
berbentuk seperti tetes air. Orbital-orbital ini membentang ke keempat
sudut suatu tetrahedron khayalan (bergaris merah)

Peraga 2.17b Bentuk-bentuk molekul akibat orbital hibrid

Model
pengisian-ruang

Model
Model orbital-hibrid
bola-dan-tongkat (ditumpuk dengan model
bola-dan-tongkat)
Pasangan
elektron tak
berikatan

104.5
Air (H2O)

Metana (CH4)
(b) Model-model bentuk molekul

 Molekul-molekul biologis mengenali dan

berinteraksi satu sama lain dengan bentuk
molekul yang spesifik
Molekul dengan bentuk yang mirip dapat
memiliki efek biologis yang mirip pula

Peraga 2.18a Peniruan molekular

Endorfin alami

Keterangan
Karbon
Hidrogen
Morfin

(a) Struktur endorfin dan morfin

Nitrogen
Sulfur
Oksigen

Peraga 2.18b Peniruan molekular

Endorfin
alami

Reseptor
endorfin

Morfin

Sel otak
(b) Pengikatan ke reseptor endorfin

Konsep 2.4: Reaksi kimia membentuk

dan memutus ikatan kimia
Reaksi kimia adalah pembentukan dan
pemutusan ikatan kimia
Molekul awal dari reaksi kimia disebut
reaktan
Molekul akhir dari reaksi kimia disebut
produk

2 H2

O2
Reaktan

2 H2 O
Reaksi

Produk

 Fotosintesis adalah reaksi kimia yang penting

Cahaya matahari memberi tenaga untuk
mengubah karbon dioksida dan air menjadi
glukosa dan oksigen
6 CO2 + 6 H20 C6H12O6 + 6 O2

Peraga 2.19 Fotosintesis: penyusunan-ulang materi dengan tenaga surya

Elodea

Elodea, tumbuhan air

tawar, menghasilkan gula
melalui proses
fotosintesis. Gelembunggelembung yang tampak
pada peraga adalah gas
oksigen sebagai produk
sampingan dari proses
fotosintesis tersebut.

 Beberapa reaksi kimia berjalan sempurna:

semua reaktan diubah menjadi produk
Semua reaksi kimia bersifat dapat-balik
(reversible): produk reaksi maju menjadi
reaktan untuk reaksi balik
Kesetimbangan kimia tercapai ketika laju
reaksi maju sama dengan laju reaksi balik

RANGKUMAN KONSEP KUNCI

Partikel Subatom
Atom, unit terkecil suatu unsur, memiliki komponen-komponen berikut:

Nukleus
Proton (muatan +)
menentukan unsur
Neutron (tidak bermuatan)
menentukan isotop

Atom

Elektron (muatan )
membentuk awan
negatif dan
menentukan
perilaku kimiawi

Orbital Elektron
Elektron terdapat dalam orbital, ruang berdimensi-tiga dengan bentuk
spesifik yang merupakan komponen kulit elektron.

Orbital 1s, 2s, dan 2p

Ikatan Kovalen
Ikatan kimia terbentuk ketika atom-atom berinteraksi dan melengkapi
kulit valensinya. Ikatan kovalen terbentuk ketika pasang elektron
digunakan bersama.

Ikatan
kovalen tunggal

Ikatan
kovalen ganda

Ikatan Ionik
Ikatan ionik

Transfer elektron
membentuk ion

Na
Atom natrium

Cl
Atom klorin

Na+
Ion natrium
(kation)

Cl
Ion klorida
(anion)

Kuis Mandiri 1
Gambarlah struktur Lewis untuk setiap molekul hipotetis berikut ini menggunakan
jumlah elektron valensi yang benar untuk setiap atom. Tentukan molekul mana
yang masuk akal karena setiap atom telah mempunyai kulit valensi lengkap dan
setiap ikatan mempunyai jumlah elektron yang benar. Jelaskan apa yang
menjadikan molekul-molekul lain tidak masuk akal, mengingat jumlah ikatan
yang bisa dibentuk setiap tipe atom.

Jawaban Kuis Mandiri 1

Kuis Mandiri 2
Ngengat sutra betina (Bombyx mori) memikat jantan dengan cara memancarkan
sinyal kimiawi yang menyebar melalui udara. Seekor jantan yang jauhnya ratusan
meter dapat mendeteksi molekul ini dan terbang menuju sumbernya. Organ
indrawi yang menyebabkan ngengat bisa melakukan perilaku ini adalah antena
serupa-sisir yang terlihat dalam peraga di sini. Setiap filamen antena dilengkapi
ribuan sel reseptor yang mendeteksi antraktan seks tersebut.
Ajukan hipotesis untuk menjelaskan
kemampuan ngengat jantan mendeteksi
molekul spesifik meskipun ada banyak
molekul jenis lain di udara. Prediksi
apa yang timbul dari hipotesis Anda?
Rancanglah percobaan untuk menguji
salah satu prediksi tersebut.

Soal Peraga
Gambarlah lima molekul air menggunakan rumus
struktur dan indikasikan muatan-muatan parsial yang
ada, dan tunjukkan bagaimana molekul-molekul itu
dapat membentuk ikatan hidrogen satu sama lain.

Jawaban Soal Peraga

Uji Konsep
Aculah reaksi antara hidrogen dan oksigen yang
menghasilkan air, ditunjukkan dengan model bola-dantongkat di halaman 45. Gambarlah struktur titik Lewis
yang merepresentasikan reaksi ini.

Jawaban Uji Konsep

Sekarang, Anda seharusnya mampu untuk:

1. Mengidentifikasi empat unsur utama
2. Membedakan antara pasangan istilah
berikut: neutron dan proton, nomor atom
dan nomor massa, bobot atom dan nomor
massa
3. Membedakan antara dan mendiskusikan
pentingnya hal-hal berikut secara biologis:
ikatan kovalen nonpolar, ikatan kovalen
polar, ikatan ionik, ikatan hidrogen, dan
interaksi van der Waals