Biologi psikologi di awali oleh seorang psikolog asal Persia, Avicenna (980-1037 SM) yang dalam peraturan kedokteran,

mengakui fisiologis psikologi dalam perawatan penyakit termasuk emosi dan mengembangkan sistem untuk menyatukan perubahan dalam aliran nadi dengan perasaan yang mendalam, yang mana melihat antisipasi dari ujian persatuan kata. Avicenna juga memberikan penjelasan tentang kepastian penyakit somatik dan dia selalu menghubungkan fisik dengan penyakit psikologi. Dia menjelaskan tentang dalam kelembaban pada kepala dapat mempengaruhi kekacauan mood, dia mengatakan bahwa kekacauan mood yang dipengaruhi kelembaban pada kepala terjadi ketika perubahan pernapasan. Kegembiraan meningkatkan pernapasan yang menuntun untuk meningkatkan kelembaban dalam otak, tapi ketika kelembaban tersebut melewati batas maka akan menyebabkan otak kehilangan kontrol dan menyebabkan cacat mental . Biologi psikologi sebagai disiplin pengetahuan muncul kemudian dari sebuah jenis pengetahuan dan tradisi filosofi di abad 18 dan 19. Dalam filosofi, orang seperti Rene Descartes mengemukakan model fisik untuk menjelaskan tingkah laku manusia dan hewan. Filsuf-filsuf lain yang membantu dalam pertumbuhan psikologi adalah William James (1890), dalam bukunya yang berjudul The Principles of Psychology, menyatakan bahwa psikologi di awali dari pemahaman ilmu biologi dan pengalaman jasmani, oleh karena itu dan terutama lagi pengalaman otak harus mengambil tempat diantara kondisi kehidupan mental dimana psikologi membutuhkan perhitungan. Ada pula tokoh-tokoh yang berpengaruh dalam membantu meyankinkan komunitas ilmuan bahwa data yang dapat dipercaya dihasilkan dari subjek orang yang hidup, tokoh-tokoh tersebut yaitu Claude Bernard, Charles Bell dan William Harvey. Dalam banyak kasus, manusia dipakai sebagai subjek dalam penelitian biologi psikologi. Bagaimana pun persetujuan terbaik dalam literature penelitian biologi psikologi datang dari studi makhluk yang bukan manusia juga seperti contoh tikus dan monyet. Hasilnya adalah sebuah asumsi kritis dalam biologi psikologi adalah makhluk hidup memiliki kesamaan antara tingkah laku dan biologi. Biologi psikologi tergabung dalam comparative psychology, evolutionary psychology dan evolutionary biology. Biologi psikologi juga memiliki paradigma dan metode yang sama dengan neuropsychology. Sinonim dari biologi pskologi adalah behavioral neuroscience dan psychobiology. Physiological psychology adalah istilah lain yang sering digunakan sebagai sinonim dari

biological psychology. Karakteristik yang terkenal dari penelitian biologi psikologi adalah salah satu dari jenis independen dari penelitian biologi yang memiliki empat kategori yaitu, fisiologi yang mempelajari tentang hubungan tingkah laku pada aktivitas otak dan organ yang lain, ontogenetik menjelaskan tentang perkembangan struktur dan tingkah laku, maksudnya adalah pengaruh gen, nutrisi, pengalaman dan interaksi manusia membentuk tingkah laku. Evolusi menjelaskan tentang rekonstruksi sejarah evolusioner dari tingkah laku dan sebuah struktur dan fungsional menjelaskan mengapa struktur dan tingkah laku tersusun demikian. Biopsikologi atau psikobiologi adalah cabang dari ilmu saraf yang mempelajari tentang bagaimana otak dan sistem saraf mengontrol tingkah laku, ilmu yang mempelajari tentang fungsional mental dan tingkah laku dalam hubungan proses biologis. Biopsikologi adalah bidang penelitian yang sedang berkembang dengan cepat dan semua yang dipelajari adalah aspek dari struktur serta fungsi sistem saraf. Mempelajari biopsikologi juga dapat dipakai untuk mengetahui jenis masalah kesehatan yang meliputi stroke, parkinson, penyakit Alzheimer dan obat bius yang menyebabkan kekacauan tingkah laku. Otak manusia dipengaruhi oleh dua faktor yaitu gen dan lingkungan tapi hal tersebut menjadi perdebatan ketika membahas mana yang lebih berpengaruh. Kebanyakan variasi yang terjadi dalam tingkah laku dipengaruhi oleh gen dan lingkungan. Gen adalah bagian dari kromosom yang didapatkan dari kedua orang tua, terdiri dari deoxyribonucleic acid atau yang biasa disebut DNA dan dari DNA akan menjadi ribonucleic acid atau RNA. RNA akan menjadi protein yang merupakan faktor peningkatan organ, dari protein ini akan masuk ke sebagian tubuh dan sebagian lagi menjadi enzim. Seseorang yang memiliki gen dari kedua orang tua dengan dua kromosom disebut gen homozygous dan apabila hanya dari sebelah pihak maka disebut heterozygous. Gen mempengaruhi tingkah laku secara tidak langsung karena gen mengontrol otak dan juga mempengaruhi hampir seluruh tubuh manusia secara tidak langsung maka secara umum manusia menyerupai orang tuanya karena gen yang diwariskan. Beberapa tingkah laku berbeda karena pengaruh gen yang terpendam dan dominan. Dalam biologi psikologi tidak hanya membahas tentang pengaruh gen tetapi juga membahas tentang pengaruh mekanisme saraf dan hormon terhadap tingkah laku serta mental.

Peneliti biologi psikologi lebih mengutamakan otak dan tingkah laku manusia dalam penelitian mereka tetapi mereka juga mempelajari tentang hewan, ada beberapa alasan mereka meneliti hewan, salah satunya adalah mekanisme persamaan tingkah laku menjelaskan spesies dan terkadang lebih mudah mempelajari spesies non manusia dan apa yang dipelajari tentang hewan merupakan penerangan bagi evolusi manusia. Manusia dan mamalia lainnya seperti tikus, kucing dan monyet memiliki struktur otak yang mirip, yaitu memiliki cerebellum cerebrum dan brainstem. Etika untuk menggunakan hewan dalam penelitian masih menjadi perdebatan karena itu akan membuat hewan yang di pelajari menjadi menderita sakit dan stress. Niko Tinbergen berpendapat bahwa manusia memiliki kemiripan dengan beberapa jenis hewan, manusia dapat mempelajari diri sendiri melalui pelajaran tentang hewan maka kita tidak boleh menyakiti hewan.