III

Kuliah
Kuliah ke IV & V
ke-IV

m.k. DASAR REKAYASA BIOPROSES TIN 221

METABOLISME II
(KATABOLISME & ANABOLISME)

DEPARTEMEN TEKNOLOGI INDUSTRI PERTANIAN

FAKULTAS TEKNOLOGI PERTANIAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2012
KONTROL PROSES METABOLISME
Penting dipahami untuk melakukan optimasi
pengembangan industri bioproses
Fluks Metabolisme
Laju perpindahan senyawa antara (intermediate)
sepanjang lintasan metabolisme.
Laju bervariasi tergantung aktivitas enzim, sehingga
identifikasi enzim kunci yang mengontrol laju aliran
karbon dll untuk sintesis berbagai produk sangat
penting dlm. meningkatkan produktivitas

Pemahaman tentang bagaimana pengaturan sintesis/

aktivitas enzim sangat penting dalam rekayasa bioproses
Cara Pengontrolan Metabolisme :

1. Pengaturan Pengambilan Nutrien

- Kontrol metabolisme diawali dengan pengaturan pengambilan
(up-take) nutrien dari lingkungan sekeliling oleh sel
transportasi melewati membran sitoplasma

Kebanyakan nutrien diambil dengan mekanisme transpor

spesifik yang terkontrol, kecuali oksigen dan sedikit senyawa C
lain, sehingga setelah jumlah nutrien mencukupi, proses
pengambilan nutrien berhenti.

- Laju pengambilan (konsumsi) sumber karbon (glukosa) dapat

menjadi proses pembatas untuk pertumbuhan sel perlu
diperhatikan saat akan meningkatkan produktivitas bioproses !
Substrate-limited growth of microorganisms
(sbli.ls.manchester.ac.uk)

Kultur Curah
(Batch)
Molekul senyawa masuk sel melalui membran
sitoplasma dengan cara :

1). Mekanisme Tak Tergantung Energi

a). Difusi Pasif

b). Difusi terfasilitas

2). Mekanisme Tergantung Energi

a). Transpor Aktif

b). Translokasi Grup

Baca materi kuliah terkait

2. Kompartemenisasi Lintasan Metabolisme

- Bentuk sederhana kontrol metabolisme adalah penggunaan

kompartemen (organel) di dalam sel, sehingga akumulasi
metabolit tertentu terpisah organel digunakan untuk
mengontrol reaksi di dalam sel

Contoh :
Siklus Krebs yang terjadi pada mitokondria eukariota yang
terpisah dari glikolisis (dalam sitoplasma)
Lokasi biosintesis asam lemak eukariota (dalam sitoplasma)
terpisah dari lokasi degradasinya (organel peroxisome)

- Bakteri (prokariot) tidak mepunyai kompartemenisasi, sehingga

menggunakan cara lain untuk pengontrolan metabolismenya
e.g RTE (rantai transpor elektron) pada membran sitoplasma
Eukariot menggunakan organel untuk mengkomparte-
menisasi lintasan metabolisme, sehingga lintasan
metabolisme terjadi pada lokasi spesifik, yaitu :

Mitochondria Siklus Krebs, RTE/Fosforilasi Oksidatif,

The Power house of the Cell, katabolisme asam amino.

Sitosol/ Glikolisis, Lintasan Pentosa Fosfat,

Sitoplasma biosintesis asam lemak, glukoneogenesis.

Nukleus replikasi DNA, transkripsi, produksi RNA

Lisosom Digesti enzimatik senyawa dalam sel

(protein, lemak dll)
Apparatus Golgi modifikasi Post translational (modifikasi
kimia) membran dan protein,
pembentukan
membran plasma dan alat pengeluaran.

Rough Endoplasmic Reticulum (di lapisan ribosom)

Sintesis membrane-bound and secretory proteins.

Smooth Endoplasmic Reticulum biosintesis lipida dan

steroid.

Peroxisome reaksi oksidatif melibatkan enzim oksidase

dan katalase (yang mengubah peroksida
menjadi O2 dan H2O) dan penting pada
metabolism/degradasie lemak

(cari gambar Apparatus Golgi)

(Source : Lecture 5: Cells: Structure & Function)
3. Kontrol Sintesis Enzim

- Enzim di dalam sel terdapat secara : konstitutif (ada pada

setiap saat) dan yang lain ada bila diperlukan (induksi) atau
bila tidak dibutuhkan lagi akan hilang (represi)

- Induksi dan represi diatur oleh gen yang mengkode sintesis

protein :
transkripsi DNA mRNA translasi sintesis protein

Represi Katabolit
Penurunan relatif laju sintesis suatu enzim spesifik,
karena ada sumber karbon yang lebih dapat diasimilasi
(glukosa)
= Efek Glukosa
Contoh :

Bila mikroba menjumpai dua sumber karbon (glukosa dan

laktosa), maka yang akan dikonsumsi lebih dulu adalah
sumber karbon yang paling disukai (glukosa), baru setelah itu
mengkonsumsi sumber karbon lainnya (laktosa). Glukosa
menekan sintesisi enzim laktase terjadi pertumbuhan
sekuensial = Pertumbuhan Diauksik

Selain sumber karbon, sumber nitrogen, fosfat dan

sulfur dapat menyebabkan represi katabolit

Keuntungan : sel dapat menggunakan substrat yang paling

berguna untuk memproduksi energi dan menghasilkan
metabolit
4. Modifikasi Aktifitas Enzim
Aktifitas enzim yang telah disintesis dapat diatur dengan
berbagai cara :

a. Modifikasi Post-Transcriptional (modifikasi kimia)

Enzim yang telah disintesis dimodifikasi menjadi aktif
atau inaktif dengan mengkonversi melalui fosforilasi
molekul enzim

b. Pengaruh Efektor (Penghambatan Umpan Balik)

A B C C D E
--

Konsentrasi produk akhir yang tinggi dapat menyebabkan

represi sintesis enzim pada lintasan metabolisme
respon cepat thd akumulasi produk akhir yang tinggi
yang dapat menyebabkan metabolisme terganggu
 KATABOLISME
Pada mikroba dikenal 4 jalur pemecahan glukosa
menjadi asam piruvat

1. Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

eukariota (fungi) & prokariota (kebanyakan bakteri)
2. Jalur Heksosamonofosfat (HMF) = Pentosa Fosfat =
Fosfoglukonat bakteri, berbagai organisme
3. Jalur Entner-Doudoroff (ED)
beberapa bakteri, contoh : Zymomonas mobilis
penghasil etanol; bakteri asam laktat (homolaktat)
4. Jalur Fosfoketolase (FK)
bakteri asam laktat heterolaktat
1. Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

Merupakan tahap awal respirasi selular

2 tahap : 1). tahap persiapan (memerlukan energi)/ATP &
2). tahap menghasilkan energi/ATP
Proses ini tidak tergantung oleh adanya oksigen (lihat lintasan)
Setelah glikolisis selesai, dihasilkan :
Ada oksigen respirasi aerob (Siklus Krebs &
As. Piruvat Rantai Transpor Elektron)
Tak ada oksigen respirasi anaerob /fermentasi

Substrat :
- Glukosa : masuk ke sel difosforilasi (glukosa-6-fosfat)
- Fruktosa : fruktosa + ATP fruktosa-6-fosfat + ADP
- Galaktosa : galaktosa + ATP galaktosa-1-fosfat + ADP

galaktosa-1-fosfat + UDP-glukosa
glukosa-1-fosfat
glukosa-6-fosfat + UDP-galaktosa
Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

Heksokinase

Glu-6 fosfat isomerase

Terjadi dlm Fosfofrukto kinase

sitoplasma
&
tidak butuh O2

Net : 2 ATP (PEP)

Jalur Embden-Meyerhof Parnas (EMP) atau Glikolisis

Merupakan reaksi konsekutif :

1. Fosforilasi I glukosa oleh ATP; isomerisasi dan Fosforilasi II

membentuk fruktosa-1,6 difosfat dan 2 ADP
2. Pemecahan fruktosa-1,6 difosfat membentuk 2 mol triosafosfat
3. Oksidasi 3-fosfo-gliseraldehida dg reduksi NAD NADH2 dan
pengambilan fosfat anorganik (Pi ) pembentukan ikatan berenergi
tinggi pd 1,3-difosfo-gliserat
4. Pemindahan P dari 1,3-difosfo-gliserat ke ADP ATP
5. Isomerisasi 3-fosfo-gliserat, diikuti dg dehidrasi membentuk P pd
fosfo-enol-piruvat
6. Pemindahan P pd fosfo-enol-piruvat (PEP) ke ADP dan membentuk
piruvat dan ATP

Diperlukan 2 ATP hasil 4 ATP (net 2 ATP) & 2 NADH2

Piruvat menjadi senyawa awal dalam proses sintesis selanjutnya

Contoh : asam laktat, etanol dll.
Pemanfaatan Produk Lintasan EMP :

Produk Akhir
- Piruvat : diproses lebih lanjut (tergantung ada/tidak O2)
- NADH2 : electron carrier, dioksidasi lebih lanjut pada
respirasi atau fermentasi

Produk Antara prekursor untuk biosintesis

- glukosa-6-fosfat : prekursor polisakarida, pentosa fosfat dan
asam amino aromatik (fenilalanin, tirosin, triptofan)
- Fruktosa-6-fosfat : prekursor glikoprotein
- Dihidroksi aseton fosfat : prekursor fosfolipida
- 3-fosfo gliserat : prekursor asam amino (glisin, serin, sistein)
- PEP : prekursor asam amino aromatik dan lisin
Aplikasi Metabolit Lintasan EMP

- Eukariota (khamir, kapang)

Pembuatan minuman beralkohol, roti dan keju
Khamir Saccharomyces cerevisiae etanol + CO2.
Pangan & minuman, bahan bakar & pelarut industri
(etanol, isopropanol , aseton dll)
Diagnostic microbiologists contoh : test
kemampuan mikroba (contoh khamir) untuk
memfermentasi gula dalam identifikasi s.d tingkat
genus

- Bakteri :
* Produksi asam laktat (bakteri homolaktat)
* Produksi asam lemak, alkohol & gas
Contoh FERMENTASI

Sumber :
210.36.18.48/gxujing
pin/dwwswx/ppt/6.ppt
(Sumber Kenneth Todar, PhD : Online Textbook of Bacteriology)
Bakteri Asam laktat Homolactic (Lintasan EMP)

Bila banyak glukosa & oksigen terbatas :

1 mol glukosa pada lintasan EMP 2 mol piruvat 2 mol
lactic acid + 2 mol ATP

Genus Homolactic LAB : Lactococcus, Enterococcus,

Streptococcus, Pediococcus, Lactobacillus etc.
yogurt, buttermilk, sour cream, cottage cheese, cheddar
cheese, dan kebanyakan fermented dairy products.
2. Jalur Heksosamonofosfat (HMF) = Pentosa Fosfat =
Fosfoglukonat

Glikolisis
Peranan Lintasan HMF / Pentosa Fosfat

Memproduksi NADPH2 electron carrier, digunakan

pada biosintesis asam lemak, steroid dan deoksiribonukleotida

Sumber gula pentosa (ribosa) unt sintesis nukleotida dan

asam nukleat

Sumber eritrosa-4-fosfat, suatu prekursor asam amino

dan senyawa fenolik (lignin, tanin, antosianin)

Tidak menghasilkan energi secara langsung, tetapi NADPH2

yang terbentuk jika masuk ke dalam Rantai Transpor Elektron
terbentuk ATP

Lintasan dpt digunakan untuk substrat gula pentosa yg

banyak terkandung pd pakan ternak (hemiselulosa, xylan,
pektin, asam nukleat)
Kaitan Glikolisis dgn Jalur Heksosamonofosfat (HMF /
Pentosa Fosfat )
Heterofermentative LAB : Lintasan Pentosa Fosfat

-Mempunyai enzim fosfoketolase : mengubah pentosa

fosfat (xylulose- 5-fosfat) gliseraldehid-3-fosfat + asetil
fosfat

- Glukosa glukosa-6-fosfat 6-fosfoglukonat

Xylulose-5-fosfat gliseraldehid fosfat + asetil fosfat
*Gliseraldehid fosfat asam laktat
*Asetil fosfat etanol dan asam asetat

Contoh bakteri : Leuconostoc, Oenococcus, Weissella

Pembuatan : kefir, sauerkraut

Metabolisme Glukosa oleh Heterolactic Lintasan Pentosa Fosfat
Lactobacilli
Glucose -------> Lactic acid + ethanol + CO2 + 1 ATP (net).
3. Jalur Entner-Doudoroff (ED)

Mikroba tak punya enzim

fosfofruktokinase

(KDPG)
 Jalur Entner-Doudoroff (ED)

Tahapan reaksi :

* Aktivasi glukosa oleh ATP

* Oksidasi gugus aldehid pada glukosa-6-fosfat membentuk

6-fosfo-glukonat dan reduksi NADP NADPH2

* Dehidrasi 6-fosfo-glukonat membentuk 2-keto-3-deoksi-6-fosfo-

glukonat (KDPG)

* Pemutusan KDPG menghasilkan piruvat dan gliseraldehida-

3-fosfat melewati jalur Glikolisis menghasilkan :
2 mol ATP (net 1 ATP) dan 1 mol NADPH2
Mikroba yang Menggunakan Lintasan ED :

-Tidak memiliki enzim phosphofructokinase-1.

-Kebanyakan mikroba bersifat aerobik, karena ATP yang

dihasilkan per mol glukosa rendah

- Contoh :
Pseudomonas aeruginosa, bakteri Gram (-)
Azotobacter, bakteri Gram (-) penyubur tanah (N2 udara)
Rhizobium, bakteri Gram (-) penyubur tanah
Zymomonas mobilis, bakteri Gram (-) facultative anaerob
etanol, "cactus beer" ( "pulque), & tequila (Meksiko)
Xanthomonas Campestris, bakteri Gram (-) gum xanthan
 Siklus Asam Sitrat (TCA Cycle = Siklus Krebs))

- Bila tersedia oksigen, banyak mikroba dapat mengoksidasi

piruvat melalui Siklus Krebs
oksidasi sempurna substrat menghasilkan CO2.
(Melepaskan lebih banyak energi dibandingkan glikolisis)

- Siklus berperan penting dalam memberikan senyawa awal

(intermediat/prekursor) untuk biosintesis :

- asam amino,
- asam lemak
- glukosa (dgn glukoneogenesis)
- energi
Siklus Asam Sitrat (TCA Cycle = Siklus Krebs)
ANABOLISME (BIOSINTESIS)

1. Biosintesis Asam Amino & Protein

2. Biosintesis Asam Lemak

3. Biosintesis Karbohidrat

4. Biosintesis Nukleotida

5. Biosintesis Antibiotika

6. dll
The main pathways of biosynthesis in procaryotic cells
Biosintesis Asam Amino
- Prinsipnya reaksi transaminasi, yaitu pengikatan gugus
amonia (NH3) pada gugus karboksilat senyawa
-ketoglutarat (dari Siklus Krebs)

- Lintasan biosintesis asam amino

dimulai dari masuknya nitrogen dari gugus NH3 melalui
sintesis glutamat, selanjutnya nitrogen dipindahkan ke
asam amino lain dengan reaksi transaminasi.

- Pengikatan gugus amin :

a. Secara langsung, contohnya sintesis glutamat dengan
menggunakan -ketoglutarat
b. Secara tidak langsung, mula-mula gugus NH3 diikat
oleh glutamat, pengikatan gugus NH3 selanjutnya oleh
glutamat akan menghasilkan glutamin dari glutamin
gugus amino dipindahkan ke -ketoglutarat
menghasilkan glutamat
Glutamat dan glutamin merupakan senyawa utama
yang mengasimilasi nitrogen untuk diberikan pada
lintasan sentral biosintesis asam amino.

Selanjutnya gugus amino dari glutamat dan glutamin

dapat dipindahkan ke senyawa lain dengan beragam
reaksi transaminasi.
Biosintesis Asam Amino
Synthesis of the various amino acids in a family
frequently requires many separate enzymatically
catalyzed steps starting from the parent amino acid
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
Biosintesis Protein

- Asam amino harus diberi energi sebelum bergabung

menjadi protein

- Pemberian energi oleh ATP

Asam amino + ATP asam amino-AMP + pirofosfat

(2P)

- Protein memiliki sekuens asam amino tertentu

blue print untuk membuat protein terkandung pada
sekuens nukleotida DNA sel mikroba.
Biosintesis Asam Lemak & Lipida

Biosintesis lemak dimulai dari biosintesis asam lemak

Prekursor : Asetil Ko-A

Pemanjangan rantai karbon (C) asam lemak

menggunakan Malonil KoA (C2)

Biosintesis asam lemak rantai panjang memerlukan

acyl carrier protein (ACP) sbg jangkar
Reaksi pada biosintesis asam lemak :

1. Pemindahan gugus asetil dan gugus malonil dari CoA

ke ACP : asetil/malonil-CoA asetil-ACP & malonil-ACP

2. Kondensasi asetil-ACP + malonil-ACP membentuk

asetoasetil-ACP dengan melepaskan CO2.

3. Reaksi reduksi, reaksi dehidrasi dan reaksi reduksi

menghasilkan butyryl-ACP asam butirat

- Urutan reaksi-reaksi ini merupakan siklus lintasan

pembentukan dan penambahan panjang rantai asam
lemak hasil sintesa dari urutan reaksi ini adalah
molekul asam lemak yang terikat dengan ACP.
Penghilangan ACP dengam enzim menghasilkan asam
lemak tertentu
Contoh : Butiril ACP

Bila ACP dilepaskan oleh enzim asilase hidrolitik

akan dihasilkan asam butirat (C4)

Butiril-ACP + malonil-ACP Asam lemak C6- ACP + CO2

Asam Lemak : Asam lemak C6

C4 : asam butirat
C6 : asam kaproat
C8 : asam kaprilat
C10 : asam kaprat Asam lemak C8
C12 : asam laurat
C14 : asam miristat
C16 : asam palmitat
C18 : asam stearat
dst
Biosintesis Asam Lemak

(ACP)

(ACP)

CO2

(ACP)
 The biosynthesis of fatty
acids

Shown is the biosynthesis of the C16 fatty acid,

palmitate. The condensation of acetyl-ACP and malonyl-
ACP forms acetoacetylCoA. Each successive addition of
an acetyl unit comes from malonyl-CoA.
Sumber : 210.36.18.48/gxujingpin/dwwswx/ppt/6.ppt
Biosintesis Asam Lemak
Biosintesis Karbohidrat

Mikroba autotrof mensintesis KH dari CO2 (fiksasi CO2 dari udara)

dgn sekuens reaksi :
CO2 (atmosfir)

Triosa (monosakarida C3)

Pentosa (C5) & Heksosa (C6)

Nukleotida Polisakarida
(mengandung (peptidoglikan dinding sel, selulosa,
ribosa & deoksiribosa) pati dll)

RNA & DNA

Mikroba heterotrof menggunakan senyawa organik

Senyawa C5 (pentosa) atau C6 (heksosa) sbg sumber C

Contoh : E coli : glukosa + ATP + 2 NADP ribosa-5-fosfat + CO2 + ADP

+ 2 NADPH2
unt. sintesis nukleotida
Biosintesis Karbohidrat
Lintasa Glikolisis & Pentosa Fosfat (HMF) digunakan untuk
interkonversi senyawa gula

Monosakarida agar bisa bergabung menjadi polisakarida

harus diberi energi (dari ATP), contohnya :

* UDP-glukosa (uridin difosfat-glukosa)

Glukosa + ATP + UTP UDP-glukosa + ADP + pirofosfat

polisakarida
Tidak semua monosakarida yang diberi energi untuk
mensintesis gula UDP, contoh :
* Fosforibosa pirofosfat
Ribosa fosfat + ATP fosforibosa pirofosfat + AMP

purin & pirimidin

Biosintesis Nukleotida (RNA & DNA)

Nukleotida Purin Ribosa fosfat (dari Jalur HMF/Pentosa Fosfat )

ATP

Fosforibosa pirofosfat

Glisin, glutamin, asam aspartat, ATP

Inosin monofosfat (IMP)

Asam aspartat, GTP ATP, glutamin

Adenosin monofosfat (AMP) Guanosin monofosfat (GMP)

(untuk sintesis RNA) (untuk sintesis RNA)

Deoksiadenosin monofosfat (dAMP) Deoksiguanosin monofosfat (dGMP)

(untuk sintesis DNA) (untuk sintesis DNA)