PENDAHULUAN
1.3 TUJUAN
1. Untuk mengetahui ikatan kimia di dalam sel
2. Untuk mengetahui moleku-molekul kimia di dalam sel
3. Untuk mengetahui makromolekul di dalam sel
BAB II
PEMBAHASAN
Setiap atom memiliki bagian yang tebal pada pusatnya, yang disebut nukleus yang
dikelilingi oleh elektron yang melakukan orbit oleh gaya elektrostatis. Nukleus
terdiri atas dua jenis partikel sub atomik yaitu proton dengan muatan positif dan
neutron yang tidak bermuatan atau netral. Jumlah proton dalam atom ditentukan
oleh nomor atomnya. Sebuah atom hidrogen memiliki nukleus yang disusun oleh
satu proton, sehingga hidrogen memiliki nomer atom 1 adalah elemen tertinggi.
Muatan listrik yang dibawa oleh proton adalah sepenuhnya sama dan sepenuhnya
berlawanan dengan muatan yang dibawa oleh sebuah elektron. Karena
keseluruhan atom bermuatan netral, jumlah muatan negatif elektron yang
mengelilingi nukleus adalah sama dengan jumlah muatan yang terdapat di dalam
nukleus. Seluruh atom dengan pemberian sebuah elemen memiliki nomor atom
yang sama.
(a) (b)
Gambar 2.1 (a) Struktur Proton, Neutron & Elektron (b) nukleus
Neutron adalah partikel sub atomik yang tidak bermuatan dengan memiliki
massa yang sama dengan proton. Neutron berperan dalam stabilitas struktural
nukleus jika nukleus terpapar pancaran radioaktif yang terlalu tinggi ataupun
terlalu rendah. Selanjutnya, sebuah elemen dalam beberapa sifat fisik dapat
dibedakan namun tidak dalam bentuk kimia yang disebut isotop. Setiap isotop
memiliki jumlah neutron yang berbeda namun memiliki jumlah proton yang sama.
Isotop ganda hampir terdapat pada semua elemen secara alami, termasuk beberapa
dari elemen tersebut tidak stabil. Sebagai contoh, semasih kebanyakan karbon di
Bumi berada dalam isotop karbon 12, dengan 6 proton, dan 6 neutron, akan selalu
ada sejumlah kecil isotop yang tidak stabil seperti karbon radioaktif 14 yang
atomnya memiliki 6 proton dan 8 neutron.
Berat atom dan berat molekul adlah massa relatifnya terhadap atom
hidrogen. Hal ini secara mendasar sama dengan jumlah proton ditambah dengan
jumlah neutron yang terdapat dalam atom atau molekul tersebut. Hal tersebut
karena elektron terlalu ringan yang hampir tidak memiliki total massa.
12
Selanjutnya, isotop karbon yang besar memiliki berat atom C. Karbon isotop
14
yang tidak stabil dikatakan hanya memiliki satu berat atom yaitu C. Massa dari
sebuah atom atau molekul sering disimbulkan dengan Dalton, satu daltom berarti
semuah atom memiliki massa rata-rata sama dengan masa atom hidrogen.
Atom berukuran sangat kecil dan sangat sulit untuk membayangkan
ukurannya. Sebuah atom secara kasar memiliki ukuran diameter 0.2 nm sehingga
membutuhkan 5 juta atom untuk membuat debuah garis sepanjang 1 mm. Berat
proton dan neutron adalah sekitar 1/(6x1023) gram. Hidrogen hanya memiliki 1
proton, dengan berat atom 1, sehingga berat atom hidrogen adalah sekitar 6x1023.
Besaran bilangan tersebut disebut dengan bilangan Avogadro yang merupakan
faktor skala yang mendeskripsikan hubungan antara kuantitas setiap hari dan
jumlah atom atau molekul.
Terdapat 92 elemen yang terbentuk secara alami yang membedakannya
dari elemen-elemen lain dalam jumlah proton dan neutron pada atomnya.
Makhluk hidup disusun oleh oleh setidaknya empat elemen inti yaitu karbon (C),
hidrogen (H), nitrogen (N), dan oksigen (O), yang menyusun 96,5% berat
makhluk hidup.
Gbr 2.2 Diagram Kandungan Molekul
(a) (b)
(a) (b)
Gambar 2.7 Perbedaan Ikatan Tunggal Dan Ikatan Rangkap Dari Atom C-C
Gambar 2.7 Menunjukkan bahwa ada perbedaan antara ikatan kovalen
tunggal (A) dengan ikatan kovalen ganda (B). Ikatan kovalen tunggal (A) yang
menggunakan dua atom carbon seperti athane membentuk susunan tetrahedral
yang dibentuk oleh karbon. Setiap ikatan CH3 akan bergabung dengan CH3 yang
lain membentuk ikatan kovalen dapat berputar disekitar sumbu ikatan. Ikatan
kovalen rangkap (B) seperti ethene yang menggunakan dua ikatan antara CH2
akan mencegah perputaran antar satu kelompok CH2.
Suatu atom yang saling berikatan biasanya penggunaan elektron untuk
membentuk ikatan tidak sama satu dengan yang lain. Dari segi ini ikatan kovalen
dapat dibagi menjadi dua macam, yaitu ikatan kovalen polar dan ikatan kovalen
non polar. Dikatakan ikatan kovalen polar apabila suatu elektron tidak digunakan
bersama. Hal tersebut dapat terjadi ketika satu atom mempunyai elektronegativitas
yang lebih tinggi daripada atom yang lain. Atom yang mempunyai
keelektronegativitas yang tinggi akan mempunyai tarikan elektron yang lebih
kuat. Di dalam ikatan kovalen polar ada ujung yang bermuatan negatif dan ada
ujung yang bermuatan positif, seperti molekul H2O. Ikatan kovalen polar sangat
penting dalam Biologi karena dengan ikatan tersebut memungkinkan molekul
untuk berinteraksi satu dengan yang lain melalui kekuatan elektrik. Sedangkan
ikatan kovalen nonpolar merupakan ikatan kovalen yang terbentuk ketika atom
membagikan elektronnya secara merata antara satu dengan yang lainnya. Seperti
pada molekul H2 dan O2.
a. Ikatan hydrogen
Ikatan hydrogen terbentuk ketika ada atom hydrogen berikatan dengan
elektron atom lain yang tidak berpasangan baik antarmolekul yang sama
(intramolekuler) ataupun molekul yang berbeda (intermolekuler). Contoh senyawa
yang mempunyai ikatan hydrogen adalah H2O (atau yang baiasa disebut dengan
air). Dalam molekul air, atom O bersifat sangat elektronegatif sehingga pasangan
elektron antara atom O dan H lebih tertarik ke arah atom O.
Dalam keadaan cair, atom hydrogen dalam molekul air yang parsial positif
ditarik oleh pasangan elektron atom O molekul lain yang elekronegatif, sehingga
terbentuklah ikatan hydrogen. Ikatan hydrogen yang membentuk air sangat
penting bagi kehidupan, karena 70% bagian dari sel terdiri atas air, kebanyakan
reaksi intraseluler terjadi pada lingkungan yang mengandung air. Tidak semua
atom hidrogen dapat membentuk ikatan hidrogen. Secara umum, hidrogen dapat
membentuk ikatan hidrogen ketika H bermuatan positif berikatan dengan atom
negatif seperti oksigen atau nitrogen.
Alkohol yang merupakan ikatan polar bisa menjadi ikatan hidrogen
apabila bergabung bersama dengan air. Kenapa bisa demikian? Karena molekul
yang membawa muatan positif atau negatif (ion) akan mudah terlarut dengan air.
Molekul tersebut bersifat hidrofilik. Contohnya gula, DNA, RNA dan protein.
Sebaliknya, ada molekul yang tidak bisa beriktan dengan air yang biasa disebut
dengan hidrofobik, seperti hidrokarbon.
b. Beberapa Molekul Porar dari Asam dan Basa di Dalam Air
Jenis reaksi kimia yang paling sederhana dan memiliki peran yang
signifikan di dalam sel terjadi ketika sebuah molekul yang memroses sebuah
ikatan kovalen dengan polaritas tinggi dan atom terlarut dalam air. Atom hidrogen
dalam molekul meningkatkan elektronnya dengan atom lainnya, sehingga terjadi
nukleus atom hidrogen dengan muatan positif, dengan kata lain proton (H+).
Ketika molekul polar dikelilingi oleh molekul air, proton akan tertarik menuju
muatan parsial negative pada atom O. Proton ini dapat terpisah dari pasangan
aslinya dan berikatan dengan atom oksigen pada molekul air yang disebut ion
hydronium (H3O+). Proton yang lepas ketika larut dalam air kemudian membentuk
H3O+ yang bersifat asam. Berlawanan dengan molekul asam, terdapat molekul
basa. Beberapa molekul yang mampu untuk meneripa proton disebut basa.
Dengan definisi sifat asam adalah meningkatkan konsentrasi H3O+ di dalam air,
dapat dinyatakan bahwa sifat basa adalah meningkatkan konsentrasi ion hidroksil
(OH-).
2.8 Gambar unit tersebar dalam dari sel yang dibangun dari molekul organik
dalam sel.
Materi terbuat dari kombinasi elemen - zat seperti hidrogen atau karbon
yang tidak dapat dipecah atau diubah menjadi zat lain dengan cara kimia. Partikel
terkecil dari suatu unsur yang masih mempertahankan sifat khas kimia adalah
atom. Namun, karakteristik zat selain unsur murni -termasuk bahan dari mana sel-
sel hidup yang dibuat-tergantung pada cara atom mereka dihubungkan bersama-
sama dalam kelompok untuk membentuk molekul.
Glukosa memiliki Peran sentral sebagai sumber energi bagi sel. Gula juga
berperan sebagai dukungan pada bentuk sel, contohnya selulosa pada dinding sel
tumbuhan. Fungsi terpenting asam lemak dalam sel adalah membangun membran
sel. Peran asam amino bagi sel adalah sebagai bahan untuk membentuk protein,
yang merupakan polimer asam amino. Peran paling penting dari nukleotida bagi
sel adalah penyimpanan dan informasi biologis. Akan tetapi, kedua asam nukleat
yakni DNA dan RNA memiliki peran yang berbeda. DNA berperan sebagai pusat
informasi genetik, sedangkan RNA biasanya sebagai pembawa instruksi
molekuler.
DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B., Bray, D., Hopkin, K., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., &
Walter, P. 2004. Essential Cell Biology, Second Edition. New York:
Garland Science.
Hardin, J., Bertoni, G., Kleinsmith, L. J. 2012. Beckers-World of the Cell Eighth
Edition. New York: The Benjamin Publishing Company