METABOLISME SELL

Januar Rizqi, S.Kep, Ns., M.Sc

PENDAHULUAN

• Metabolisme  ( / m ə ˈ t æ b ə l ɪ z ə m / , dari bahasa Yunani :

μεταβολή metabolē , "perubahan")
• Rangkaian reaksi kimia yang mempertahankan hidup dalam
organisme
• tujuan utama metabolisme adalah
– Konversi makanan menjadi energi untuk menjalankan proses
seluler;
– Konversi makanan / bahan bakar menjadi bahan penyusun
protein, lipid, asam nukleat, dan beberapa karbohidrat ;
– Penghapusan limbah nitrogen.

2
Reaksi metabolik

• Katabolik - penguraian senyawa (misalnya,

penguraian glukosa menjadi piruvat melalui respirasi
seluler)
• Anabolik - penumpukan ( sintesis ) senyawa (seperti
protein, karbohidrat, lipid, dan asam nukleat).
• Biasanya, katabolisme melepaskan energi, dan
anabolisme mengkonsumsi energi.

3
Proses Metabolisme

Jalur metabolisme glikolisis melepaskan energi dengan mengubah glukosa menjadi piruvat
melalui serangkaian metabolit. Setiap modifikasi kimia (kotak merah) dilakukan oleh enzim
yang berbeda.
Enzim

• Enzim sangat penting untuk metabolisme karena

mereka memungkinkan organisme untuk mendorong
reaksi yang diinginkan, dengan menggabungkannya
dengan reaksi spontan yang melepaskan energi.
• Enzim bertindak sebagai katalis
– memungkinkan reaksi berlangsung lebih cepat
– pengaturan laju reaksi metabolism.
– sebagai respons terhadap perubahan dalam
lingkungan sel atau sinyal dari sel lain.

5
• Struktur yang membentuk hewan, tumbuhan, dan
mikroba terbuat dari tiga kelas dasar molekul: asam
amino , karbohidrat , dan lemak
Nama bentuk
Jenis molekul Nama bentuk polimer Contoh bentuk polimer
monomer
Protein (terbuat dari Protein berserat dan
Asam amino Asam amino
polipeptida) protein globular
Karbohidrat Monosakarida Polisakarida Pati , glikogen , dan selulosa
Asam nukleat Nukleotida Polinukleotida DNA dan RNA

6
Asam amino dan protein
• Protein terbuat dari asam amino yang
tersusun dalam rantai linier yang disatukan
oleh ikatan peptida.
• Banyak protein adalah enzim yang
mengkatalisasi reaksi kimia dalam
metabolisme.
• Protein lain memiliki fungsi struktural atau
mekanik, seperti yang membentuk
sitoskeleton, sistem perancah yang
mempertahankan bentuk sel.
• Protein juga penting dalam pensinyalan sel,
respons imun, adhesi sel, transpor aktif
melintasi membran, dan siklus sel.

7
Lipid

• Lipid adalah kelompok biokimia yang paling beragam.

• Lipid biasanya didefinisikan sebagai molekul biologis hidrofobik atau
amphipati tetapi akan larut dalam pelarut organik seperti alkohol,
benzena, atau kloroform.
• Lemak adalah kelompok besar senyawa yang mengandung asam
lemak dan gliserol ; molekul gliserol yang melekat pada tiga ester
asam lemak disebut triasilgliserida.
• Ada beberapa variasi pada struktur dasar ini, termasuk tulang
punggung alternatif seperti sphingosine dalam sphingolipid, dan
gugus hidrofilik seperti fosfat seperti pada fosfolipid. Steroid seperti
kolesterol adalah kelas utama lipid lainnya

8
Karbohidrat

• Karbohidrat adalah aldehida atau keton,

dengan banyak gugus hidroksil yang
melekat, yang dapat eksis sebagai rantai
atau cincin lurus.
• Karbohidrat salah satu molekul biologis
yang paling berlimpah, dan mengisi banyak
peran seperti penyimpanan dan
transportasi energi (pati, glikogen) dan
komponen struktural (selulosa pada
tanaman, kitin pada hewan).
• Satuan karbohidrat dasar disebut
monosakarida dan termasuk galaktosa,
fruktosa, dan yang paling penting adalah
glukosa.
• Monosakarida dapat dihubungkan bersama
untuk membentuk polisakarida dengan
cara yang hampir tidak terbatas 9
Nukleotida

• DNA dan RNA adalah polimer nukleotida.

• Setiap nukleotida terdiri dari fosfat yang
melekat pada kelompok gula ribosa atau
deoksiribosa yang melekat pada basa
nitrogen.
• Asam nukleat sangat penting untuk
penyimpanan dan penggunaan informasi
genetik, dan interpretasinya melalui proses
transkripsi dan biosintesis protein.
• Informasi ini dilindungi oleh mekanisme
perbaikan DNA dan disebarkan melalui
replikasi DNA.
10
• Banyak virus memiliki genom RNA, seperti HIV, yang
menggunakan transkripsi terbalik untuk membuat
templat DNA dari genom RNA virusnya.
• RNA dalam ribozim seperti spliceosom dan ribosom mirip
dengan enzim karena dapat mengkatalisasi reaksi kimia.
• Nukleosida individu dibuat dengan melampirkan
nukleobase pada gula ribosa.
• Basa-basa ini adalah cincin heterosiklik yang mengandung
nitrogen, diklasifikasikan sebagai purin atau pirimidin.
• Nukleotida juga bertindak sebagai koenzim dalam reaksi
transfer metabolik-kelompok.
Mekanisme masuknya virus : 1. Interaksi awal antara
gp120 dan CD4. 2. Perubahan konformasi dalam
gp120 memungkinkan interaksi sekunder dengan
CCR5. 3. Ujung distal dari gp41 dimasukkan ke dalam
membran seluler. 4. gp41 mengalami perubahan
konformasi yang signifikan; melipat dua dan
membentuk gulungan-gulungan. Proses ini
menyatukan membran virus dan seluler,
menyatukannya.
Koenzim

• Memungkinkan sel menggunakan seperangkat kecil

perantara metabolisme untuk membawa kelompok-
kelompok kimia di antara berbagai reaksi. melibatkan
transfer gugus fungsi atom dan ikatannya dalam molekul
• Setiap kelas reaksi transfer kelompok dilakukan oleh
koenzim tertentu, yang merupakan substrat untuk satu set
enzim yang menghasilkannya, dan satu set enzim yang
mengkonsumsinya.
• Oleh karena itu koenzim ini terus menerus dibuat,
dikonsumsi dan kemudian didaur ulang.

13
• Satu koenzim sentral adalah adenosin trifosfat (ATP).
• Nukleotida ini digunakan untuk mentransfer energi
kimia antara berbagai reaksi kimia.
• ATP bertindak sebagai jembatan antara katabolisme
dan anabolisme .
• Katabolisme memecah molekul, dan anabolisme
menyatukannya.
• Reaksi katabolik menghasilkan ATP, dan reaksi anabolik
mengkonsumsinya. Ini juga berfungsi sebagai pembawa
gugus fosfat dalam reaksi fosforilasi .
Katabolisme

• Katabolisme adalah serangkaian proses metabolisme

yang memecah molekul besar. termasuk memecah
dan mengoksidasi molekul makanan.
• Tujuan dari reaksi katabolik adalah untuk
menyediakan energi dan komponen yang dibutuhkan
oleh reaksi anabolik yang membangun molekul.
• Sifat tepat dari reaksi katabolik ini berbeda dari
organisme ke organisme, dan organisme dapat
diklasifikasikan berdasarkan sumber energi dan
karbon (kelompok nutrisi utama mereka).
15
• Molekul organik digunakan sebagai sumber energi oleh organotrof,
sedangkan litotrof menggunakan substrat anorganik, dan fototrof
menangkap sinar matahari sebagai energi kimia.
• Namun, semua bentuk metabolisme yang berbeda ini bergantung
pada reaksi redoks yang melibatkan transfer elektron dari molekul
donor yang berkurang seperti molekul organik, air, amonia, hidrogen
sulfida atau ion besi ke molekul akseptor seperti oksigen, nitrat atau
sulfat.
• Pada hewan, reaksi ini melibatkan molekul organik kompleks yang
dipecah menjadi molekul yang lebih sederhana, seperti karbon
dioksida dan air.
• Dalam organisme fotosintetik , seperti tanaman dan cyanobacteria,
reaksi transfer elektron ini tidak melepaskan energi tetapi digunakan
sebagai cara menyimpan energi yang diserap dari sinar matahari.
Klasifikasi organisme

sinar matahari foto-

Sumber energi Molekul yang terbentuk kemoterapi

sebelumnya

senyawa organik organisasi

-troph
Donor elektron
senyawa anorganik litho-

senyawa organik hetero-

Sumber karbon
senyawa anorganik mobil-

17
• Reaksi katabolik yang paling umum pada hewan
dapat dipisahkan menjadi tiga tahap utama.
• Pada tahap pertama, molekul organik besar,
seperti protein , polisakarida atau lipid , dicerna
menjadi komponen yang lebih kecil di luar sel.
• Selanjutnya, molekul yang lebih kecil ini diambil
oleh sel dan dikonversi menjadi molekul yang
lebih kecil, biasanya asetil koenzim A (asetil-KoA),
yang melepaskan sejumlah energi.
• Akhirnya, kelompok asetil pada CoA dioksidasi
menjadi air dan karbon dioksida dalam siklus
asam sitrat dan rantai transpor elektron ,
melepaskan energi yang disimpan dengan
mengurangi koenzim nicotinamide adenine
dinucleotide (NAD + ) menjadi NADH.
18
Energi dari senyawa organik

• Katabolisme karbohidrat adalah penguraian karbohidrat menjadi

satuan yang lebih kecil.
• Karbohidrat biasanya dimasukkan ke dalam sel setelah dicerna
menjadi monosakarida.
• Setelah masuk, rute utama kerusakan adalah glikolisis, di mana
gula seperti glukosa dan fruktosa diubah menjadi piruvat dan
beberapa ATP dihasilkan.
• Piruvat adalah zat antara dalam beberapa jalur metabolisme,
tetapi sebagian besar diubah menjadi asetil-KoA melalui glikolisis
aerob (dengan oksigen) dan dimasukkan ke dalam siklus asam
sitrat.
• Beberapa ATP dihasilkan dalam siklus asam sitrat, produk yang
paling penting adalah NADH, yang dibuat dari NAD + karena
asetil-KoA teroksidasi.
• Oksidasi ini melepaskan karbon dioksida sebagai produk limbah.
• Dalam kondisi anaerob, glikolisis menghasilkan laktat, melalui
enzim laktat dehidrogenase yang mengoksidasi NADH menjadi
NAD + untuk digunakan kembali dalam glikolisis.
• Rute alternatif untuk pemecahan glukosa adalah jalur pentosa
fosfat, yang mengurangi NADPH koenzim dan menghasilkan
gula pentosa seperti ribosa, komponen gula asam nukleat.
• Lemak di catabolised oleh hidrolisis menjadi asam lemak bebas dan gliserol.
• Gliserol memasuki glikolisis dan asam lemak dipecah oleh beta oksidasi
untuk melepaskan asetil-KoA, yang kemudian dimasukkan ke dalam siklus
asam sitrat.
• Asam lemak melepaskan lebih banyak energi pada oksidasi daripada
karbohidrat karena karbohidrat mengandung lebih banyak oksigen dalam
strukturnya.
• Steroid juga dipecah oleh beberapa bakteri dalam proses yang mirip dengan
beta oksidasi, dan proses pemecahan ini melibatkan pelepasan sejumlah
besar asetil-KoA, propionil-KoA, dan piruvat, yang semuanya dapat
digunakan oleh sel untuk energi.
• M. tuberculosis juga dapat tumbuh pada kolesterol lipid sebagai satu-
satunya sumber karbon, dan gen yang terlibat dalam jalur penggunaan
kolesterol telah divalidasi sebagai hal penting selama berbagai tahap siklus
hidup infeksi M. tuberculosis.
21
• Asam amino digunakan untuk mensintesis protein dan biomolekul
lainnya, atau dioksidasi menjadi urea dan karbon dioksida sebagai
sumber energi.
• Jalur oksidasi dimulai dengan penghilangan gugus amino oleh
transaminase .
• Gugus amino dimasukkan ke dalam siklus urea , meninggalkan
kerangka karbon yang terdeaminasi dalam bentuk asam keto.
• Beberapa asam keto ini adalah zat antara dalam siklus asam sitrat,
misalnya deaminasi glutamat membentuk α- ketoglutarat.
• Asam amino glukogenik juga dapat diubah menjadi glukosa, melalui
glukoneogenesis

22
Anabolisme

• Serangkaian proses metabolisme konstruktif di mana energi yang

dikeluarkan oleh katabolisme digunakan untuk mensintesis molekul
kompleks.
• Secara umum, molekul kompleks yang membentuk struktur seluler
dibangun selangkah demi selangkah dari prekursor kecil dan
sederhana.
• Anabolisme melibatkan tiga tahap dasar.
– Produksi prekursor seperti asam amino, monosakarida, isoprenoid
dan nukleotida
– Aktivasi mereka menjadi bentuk reaktif menggunakan energi dari
ATP
– Perakitan prekursor ini menjadi molekul kompleks seperti protein,
polisakarida, lipid dan asam nukleat.

23
• Banyak proses anabolik didukung oleh pembelahan adenosin trifosfat (ATP).
• Anabolisme biasanya melibatkan reduksi dan penurunan entropi,
membuatnya tidak menguntungkan tanpa input energi.
• Bahan awal, yang disebut molekul prekursor, bergabung bersama-sama
menggunakan energi kimia yang tersedia dari menghidrolisis ATP,
mengurangi kofaktor NAD +, NADP +, dan FAD, atau melakukan reaksi
samping lain yang menguntungkan.
• Kadang-kadang juga dapat didorong oleh entropi tanpa input energi, dalam
kasus-kasus seperti pembentukan bilayer fosfolipid sel, di mana interaksi
hidrofobik mengagregasi molekul.
 fiksasi karbon

• Fotosintesis adalah sintesis karbohidrat dari

sinar matahari dan karbon dioksida (CO2 ).
• Pada tanaman, cyanobacteria dan
ganggang, fotosintesis oksigen membagi air,
dengan oksigen yang dihasilkan sebagai
produk limbah.
• Proses ini menggunakan ATP dan NADPH
yang diproduksi oleh pusat reaksi
fotosintetik, seperti dijelaskan di atas, untuk
mengubah CO2 menjadi gliserat 3-fosfat,
yang kemudian dapat diubah menjadi
glukosa.
• Reaksi fiksasi karbon ini dilakukan oleh
enzim RuBisCO sebagai bagian dari siklus
Calvin – Benson.
25
• Tiga jenis fotosintesis terjadi pada tanaman yaitu
fiksasi karbon C3, fiksasi karbon C4 dan fotosintesis
CAM.
• Berbeda dengan rute yang diambil karbon dioksida
ke siklus Calvin, dengan pabrik C3 memperbaiki CO2
secara langsung, sedangkan fotosintesis C4 dan CAM
menggabungkan CO2 ke dalam senyawa lain terlebih
dahulu, sebagai adaptasi untuk menghadapi sinar
matahari yang intens dan kondisi kering.
Karbohidrat dan glycans

• Dalam anabolisme karbohidrat, asam organik sederhana dapat

diubah menjadi monosakarida seperti glukosa dan kemudian
digunakan untuk merakit polisakarida seperti pati.
• Generasi glukosa dari senyawa seperti piruvat, laktat, gliserol ,
gliserat 3-fosfat dan asam amino disebut glukoneogenesis.
• Glukoneogenesis mengubah piruvat menjadi glukosa-6-fosfat melalui
serangkaian zat antara, banyak di antaranya digunakan bersama
dengan glikolisis .
• Namun, jalur ini bukan hanya glikolisis yang berjalan terbalik, karena
beberapa langkah dikatalisis oleh enzim non-glikolitik.
• Ini penting karena memungkinkan pembentukan dan pemecahan
glukosa diatur secara terpisah, dan mencegah kedua jalur berjalan
secara bersamaan dalam siklus yang sia - sia
27
• Lemak adalah cara yang umum untuk menyimpan energy
• Pada vertebrata seperti manusia, asam lemak dalam penyimpanan ini
tidak dapat dikonversi menjadi glukosa melalui glukoneogenesis karena
organisme ini tidak dapat mengubah asetil-KoA menjadi piruvat;
tumbuhan memang, tetapi hewan tidak, memiliki mesin enzimatik yang
diperlukan.
• Akibatnya, setelah kelaparan jangka panjang, vertebrata perlu
memproduksi tubuh keton dari asam lemak untuk menggantikan glukosa
dalam jaringan seperti otak yang tidak dapat memetabolisme asam
lemak.
• Pada organisme lain seperti tumbuhan dan bakteri, masalah metabolisme
ini diselesaikan dengan menggunakan siklus glioksilat, yang memotong
langkah dekarboksilasi dalam siklus asam sitrat dan memungkinkan
transformasi asetil-KoA menjadi oksaloasetat, di mana ia dapat
digunakan untuk produksi glukosa
28
Asam lemak, isoprenoid dan steroid

• Asam lemak dibuat oleh sintase asam lemak yang berpolimerisasi

dan kemudian mengurangi unit asetil-KoA.
• Rantai asil dalam asam lemak diperpanjang oleh siklus reaksi yang
menambahkan gugus asil, menguranginya menjadi alkohol,
mendehidrasi menjadi gugus alkena dan kemudian menguranginya
lagi menjadi gugus alkana.
• Enzim biosintesis asam lemak dibagi menjadi dua kelompok: pada
hewan dan jamur, semua reaksi sintase asam lemak ini dilakukan
oleh protein multifungsi tipe I tunggal, [69] sedangkan pada plastid
dan bakteri tanaman, enzim tipe II terpisah melakukan setiap
langkah. di jalur.

29
Protein

• Organisme bervariasi dalam kemampuan mereka untuk mensintesis 20

asam amino umum.
• Sebagian besar bakteri dan tanaman dapat mensintesiskan ke dua puluh,
tetapi mamalia hanya dapat mensintesis sebelas asam amino yang tidak
penting, sehingga sembilan asam amino esensial harus diperoleh dari
makanan.
• Beberapa parasit sederhana, seperti bakteri Mycoplasma pneumoniae ,
kekurangan semua sintesis asam amino dan mengambil asam amino
mereka langsung dari inangnya.
• Semua asam amino disintesis dari zat antara dalam glikolisis, siklus asam
sitrat, atau jalur pentosa fosfat. Nitrogen disediakan oleh glutamat dan
glutamin .
• Sintesis asam amino tergantung pada pembentukan asam alfa-keto yang
sesuai, yang kemudian ditransaminasi untuk membentuk asam amino.

30
 Asam amino

• Asam amino dibuat menjadi protein dengan bergabung

bersama dalam rantai ikatan peptida .
• Setiap protein yang berbeda memiliki urutan residu asam
amino yang unik: ini adalah struktur utamanya.
• Sama seperti huruf-huruf alfabet dapat digabungkan
untuk membentuk variasi kata yang hampir tak ada
habisnya, asam amino dapat dihubungkan dalam berbagai
urutan untuk membentuk berbagai macam protein.
• Protein dibuat dari asam amino yang telah diaktifkan
dengan menempel pada molekul RNA transfer melalui
ikatan ester.
• Prekursor aminoasil-tRNA ini diproduksi dalam reaksi
bergantung ATP yang dilakukan oleh sintetase tRNA
aminoasil.
• aminoacyl-tRNA ini kemudian menjadi substrat untuk
ribosom, yang menggabungkan asam amino ke rantai
protein memanjang, menggunakan informasi urutan
dalam RNA kurir
31
Sintesis dan penyelamatan Nukleotida

• Nukleotida dibuat dari asam amino, karbon dioksida, dan asam format
dalam jalur yang membutuhkan energi metabolisme dalam jumlah besar.
• Akibatnya, sebagian besar organisme memiliki sistem yang efisien untuk
menyelamatkan nukleotida yang terbentuk sebelumnya.
• Purin disintesis sebagai nukleosida (basa yang melekat pada ribosa).
• Baik adenin dan guanin dibuat dari prekursor nukleosida inosin
monofosfat, yang disintesis menggunakan atom dari asam amino glisin,
glutamin, dan asam aspartat, serta format yang ditransfer dari koenzim
tetrahidrofolat .
• Di sisi lain, pirimidin disintesis dari dasar orotate, yang terbentuk dari
glutamin dan aspartat.

33
Regulasi dan kontrol

• Karena lingkungan sebagian besar organisme terus berubah, reaksi

metabolisme harus diatur dengan baik untuk mempertahankan
serangkaian kondisi konstan dalam sel, suatu kondisi yang disebut
homeostasis.
• Regulasi metabolik juga memungkinkan organisme untuk merespons
sinyal dan berinteraksi aktif dengan lingkungannya.
• Dua konsep yang terkait erat penting untuk memahami bagaimana jalur
metabolisme dikontrol.
– Pertama, pengaturan enzim pada jalur adalah bagaimana aktivitasnya
meningkat dan menurun sebagai respons terhadap sinyal.
– Kedua, kontrol yang diberikan oleh enzim ini adalah efek dari
perubahan-perubahan dalam aktivitasnya terhadap laju keseluruhan
jalur (fluks melalui jalur). [101] Sebagai contoh, enzim dapat
menunjukkan perubahan besar dalam aktivitas ( yaitu sangat diatur)
tetapi jika perubahan ini memiliki sedikit efek pada fluks jalur
34
metabolisme, maka enzim ini tidak terlibat dalam kontrol jalur
• Ada beberapa tingkatan regulasi metabolisme. Dalam regulasi
intrinsik, jalur metabolisme mengatur sendiri untuk menanggapi
perubahan tingkat substrat atau produk; misalnya, penurunan
jumlah produk dapat meningkatkan fluks melalui jalur untuk
mengkompensasi.
• Jenis regulasi ini sering melibatkan regulasi alosterik dari aktivitas
beberapa enzim di jalur.
• Kontrol ekstrinsik melibatkan sel dalam organisme multisel yang
mengubah metabolismenya sebagai respons terhadap sinyal dari
sel lain.
• Sinyal-sinyal ini biasanya dalam bentuk kurir yang dapat larut
seperti hormon dan faktor pertumbuhan dan dideteksi oleh
reseptor spesifik pada permukaan sel.
• Sinyal-sinyal ini kemudian ditransmisikan ke dalam sel oleh sistem35
• Contoh kontrol ekstrinsik yang sangat dipahami adalah pengaturan metabolisme glukosa
oleh hormon insulin. Insulin diproduksi sebagai respons terhadap kenaikan kadar
glukosa darah.
• Pengikatan hormon ke reseptor insulin pada sel kemudian mengaktifkan kaskade protein
kinase yang menyebabkan sel mengambil glukosa dan mengubahnya menjadi molekul
penyimpanan seperti asam lemak dan glikogen .
• Metabolisme glikogen dikendalikan oleh aktivitas fosforilase , enzim yang memecah
glikogen, dan glikogen sintase , enzim yang membuatnya.
• Enzim ini diatur secara timbal balik, dengan fosforilasi menghambat glikogen sintase,
tetapi mengaktifkan fosforilase. Insulin menyebabkan sintesis glikogen dengan
mengaktifkan protein fosfatase dan menghasilkan penurunan fosforilasi enzim-enzim ini.

36
Termodinamika organisme hidup

• Organisme hidup harus mematuhi hukum termodinamika , yang menjelaskan

perpindahan panas dan kerja. Hukum kedua termodinamika menyatakan
bahwa dalam sistem tertutup apa pun, jumlah entropi (gangguan) tidak dapat
berkurang. Meskipun kompleksitas luar biasa organisme hidup tampaknya
bertentangan dengan hukum ini, kehidupan dimungkinkan karena semua
organisme adalah sistem terbuka yang bertukar materi dan energi dengan
lingkungannya. Dengan demikian sistem hidup tidak berada dalam
kesetimbangan , tetapi sebaliknya adalah sistem disipatif yang
mempertahankan tingkat kerumitan tinggi dengan menyebabkan peningkatan
yang lebih besar dalam entropi lingkungan mereka. [96] Metabolisme sel
mencapai ini dengan menggabungkan proses katabolisme spontan dengan
proses anabolisme non-spontan. Dalam istilah termodinamika , metabolisme
menjaga ketertiban dengan menciptakan gangguan

37
38