Studi Kasus Mikrobiologi dan

Biologi Molekuler

Basti Andriyoko

Picture from: https://imdpath.com/

Agenda

1 Kasus Mikrobiologi

2 Kasus Molekuler

3 Practice Points
 Kasus 1 Mikrobiologi
Perbedaan hasil antara pewarnaan Gram dengan hasil kul-
tur:

Contoh:
Pewarnaan Gram Kultur

Tidak ditemukan bakteri/ Ditemukan bakteri/

mikroorganisme mikroorganisme
 Kasus 1 Mikrobiologi
Pewarnaan Gram Kultur
Tidak ditemukan bakteri/ Ditemukan bakteri/
mikroorganisme mikroorganisme

Kemungkinan penyebab:
 Tehnik pembuatan dan pewarnaan salah QC
 Jumlah sampel yang dibuat preparat tidak adekuat, tidak
rata
 Jumlah lapang pandang yang dilihat kurang
 Jumlah bakteri/mikroorganisme sedikit (dibawah ambang
deteksi pewarnaan Gram.
 Kultur kontaminasi?  QC
Samuel LP, Balada-Llasat JM, Harrington A, Cavagnolo R. Multicenter Assessment
of Gram Stain Error Rates. J Clin Microbiol. 2016;54(6):1442-1447.
 Kasus 2 Mikrobiologi
Perbedaan hasil antara pewarnaan Gram dengan hasil kul-
tur:

Contoh:
Pewarnaan Gram Kultur

Ditemukan bakteri / Tidak ditemukan bakteri/

mikroorganisme mikroorganisme
 Kasus 2 Mikrobiologi
Pewarnaan Gram Kultur
Ditemukan bakteri / Tidak ditemukan bakteri/
mikroorganisme mikroorganisme

Kemungkinan penyebab:
 Tehnik pewarnaan: debris (salah interpretasi)
 Bakteri/mikroorganisme mati atau fastidious (sulit tum-
buh)
 Salah tehnik kultur: bahan terlalu lama, kultur anaerob
tidak dilakukan

Samuel LP, Balada-Llasat JM, Harrington A, Cavagnolo R. Multicenter Assessment

of Gram Stain Error Rates. J Clin Microbiol. 2016;54(6):1442-1447.
 Kasus 3 Mikrobiologi
Perbedaan hasil antara pewarnaan Gram dengan hasil kul-
tur:

Contoh:
Pewarnaan Gram Kultur
Ditemukan bakteri Ditemukan pertumbuhan
Gram positif bakteri Gram negatif

atau sebaliknya
 Kasus 3 Mikrobiologi
Pewarnaan Gram Kultur
Ditemukan bakteri Ditemukan pertumbuhan
Gram positif bakteri Gram negatif

Kemungkinan penyebab:
 Tehnik pewarnaan:
over decolorisasi: Gram positif  Gram negatif
under decolorisasi: Gram negatif  Gram positif
 QC
 Bakteri/mikroorganisme yang ditemukan di Gram jumlah-
nya banyak namun mati, yang sedikit tidak terdeteksi
dipewarnaan
Ann C. Smith, Marise A. Hussey. Gram Stain Protocols. American Society for Microbiology. 2005
 Pewarnaan Gram

https://microbiologynote.com/gram-staining-procedure-principle-and-results/
Pewarnaan BTA: Ziehl-Neelsen

https://microbiologynote.com/ziehl-neelsen-stain-principle-procedure-result/
 Kasus 1 Molekuler

Pemeriksaan PCR SARS CoV-2:

Hasil Invalid
 Kasus 1 Molekuler
Hasil invalid PCR adalah:
Tidak ditemukan hasil amplifikasi seluruh target
termasuk internal control (IC)

Cara penelusuran:
• Bila menggunakan IC endogen (Human rnaseP, RPP30,
dll) :
 Kemungkinan tehnik pengambilan sampel swab tidak
baik
 Kemungkinan proses ekstraksi tidak baik
 Terdapat inhibitor
• Bila menggunakan IC dari kit/ ditambahkan saat ek-
straksi:
 Jenis-Jenis Kontrol pada Pemeriksaan PCR

Pengambila Ekstraksi Penambahan Analisis Pengerjaan

PCR
n spesimen asam nukleat master mix hasil PCR kontrol

Setiap kelompok
Kontrol Positif PCR pengerjaan

Setiap
Kontrol Positif Ekstraksi (Internal control) sampel

Setiap
Kontrol Positif Endogen (Internal control host RNA / DNA) sampel

Setiap kelompok
Kontrol Negatif PCR
pengerjaan

Setiap kelompok
Kontrol Negatif ekstraksi pengerjaan
 Penyebab Kontrol Gagal
Kemungkinan penyebab Kontrol IC ekstraksi IC endogen Kontrol Negatif PCR Kontrol
Positif PCR jadi negatif jadi negatif jadi positif Negatif ekstraksi
jadi negatif jadi positif
Set up error, contoh: salah x x x x x
memasukkan well/tube,
pipetting sampel/master mix,
dll
Reaksi PCR bermasalah / alat x x x x (kontaminasi x (kontaminasi
pcr alat pcr) alat pcr)
Kesalahan saat ekstraksi X (bila x x x (kontaminasi
diikutkan
ekstraksi)
saat ekstraksi)
Masalah pada reagent master x x x x (kontaminasi x (kontaminasi
mix reagen) reagen)

Masalah pada kontrol x x x (kontaminasi x (kontaminasi

kontrol) kontrol)
Inhibitor x x x
Pengambilan sampel tidak x
adekuat

X : Kemungkinan penyebab utama , X : Kemungkinan penyebab lain

 Kasus 2 Molekuler
Pembacaan hasil real time PCR

Perhatikan:
- Grafik/kurva
- Skala fluorescen

Tidak semua hasil yang keluar nilai cycle threshold

(Ct) nya itu Positif
Contoh Noise

IC

Target gen
 Peningkatan fluorescent cukup
tinggi  Positif
(skala tiap alat PCR bisa berbeda)
 Kasus 2 Molekuler

Pemeriksaan Mycobacterium Tuberculosis

Pewarnaan BTA Tes cepat molekuler

Positif Negatif
 Kasus 2 Molekuler
Pewarnaan BTA Tes cepat molekuler(TCM)
Positif Negatif

Kemungkinan NTM (Nontuberculous Mycobacte-

ria)

Langkah:
• Ulangi pemeriksaan BTA dan TCM dengan
sampel yang sama  hasil tetap: probable
NTM
• Konfirmasi dengan kultur
Practice points

• Kepatuhan SOP
• Quality control harus selalu dilakukan / berkala
• Teliti dalam membaca hasil
 Picture from: https://imdpath.com/

Terima Kasih
Basti Andriyoko