Kuliah ke-III

m.k. DASAR REKAYASA BIOPROSES TIN 221

METABOLISME I :
Kebutuhan & Sumber Energi bagi
Sel Mikroorganisme

JURUSAN TEKNOLOGI INDUSTRI PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2012
PENDAHULUAN

 Untuk dapat tetap hidup dan berkembang biak,

mikroba melakukan berbagai proses metabolisme

 Proses metabolisme dapat berlangsung bila tersedia

energi yang dibutuhkan

 Mikroba mempunyai kekhasan dalam pembentukan

energi yang dibutuhkan, seperti fermentasi, respirasi
atao fotosintesis

 “Hasil samping” proses pembentukan energi berupa

senyawa yang dapat dimanfaatkan menjadi produk
yang berguna bagi manusia, contohnya etanol, asam
organik dll berdasarkan lintasan metabolismenya
Metabolisme :
Semua aktivitas kimiawi yang terjadi dalam sel, baik yang
berfungsi penguraian (katabolisme) maupun pembentukan
(anabolisme)  prinsipnya reaksi oksidasi-reduksi
Fungsi Metabolisme :
• Memecah senyawa kompleks (nutrien) menjadi
substrat/prekursor (senyawa awal)
• Menangkap energi yang dilepaskan dari pemecahan
nutrien.(katabolisme)
• Sintesis molekul yang dibutuhkan (anabolisme)

Hubungan antara Katabolisme & Anabolisme :

Katabolisme : oksidatif; exergonic (melepaskan energi)
Anabolisme : reduktif, endergonic (membutuhkan
energi)
 KATABOLISME ANABOLISME KATABOLISME
(Khimosintesis) (Biosintesis) (Fotosintesis)

Nutrien/Seny kimia Biopolimer/Mol Sel Cahaya

(KH, Protein, Lemak)
RNA, DNA, Protein,
Polisakarida, Lemak Fotofosforilasi
Fosforilasi tk. substrat
& Fosforilasi Oksidatif

Prekursor/intermediate
(asam amino, gula, asam
ATP
lemak, purin dll)
ATP
Energi ADP ADP Energi
Akumulasi
intraseluler

Produk metabolisme/ Substrat

metabolit

Skema Proses Metabolisme Di dalam Sel Mikroba

NH3
ENERGI

I. PROSES BIOKIMIA PENGHASIL ENERGI

(KATABOLISME)

 1. Kebutuhan & Sumber Energi bagi Mikroba

 2. Energi Kimia & Transfer Energi

 3. Sintesis ATP oleh Mikroba

 4.Lintasan Katabolisme Nutrien

II. PROSES BIOKIMIA YG MEMBUTUHKAN ENERGI
(ANABOLISME/BIOSINTETIK)  dipelajari di
Metabolisme II

1. Penggunaan Energi untuk Proses Biosintetik

2. Biosintesis Senyawa Mengandung Nitrogen :

- Biosintesis Asam Amino & Protein
- Biosintesis Nukleotida & Asam Nukleat

3. Biosintesis Karbohidrat

4. Biosintesis Lipida (Asam Lemak Rantai Panjang dan

Fosfolipida)

5. Penggunaan Energi untuk Proses Selain Biosintesis :

- Transpor Nutrien ke Dalam Sel & Motilitas
I.1. Kebutuhan Energi oleh Sel Mikroba
• Energi digunakan untuk aktivitas :
- Konstruksi bagian struktural sel (dinding sel, membran
sel dll.)
- Sintesis enzim, asam nukleat, polisakarida, fosfolipida &
komponen kimia lain
- Memperbaiki bagian sel yg rusak & pemeliharaan sel
- Pertumbuhan & replikasi (reproduksi)
- Akumulasi beberapa senyawa nutrien cadangan
- Mengekskresikan produk-produk limbah
- Motilitas (pergerakan)

Sumber energi :
cahaya,
tetapi kebanyakan mikroba mendapatkan energi dgn cara
katabolisme senyawa kimia energi disimpan secara
temporer umumnya pada ATP
 I.2. Energi Kimia & Transfer Energi

• Energi kimia : energi yg terkandung pada ikatan kimia dlm.

molekul substrat  lihat contoh

• Proses katabolisme & anabolisme saling berkaitan :

Reaksi exergonic (katabolisme) menghasilkan energi 
ditangkap oleh senyawa pentransfer energi (ATP) 
diberikan ke reaksi endergonic (sintesis) yg butuh energi
• ATP (adenosine triphosphate) menyimpan & mentransfer
energi dgn menerima/melepaskan fosfat anorganik (Pi)
 disintesis dari ADP (adenosine diphosphate)
(Kandungan energi 1 mol ATP = 7.3 kkal/mol)
energi
ADP + Pi ATP + air

ATP + air ADP + fosfat

energi
Ikatan kimia yang mempunyai energi tinggi digambarkan
Dengan garis gelombang (~), terbentuk dengan cara oksidasi

Contoh ikatan kimia berenergi tinggi :

Asetil fosfat O

CH3 – C ~ P

Asetil Koenzim A O
(Acetyl-CoA)
CH3 – C ~ S – CoA

Asetat anhidrid O O

CH3 – C ~ O ~ C - CH3
I.3. Sintesis ATP oleh Mikroba
a. Fosforilasi Tingkat Substrat
b. Fosforilasi Oksidatif (Kemiosmosis)
c. Fotofosforilasi
a. Fosforilasi Tingkat Substrat
Proses adisi fosfat anorganik pada senyawa yg sedang
dioksidasi pada lintasan metabolisme dihasilkan
senyawa yang mengandung ikatan fosfat berenergi tinggi
 energi yg dilepaskan dari substrat tsb digunakan untuk
memindahkan gugus fosfat ke ADP, sehingga terbentuk
ATP (umumnya merupakan pembentukan energi pada
fermentasi)
Contoh senyawa berenergi tinggi :
*1,3 biphospho glycerate & phosphoenolpyruvate
 dihasilkan dari Glikolisis
*succynil~SCoA  dari Siklus Krebs
a. Fosforilasi Tingkat Substrat

Energi yg dilepaskan dari pemecahan senyawa/substrat

organik berenergi tinggi digunakan untuk sintesis ATP
dari ADP

(substrat berenergi tinggi)

Terjadi 2 tahap pada Glikolisis dan 1 tahap pada Siklus
Krebs (TCA) yang menghasilkan ATP melalui Fosforilasi
Tingkat Substrat
 Fermentasi

Respirasi

Konservasi energi pada Fermentasi dan Respirasi

Fosforilasi Tingkat Substrat
 Glikolisis

2 tahap Fosforilasi
Tingkat Substrat
pada Glikolisis
SIKLUS KREBS

1 Tahap
Fosforilasi
Tingkat Substrat
Pada Siklus
Krebs
b. Fosforilasi Oksidatif (Kemiosmosis)

 Terjadi pada sistem respirasi, dimana setelah fosforilasi,

elektron yg dihslkan lalu digunakan oleh Rantai Transpor
Elektron (RTE)
 sbg akseptor elektron terakhir pada RTEadalah O2
 Melibatkan serangkain perpindahan elektron yang
melibatkan senyawa pembawa elektron :
nikotin adenin dinukleotida tereduksi (NADH)/FADH2
dan cytochome yg digunakan untuk sintesis ATP dari
ADP
Sumber NADH/FADH2 :
Glikolisis (pemecahan sumber karbon)
Reaksi piruvat menjadi acetyl-CoA
Metabolisme asam lemak
Siklus Krebs
 Komponen
NADH RTE
dan FADH 2 dioksidasi  melepaskan elektron ke
RTE  melewati serangkaian senyawa pembawa elektron,
 energi yang dilepaskan digunakan untuk memompa ion
H+  terjadi gradien ion H+ (proton motive force) yang
menggerakkan pembentukan ATP oleh enzim syntahse.
Molekul O2 sbg penerima elektron terakhir  terbentuk H2O
dengan menghasilkan ATP

http://cwx.prenhall.com/bookbind/pubbooks/mcmurrygob/medialib/media_portfolio/
text_images/FG21_111-2.JPG ATP
Rantai Transpor Elektron (RTE) :

Merupakan tahap akhir respirasi sel dimana energi pada

NADH & FADH2 dibebaskan, lalu ditransfer dan disimpan
pada ATP

 Digunakan untuk menangkap energi dari reaksi oksidasi-

reduksi (respirasi aerobik dan dari cahaya matahari
(fotosintesis)
RTE berlangsung karena terbentuk gradien ion H+
antara matriks & ruang antar membran mitokondria 
menggerakkan sintesis ATP melalui Fosforilasi Oksidatif
(Kemiosmosis)
Lokasi terjadinya RTE :
• Eukariota : – mitokondria
• Prokariota : – membran sitoplasma
Ringkasan Produksi Energi selama Respirasi Aerobik
c. Fotofosforilasi
- Terjadi pada organisme yang mempunyai klorofil yang
mampu mengabsorbsi cahaya matahari

- Cahaya matahari digunakan untuk menghasilkan

protonmotive force yang menggerakkan sintesis ATP
 Produksi ATP dengan menggunakan energi dari
cahaya matahari (bukan dari pemecahan substrat organik)
 terjadi pada fotosintesis

contoh : cyanobacteria, alga dan tanaman berklorofil)

I.4. Lintasan Katabolisme Nutrien :

Katabolisme Nutrien Kompleks

• M.o dpt menggunakan berbagai jenis senyawa sumber
energi  molekul kompleks (protein, lemak, polisakarida)
shg hrs dihidrolisis secara enzimatis menjadi senyawa
sederhana seblm digunakan sbg pemasok energi

Molekul sederhana selanjutnya dpt dikonversi menjadi

senyawa lain yg dpt memasuki lintasan disimilasi sel :
- Protein  peptida  asam amino  membentuk asam
piruvat  ke Siklus Krebs
- Lemak  gliserol  ke Glikolisis ; asam lemak 
Asetil KoA  ke Siklus Krebs
- Polisakarida  Monosakarida/glukosa ke Glikolisis
CARA MIKROBA
MENDAPATKAN ENERGI
1. Fermentasi

2. Respirasi Aerobik

3. Respirasi Anaerobik

3. Fotosintesis
Oksidasi Biologi :
Merupakan proses oksidasi-reduksi, yaitu reaksi penting
oleh sel hidup pada metabolisme & pengadaan energi

oksidasi (-elektron/H+)
A B
reduksi (+elektron/H+)

- Pada reaksi oks-red, elektron mengalami perpindahan

tingkat energi yg tinggi ke tingkat energi yg lbh rendah

 Reaksi oksidasi membebaskan energi & reduksi

membutuhkan energi

- Pada tiap reaksi, terlibat pasangan senyawa :

satu dlm bentuk teroksidasi & lainnya dlm bentuk tereduksi
 tiap pasangan senyawa = “Sistem Oksidasi-Reduksi” =
Sistem O/R
Bila suatu sistem O/R mengoksidasi sistem O/R lainnya, maka
terjadi pembebasan energi yang besarnya sebanding dengan
selisih antara nilai Eo (electrical potential = tegangan listrik
suatu reaksi oksidasi-reduksi, volt)  energi yang dihasilkan
Digunakan untuk mensintesis ATP

Semakin besar perbedaan Eo antara senyawa yang

mengoksidasi dengan senyawa yang mereduksi atau
semakin negatif senyawa yg mengoksidasi dan semakin positif
senyawa yg mereduksi  energi yang dihasilkan juga semakin
besar.

(Eo sistem semakin negatif = donor elektron bagi sistem

dg Eo lebih positif (= akseptor elektron)

Jadi sel dapat menghasilkan energi dengan mengoksidasi Eo

yang lebih negatif dan mereduksi Eo yang lebih positif
 pemindahan elektron berhubungan dengan produksi
FERMENTASI

- Merupakan reaksi oksidasi-reduksi di dalam sistem

biologi yang menghasilkan energi  sebagai donor dan
akseptor elektron digunakan senyawa organik (tdk perlu
O2)  tdk efisien

- Senyawa organik yang biasa digunakan adalah

karbohidrat dalam bentuk glukosa

- Skema proses fermentasi :

senyawa organik teroksidasi

(donor elektron)

e- energi (2 ATP/mol Glukosa)

senyawa organik tereduksi

(akseptor elektron)
Fermentasi :

-Merupakan pemecahan karbohidrat secara anaerobik yang

bertujuan untuk menghasilkan energi bagi mikroba

- Melibatkan glikolisis, namun tidak melibatkan RTE 

pemecahan glukosa menghasilkan 2 ATP/mol glukosa
dengan melalui Fosforilasi Tingkat Substrat

- Ditemui pada mikroba anaerobik dan anaerobik fakultatif

Hasil samping dari produksi energi pada Fermentasi
yg bermanfaat bagi manusia , contohnya :
1.Fermentasi Alkohol
2.Fermentasi Asam Laktat
3. Fermentasi 2,3-Butanediol
4. Fermentasi Asam Propionat
6. Fermentasi Asam Butirat
RESPIRASI

- Sel mempunyai enzim oksidase, sehingga dpt menggunakan

O2 sebagai akseptor elektron terakhir

- Mol O2 merupakan substrat yang baik untuk direduksi

(Eo + 0.82) & tersedia banyak di udara  lebih efisien
mengubah substrat menjadi energi (20X fermentasi)

- Elektron dlm sistem respirasi berasal dari DPNH+H+ (hasil

oksidasi substrat)  melalui flavoprotein atau FAD (protein
pembawa elektron) dan sitokroma (RTE=rantai transpor
elektron) diubah menjadi energi dlm bentuk ATP
RESPIRASI

Substrat respirasi : KH (glukosa), lemak, protein

substrat organik teroksidasi

(donor elektron)
e-
energi ( 36 ATP/mol glukosa)
FAD

sitokroma

O2 H2O
 Respirasi Aerobik

- Proses katabolik yang menghasilkan ATP

- Melibatkan lintasan metabolisme :

a. Glikolisis
b. Konversi piruvat menjadi asetil Ko-A
(Asam piruvat (dari glikolisis) dioksidasi menjadi Asetil KoA)
 sebagai substrat awal Silkus Krebs dg menghaslkan
1 NADH
c. Siklus Krebs
d. Rantai Transpor Elektron & Fosforilasi Oksidatif
Respirasi Aerobik :
Respirasi
Aerobik

Total : 38 ATP
(Net : 36 ATP)
RESPIRASI ANAEROBIK

• Respirasi tanpa menggunakan oksigen dari luar, tetapi

menggunakan senyawa anorganik yg ada dlm substrat sbg
akseptor elektron terakhir  Energi yg dihasilkan lebih
sedikit dibandingkan respirasi aerobik
senyawa organik teroksidasi
(donor elektron)
e-

energi

senyawa anorganik

(akseptor elektron) tereduksi

Senyawa- senyawa anorganik yg dpt digunakan sbg

akseptor elektron : sulfat, nitrat, atau CO2
Respirasi Anaerobik melibatkan :
- Glikolisis, Siklus Asam Sitrat dan RTE

-Total hasil energi per molekul glukosa yang dioksidasi

lebih kecil atau sama dengan 36 ATP (lebih sedikit dari
Respirasi Aerobik, tapi lebih banyak dari fermentasi)

Beberapa prokariot mampu melakukan respirasi anaerob

Contoh :
- Beberapa bakteri pereduksi sulfat dapat mentransfer
elektron ke ggs sulfat  direduksi menjadi H2S.
- Bakteri pereduksi nitrat dapat mentransfer elektron ke
ggs nitrat  direduksi menjadi nitrit
- Bakteri pereduksi nitrat lain dapat mereduksi nitrat  NO
dan N2
Anaerobic respiration :  use of some compound other than O2 as a
final electron acceptor in the electron transport chain. Electron
acceptors used by procaryotes for respiration or methanogenesis

electron acceptor reduced end name of process organism

product

O2 H2O aerobic Escherichia,Strept

respiration omyces
anaerobic
NO3 NO2, N2O or N2 respiration: Bacillus,Pseudom
onas
denitrification
anaerobic
SO4 S or H2S respiration: Desulfovibrio
sulfate reduction
anaerobic
respiration:using
fumarate succinate Escherichia
an organic e-
acceptor

CO2 CH4 methanogenesis Methanococcus

Biological methanogenesis is the primary source of
methane (natural gas) on the planet. Methane is
preserved as a fossil fuel (until we use it all up) because
it is produced and stored under anaerobic conditions,
and oxygen is needed to oxidize the CH4 molecule.
Methanogenesis is not really a form of anaerobic
respiration, but it is a type of energy-generating
metabolism that requires an outside electron acceptor in
the form of CO2. Methane is a significant greenhouse gas
because it is naturally produced in fairly quantities and it
absorbs up to 15 times more heat than carbon dioxide.
Denitrification is an important process in agriculture because it
removes NO3from the soil. NO3 is a major source of nitrogen fertilizer
in agriculture. Almost one-third the cost of some types of agriculture is
in nitrate fertilizers The use of nitrate as a respiratory electron acceptor
is usually an alternative to the use of oxygen. Therefore, soil bacteria
such as Pseudomonas  will use O2 as an electron acceptor if it is
available, and disregard NO3. This is the rationale in maintaining well-
aerated soils by the agricultural practices of plowing and tilling.E.
coli will utilize NO3 (as well as fumarate) as a respiratory electron
acceptor and so it is able to respire in the anaerobic intestinal habitat. 
Among the products of denitrification, N2O  is of a major concern
because it is a greenhouse gas with 300-times the heat absorbing
capacity of CO2. Denitrifying bacteria that respire using N2O as an
electron acceptor yield N2 and  therefore provide a sink for the N2O.
although this does not ameliorate denintrification of the soil.
Sulfate reduction
It is an obligatory process that occurs only under anaerobic
conditions. Methanogens and sulfate reducers may share habitat,
especially in the anaerobic sediments of eutrophic lakes such as
Lake Mendota, where they crank out methane and hydrogen sulfide
at a surprising rate.

Anaerobic respiring bacteria and methanogens play an essential role

in the biological cycles of carbon, nitrogen and sulfur. In general,
they convert oxidized forms of the elements to a more reduced state.
- The lithotrophic procaryotes metabolize the reduced forms of
nitrogen and sulfur to a more oxidized state in order to produce
energy.
- The methanotrophic bacteria, which uniquely posses the enzyme
methane monooxygenase, can oxidize methane as a source of
energy. Among all these groups of procaryotes there is a minicycle of
the elements in a model ecosystem.
FOTOSINTESIS

(B) e- e- (B)
A & B = tingkat energi elektron
Energi sinar Energi yg digunakan sel
Matahari untuk metabolismel

(A) e- e- (A)

H2O O2

• Menggunakan energi sinar matahari untuk meningkatkan

energi elektron yg dihasilkan oleh oksidasi air menjadi
oksigen
 algae, bbrp bakteri (e.g Cyanobacteria) & tanaman hijau
• Reaksi : n CO2 + H2O sinar matahari (CH2O)n + O2
• Cahaya diabsorbsi oleh klorofil (karbohidrat)
• Saat cahaya diabsorbsi, dilepaskan elektron dari klorofil dan akan
masuk ke Rantai Transpor Elektron (RTE)  energi (ATP)