LIGASE

sub kelas : KARBOKSILASE

DISUSUN OLEH:

1. Kristianty Via A. 40040117060040

2. Anggun Titi Nurcahyati 40040117060042
3. Bella Ayu N. 40040117060043

DEPARTEMEN TEKNOLOGI INDUSTRI

SEKOLAH VOKASI
UNIVERSITAS DIPONEGORO
SEMARANG
2018
 KATA PENGANTAR

Dengan menyebut nama Allah SWT yang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang,
Kami panjatkan puja dan puji syukur atas kehadirat-Nya, yang telah melimpahkan rahmat,
hidayah, dan inayah-Nya kepada kami, sehingga kami dapat menyelesaikan makalah ilmiah
tentang ligase sub kelas : karboksilase.

Makalah ilmiah ini telah kami susun dengan maksimal dan mendapatkan bantuan dari
berbagai pihak sehingga dapat memperlancar pembuatan makalah ini. Untuk itu kami
menyampaikan banyak terima kasih kepada semua pihak yang telah berkontribusi dalam
pembuatan makalah ini.

Terlepas dari semua itu, Kami menyadari sepenuhnya bahwa masih ada kekurangan
baik dari segi susunan kalimat maupun tata bahasanya. Oleh karena itu dengan tangan
terbuka kami menerima segala saran dan kritik dari pembaca agar kami dapat memperbaiki
makalah ilmiah ini.

Akhir kata kami berharap semoga makalah ilmiah tentang ligase subkelas:
karboksilase dapat memberikan manfaat maupun inpirasi terhadap pembaca.

Semarang, September 2018

Penyusun

DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR.......................................................................................i
DAFTAR ISI....................................................................................................ii
BAB I PENDAHULUAN.................................................................................1
1.1 Latar Belakang……………………………………………………...1
1.2 Tujuan………………………………………………………………1
BAB II PEMBAHASAN................................................................................2-8
2.1 Definisi Ligase dan Karboksilase.....................................................2

2.2 Tata Penamaan Enzim Karboksilase……………………………..2-3

2.3 Gambar Enzim Karboksilase.........................................................3-4

2.4 Mekanisme Reaksi Karboksilase...................................................4-7
2.5 Kegunaan Enzim Karboksilase.........................................................7
2.4 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Enzim Karboksilase………..7-8
DAFTAR PUSTAKA…………………………………………………………9

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Enzim adalah protein yang mempunyai sifat katalitik, sifat ini menyebabkan enzim
berguna dalam telah analitik. Beberapa enzim hanya terdiri atas protein tetapi kebanyakan
enzim mengandung komponen nonprotein tambahan seperti karbohidrat, lipid logam, fosfat,
atau beberapa nagian organik lainnya. Enzim lengkap disebut haloenzim; bagian protein,
apoenzim; dan bagian nonprotein, kofaktir. Senyawa yang diubah dalam reaksi yang dikatalis
enzim disebut substrat.
 Sifat – sifat enzim baru diketahui pada abad ke – 20. Meskipun orang – orang telah
menggunakannya sejak zaman prasejarah. Pemanfaatan enzim secara skala industry baru
dimulai tahun 1960-an. sejak itu enzim berkembang pesat sampai – sampai detergen
menggunakan enzim yang memudahkan menghilangkan noda karat (sejenis oksidase).
Penggunaan enzim terus mengalami perkembangan. Mulai dari pembuatan antibiotika,
vitamin, produksi dekstrosa, dan produksi susu dengan gula susu rendah bagi penderita
lacose intolerance.
Ligase (dari bahasa Latin kata kerja ligase "untuk mengikat" atau "untuk lem bersama-sama") adalah
sebuah enzim yang dapat mengkatalisis bergabung dengan dua molekul besar dengan membentuk baru ikatan
kimia , biasanya dengan disertai hidrolisis kelompok kimia kecil tergantung pada salah satu molekul yang
lebih besar. Ligase merupakan proses memasukan sekuens DNA yang mengandung gen yang diinginkan ke
dalam DNA genom. Ligase menghasilkan produk yang disebut dengan DNA rekombinan. Ligase
merupakan enzim yang dapat mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara ujung 5’-fosfat dan 3'-
hidroksil yang digunakan saat proses ligasi pada DNA yang mengalami pemotongan dengan enzim restriksi
sebelumnya. Enzim Ligase dibagi menjadi 2 subkelas yaitu Enzim Sintase dan Karboksilase. Enzim
karboksilase berfungsi dalam pengubahan asam organik secara bolak-balik. Contoh
pengubahan asam piruvat menjadi asetaldehida dibantu oleh karboksilase piruvat.
1.2 Tujuan

 Memahami tentang ligase subkelas karboksilase

 Memahami gambar enzim ligase sub kelas karboksilase
 Memahami mekanisme reaksi ligase sub kelas karboksilase
 Memahami kegunaan enzim ligase sub kelas karboksilase
 Memahami faktor-faktor yang mempengaruhi enzim karboksilase

BAB II PEMBAHASAN

2.1 Definisi Ligase dan karboksilase

Ligase berfungsi Mengkatalisis reaksi dimana dua gugus kimia disatukan atau diikatkan
(ligasi) dengan menggunakan energi yang berasal dari ATP. Enzim karboksilase berfungsi dalam
pengubahan asam organik secara bolak-balik. Contoh pengubahan asam piruvat menjadi
asetaldehida dibantu oleh karboksilase piruvat. EC 6 Ligase : menggabungkan dua molekul
dengan. Menurut IUBMB (International Union of Biochemistry and Molecular Biology),
enzim-enzim dikelompokkan menjadi 6 golongan atau kelas, Masing-masing kelas ini
dikelompok-kelompokkan lagi menjadi beberapa subkelas. Misalnya, enzim kelas (1) yaitu
kelas Oksidoreduktase, dibagi menjadi beberapa subkelas, antara lain subkelas

(1) yaitu enzim oksidoreduktase yang bekerja pada gugus CH-OH donor dan subkelas
 (2) yaitu enzim yang bekerja pada gugus aldehida atau gugus okso senyawa donor
Demikian pula enzim kelas (2), (3), (4) dan selanjutnya, masing-masing juga dibagi-bagi lagi
menjadi beberapa subkelas. Kemudian, masing-masing subkelas juga masih dibagi-bagi lagi
menjadi beberapa sub-subkelas. Misal, enzim subkelas (1) dari kelas (1) yaitu enzim
oksidoreduktase yang bekerja pada gugus CH-OH donor, dibagi lagi menjadi beberapa sub-
subkelas, antara lain sub-subkelas (1) yaitu yang bekerja dengan NAD or NADP sebagai
akseptor dan sub-subkelas (2) yaitu yang bekerja dengan sitokrom sebagai akseptor. Masing-
masing sub-subkelas ini beranggotakan beberapa enzim yang memenuhi kriteria dalam
pengelompokannya.

2.2 Tata Penamaan Enzim Karboksilase

Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida
trifosfat lainnya.

X + Y + ATP ------------- X-Y + ADP + Pi

• Nama sistematik X:Y ligase

• Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk

1. C-O

2. C-S

3. C-N

4. C-C

• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk

E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase)

E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida, sintase)

Contoh
• ATP + D-glukosa ------------------- ADP + D-glucose 6-phosphate

• Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase

• Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase

• EC number: 2.7.1.1
 (2) Transferase

(7) Phosphotransferase

(1) gugus hidroksil sebagai akseptor

(1) nomor seri yang diberikan secara acak

2.3 Gambar Enzim Karboksilase

Enzim ini mengkatalisis reaksi penggabungan 2 molekul dengan dibebaskannya

molekul pirofosfat dari nukleosidatrifosfat, sebagai contoh adalah enzim asetat = CoA-SH
ligase yang mengkatalisis rekasi sebagai berikut: Asetat + CoA-SH + ATP Asetil CoA +
AMP + P-P .

Ligase subkelas karboksilase termasuk endoenzim karena, Endoenzim disebut juga

enzim intraseluler, yaitu enzim yang bekerjanya di dalam sel. Umumnya merupakan enzim
yang digunakan untuk proses sintesis di dalam sel dan untuk pembentukan energi (ATP) yang
berguna untuk proses kehidupan sel, missal dalam proses respirasi.

2.4 Mekanisme Kerja Enzim

Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis kofaktor, yaitu NAD+ atau ATP.
Peristiwa ini menghasilkan kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen dengan
grup α-amino residu lysin pada sisi aktif dengan melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika
kofaktor berupa ATP; atau nicotinamide mononucleotide (NMN), jika kofaktor berupa
NAD+.[1] Kemudian sebagian AMP akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5’-
fosfat yang berada pada nick utas DNA. Pada akhirnya, iktan fosfodiester akan terbentuk
antara ujung 3’-OH yang berada di ujung nick dengan 5’-fosfat dan melepaskan AMP dan
enzim adenylate.

Produksi enzim dilakukan oleh sel, berdasarkan instruksi dari gen sel itu. Jadi cacat
pada gen dapat mengakibatkan enzim rusak, yang tidak bekerja dengan baik. Struktur dan
fungsi masing-masing enzim berbeda. Mereka harus bertindak atas target yang berbeda, yang
bervariasi dari satu enzim ke enzim lainnya. Biasanya, enzim tertentu dapat bertindak atas
target tertentu saja. Tindakan enzim berbeda dan kompleks dan sebagainya, ada berbagai
teori tentang subjek ini. Secara umum, mekanisme kerja enzim dapat digambarkan sebagai
berikut. Setiap enzim bertindak atas target tertentu yang disebut substrat, yang diubah
menjadi produk yang dapat digunakan melalui aksi enzim. Dengan kata lain, enzim bereaksi
dengan substrat membentuk kompleks enzim-substrat. Setelah reaksi selesai, enzim tetap
sama, tapi substrat mengubah produk. Misalnya, sukrase tindakan enzim pada substrat
sukrosa untuk membentuk produk - fruktosa dan glukosa.
Teori lock and key : Ini adalah salah satu teori yang menjelaskan mekanisme kerja
enzim. Sesuai teori ini, masing-masing enzim memiliki area spesifik (disebut situs aktif) yang
dimaksudkan untuk substrat tertentu untuk mendapatkan terpasang. Situs aktif enzim ini
melengkapi bagian tertentu dari substrat, sejauh bentuk yang bersangkutan. Substrat akan
masuk ke dalam situs aktif dengan sempurna, dan reaksi antara mereka terjadi.

Substrat yang tepat akan masuk ke dalam situs aktif enzim dan membentuk kompleks enzim-
substrat. Ini adalah di situs ini aktif bahwa substrat ditransformasikan ke produk yang dapat
digunakan. Setelah reaksi selesai, dan produk yang dirilis, situs aktif tetap sama dan siap
untuk bereaksi dengan substrat baru. Teori ini didalilkan oleh Emil Fischer pada tahun 1894.
Teori ini memberikan gambaran dasar tentang aksi enzim pada substrat. Namun, ada faktor-
faktor tertentu yang tetap tidak dapat dijelaskan. Sesuai teori ini, asam amino (dalam keadaan
terikat) di situs aktif bertanggung jawab untuk bentuk spesifik. Ada enzim tertentu yang tidak
membentuk bentuk apapun dalam bentuk terikat. Kunci dan teori kunci gagal untuk
menjelaskan aksi enzim tersebut.
Teori Induced-fit : Teori ini dirumuskan oleh Daniel E. Koshland, Jr pada tahun 1958.
Teori ini juga mendukung hipotesis gembok dan kunci bahwa situs aktif dan substrat cocok
dan bentuk mereka saling melengkapi. Menurut teori-induced fit, bentuk situs aktif tidak
kaku. Hal ini fleksibel dan perubahan, sebagai substrat datang ke dalam kontak dengan
enzim. Untuk lebih tepatnya, sekali enzim mengidentifikasi substrat yang tepat, bentuk
perubahan situs aktifnya sehingga muat kedua persis. Hal ini menyebabkan pembentukan
kompleks enzim-substrat dan reaksi lebih lanjut. Seperti teori ini menjelaskan mekanisme
kerja berbagai enzim, itu diterima secara luas daripada kunci dan hipotesis kunci. Faktor-
faktor yang Mempengaruhi Aksi Enzim ': Aktivitas enzim dipengaruhi oleh berbagai faktor,
seperti suhu, pH, dan konsentrasi. Biasanya, suhu tinggi meningkatkan laju reaksi yang
melibatkan enzim. Suhu optimal untuk reaksi tersebut dikatakan sekitar 37 º C sampai 40 º C.
Setelah suhu naik di atas tingkat ini, enzim mendapatkan terdenaturasi dan mereka tidak lagi
cocok untuk reaksi dengan substrat. Variasi pH juga dapat mempengaruhi mekanisme kerja
enzim. Tingkat pH optimum dapat bervariasi dari satu enzim yang lain, sesuai dengan lokasi
aksi mereka. Variasi dari tingkat pH dapat memperlambat aktivitas enzim dan hasil pH yang
sangat tinggi atau rendah dalam enzim terdenaturasi yang tidak dapat memegang substrat
dengan benar. Tingkat aktivitas enzimatik dapat meningkat dengan konsentrasi enzim dan
substrat.

2.4.1 Reaksi Enzim sub kelas Karboksilase

Ligase atau Sintetase, menggandakan pembentukan berbagai ikatan kimia sampai

pada gangguan ikatan pirofosfat didalam trifosfat adenosin atau sebuah nukleotida yang
sama. Kelas ke 6: Enzim Ligase, berarti mengikat, enzim enzim ini terlibat dalam reaksi
sintesa dimana 2 molekul tergabung pada pengeluaran sebuah ATP “Ikatan fosfat energi
tinggi” kegunaan sintetase tersedia untuk grup khusus enzim. Pembentukan acyl amino
tRNA bekerja koenzim A, glutamin dan tambahan CO2 menjadi piruvat, adalah reaksi yang
dikalisa oleh enzim ligase. Contoh, piruvat karboksilase. Enzim ligase berperan dalam reaksi
sintesis dimana 2 molekul digabungkan dengan energy dari ikatan fosfat berenergi tinggi dari
ATP. Istilah sintetase digunakan untuk sebagian kelompok dari enzim ini. Pembentukan
aminoasil tRNA, asil koenzim A, dan glutamine serta penambahan CO 2 pada piruvat
merupakan reaksi reaksi yang dikatalisis oleh ligase. Piruvat karboksilase merupakan contoh
yang bagus dari enzim ligase. Substrat bikarbonat dan piruvat diligasi atau diikat untuk
membentuk asam α keto 4 karbon (C4)

Ligase (ligare = mengikat)

Enzim yang mengkatalisis penggabungan 2 senyawa diikuti oleh pemecahan ikatan pirofosfat
pada ATP atau senyawa yang sejenis. Yang termasuk golongan ini adalah enzim-enzim yang
mengkatalisis reaksi pembentukan ikatan C-O, C-S, C-N, dan C-C. Subkelasnya diwakili
oleh :
1. Enzim-enzim yang mengkatalisi pembentukan ikatan G-S. Misalnya :
Suksinat : KoA ligase (GDP) [suksinat tiokinase]
GTP + suksinat : KoA ligase (GDP) + Pi + suksinil
2. Enzim-enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan C-N. Misalnya :
L-Glutamat : Amonia ligase (ADP) [Glutamin sintetase].
ATP + L-Glutamat + NH4 = ADP + oriofosfat + L-Glutamin
3. Enzim-enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan C-C. Misalnya :
Asetil-KoA : CO2 ligase (ADP) [asetil-KoA karboksilase].
ATP + asetil-KoA + CO2 = ADP + Pi + malonil- KoA

Enzim karboksilase adalah enzim dari golongan ligase yang mengkatalis reaksi karboksilasi
terhadap asam piruvat guna menghasilkan asam oksaloasetat.

2.5 Fungsi enzim karboksilase

Enzim Karboksilase berfungsi dalam pengubahan asam organik secara bolak – balik
yaitu reaksi pelepasan CO2 dan gugusan karboksil (–COOH). Contoh : pengubahan asam
piruvat menjadi asetaldehide dibantu oleh karboksilase piruvat.

2.6 Faktor – faktor yang mempengaruhi Enzim

a. Temperatur
Enzim tersusun dari protein, maka enzim sangat peka terhadap temperature.
Temperature yang terlalu tinggi dapat menyebabkan denaturasi protein. Temperature
yang terlalu rendah dapat menghambat reaksi. Enzim karboksilase didalam tubuh
manusia memiliki suhu optimum sekitar 37°C.
b. Perubahan pH Enzim juga sangat terpengaruh oleh pH.

Perubahan pH dapat mempengaruhi perubahan asam amino kunci pada sisi aktif
enzim sehingga menghalangi sisi aktif berkombinasi dengan substratnya. pH optimum
yang diperlukanberbeda – beda tergantung jenis enzimnya. Bila aktivitas enzim
diukur pada pH yang berlainan, maka sebagian besar enzim didalam tubuh akan
menunjukan aktivitas optimum antara pH 5,0 - 9,0.

c. Konsentrasi Enzim dan Substrat

 Agar reaksi berjalan optimum, maka perbandingan jumlah antara enzim dan substrat
harus sesuai. Jika enzim terlalu sedikit dan substrat terlalu banyak reaksi akan
berjalan lambat bahkan ada substrat yang tidak terkatalisasi. Semakin banyak enzim,
reaksi akan semakin cepat.
d. Inhibitor Enzim
Seringkali enzim dihambat oleh suatu zat yang disebut inhibitor, ada dua jenis
inhibitor yaitu sebagai berikut:
1. Inhibitor kompetitif.
Pada penghambatan ini zat-zat penghambat mempunyai struktur yang mirip
dengan struktur substrat. Dengan demikian baik substrat maupun zat penghambat
berkompetisi atau bersaing untuk bersatu dengan sisi aktif enzim, jika zat
penghambat lebih dulu berikatan dengan sisi aktif enzim, maka substratnya tidak
dapat lagi berikatan dengan sisi aktif enzim.
2. Inhibitor nonkompetitif
Pada penghambatan ini, substrat sudah tidak dapat berikatan dengan kompleks
enzim- inhibitor, karena sisi aktif enzim berubah.
e. Aktivator
Aktivator juga mempengaruhi kecepatan reaksi. Enzim membutuhkan aktivator dalam
reaksi katalisnya. Jadi adanya aktivator, kecepatan reaksi akan meningkat dan
aktivator enzim karboksilase yaitu senyawa piruvat karboksilase.
 DAFTAR PUSTAKA

http://www.biomagz.com/2015/12/fungsi-enzim-fungsi-enzim-katalase.html

https://www.academia.edu/8959247/BIOKIMIA_ENZIM?auto=download

https://alkafyuone.wordpress.com/tag/fungsi-enzim/

http://staffnew.uny.ac.id/upload/132310880/pendidikan/Enzim4.pdf

http://staff.ui.ac.id/system/files/users/rosila.idris/material/enzim.ppt

http://library.usu.ac.id/download/fk/biokimia-mutiara.pdf

https://www.academia.edu/31543905/Definisi_Perkembangan_dan_Tata_Nama_Enzim

https://www.slideshare.net/Diahkirana99/enzim-65227840