PCR Polymerase Chain Reaction

PCR adalah prosedur yang digunakan untuk

mengamplifikasi (membuat banyak copi) dari
sekuens DNA yang spesifik

1
Amplifikasi : selective in vitro amplification
- Produknya spesifik
- Produknya random

 Sintesis DNA
- Tahapan:
- Pemanasan utk denaturasi (1 min at 95°C)
- Didinginkan utk hibridisasi primer: annealing
(antara 45°C and 60°C)
- Pemanjangan : 72C

Diulangi 30x 2
Yang diperlukan

- DNA template
- dNTP (dATP, dTTP, dCTP, dGTP)
- Primer
- Taq polymerase
Temperature-resistant DNA polymerase
Thermus aquaticus
Heat resistant
<2 kb target
-MgCl2
-Buffer
-H2O

3
4
5
6
7
8
Click
Animasi

9
10
11
12
 Random Amplified Polymorphic
RAPD DNA

• RAPD marker menggunakan “single short

oligonucleotide primer of abitrary sequence”,
typically 10-mers.

• RAPD markers bersifat dominan. RAPD

polymorphism dihasilkan dari ada atau tidak ada
amplicon.

• Annealing cycles are performed at low

temperatures (about 36C, 37C)

13
14
 RAPD Polymorphisms

Sequences of 10-mer Nama Sekuens

RAPD primers
OP A08 5’ –GTGACGTAGG- 3’
OP A15
M 5’ –TTCCGAACCC- 3’
OP A 17 5’ –GACCGCTTGT- 3’
OP A19 5’ –CAAACGTCGG- 3’
OP D02 5’ –GGACCCAACC- 3’
Polimorphisme DNA antar individu dapat
terjadi karena:
• Ketidakcocokan situs primer (rearrangements
atau delesi pada atau di antara binding sites
primer)
• Munculnya situs primer baru
• Panjang area yang diamplifikasi (panjang antara 2
situs primer)
Reproducibility
• Harus ada pengulangan
• Sensitif terhadap konsentrasi DNA dan
komponen reaksi lainnya (MgCl2)
18
 Kons. MgCl2
Kons. DNA
1 1.5 2.5 3.5 5 mM
5 ng 10 25

19
Click
Animasi
20
21
22
Kegunaan RAPD Analisis biodiversitas
Hubungan kekerabatan
Deteksi variasi somaklonal
Identifikasi kultivar
Resistensi

Brassica – resisten blackleg

23