Nama : Frida Fadwa

NPM : 2206203010004
MK : Mikrobiology
Dosen : Dr. Samingan, M.Si

A. Fisiologi Mikroba

Fisiologi adalah suatu ilmu yang mempelajari fungsi- fungsi kehidupan

dari makroorganisme dan mikroorganisme yang berkaitan dengan lingkungannya.

Sedangkan Aktivitas suatu organisme adalah suatu proses yang ditandai dengan

berbagai fungsi. Interaksi dari fungsi-fungsi tersebut bergantung kepada kondisi

eksternal maupun internal. Dasar dari fisiologi adalah mempelajari proses-proses

perkembangan di dalam tubuh organisme yang sangat memerlukan pengenalan

fisikokimia.
Contoh ini menunjukkan pemecahan pati menjadi glukosa. (a) Beberapa ikatan

akan putus tanpa adanya enzim, tetapi prosesnya sangat lambat. (b) Penambahan

enzim dapat mempercepat reaksi sehingga terjadi sangat cepat.

B. Sifat Fisiologi Yang Dibutuhkan Bakteri

Nutrien yang dibutuhkan bakteri ada 6 golongan, yaitu :

a. Air: merupakan bagian terbesar dari sel (70- 85%) dan sangat penting bagi

kehidupan mikroorganisme, karena air ikut dalam semua proses kimia dari sel.

b. Gram-garam Organik: Mempertahankan tekanan osmotic dalam sel

c. Mineral yang dibutuhkan oleh mikroorganisme dapat digolongkan :

 Makronutrien : mineral yang dibutuhkan dalam jumlah relatif besar.

Contoh : K, Mg, Ca, Na, Fe.

 Mikronutrien : mineral yang dibutuhkan dalam jumlah relatif sedikit.

Contoh : Zn, Cu, Mn, Mo Mikronutrien dibutuhkan sebagai kofaktor dari

bermacam-macam enzim.

d. CO2

 Autotrof : mikroorganisme yang menggunakan CO2 sebagai sumber

kabon

 Heterotrof : mikroorganisme yang menggunakan karbon organik

sebagai sumber karbon.

e. O2
- Klasifikasi
 aerob obligat : O2 jumlah besar
 anaerob obligat : tanpa O2 atau reduksi tinggi

 anaerob fakultatif : ada / tanpa O2

  anaerob erotoleran : anaerob, tidak mati oleh O2

 mikroaerofilik : O2 rendah, CO2 tinggi, terhambat O2 tinggi

- Cara mendapat energi/metabolisme:
 aerob : respirasi  mencegah KH secara lengkap menggunakan O2

 anaerob : fermentasi  memecah KH sebagian menggunakan selain O2

f. pH

Tiap jasad renik mempunyai pH pertumbuhan minimum, optimum, dan

maximum. Keasaman pada tingkat tertentu dapat menyebabkan koagulasi

protein dan mempengaruhi aktivitas enzim.Peningkatan suhu dapat

menaikkan disosiasi asam-asam suatu larutan pH nya netral (220 C) jika

diinkubasi pada 370 C (akan menjadi asam dan bersifat lethal terhadap

mikroorganisme). Demikian pula larutan yang netral pada suhu 1000 C akan

menjadi lebih basa pada suhu kamar.

C. Proses Metabolisme
1. Anabolisme
Anabolisme adalah penyusunan/ pengambilan zat makanan,
pembentukan karbohidrat yang membutuhkan energi dan sintetis protoplasma .
Merupakan sintesis protoplasma yang meliputi proses sintesa makromolekul
seperti asam nukleat, lipida dan polisakarida, dan penggunaan energi yang
dihasilkan dari proses katabolisme.
2. Katabolisme
Katabolisme merupakan penguraian bahan organik kompleks
menjadi bahan organik yang lebih sederhana, pembentukan energi dengan
menguraikan karbohidrat melalui reaksi oksidasi substrat. Merupakan
oksidasi substrat yang diiringi dengan terbentuknya energi, meliputi proses
degradasi sebagai reaksi penguraian bahan organik kompleks menjadi bahan
organik sederhana atau bahan anorganik yang menghasilkan energi dalam
bentuk ATP.
 Jadi, secara sederhana dapat dikatakan bahwa anabolisme adalah
pembentukan senyawa yang memerlukan energi (Rekasi endergonik).
Misalnya pada fotosintesis yang membentuk C6G12O5 dari CO2 DAN H2O.
Sedangkan katabolisme adalah penguraian senyawa yang menghasilkan
energi (reaksi eksergonik), misalnya pada respirasi yang menguraikan
karbohidrat menjadi asam piruvat dan energi.

D. Senyawa Pembawa Energi, ATP dan ADP

Mikroorganisme memerlukan energi untuk :
1. Synthesa bagian sel (dinding sel, membran sel, dan substansi sel lainnya).
2. Synthesis enzim, asam nukleat, polisakarida, phospholipids, atau
komponen sel lainnya.
3. Mempertahankan kondisi sel (optimal) dan memperbaiki bagian sel yang
rusak .
4. Pertumbuhan dan perbanyakan .
5. Penyerapan hara dan ekskresi senyawa yang tidak diperlukan atau waste
products.
6. Pergerakan (Motilitas).
Energi yang tersimpan dalam bentuk senyawa ATP dapat diperoleh oleh
mikroorganisme melalui hidrolisa. Energi yang diperoleh dari melalui proses
atau reaksi kimia disebut sebagai free energy atau energi bebas (G). Pada
reaksi yang melepaskan energi, maka harga G adalah negatif, sedangkan pada
reaksi yang memerlukan energi, maka harga G adalah positif. Energi hasil
metabolisme disimpan oleh mikroorganisme dalam bentuk senyawa
phosporyl.
ATP terbentuk dari reaksi antara adenosine 5′-diphospate (ADP) dengan
phospat anorganik, membentuk ikatan phosporyl sebagai berikut :
ADP3- + Pi + H+ → ATP4- +H2O ΔG= +30 kJ/mol (1)
Reaksi diatas menunjukkan proses katabolisme, yaitu proses penguraian
zat untuk membebaskan energi kimia sebesar 30 kJ yang tersimpan dalam
senyawa organik. ATP yang telah tersintesa tersebut disimpan di dalam sel
untuk digunakan bila diperlukan. Energi yang tersimpan tersebut dikeluarkan
 melalui hidrolisa ikatan phosporyl dalam suatu reaksi yang merupakan
kebalikan dari reaksi (1), yaitu sebagai berikut:
ATP4- +H2O → ADP3- + Pi + H+ ΔG= -30 kJ/mol (2)
Reaksi diatas merupakan proses anabolisme, yaitu pembentukan molekul
yang kompleks dengan menggunakan energi sebesar 30 kJ/mol. Kedua reaksi
di atas terjadi karena katalisa enzim ATP-ase.

E. Enzim
Enzim adalah katalis hayati. Katalis, walaupun dalam jumlah yang
amat sedikit, mempunyai kemampuan unik untuk mempercepat
berlangsungnya reaksi kimiawi tanpa enzim itu sendiri terkonsumsi atau
berubah setelah reaksi selesai.
Enzim adalah katalisator organik (biokatalisator) yang dihasilkan
oleh sel. Enzim berfungsi sebagai katalisator anorganik yaitu untuk
mempercepat reaksi kimia. Setelah reaksi berlangsung enzim tidak
mengalami perubahan jumlah sehingga jumlah enzim sebelum dan setelah
reaksi adalah tetap. Enzim mempunyai spesifitas yang tinggi terhadap reaktan
yang direaksikan dan jenis reaksi yang dikatalisis. Enzim melakukan berbagai
aktifitas fisiologik seperti penyusunan bahan organik, pencernaan, dan
pembongkaran zat yang memerlukan aktivator berupa biokatalisator.
1.   Sifat Umum Enzim
a. Disusun oleh senyawa protein.
b. Bekerja secara spesifik yaitu hanya mengkatalisis satu macam reaksi
saja.
c. Aktivitas enzim dipengaruhi suhu, PH, substrat dan inhibitor. Setiap
enzim memiliki suhu dan PH optimum.
d. Enzim memiliki sifat alosentrik, yaitu mampu berkaitan dengan
inhibitor ataupun aktivator.

2.   Mekanisme Kerja Enzim

Enzim meningkatkan kecepatan reaksi dengan cara menurunkan
energi aktivasi. Energi aktivasi adalah energi yang diperlukan untuk
mengaktifkan suatu reaktan sehingga dapat bereaksi untuk membentuk
 senyawa lain. Energi potensial hasil reaksi menjadi lebih rendah, tetapi
enzim tidak mempengaruhi letak keseimbangan reaksi. Saat
berlangsungnya reaksi enzimatik terjadinya ikatan, sementara enzim
dengan substratnya reaktan. Ikatan sementara bersifat labil dan hanya
untuk waktu yang singkat saja. Selanjutnya ikatan enzim substrat akan
pecah menjadi enzim dan hasil akhir. Enzim yang terlepas kembali
setelah reaksi dapat berfungsi lahi sebagai biokatalisator untuk reaksi
yang sama.

3.   Struktur Enzim

a. Ada enzim yang mengandung komponen kimia lain selain protein.
Komponen ini disebut kofaktor, suatu komponen yang bukan protein
Kofaktor berupa :
Molekul anorganik seperti Fe2+, Mn2+, Cu2+, Na+ atau molekul organik
kecil yang disebut koenzim misalnya vitamin B, B1, dan B2.
b. Koenzim yang terikat kuat secara kovalen pada protein enzim disebut
gugus prostetik.
c. Enzim yang strukturnya sempurna dan aktif mengkatalisis, bersama-
sama koenzim atau gugus logamnya disebut holoenzim.

4.   Klasifikasi/ Penggolongan Enzim

a.   Penggolongan Enzim Berdasarkan Tempat Bekerjanya
1.   Endoenzim
Endoenzim disebut juga enzim intraseluller yaitu enzim
yang berkerja di dalam sel. Umumnya merupakan enzim yang
digunakan untuk proses sintesis di dalam sel dan untuk
pembentukan energi (ATP) yang berguna untuk proses
kehidupan sel misalnya, dalam proses respirasi.
2.   Eksoenzim
Eksoenzim disebut juga enzim ekstraseluller yaitu
enzim yang berkerjanya di luar sel. Umumnya berfungsi untuk
mencernakan substrat secara hidrolisis untuk dijadikan molekul
 yang lebih sederhana dengan berat molekul lebih rendah
sehingga dapat masuk melewati membran sel. Energi yang
dibebaskan pada reaksi pemecahan substrat di luar sel tidak
digunakan dalam proses kehidupan sel.

b.   Penggolongan Enzim Berdasarkan Daya Katalisis

1.   Oksidoreduktase
Enzim ini mengkatalisis reaksi oksidasi-reduksi yang
merupakan pemindahan elektron, hidrogen atau oksigen.
Contoh; enzim elektron transfer oksidase dan hidrogen
perioksidase (katalase).
2.   Transferase
Enzim ini mengkatalisis pemindahan gugus molekul dari
satu molekul ke molekul lain. Contoh; transaminase,
transfosforilase, dan transasilase.
3.   Hidrolase
Enzim ini mengkatalisis reaksi-reaksi hidrolisis. Contoh;
karboksilesterase, lipase dan peptidase
4.   Liase
Enzim ini berfungsi untuk mengkatalisis pengambilan atau
penambahan gugus dari satu molekul tanpa melalui proses
hidrolisis.
5.   Isomerase
Isomerase meliputi enzim-enzim yang mengkatalisis
reaksi isomerisasi yaitu; rasemase, epirerase, co-transisomerase,
intramolekul ketolisorerase, dan murase.
6.   Ligase
Enzim ini mengkatalisis penggabungan dua molekul
dengan dibebaskannya molekul priposfat dari nukleosida
trifosfat. Contoh; enzim asetat
7.   Enzim Lain dengan Tata Nama Berbeda
 Ada beberapa enzim yang penamaanya tidak menurut cara
diatas misalnya enzim pepsin, triosin, dan sebagainya serta
enzim yang termasuk permease. Permease adalah enzim yang
berperan dalam menentukan sifat selektif permeabel dari
membran sel.

c.    Penggolongan Enzim Berdasarkan Cara Terbentuknya

1.   Enzim Konstitutif
Kadar enzim dalam sel berjumlah normal atau tetap pada sel
hidup
2.   Enzim Adaptif
Enzim yang pembentukkannya dirangsang oleh adanya subtrat.
Contoh : enzim beta galaktosidase yang dihasilkan oleh bakteri
E. coli.

d.   Penggolongan Enzim Berdasarkan Substratnya

1. Kerbohidrase, merupakan enzim yang menguraikan karbohidrat
yang mencakup; amilase, maltase, laktase, selulase dan
pektinase.
2. Esterase, merupakan enzim yang memecah golongan ester,
antara lain; lipase dan posfatase.
3. Protease, merupakan enzim yang menguraikan golongan
protein, contohnya; peptidase, gelatinase, dan renin.

5.   Faktor-faktor yang Mempengaruhi Reaksi Enzimatik

a. Substrat (Reaktan)
Kecepatan reaksi enzimatik umumnya diketahui kadarsubstrat,
penambahan kadar substrat sampai jumlah tertentu dengan jumlah
enzim yang tetap, akan mempercepat reaksi enzimatik sampai
mencapai maksimum. Penambahan substrat selanjutnya tidak akan
menambah kecepatan reaksi, kecepatan reaksi enzimatik juga
 dipengaruhi kadar enzim, jumlah enzim yang terikat substrat dan
konstanta.
b. Suhu
Seperti reaksi kimia pada umumnya, maka reaksi enzimatik
dipengaruhi oleh suhu. Kenaikan suhu sampai optimum akan diikuti
pula oleh kenaikan kecepatan reaksi enzimatik. Umumnya enzim
mengalami denaturasi pada suhu diatas 500 C. Walaupun demikian ada
beberapa enzim yang tahan terhadap suhu tinggi.
c.   Keasaman (PH)
PH dapat mempengaruhi aktivitas enzim. Daya katalisis enzim
menjadi rendah pada PH rendah maupun tinggi, karena terjadinya
denaturasi enzim. Enzim mempunyai gugus aktif yang bermuatan
positif dan negatif. Aktivitas enzim akan optimum kalau terdapat
keseimbangan antara muatannya. Pada keadaan masam muatannya
cenderung positif, dan pada keadaan basis muatannya cenderung
negatif sehingga aktivitas enzimnya menjadi berkurang atau bahkan
menjadi tidak aktif. PH optimum untuk masing-masing enzim tidak
selalu sama. Sebagai contoh amilase jamur mempunyai PH optimum
5,0 dan arginase mempunyai PH optimum 10.
d.  Penghambat Enzim (Inhibitor)
Seperti namanya, inhibitor adalah substansi yang memiliki
kecenderungan untuk mencegah aktivitas enzim. Inhibitor enzim
mengganggu fungsi enzim dalam dua cara yang berbeda. Berdasarkan
ini, mereka dibagi menjadi dua kategori: inhibitor kompetitif dan
inhibitor kompetitif. Sebuah inhibitor kompetitif memiliki struktur
yang sama dengan molekul substrat, dan sehingga akan melekat pada
diaktifkan pusat enzim mudah dan membatasi pembentukan ikatan
kompleks enzim-substrat. Sebuah inhibitor nonkompetitif adalah salah
satu yang membawa perubahan (s) dalam bentuk enzim dengan
bereaksi dengan situs aktif. Dalam kondisi ini, molekul substrat tidak
dapat mengikat dirinya pada enzim dan dengan demikian, kegiatan
selanjutnya diblokir.
E.   Katabolisme : Respirasi dan Fermentasi
1. Respirasi
Respirasi merupakan proses terjadinya pembongkaran suatu zat
makanan sehingga menghasilkan energi yang diperlukan oleh
mikroorganisme tersebut. Jika oksigen yang diperlukan dalam proses
respirasi maka disebut respirasi aerob. Ada juga spesies bakteri yang
mampu melakukan respirasi tanpa adanya oksigen, maka peristiwa itu
disebut respirasi anaerob.
a. Respirasi aerob
Respirasi aerob merupakan serangkaian reaksi enzimatis yang
mengubah glukosa secara sempurna menjadi CO2, H2O dan
menghasilkan energi. Menurut penyelidikan energi yang terlepas
sebagai hasil pembakaran 1 grammol glukosa adalah 675 Kkal. Dalam
respirasi aerob, glukosa dioksidasi oleh oksigen, dan reaksi kimianya
dapat digambarkan sebagai berikut:
C6H12O6 + 6 O2 → 6 CO2 + 12 H2O + 675 Kkal
Dalam kenyataan reaksi yang terjadi tidak sesederhan itu. Banyak
tahap reaksi yang terjadi dari awal hingga terbentuknya energi. Reaksi-
reaksi tersebut dibedakan menjadi tiga tahap yakni glikolisis, siklus
kreb (the tricarboxylic acid cycle) dan transfer elektron.

Gambar 1. Tahapan respirasi

1. Glikolisis
Glikolisis adalah serangkaian reaksi enzimatis yang memecah
glukosa (terdiri dari 6 atom C) menjadi dua molekul asam piruvat
 (terdiri dari 3 atom C). Glikolisis juga menghasilkan ATP dan
NADH + H+.
2. Tricarboxylic acid cycle (Siklus Krebs)
Merupakan serangkaian reaksi metabolisme yang
mengubah asetil koA yang direaksikan dengan asam oksaloasetat
(4C) menjadi asam sitrat (6C). Selanjutnya asam oksaloasetat
memasuki daur menjadi berbagai macam zat yang akhirnya akan
membentuk oksaloasetat lagi.
3. Transfer Elektron
Setelah proses tricarboxylic acid maka yang terakhir adalah
proses transfer elektron. Transfer elektron merupakan reaksi
pemindahan elektron melelui reaksi redoks (reduksi-oksidasi).
karena respirasi mebutuhkan jumlah ATP dari proses oksidasi
NADH dan FADH. Maka dibutuhkan senyawa senyawa yang
memiliki potensial reduksi rendah sebagai akseptor elektron, dan
O2 sangat ideal sebagai akseptor.  Elektron yang berasal dari
oksidasi substrat NADH atau FADH2, melalui serangkaian redoks
atau reduksi-oksidasi reaksi, lalu ke terminal akseptor. Dalam
proses ini, energi dilepaskan selama aliran elektron digunakan
untuk membuat gradien proton.
Energi yang ditangkap dalam ikatan energi yang tinggi ketika
P (fosfat) anorganik bergabung dengan molekul ADP untuk
membentuk ATP. Proses ini disebut fosforilasi oksidatif. Energi
(ATP) dalam sistem transpor elektron terbentuk melalui reaksi
fosforilasi oksidatif, Energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol
NADH atau NADPH2 dapat digunakan untuk membentuk 3 mol
ATP. Reaksinya sebagai berikut.
NADH + H+ + 1/2 O2 + 3ADP + 3H3PO4 → NAD+   +  3ATP + 4H2O
Sementara itu, energi yang dihasilkan oleh oksidasi 1 mol
FADH2 dapat menghasilkan 2 mol ATP. Beberapa jenis enzim
yang terlibat dalam pengangkutan elektron seperti NADH
dehidrogenase, sitokrom reduktase, dan sitokrom oksidase.
 Pembawa elektron terdiri dari flavoprotein (contohnya FAD
dan mononukleotida flavin, FMN), besi sulfur (FeS), dan sitokrom,
protein dengan cincin  yang berisi besi yang disebut heme. Gugus
non-protein seperti lipid-soluble (larutan dalam lemak) yang lebih
dikenal dengan quinones.

b. Respirasi anaerob
Beberapa bakteri fakultatif anaerob dan obligatif anaerob
melakukan respirasi anaerob. Dengan melibatkan electron transport
system (ETS), tetapi terminal akseptor elektron selain oksigen.
Anaerob obligat adalah organisme yang mati bila terkena oksigen,
seperti Clostridium tetani dan Clostridium botulinum, yang masing-
masing menyebabkan tetanus dan botulisme.
Bakteri anaerob fakultatif adalah bakteri yang dapat hidup dengan
baik bila ada oksigen maupun tidak ada oksigen. Contoh bakteri
anaerob fakultatif antara lain Escherichia coli, Streptococcus,
Alcaligenes, Lactobacillus, dan Aerobacter aerogenes. Anaerob
fakultatif dapat hidup dengan adanya atau tidak adanya oksigen, tetapi
lebih memilih untuk menggunakan oksigen. Contoh jenis ini termasuk
Escherichia coli.
Contoh respirasi anaerob berikut :
1.      Respirasi Nitrat
Respirasi nitrat dilakukan oleh bakteri anaerob fakultatif.
Potensi redoks nitrat adalah +0.42 Volt, dibandingkan dengan
oksigen yang potensial redoksnya +0,82 volt. Akibatnya, lebih
sedikit energi yang digunakan dibandingkan dengan oksigen
sebagai terminal akseptor elektron dan molekul lebih sedikit ATP
yang terbentuk. Proses ini memiliki beberapa langkah, yang mana
nitrat direduksi menjadi nitrit dan nitrogen oksida menjadi
dinitrogen, yang disebut sebagai dissimilatory nitrate
reduction atau denitrifikasi. Reaksi denitrifikasi sebagai berikut:
2NO3- + 12 e- + 12 H+  → N2 + 6 H2O
  Denitrifikasi dilakukan oleh spesies Pseudomonas
stutzeri, Pseudomonas aeruginosa, Paracoccus denitrificans dan
Thiobacillus denitrificans.
Bakteri ini adalah kelompok bakteri yang memiliki
kemampuan untuk melakukan reaksi reduksi senyawa nitrat  (NO3-)
menjadi senyawa nitrogen bebas (N2). Pada beberapa kelompok
bakeri denitrifikasi, dapat ditemukan senyawa nitrogen oksida
(NO) sebagai hasil sampingan metabolisme. Proses ini pada
umumnya berlangsung secara anaerobik (tanpa melibatkan
molekul oksigen, O2).
Proses denitrifikasi merupakan salah satu dari
rangkaian siklus nitrogen yang berperan dalam mengembalikan
senyawa nitrat yang terakumulasi di wilayah perairan, terutama
laut, untuk kembali dipakai dalam bentuk bebas. Di samping itu,
reaksi ini juga menghasilkan nitrogen dalam bentuk lain, seperti
dinitrogen oksida (N2O). Senyawa tersebut tidak hanya dapat
berperan penting bagi hidup berbagai organisme, tetapi juga dapat
berperan dalam fenomena hujan asam dan rusaknya ozon. Senyawa
N2O akan dioksidasi menjadi senyawa NO dan selanjutnya bereaksi
dengan ozon (O3) membentuk NO2- yang akan kembali ke bumi
dalam bentuk hujan asam (HNO2).
Sedangkan bakteri fakultatif Anaerob seperi, E. coli dan
sejenisnya, yang hanya mereduksi nitrat menjadi nitrit, dan enzim.

2.      Respirasi Sulfat
Respirasi sulfat dilakukan oleh sebagian kecil bakteri
heterotrophic, yang semuanya oligatif anaerob, seperti bakteri dari
spesies Desulfovibrio. Bakteri ini membutuhkan sulfat sebagai
aseptor proton  dan terduksi menjadi sulfit. Reaksi sulphate
respiration sebagai berikut:
SO42- + 8 e- + 8 H+ → S2- + H2O
 3.      Respirasi Karbonat
 Respirasi Karbonat dilakukan oleh bakteri seperti
Methanococcus dan Methanobacterium. Bakteri tersebut
merupakan anaerob obligat yang mereduksi CO2, dan kadang-
kadang karbon monoksida, untuk menjadi metana. Bakteri
metanogen yang biasa menggunakan hidrogen sebagai sumber
energi dan ditemukan di lingkungan yang rendah nitrat dan sulfat,
misalnya usus beberapa hewan, rawa, sawah dan digester limbah
lumpur. Reaksi respirasi karbonat hingga membentuk metan
sebagai berikut:
CO2 + 4H2 →CH4 + 2H2O
Selain nitrat, sulfat dan karbon dioksida, besi besi (Fe 3+),
mangan (MN4+) dan beberapa organik senyawa (sulfoksida dimetil,
fumarat, glisin dan oksida trimetilamina) dapat berfungsi sebagai
terminal elektron akseptor untuk respirasi anaerob tertentu bakteri.

2. Fermentasi
             Bila respirasi tidak bisa dilakukan, organisme harus menggunakan
mekanisme alternatif untuk membentuk pasokan koenzim, selama oksidasi
glukosa menjadi piruvat. Jika NAD (P) H tidak teroksidasi kembali ke
NAD (P)+, katabolisme akan berhenti. Akibatnya, akseptor terminal
elektron yang cocok harus ditemukan untuk mengambil
elektron. Fermentasi adalah proses perombakan senyawa organik dalam
kondisi anaerob menghasilkan produk berupa asam-asam organik, alkohol
dan gas, yang kemudian dikeluarkan dari sel, sedangkan fermentasi itu
bermacam-macam seperti:
a. Fermentasi alkohol dilakukan oleh yeasts, jamur dan bakteri.
Fermentasi alkohol merupakan suatu reaksi pengubahan glukosa
menjadi etanol (etil alkohol) dan karbondioksida. Organisme yang
berperan yaitu Saccharomyces cerevisiae (ragi) untuk pembuatan tape,
roti atau minuman keras.
Reaksi kimia:
C6H12O6→ 2 C2H5OH + 2 CO2 + 2 H2O + 2 ATP
 b. Fermentasi asam laktat yang dilakukan oleh sejumlah bakteri, seperti
Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus dan Leuconostoc, serta
beberapa jamur, alga dan protozoa. Turunan piruvat, adalah akseptor
elektron dan membentuk laktat. Ada dua bentuk fermentasi ini yakni:
1)  Fermentasi homolaktis dilakukan oleh bakteri seperti
Lactobacillus acidophilus dan Lactobacillus casei, yang
mereduksi semua piruvat yang dihasilkan pada proses glikolisis
menjadi asam laktat.
2) Fermentasi heterolaktis menghasilkan produk lainnya dan asam
laktat. Organisme yang melakukan ini seperti Leuconostoc
mesenteroides dan Lactobacillus brevis.
c. Fermentasi asam campuran yang dilakukan oleh E. coli dan bakteri
fakultatif anaerob. Produknya meliputi laktat, asetat, dan etanol.
Beberapa organisme memiliki kemampuan untuk mereduksi piruvat
menjadi hidrogen dan CO2.
d. Fermentasi 2,3-Butanediol dilakukan oleh Enterobacter, Erwinia,
Klebsiella dan Serratia. Sama seperti fermentasi campuran asam,
namun menghasilkan butanadiol, netanol dan asam.
e. Fermentasi asam propionat dilakukan oleh beberapa bakteri d usus,
seperti Propionibacterium dan sejenisnya, beberapa terlibat dalam
produk komersil Swiss-keju dan vitamin B12 (cobalamin). Propionat
yang terbentuk dari piruvat yang melalui jalur methylmalonyl CoA,
dimana piruvat terkarboksilasi menjadi oksaloasetat, dan kemudian
direduksi menjadi propionat melalui malate, fumarate dan suksinate
f. Fermentasi asam butirat dilakukan oleh spesies Clostridium. Bakteri
ini memproduksi aseton, butanol, propanol, alkohol dan asam lainnya.
Bakteri ini juga memfermentasi asam amino dan senyawa nitrogen
lainnya, serta karbohidrat.

F. Anabolisma : Fotosintesis
Proses metabolisme mikroorganisme dapat dibedakan menjadi dua
berdasarkan sumber energinya yaitu fototrof dan kemotrof. Sedangkan apabila
berdasarkan kemampuan mendapat sumber karbonnya menjadi dua juga yaitu
autotrof dan heterotrof.
Mikroorganisme fototrof adalah mikroorganisme yang menggunakan
cahaya sebagai sumber energi utamanya. Fototrof dibagi menjadi dua yakni :
fotoautotrof dan fotoheterotrof.
1. Fotoautotrof
Organisme yang termasuk fotoautrotrof melakukan fotosintesis.
Sedangkan fotosintesis adalah proses mensintesis senyawa organik
kompleks dari unsur-unsur anorganik dengan menggunakan energi cahaya
matahari. Fotosintesis tidak hanya dilakukan oleh tumbuhan namun juga
dilakukan oleh mikroba. Mikroba yang melakukan fotosintesis seperti
Cyanobacteria, serta beberapa jenis algae. Pada  Reaksi umum yang terjadi
dpat dituliskan sebagai berikut :

            6H2O + 6CO2 + cahaya → C6H12O6 + 6O2

dalam fotosintesis terjadi dua tahapan reaksi terang dan reaksi gelap. Reaksi
terang atau fosforilasi reaksi ini terjadi di tilakoid dan reaksi gelap terjadi di
dalam stromokloroplas.
Reaksi terang merupakan pemecahan air menjadi hidrogen dan
oksigen yang disebut dengan fotolisis. Hidrogen hasil fotolisis digabung
dengan karbondioksida yang ditangkap dari uadara bebas untuk membentuk
glukosa. Pada reaksi terang, atom hydrogen dari molekul H2O dipakai untuk
mereduksi NADP menjadi NADPH, dan O2 dilepaskan sebagai hasil
samping reaksi fotosintesis. Reaksi ini juga dirangkaikan dengan reaksi
endergonik pembentukan ATP dari ADP + Pi. Dengan demikian tahap
reaksi terang dapat dituliskan dengan persamaan:

Dalam hal ini pembentukan ATP dari ADP + Pi merupakan suatu

mekanisme penyimpanan energi matahari yang diserap kemudian diubah
menjadi bentuk energi kimia. Proses ini disebut fotofosforilasi. 
Tahap kedua disebut tahap reaksi gelap. Dalam hal ini senyawa kimia
berenergi tinggi NADPH dan ATP yang dihasilkan dalam tahap pertama
 (reaksi gelap) dipakai untuk proses reaksi reduksi CO2 menjadi glukosa
dengan persamaan:

Gambar 2. Reaksi gelap dan terang

2. Fotoheterotrof
                Fotoherotrof adalah kelompok kecil bakteri yang menggunakan
energi cahaya tapi membutuhkan zat organik seperti alkohol, asam lemak,
atau karbohidrat sebagai sumber karbon. Organisme ini meliputi bakteri
non-sulfur, bakteri ungu, dan hijau.
Contoh :
Fotosintesis anoksigenik, yaitu proses fototrof mana energi cahaya
ditangkap dan diubah menjadi ATP, tanpa menghasilkan oksigen.
1. Fotosintesis bakteri ungu non belerang
CO2 + 2CH3CHOHCH3 → (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3
2. Fotosintesis bakteri hijau belerang
CO2 + 2H2S → (CH2O) + H2O + 2S

            Mikroorganisme kemotrof, mikroorganisme ini bergantung kepada

reaksi oksidasi dan reduksi akan zat anorganik atau organik sebagai sumber
energi mereka. Mikroorganisme kemotrof dibagi menjadi dua yakni
kemoautotrof dan kemoheterotrof.
1. Kemoautotrof 
Kemoautotrof adalah organisme kemotrof yang sumber karbonnya
berasal dari CO2, hanya memerlukan CO2 sebagai sumber karbon bukan
sebagai sumber energi. Bakteri ini memperoleh energi dengan
 mengoksidasi bahan-bahan anorganik. Energi kimia diekstraksi dari
hidrogen sulfida (H2S), amonia (NH3), ion fero (Fe2+), atau bahan kimia
lainnya. Contohnya adalah bakteri Sulfolobus sp. yang mengoksidasi
sulfur.
2. Kemoheterotrof
Kemoheterotrof adalah organisme kemotrof yang sumber
karbonnya dari senyawa-senyawa organik (mengonsumsi molekul organik
untuk sumber energi dan karbon). Dibagi menjadi dua berdasarkan
akseptor elektron terakhirnya. Apabila akseptor terakhirnya adalah
O2 contohnya adalah hewan dan hampir semua fungi, protozoa, serta
bacteria. Apabila akseptor terakhirnya bukan O2 adalah Streptococcus
sp dan Clostridium sp.