*

Kuliah 2 Rekayasa Biokimia

* Berangkat: 31 Mei 1911
* Total korban: 1,502 (68%)
* Penumpang yang tewas: 818 (62%)
* ABK yang tewas: 684 (77%)

*
* Mengambil energi dari makanan untuk proses
produksi ATP
* Sehingga sel memiliki energi untuk bekerja

*
 Glucose

CYTOSOL

Pyruvate

No O2 present O2 present
Fermentation Cellular respiration

MITOCHONDRION

Ethanol Acetyl CoA

or
lactate
Citric
acid
cycle
Metabolisme  paduan reaksi-reaksi dimana sel
menggunakan sumber-sumber bahan untuk memperoleh :
- energi
- blok pembangun kimiawi (dinding sel dll)
- bahan-bahan dan energi untuk pemeliharaan sel,
pertumbuhan, pergerakan dan reproduksi

Metabolisme :
a. Katabolisme (pemecahan)
b. Anabolisme (biosintesis)

Produk : hasil proses katabolisme atau anabolisme

Media (substrat dll)  sbg sumber energi, pembentuk sel

dan produk metabolisme
METABOLISME

Katabolisme (pemecahan) :
Menghasilkan energi dan produk metabolik/antara
yang selanjutnya digunakan untuk seluruh aktivitas
seluler, termasuk kegiatan biosintesis (anabolisme),
kerja mekanis (motilitas) dan kerja osmotik dan
elektrik (transpor nutrien)

Anabolisme (biosintesis) :
Penyusunan bahan sel tidak hanya dari konstituen
utama ( protein, asam nukleat, lemak, karbohidrat dll)
tapi juga dari senyawa antara (asam amino, purin,
pirimidin, asam lemak, gula dll)  memerlukan energi
 KATABOLISME ANABOLISME KATABOLISME
(Kemosintesis) (Biosintesis) (Fotosintesis)

Sumber Energi Biopolimer Cahaya

RNA, DNA,
Fosforilasi substrat Protein Fosforilasi
& Oksidatif

Bioelemen/intermediet
(asam amino, purin dll)
ATP ATP
Panas Panas
ADP ADP
Pengumpulan
intraseluler

Produk metabolisme Substrat

Skema Proses Metabolisme di dalam Sel Mikroba

KATABOLISME

Glukosa = sumber energi & sumber karbon  “Metabolisme

Sentral”  glikolisis & Siklus Asam Sitrat

Pada mikroba dikenal 4 jalur pemecahan glukosa menjadi

asam piruvat :
1. Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis
2. Jalur Heksosamonofosfat (HMF)
3. Jalur Entner-Doudoroff (ED)
4. Jalur Fosfoketolase (FK)
 tergantung jenis mikroba & ketersediaan substrat

Piruvat  menjadi kunci dalam proses katabolisme

selanjutnya, Contoh :  asam laktat,
etanol (khamir) dll
Metabolisme Piruvat Secara Anaerobik

• Beberapa mikroba memetabolisme piruvat dengan

berbagai jalur kondisi anaerobik
• Contoh :

Mikroba Produk Utama

Clostridia Asam butirat, asam asetat, butanol, etanol,
aseton, CO2, H2

Enteric bacteria Asam asetat, etanol, CO2 , H2 atau asam format,

(E. coli, asam laktat, asam suksinat, 2,3-butilen glikol
Aerobacter aero-
genes)

Khamir Etanol, CO2

Homofermentatif Lactic acid

lactobacilli
ANABOLISME (BIOSINTESIS)

1. Biosintesis Asam Amino

2. Biosintesis Asam Lemak

3. Biosintesis Karbohidrat

4. Biosintesis Nukleotida

5. Biosintesis Antibiotika

6. dll

Pelajari lagi bahan kuliah Dasar Rekayasa Biokimia

 * KOORDINASI METABOLISME MIKROBIAL
*Mikroba mempunyai mekanisme metabolisme yang
terkoordinasi dengan baik :
 mempunyai enzim-enzim yang dibentuk dan berfungsi
dengan cara terpadu, sehingga molekul-molekul
terbentuk dengan proporsi tepat dan nutrien berharga
tidak terbuang percuma
 Mencegah “overproduction” metabolit/prekursor dan
blok pembangun. Contoh : metabolisme pati untuk
biosintesis oleh mikroba

Menjamin pada waktu tertentu hanya disintesisi enzim

yang diperlukan dan dalam jumlah tepat (efisien)
 * METABOLISME PATI

Substrat Pati Glukosa Sel

Siklus Krebs C2&C3

Senyawa antara + energi

Protein, DNA, RNA,

mukopeptida, “building blocks”
polisakarida, koenzim, (asam amino, ribonukleotida,
lipida vitamin, asam organik, gula)

Struktur sel (nukleus,

ribosom, flagela, dinding
sel, membran,
mitokondria)
 * Lintasan Biokimiawi Sederhana A ke C dapat
mengalami : induksi, penghambatan umpan balik,
represi umpan balik dan represi katabolit
Glukosa
Induksi
A Represi Katabolit
Enzim a
B
Penghambatan Enzim b
umpan balik C Asam amino
Enzim c (bahan pembuat
enzim)
D
Enzim d
E
Represor

Represi umpan balik

 * REGULASI METABOLISME
* Metabolisme mempunyai adaptasi yang baik terhadap
perubahan lingkungan  metabolisme dengan proses
metabolisme yangg lebih efisien akan menang kompetisi
dengan metabolisme lain

* Mekanisme pangaturan metabolisme pada keadaan

lingkungan yang berubah :
1. Adaptasi Genotip
 disertai perubahan gen
2. Adaptasi Fenotip
 penyesuaian dengan cara mengatur metabolismenya,
sehingga tumbuh lebih efisien dalam lingkungan baru
 tidak disebabkan oleh perubahan gen
 cara adaptasi : dengan mengatur sintesis enzim atau
aktivitas enzim
* Pembuatan ATP:
* Fosforilasi
* Transfer gugus fosfat dari ATP ke molekul lain:
* Fosforilasi substrat
* Fosforilasi oksidatif
* Pelepasan energi cukup banyak
* Gugus fosfat  “energy currency”

*
* Energi dari makanan  tidak dapat langsung digunakan
* Respirasi:
* Oksidasi senyawa makanan (mis: glukosa)
* Aerob : akseptor e  O2
* Anaerob: akseptor e  senyawa lain
* Reaksi kimia yg dapat digunakan oleh sel  reaksi redoks
* Berlangsung dalam sitoplasma & mitokondria

*
*Glikolisis
* Perombakan glukosa  asam piruvat
* Hasil: sedikit ATP & NADH
*Siklus Krebs
* Oksidasi senyawa “bahan bakar” (mis: CH2O, as lemak, as
amino) sambil membentuk: CO2, H2O, & ATP.
* Acetyl-coenzymeA --> CO2 + NADH + GTP + FADH2
*Sistem Transpor Elektron:
* Pembentukan ATP

*
*
*
*
*
*
* Respirasi menghasilkan ATP
* Berbagai senyawa dapat menjadi substrat
* Senyawa intermediate dapat menjadi prekursor

*
 Pada proses fotosintesis
tumbuhan menggunakan
cahaya, air dan CO2 untuk
menghasilkan KH

2 macam reaksi:
1. Reaksi terang
*
2. Reaksi gelap
 Potongan melintang daun.
Setiap sel fotosintesis
memiliki banyak
kloroplas.Ukuran kloroplas
sangat kecil. Apabila kita
menumpuk 2000 kloroplast
besar tumpukan akan
setinggi uang logam

Sel Kloroplas
 Protein membran

Thylakoid:
•Tempat berlangsungnya reaksi terang
•H2O dipecah dan molekul hidrogen dikonsentrasikan di dalam
kompartemen thylakoid
•Berlangsung dengan bantuan protein membran yang juga membantu
produksi ATP
•Pembentukan senyawa karbohidrat berlangsung di dalam stroma
 *

* Terjadi dalam photosystems

yg ada dlm thylakoid
* Ada 2 photosystem:
* Photosystem I
* Photosystem II
Jalur pembentukan ATP secara siklik:
*
• Elektron dibebaskan dari klorofil a pada photosystem I melalui sistem
transpor elektron
• Elektron kembali ke P700
•Aliran elektron menghasilkan ATP dari ADP dan P yang terdapat di dalam
kloroplas
 Stroma ATP
Q Synthase
Cyt b/f P700*
Thylakoid
membrane P680* PQ
P700
P680 PC
Thylakoid
Lumen
H+
H2 O ½ O2 + H+
*

1.Fotolisis menghasilkan elektron, oksigen dan hidrogen.

Oksigen berdifusi keluar elektron masuk ke ETS. Ion hidrogen
terakumulasi dalam thylakoid
 *
2. Energi yang hilang karena elektron masuk ke ETS digunkan untuk
memompa hidrogen masuk ke thylakoid. Timbul gradien konsentrasi
 *
3. Hidrogen mengalir keluar dari thylakoid melalui ATP synthase. Pengaliran
ion melalui ATP synthase akan mengkatalisis pengikatan fosfat ke ADP
sehingga terbentuk ATP
 * PENGATURAN METABOLIK

Enzim Katabolik  diatur oleh Induksi & Pengaturan Katabolit

1. Induksi
 terhadap sintesis enzim & terjadi pada tingkat gen
 induksi = peningkatan relatif laju sintesis suatu enzim
tertentu hanya jika ada induser (terjadi pd tk transkripsi)
(substratnya atau komponen yang serupa/analog)
 Metabolisme banyak yang dapat menggunakan berbagai
sumber karbon, agar efisien metabolisme hanya
mensintesis enzim yang dibutuhkan untuk memecahkan
substrat yang ada
 induksi menjamin energi dan asam amino tidak sia-sia
untuk memproduksi enzim yang tidak diperlukan
Contoh : Pemecahan laktosa oleh E.coli
(substrat utama glukosa)
Enzim konstitutif

Laktosa glukosa Asam piruvat

Enzim terinduksi
Laktase : enzim galaktosa Glukosa-1-P
terinduksi (langsung)
(tidak langsung)
Enzim konstitutif : enzim pemecah glukosa diproduksi
setiap saat
Enzim terinduksi dibutuhkan terutama bila m.o berada
dalam lingkungan media terbatas nutrien (Contoh bila
E.coli ditumbuhakan pada laktosa, maka gen-gen
penyandi berbagai enzim yang terlibat dalam
pemanfaatan laktosa akan diekspresikan
 * Contoh Induser beberapa Enzim

Enzim Induser Substrat Induser analog

β-galaktose Laktosa Isopropil-β-D
thiogalaktosa

Penisilase Benzil penisilin Methisilin

Maleat cis, trans Asam maleat Asam malonat
isomerase
Amidase alifatik Asetamida N-metilasetamida
Tirosinase L-tirosin D-tirosin
D-fenilalanin
 * Induser Produk Metabolisme

Enzim Induser Produk

Amilase Maltodekstrin
Lipase Asam lemak
Histidase Asam urokanat
Poligalakturonase Asam galakturonat

Induser Koenzim
Enzim Induser Koenzim
Piruvat dekarboksilase Thiamin
2. Represi Katabolit :
 penurunan relatif laju sintesis suatu enzim spesifik,
karena ada :
a) Sumber karbon yang lebih dapat diasimilasi Efek Glukosa
b) Sumber Nitrogen
* Enzim yang aktif memecah substrat yang mengandung
nitrogen dapat direpresi oleh amonia atau asam amino
* Contoh :
• Protease Bacillus (direpresi oleh asam amino)
• Nitrit/nitrat reduktase, nitrogenase, asparginase
(direpresi oleh ggs amino)
c) Sumber Fosfat dan Sulfur
Contoh : - Fosfatase E. coli  direpresi oleh fosfat
anorganik
Contoh : represi katabolit = glucose effect
Biosintesis metabolit sekunder (diproduksi pada fase
stasioner) dapat dihambat oleh substrat yang dapat
dimetabolisme secara cepat oleh mikroba
Produksi penisilin oleh Penicillium chrysogenum dengan
menggunakan media campuran glukosa dan laktosa.
Glukosa substrat yang buruk dan menghambat
sintesis penisilin (dikonsumsi saat fase
eksponensial/trophophase untuk pertumbuhan sel)
Laktosa menyokong produksi penisilin dengan baik
(fase stasioner/idiophase)
Alternatif lain : glukosa diumpankan secara lambat
Enzim Biosintetik  diatur oleh Pengaturan Umpan Balik

3. Pengaturan Umpan Balik

*Tipe :
a. Penghambatan umpan balik  terjadi pada tingkat
molekuler
 Metabolit akhir lintasan menghambat enzim pada
awal sekuens (inhibitor = produk akhir)
b. Represi Umpan Balik
Pencegah pembentukan enzim  tingkat gen

(a) dan (b) untuk mengatur kecepatan pembuatan

produk akhir terhadap kecepatan sintesis makro
molekulnya