Struktur dan Fungsi

Enzim dan Koenzim

Oleh:
Dr. H. Subandi M.Si
Pert Menjelaskan struktur dan 1. Sifat dan fungsi biologis enzim
emu fungsi Enzim dan Koenzim 2. Enzim sebagai Katalisator
an 3. Klasifikasi dan tatanama enzim
ke- 4. Gugus fungsi enzim
4. 5. Mekanisme kerjanya
6. Kompleks enzim - subtrat
7. Faktor – faktor yang mempengaruhi
kecepatan reaksi enzimatik
8. Kofaktor dan Koenzim
9. Proenzim
10. Isozim
11. Kinetika enzim
12. Inhibitor kompetitif
13. Uji aktifitas enzim
14. Inhibitor dan mekanisme kerjanya terhadap
enzim

08/02/2018 Biokimia Program A dan B 2

Reaksi Enzimatis
 Sifat dan fungsi biologis enzim

 Enzim adalah katalisator pada semua reaksi biokimia

(di dalam maupun diluar sel)
 Sifat enzim sebagai katalis, yaitu:
1. Efektif, kecepatan reaksi lebih tinggi 106 - 1012 kali dibanding
non enzimatik
2. Tepat, kerja enzim memiliki kapasitas pengaturan yang baik.
3. Spesifik, substrat dan produk yang dihasilkan spesifik dan
tanpa reaksi maupun produk samping.
 Fungsi khusus enzim adalah:
1. Menurunkan energi aktivasi
2. Mempercepat reaksi pada suhu dan tekanan tetap tanpa
memperbesar tetapan kesetimbangan
3. Mengendalikan reaksi
 Enzim sebagai Katalisator

 Sebagai katalis enzim bersifat yaitu efektif, tepat

dan spesifik karena adanya sisi aktif pada enzim,
yaitu bagian dari enzim yang melakukan fungsi
pengarahan, pengikatan, dan katalisa pada pH dan
suhu tertentu.
 Sisi aktif umumnya berbentuk celah yang tersusun
atas beberapa residu asam amino yang akan
menyentuh substrat
 Subtrat yang dapat memasuki celah harus
memenuhi syarat:
1. Komplemen (cocok) dengan celah]
2. Harus ada bagian yang reaktif agar dapat digandengkan
atau diurai
 Klasifikasi dan Tata nama

Dasar klasifikasi enzim,

1. Nama subtrat yang dikatalis
 Misalnya: lipase, proteinase, amilase
2. Nama organisme/organ yang menghasilkan
enzim
 contoh: papain
3. Jenis reaksi yang dikatalis
 ada 6 golongan yaitu: a. oksidoreduktase,
b.transferase, c.hidrolase, d.liase, e.isomerase dan
d.ligase.
08/02/2018 Biokimia Program A dan B 7
 Gugus fungsi enzim

 Sisi aktif enzim sebenarnya adalah gugus – gugus

atau residu-residu asam amino yang langsung
berikatan dan turut aktiv dalam mengubah substrat
menjadi produk.
 Keberadaan dan jenis gugus fungsional tersebut
dapat diketahui dengan mereaksikannya dengan
senyawa tertentu misalnya, diisopropil fosfo fluridat
dan N-tosil-L-fenilalanin klorometil keton (TPCK)
 Seringkali ada dua atau lebih enzim yang berbeda
tetapi mempunyai gugus fungsi yang sama sehingga
dapat mengkatalis reaksi/ subtrat yang sama. Enzim –
enzim tersebut disebut isozim
 BAGAIMANA CARA ENZIM BEKERJA?

Menurunkan energi penghalang melalui:

1.Membentuk kompleks ES yang
konformasinya mirip dengan keadaan
transisi tetapi memiliki energi yang lebih
rendah (Gambar a).
2.Menurunkan nilai -S dan H atau energi
aktivasi (gambar b)

(b)
(a)
08/02/2018 Biokimia Program A dan B 9
 TEORI “LOCK AND KEY” Vs “INDUCED FIT”
Ada dua macam teori untuk menjelaskan kerja enzim (E) terhadap substrat (S)

08/02/2018 Biokimia Program A dan B 10

IKATAN ENZIM-SUBSTRAT
 Kofaktor dan Koenzim

 Kofaktor adalah komponen non protein suatu enzim

 Kofaktor ini dapat berupa ion atau molekul organik yang
disebut koenzim. Beberapa enzim memerlukan keduanya.
 Kofaktor umumnya bersifat stabil terhadap panas, tetapi
enzim umumnya akan kehilangan aktivitasnya pada
perlakuan panas.
 Aktivitas katalitik dari kompleks: kofaktor-enzim disebut
holoenzim.
 Bila kofaktor dihilangkan dari kompleks kofaktor-enzim,
protein enzimnya (yang sudah tidak aktif) lagi disebut
apoenzim
 Enzim yang memerlukan ion metal kadang-kadang disebut
metaloenzim.
Contoh Vitamin yang bertindak sebagai koenzim
 Faktor – faktor yang mempengaruhi
kecepatan reaksi enzimatik

 Ada beberapa faktor yang berpengaruh atas aktivitas enzim

yaitu:
1. pH
2. Suhu
3. Adanya inhibitor atau aktivator
4. Kadar/konsentrasi subtrat
5. Jenis subtrat
 Faktor tersebut mempunyai pengaruh
terhadap struktur tiga dimensi enzim dan
reaktivitasnya
 Faktor-faktor yang mempengaruhi aktivitas enzim

Aktivitas maksimum
Semua enzim
telah berikatan

Aktivitas Enzim
Aktivitas Enzim

dengan substrat

Aktivitas meningkat
Aktivitas meningkat

Konsentrasi substrat Konsentrasi Enzim

Konsentrasi Substrat makin besar → Aktivitas >>>
Konsentrasi enzim makin besar → Aktivitas >>>
pH maksimum
Suhu maksimum
Aktivitas Enzim

Aktivitas Enzim
Enzim
terdenaturasi

Suhu optimum pH
optimum

Tiap Enzim punya Suhu optimum sendiri-sendiri Tiap Enzim mempunyai pH optimum sendiri-sendiri
 KINETIKA REAKSI ENZIMATIS
Dijelaskan oleh percobaan MICHAELIS-MENTEN sbb.

Persamaan reaksi enzimatik satu substrat, satu produk:

k1
k2
E + S ES E + P
k-1

Reaksi kebalikan antara E dan P sangat kecil sehingga v = k2 [ES]……(1)

Pada reaksi enzimatis [ES] sulit diukur, yang dapat terukur dengan baik
adalah [S] atau [P] dan [E]t (Enzim total= Enzim awal= E0)
[E]t = [E] + [ES] atau [E] = [E]t - [ES]………………………………………(2)
Pada keadaan “steady state”:
maka laju pembentukan ES = laju penguraian ES
k1 [E] [S] = k-1[ES] + k2 [ES]…………………………………(3)
[E] [S] = {(k-1+k2)/k1} [ES] = KM [ES]………………………(4)
(2) ke (4) ......[E]t [S] - [ES] [S] = KM [ES]
[ES] = [E]t [S]/ (KM+[S])……………………………………(5)
Kalau pers (5) dimasukkan ke pers (1) v = k2 [E]t [S]/ (KM+[S])……… (6)
08/02/2018 Biokimia Program A dan B 17
 Pengaruh konsentrasi substrat terhadap laju reaksi

Pada [S] yg sangat besar , enzim telah jenuh

dengan substrat sehingga reaksi mendekati
kecepatan maksimum= Vmaks:
Vmaks = k2 [E]t, sehingga
v = Vmaks [S]/ (KM + [S]) (pers Mikhaelis-Menten)

Pada saat kecepatan reaksi mencapai ½ Vmaks maka [S]=KM, berarti KM pada
suatu reaksi enzimatis adalah ukuran konsentrasi substrat agar proses
katalitik berlangsung efektif.
Artinya:
Suatu enzim dengan KM besar memerlukan substrat lebih banyak daripada enzim
dengan KM kecil untuk mencapai laju reaksi yang sama.
Catatan:
Makin besar KM makin tidak spesifik substratnya
08/02/2018 Biokimia Program A dan B 18
Nilai KM khas bagi suatu reaksi enzimatis.
 PENENTUAN KM DAN Vmaks

Kurva Lineweaver-Burk Kurva Edie-Hofstee

v = Vmaks-KMv/[S]
 Inhibisi/ Penghambatan Enzim

 Molekul yang dapat menghambat kerja enzim, disebut inhibitor

 Inhibisi ada dua jenis yaitu yang reversibel dan yang irreversibel
 Inhibisi irreversibel melibatkan ikatan kovalen antara subtrat dan
molekul enzim, sedang yang reversibel ikatannya non kovalen dan
dapat balik
 Inhibisi reversibel ada dua yaitu inhibisi reversibel kompetitif dan
inhibisi reversibel nonkompetitif
 Inhibisi reversibel kompetitif terjadi bila inhibitor berkompetisi
dengan subtrat untuk mengikat enzim. Hal ini terjadi karena
molekul inhibitor mirip dengan subtrat
 Inhibisi reversibel non kompetitif terjadi bila inhibitor tidak
mengikat enzim yang bebas tetapi mengikat komplek enzim-
subtrat (ES) diluar sisi aktif. Inhibisi ini dapat dikurangi
dengan menaikkan kadar subtrat
 INHIBISI ENZIM
Inhibisi reversibel kompetitif Inhibisi reversibel nonkompetitif
Inhibisi reversibel kompetitif Inhibisi reversibel nonkompetitif
 Uji aktivitas enzim

 Nilai suatu enzim (biasanya berupa larutan) tidak ditentukan oleh

jumlah protein yang dikandungnya, tetapi oleh besar kecilnya
aktivitasnya terhadap substrat persatuan volum.
 Aktivitas enzim dapat ditentukan dengan menguji aktivitasnya
 Uji aktivitas diperlukan untuk menentukan aktivitas suatu enzim
terhadap substratnya, sehingga dapat ditentukan berapa banyak enzim
yang diperlukan untuk sejumlah substrat tertentu.
 Aktivitas suatu enzim adalh jumlah substrat yang mampu diubah oleh
sejumlah enzim tersebut (biasanya pergram) persatuan waktu
(misalnya permenit)
 Aktivitas suatu enzim pergram proteinnya disebut aktivitas spesifik
enzim itu.
 Aktivitas suatu enzim biasanya dinyatakan dalam unit aktivitas (U)
 Satuan Aktivitas Enzim

Menurut perjanjian Internasional:

 Satu unit aktivitas enzim (U)adalah jumlah enzim yang menyebabkan
perubahan satu mikroMol (sepersejuta Mol) substrat permenit pada suhu
dan keadaan optimumnya.
 Aktivitas spesifik suatu enzim adalah jumlah unit aktivitas enzim
permiligram proteinnya
 Bilangan pergantian (Turn Over Number) suatu enzim adalah jumlah
molekul substrat yang dapat diubah oleh satu molekul enzim pada
satuan waktu tertentu pada kondisi optimumnya
Contoh:

N0 Enzim Bil. Pergantian

1 -Amilase 17.000.000
2 -Galaktosidase 1.100.000
3 Fosfoglukomutase 12.500
 Pro-Protein Dan Zimogen

Pro-protein adalah protein yang harus

ditranslokasikan dari tempat terbentuknya
ke tempat tertentu dan mengalami Zimogen/proenzim adalah protein bakal
modifikasi disana enzim yang harus dimodifikasi/dipotong
agar menjadi enzim yang aktiv
Enzim-enzim Yang Terlibat dalam Pencernaan
Organ Cairan Suasana Enzim Reaksi
Mulut Air basa Ptialin/amilase Amilum menjadi gula
Ludah

Lambung Getah asam 1. Renin 1. Kaseinogen  kasein

lambung 2. Pepsin 2. Protein  pepton
3. lipase 3. Lemak asam lemak
Duodenum Empedu Basa - 1. Membantu kerja getah
pankreas
2. Mengemulsi lemak
Getah basa  Tripsin
Pnkreas  amilase 1. Pepton asam amino
 lipase 2. Amilum  glukosa
3. Lemak  asam lemak

Usus Sukus basa 1. Enterokinase 1. Membebaskan tripsin

Halus enterikus 2. Erepsin
3. Sukrase 2. Protein/pepton asam amino
Maltase 3. Disakarida  monosakarida
Laktase
 Uji Aktivitas enzim secara Kolorimetri

maltose + H2O ==> 2 glucose

FECINOR produces different enzymes (proteases, amylases etc…) in sufficient

amounts to make the feed more digestible. Protease activity in culture broth with
soya peptone was measured by colorimetric method. The change to red colour in
tube containing Fecinor is produced by the protein degradation in amine groups,
compared with the control group. http://en.engormix.com/MA-pig-industry/health/articles/enterococcus-faecium-cect-
 Manfaat Enzim dalam klinik
1. Indikator kanker prostat
kelenjar prostat     kanker prostat

Enzimfosfatase asam

O-nitro fenil Zat berwarna

fosfat

2. Pemberantasan penyakit
a. sifilis (oleh triponema palidum) punya banyak enzim gugus aktifnya –SH
yg akan rusak jika kena ion logam berat seperti Hg atau Bi
Enzim asetil cholin esterase (enzim neurotransmiter)
b. serangga
DFP= diisopropil fluoro Phosphat, sebagai inhibitornya

c. salah satu koenzim (gugus prostetik) bakteri serupa dengan bentuk

molekul antibiotik
PENYAKIT KARENA DEFISIENSI ENZIM
 Soal Latihan
1. Jelaskan dengan ringkas pengertian dari istilah-istilah berikut:
Enzim

KM suatu reaksi enzimatik dan apa fungsinya

Hidrolase

Ligase

Sisi aktif enzim

2. Bagaimana caranya:
Menentukan KM suatu enzim

Membedakan enzim dengan apoenzim/proenzim

Membedakan inhibitor kompetitif dan non kompetitif suatu reaksi enzimatis

Menentukan aktivitas suatu enzim

Menentukan aktivitas spesifik suatu enzim

Menentukan bahwa beberapa enzim merupakan isozim

3. Mungkinkah
Suatu lipase adalh hidrolase

Suatu papain adalh protease

Suatu larutan A kadar proteinya hanya 1/10 larutan B, tetapi aktivitas

enzimatiknya 10x larutan B
4. Apa bedanya
 Reaksi enzimatik dan reaksi non enzimatik
 Lanjutan soal latihan

1. Bagaimana langkah-langkah yang harus ditempuh untuk

a. menentukan aktivitas suatu enzim secara kolorimetri?
b. mendapatkan struktur tiga dimensi suatu protein?

2. Dengan penjelasan yang bagaimana/ mengapa:

a. Kadangkala enzim tak langsung dibentuk tetapi dalam bentuk
proenzim dulu
b. Pemotongan sebagian pro-enzim/ zimogen, justru mengaktivkan
enzim ybs
c. Enzim dapat mempercepat perubahan substrat menjadi produk
3. a. Jelaskan beberapa penyakit karena defisiensi/kerusakan enzim,
dan enzim apa yang rusak
b. jelaskan kegunaan inhibitor enzim dalam pengobatan
c. jelaskan suatu contoh pengukuran enzim untuk diagnosis
ALBINO karena Enzim pensintesis pigmen tak berfungsi
Gambar 3.7 Katabolisme nukleotide purine dalam menghasilkan asam urat.
Degradasi asam
urat menjadi
CO2

Cacat enzimatik dalam tiga

macam rematik
Watching an Enzyme Work
Watching an Enzyme Work
Plants and people need lots of chemistry to live! Our bodies are chemical plants using food and oxygen in chemical reactions to do
all the wonderful things we do every day. Our bodies use special molecules, called enzymes to make these reactions go smoothly
and quickly.

Catalase is a common enzyme. It helps change peroxides (which are created in other reactions and aren’t good for living things)
into water and oxygen. It does this very quickly. Most living tissue contains catalase. We can use potatoes to help see catalase
work because bubbles of oxygen form when we put potatoes into hydrogen peroxide. We can also see how to stop enzymes from
working.

When potatoes are cooked, the structure of the enzyme changes and it doesn’t work. Cooked potatoes won’t make bubbles of
oxygen. Even though catalase is present in living things, the amount may vary. Apples contain very little catalase . Putting apples in
peroxide causes only a few bubbles to form.

Materials
Hydrogen Peroxide (available in the first aid section of most pharmacies or supermarkets)
Potatoes
Apples
Plastic cups
A small pot (for cooking some of the potato)

Procedure
1)Label the cups: a.Hydrogen peroxide plus raw potato b.Water plus raw potato c.Hydrogen peroxide plus cooked potato
d.Hydrogen peroxide plus apple

2) Cut small pieces of potato. Leave some raw. Boil some pieces for 5-10 minutes (until they are soft)
3)Cut small pieces of apple.
4)Put a small amount of hydrogen peroxide or water (as labeled) into each cup.
5)Add raw potato to the cup with hydrogen peroxide and the cup with water. What happens in each cup?
6)Add cooked potato to the cup with hydrogen peroxide. Does it behave like the raw potato?
7)Add the apple to the hydrogen peroxide. Do you see any bubbles? Look carefully, especially around the apple pieces.
8)Try this! Put other fruits or vegetables into the peroxide (try carrots, mushrooms, grapes or zucchini). Which ones make lots of
bubbles?
Keeping Gelatin From Gelling
Keeping Gelatin From Gelling
Many people love gelatin (Jell-O is a brand name of gelatin dessert). Gelatin starts as a powder, but when it is dissolved in hot water and then
chilled, it will set into a jiggly dessert treat.
If you ever read the small print, on the side of the box, you might notice you are warned not to include certain kinds of fruit, including pineapple
when you are making gelatin because the gelatin will not set properly. To understand why you shouldn’t use pineapple in gelatin, you first must
understand how gelatin gels.
Gelatin is made from collagen, a protein that comes from connective tissue in animals (bones and ligaments are examples of connective tissue).
Proteins have very particular structures when they are in their natural setting. When gelatin is dissolved in hot water, the protein molecules are
extended like a series of long strings. As the gelatin solution cools, the proteins get tangled up and trap the smaller molecules (water, sugar,
flavoring) in between the protein strands, giving gelatin its distinctive, wiggly form.
So why can’t pineapple be used in gelatin? Pineapple contains an enzyme called bromelain. Bromelain is an example of a group of enzymes
called proteases. Proteases are protein molecules that can chop up other proteins. (Proteases are very specific in the proteins they chop up,
so they don’t chop themselves up!). If bromelain (enzyme) comes in contact with the gelatin (protein) in the hot solution, the bromelain will break
down the protein into smaller pieces. These smaller pieces won’t be able to trap the water and other smaller molecules into the pockets that
give gelatin its form.
Does this mean you can’t have pineapple in gelatin? No—you just have to find a way to keep the bromelain from working. Enzymes, like many
proteins have a very specific shape. If the shape changes, the enzyme will not work. One way to change the shape of an enzyme is to heat it.
This process is called denaturation. If you want to put pineapple into gelatin—just cook it first. Or, an even easier method is to use canned
pineapple because the fruit is heated to high temperatures as part of the canning process.

Fruity Gelatin?
Materials
1 box gelatin mix; water; fresh pineapple; canned pineapple; meat tenderizer (optional—meat tenderizer is a powdered form of a protease
enzyme); plastic cups
Procedure
1) Label four cups according to what you will add: control (just gelatin mix), fresh pineapple, canned pineapple, meat tenderizer (optional)
2) Add the appropriate test material to each cup.
2) Make the gelatin according to the directions on the box. Let it cool slightly.
3) Pour one-half cup of gelatin mix into each cup.
4) Refrigerate the cups. Observe them every 20-30 minutes to see what happens. After at least four hours, take them out of the refrigerator
and make your final observations.
5) If you want, make a fresh box of gelatin to eat.

Think about this! What else could you do to pineapple so it won’t prevent gelatin from gelling? Freeze it? Dry it?