KULIAH 4:

MEKANISME REAKSI &

INHIBITOR
 TATA LETAK KULIAH
MEKANISME REAKSI
A. Reaksi Berurutan
B. Reaksi Bisubstrat Acak
C. Reaksi Ping-Pong
INHIBITOR
1. ireversibel
2. reversibel
 penghambatan kompetitif,
 Inhibisi tidak kompetitif.
 Inhibisi nonkompetitif
 Mekanisme Reaksi
A: Reaksi Berurutan
 Semua substrat harus bergabung dengan
enzim sebelum reaksi dapat terjadi
A B P Q

E EA EABEPQ EQ E
Reaksi bisubstrat
B. Reaksi Bisubstrat Acak
 C. Reaksi Ping-Pong
 Reaksi transfer grup
 Satu atau lebih produk dirilis sebelum semua
substrat ditambahkan

A P B Q

E EAFP F FBEQ E
 2. INHIBITOR
 Sejumlah senyawa penting memilikikemampuan
untuk bergabung dengan enzim tertentubaik
secara reversibel atau ireversibel, dan dengan
demikian memblokir katalisis oleh enzim itu
 Senyawa seperti itu disebutINHIBITORdan
termasuk obat-obatan,antibiotik,racun,
antimetabolisme, sebaikproduk reaksi enzim
 Dua kelas umum inhibitor diakui;
 ireversibel
 reversibel
 1. Hambatan yang tidak dapat diubah
 Inhibitor ireversibel membentuk ikatan kovalen
dengan fungsi tertentu, biasanya residu asam
amino, yang dalam beberapa cara dapat
dikaitkan dengan aktivitas katalitik enzim.
 Ada banyak contoh inhibitor enzim yang secara
kovalen tidak mengikat pada situs aktif, tetapi
secara fisik memblokir situs aktif
 Inhibitor tidak dapat dilepaskan dengan
pengenceran atau dialisis; secara kinetik,
konsentrasi dan karenanya kecepatan enzim aktif
diturunkan sebanding dengan konsentrasi inhibitor
dan dengan demikian efeknya adalah inhibisi
nonkompetitif:
 Tinjauan Inisiasi Sintesis Protein
1 3
30S 2 GTP

1 2 3 GTP
Faktor Inisiasi
f-met tRNA
mRNA
Spektinomisin

PDB + Pi
2
50S
P S
E
1 1
B 2 GTP
U
A
H Aminoglikosida
Kompleks Kompleks
Inisiasi 70S Inisiasi
30S
INHIBITOR YANG TIDAK DAPAT DIUBAH
k1 k3
E+S ES E+P
+ k2 k4
I  Contoh inhibitor ireversibel meliputi;
 diisopropil fluorofosfatyang bereaksi ireversibel
kI dengan protease serin,kimotripsin

EI
 iodoasetat yang
bereaksi dengan gugus
sulfhidril esensial dari
enzim seperti:triosa
fosfat dehidrogenase:

E-SH +
ICH2COOH. E-
SCH2COOH + HI
 Jenis unik dari penghambatan ireversibel baru-baru ini
digambarkan sebagai kkucingpenghambatan di mana
inhibitor laten diaktifkan ke inhibitor aktif dengan
mengikat situs aktif enzim.
 Inhibitor yang baru dihasilkan sekarang bereaksi
secara kimia dengan enzim yang mengarah ke
penghambatan ireversibel
 Inhibitor ini memiliki potensi besar sebagai obat
dalamprobe spesifik untuk situs aktif karena mereka
tidak diubah dari bentuk laten ke bentuk aktif kecuali
oleh enzim target spesifiknya
 Contoh yang sangat baik adalah penghambatanD 3
hidroksil dekanoil ACP klehidrase (dari E.coli)oleh
penghambat laten3 decynoyl N asetil cystaminesesuai
dengan urutan peristiwa berikut:
3 decynoyl N‑
asetil cystamine
 2. Hambatan yang dapat dibalik
 Sesuai dengan istilahnya, jenis inhibisi ini melibatkan
keseimbangan antara enzim dan inhibitor, konstanta
kesetimbangan (Ki) menjadi ukuran afinitas inhibitor
terhadap enzim.
 Tiga jenis penghambatan reversibel yang berbeda
diketahui;
 penghambatan kompetitif,
 Inhibisi tidak kompetitif
 Inhibisi nonkompetitif
 A. Penghambatan Kompetitif
 Senyawa yang mungkin atau mungkin tidak
terkait secara struktural dengan substrat alami
bergabung secara reversibel dengan enzim
pada atau dekat situs aktif
C o m p e titiv e in h ib ito r
 Oleh karena itu, inhibitor dan
+I
substrat bersaing untuk
tempat yang sama menurut -I

reaksi:
Vmax [S]
V
 [I ] 
K M  1    [S] -1/KM -1/[K M (1+1/KI)]
 KI 
 k1 k3
E+S ES E+P
Inhibitor + k2 k4

Kompetitif I
S
kI S
EI
I
ESdanEIkompleks terbentuk,
tetapiMENGEKLAIMkompleks I
tidak pernah diproduksi.
Dapat disimpulkan bahwa konsentrasi substrat yang
tinggi akan mengatasi penghambatan dengan
menyebabkan urutan reaksi berayun ke kanan.
Kecepatan reaksi dapat dihitung dengan persamaan
berikut:
 Di antara enzim lain yang mungkin mengalami penghambatan
kompetitif adalah suksinat dehidrogenase, yang dengan
mudah mengoksidasi asam suksinat menjadi asam fumarat.
 Jika peningkatan konsentrasi asam malonat, yang strukturnya
sangat mirip dengan asam suksinat, ditambahkan,
bagaimanapun, aktivitas suksinat dehidrogenase turun tajam.

Competitive Inhibitor
Substrate
 Penghambatan ini Product Succinate Glutarate Malonate Oxalate
sekarang dapat C-OO- C-OO- C-OO- C-OO- C-OO-
dibalikkan dengan
C-H H-C-H H-C-H H-C-H C-OO-
meningkatkan
C-H H-C-H H-C-H C-OO-
konsentrasi asam
C-OO- C-OO- H-C-H
suksinat substrat.
C-OO-
Succinate Dehydrogenase
Penghambatan Kompetitif
 B. Inhibisi Tidak Kompetitif
 Senyawa yang hanya bergabung dengan kompleks
ES, bukan dengan enzim bebas, disebut inhibitor tidak
kompetitif. Penghambatan tidak dapat diatasi dengan
konsentrasi substrat yang tinggi.
 protease HIVdalam kompleks
dengan protease
inhibitorritonavir
 Struktur protease ditunjukkan
oleh pita merah, biru dan
kuning. Inhibitor ditampilkan
sebagai struktur bola-dan-
tongkat yang lebih kecil di
dekat pusat. Dibuat dari PDB

Inhibitor protease
berbasis
peptidaritonavir

Virus imunodefisiensi manusia

Memindai mikrograf elektron tunas HIV-1 (berwarna hijau) dari limfosit yang
dikultur. Beberapa tonjolan bulat pada permukaan sel mewakili situs perakitan
dan tunas virion
 KMnilai secara konsisten lebih kecil dari KMnilai reaksi
tanpa hambatan yang menyiratkan bahwa S lebih
efektif terikat pada enzim dengan adanya inhibitor.
 Persamaan yang digunakan untuk menghitung
kecepatan inhibisi nonkompetitif adalah sebagai
berikut:
Vmax [S]
V Uncompetitive inhibitor
 [I ]  +I
K M  [S] 1  
 KI  -I

(1+[I]/KI)/Vmax

-1/Vmax

-1/K M
-(1+[I]/KI)/K M
 C. Inhibisi Nonkompetitif
 Senyawa yang mengikat secara reversibel dengan
enzim atau kompleks substrat enzim ditetapkan
sebagai inhibitor nonkompetitif
 Oleh karena itu, inhibisi nonkompetitif berbeda dari
inhibisi kompetitif karena inhibitor dapat bergabung
dengan ES, dan S dapat bergabung dengan EI untuk
membentuk EIS dalam kedua kasus.
 Jenis penghambatan ini tidak sepenuhnya dibalik
dengan konsentrasi substrat yang tinggisejak urutan
tertutup akan terjadi terlepas dari konsentrasi substrat
 Karena situs pengikatan inhibitor tidak identik dan juga
tidak memodifikasi situs aktif secara langsung, KMtidak
diubah.
 Vmax [S]
V
 [I ] 
K M  [S] 1  
 KI 

N on com petitive
+I

-I

(1+ [I]/K I)/V m ax

-1/V m ax
Hambatan
Umpan Balik
 Sakelar: Penghambatan alosterik
Arti alosterik“Situs lain”

Situs aktif

E
Situs
alosterik

© 2008 Paul BillietODWS

 Mematikan
 Enzim ini
memilikidua situs
reseptor
 Satu situs cocok
dengan substrat Molekul
seperti enzim lainnya Substrat
penghambat
 Situs lain cocok tidak bisa
masuk ke
dengan molekul dalamsitus aktif Inhibitor cocok
inhibitor dengansitus
alosterik

© 2008 Paul BillietODWS

BAGAIMANA MENYELESAIKAN
PERSAMAAN
 1. Penghambat kompetitif
𝑉 max [ 𝑆]
𝑉=
𝐾𝑀
( 1+
𝐾𝐼 )
[ 𝐼]
+[𝑆 ]

1
=
𝐾𝑀
( 1+
[𝐼]
𝐾𝐼 )1+ 1
𝑉 𝑉 max [𝑆] 𝑉 max
y = 1 / V; x = 1 / [dtk]
 a = 1 / Vmaks

 b = KM(1+ [I] / KSaya) / Vmaks

 2. Tidak kompetitif
𝑉 max [𝑆]
𝑉=
(
𝐾 𝑀 +[𝑆] 1+
[ 𝐼]
𝐾𝐼 )
1
=
𝐾𝑀 1
+
( 1+
[𝐼 ]
𝐾𝐼 )
𝑉 𝑉 max [𝑆] 𝑉 max
y = 1 / V; x = 1 / [dtk]
 a = (1+ [I] / KSaya) / Vmaks

b = KM/ Vmaks
 3.Inhibisi Nonkompetitif
𝑉 max [𝑆 ]
𝑉=
(
( 𝐾 𝑀 +[ 𝑆] ) 1+
[ 𝐼]
𝐾𝐼 )
1
=
𝐾𝑀
( 1+
[𝐼]
𝐾𝐼 ) 1 +( 1+
[ 𝐼]
𝐾𝐼 )
𝑉 𝑉 max [𝑆] 𝑉 max

y = 1 / V; x = 1 / [dtk]
 a = (1+ [I] / KSaya) / Vmaks

b = KM(1+ [I] / KSaya) / Vmaks

 I Kompetitif I Tidak kompetitif I tidak kompetitif
Vmaksimal Vmaksimal Vmaksimal
Timbal Balik Ganda Plot Langsung

vHai vHai
Vmaksimal' Vmaksimal'
Saya Saya Saya

KM KM' [S], mM KM = KM' [S], mM KM' KM [S], mM

Vmaksimaltidak berubah Vmaksimalmenurun
Keduanya Vmaksimal&KMmenuru
KMditingkatkan KMtidak berubah
1 /vHai 1 /vHai 1 /vHai
Saya Saya Saya
Dua paralel
Memotong garis
pada sumbu Y1 / V 1 / Vmaksimal
maksimal 1 / Vmaksimal
Memotong
pada sumbu X
1 / KM 1 / [S] 1 / KM 1 / [S] 1 / KM 1 / [S]

Juan RH (2004) BCbasics

 SOAL
[S] V (-I) V(+I)
 kulit suatu reaksi
enzimatis tanpa dan 1 * 10-4 28 17

dengan inhibitor 1,5 * 10-4 36 23

dengan [I] =
2,2.104M. 2.0 * 10-4 43 29

 Hitunglah KM dan 5 * 10-4 65 50

Vmax tanpa dan
7,5 * 10-4 74 61
dengan I serta KSaya
 Penghambatan Umpan Balik
(Efektor Alosterik)
 Aktivitas beberapa enzim dikendalikan oleh molekul
tertentu yang mengikatperaturan
tertentu(ataualosterik)lokasipada enzim, berbeda
dari situs aktif.
 Molekul yang berbeda dapat menghambat atau
mengaktifkan enzim, memungkinkan kontrol kecepatan
yang canggih. Hanya beberapa enzim yang dapat
melakukan ini, dan mereka sering berada di awal jalur
biokimia yang panjang.
 Mereka umumnya diaktifkan oleh substrat jalur dan
dihambat oleh produk jalur, sehingga hanya mengaktifkan
jalur saat dibutuhkan. Proses ini dikenal
sebagaipenghambatan umpan balik.
http://www.biologymad.com/resources/Ch%204%20-%20Enzymes.pdf
THANK YOU
Спасибо

ㅰㅰ
˱΍
έϛη
 KUIS (10 menit)
1. Bagaimana spesifisitas enzim dicapai?
2. Hitung Vmax & KM dari data berikut, dan dapakah
reaksi mengikuti kinetika Michaelis-Menten?

[DNA] Nukleotida bebas dalam larutan,

mol total V (pmol / L)
nukleotida / L 0 menit 10 menit
1,0 x 10-5 0,05 5.1
1,0 x 10-6 0,04 4,5
1,0 x 10-7 0,06 3.2
1,0 x 10-8 0,04 1.4
1,0 x 10-9 0,04 0,23
 JAWABAN
1. Spesifisitas enzim dicapai melalui
karakteristik situs aktif
2. Vmaks =4.36695
KM =2.2E-08
R2=0,999864, jadi reaksinya mengikuti
kinetika Michaelis-Menten