Kristal

Sejarah
Nicolaus Steno (1669) mengusulkan selama pertumbuhan
kristal, sudut-sudut antara muka tetap konstan
Individu kristal mungkin berbeda bentuk tetapi sudut
antara muka-muka identik
Ini semua dibuktikan dengan kristalografi sinar-X (von
Laue, Friedrich, Kinipping, 1912)
Kristal merupakan molekul-molekul yang terkemas secara
teratur
Saat mengendap dari larutannya, molekul berupaya
mencapai keadaan energi terendah, disertai pengemasan
teratur (kristal tumbuh)
Bidang datar pada permukaan mencerminkan
pengemasan molekul secara teratur
Kemasan teratur dinyatakan dalam vektor a, b, dan c
dengan sudut ,, dan
Ketiga vektor mendifinisikan sel satuan dalam kisi kristal

Sel satuan: blok pembangun kristal

c

origin
a

Penataan molekul dalam sel

dapat simetri, namun
seringkali asimetri

Susunan kristal
Merupakan tumpukan sel satuan dengan tepitepinya membentuk jaringan atau kisi
Garis dalam arah a (sumbu-x dari kisi), b
(sumbu-y dari kisi), dan c (sumbu-z dari kisi)
Sumbu x, y, dan z membentuk sistem koordinat
(konvensi: tangan kanan)
Bidang-bidang dibangun melalui titik-titik kisi
Difraksi sinar-X oleh kristal merupakan pantulan
terhadap bidang-bidang pada kisi-kisi

Kisi kristal

Satu sel satuan

dibatasi bidang (100),
(010), dan (001)
Bidang kristal
h, k, l disebut indeks
sumbu-x dipotong a/h bagian
sumbu-y dipotong k/k bagian
sumbu-z dipotong c/l bagian

h = 2 dan k = 1

h = 1 dan k = 3

Muka kristal

Aturan kristal
Sistem sumbu harus aturan tangan kanan
Vektor dasar setepat mungkin dengan arah simetri
tertinggi
Sel harus paling kecil: bentuk kristal pusat muka (A,B,C,
atau F) atau pusat badan (I) > primitif (P)
Dari semua vektor kisi, tidak ada yang lebih pendek dari
a
Dari yang tidak searah a, tidak ada yang lebih pendek
dari b
Dari yang tidak berada pada bidang a,b, tidak ada yang
lebih pendek dari c
Sudut antara vektor-vektor dasar a, b, dan c dapat <90o
atau 90o

Sel satuan

Simetri
Pencarian energi bebas minimum sering kali
mengakibatkan hubungan simetri antara molekul
Misalnya, jika protein memiliki bintik-bintik bermuatan
positif dan negatif pada permukaannya, dua bintik
tersebut cenderung berinteraksi satu sama lain
memberikan simetri lipat dua (rotasi 180)
Dengan cara sama, rotasi 120, 90, dan 60 sangat
mungkin, tetapi tidak 108 (rotasi lipat-5) atau lipat n > 6
Rotasi dapat dikombinasi dengan translasi (operasi
sekrup)
Operator simetri yang mungkin yang lain adalah
bayangan cermin, dan pusat inversi
Ada 230 cara menggabungkan operasi simetri yang
diperkenankan menghasilkan 230 kelompok ruang

Sumbu simetri lipat 2 terhadap bidang dan

sumbu sekrup lipat 2 pada bidang

Sumbu simetri lipat 3 terhadap bidang

Kemungkinan simetri untuk kristal

protein
Tidak semua 230 kelompok ruangan
diperkenankan untuk kristal protein
Karena protein dibentuk oleh hanya Lasam amino maka tidak mungkin ada
simetri bidang cermin dan pusat inversi
untuk kristal protein
Hanya tanpa simetri (triklin) dan sumbu
putar atau sumbu sekrup yang
diperkenankan

Koordinat
Koordinat P
r = ax + by + cz
Koordinat P (simetri lipat-2
sepanjang sumbu-c)
r = ax by + cz

Satuan asimetri
Selain triklin, tiap partikel dalam sel akan
diulang berkali-kali akibat operasi simetri
Molekul-molekul yang berhubung dengan
simetri kristalografi adalah identik dan
memiliki lingkungan kristalografi sama
Namun, dua molekul atau lebih dalam
satuan asimetri tidak memiliki lingkungan
sama dan dapat berbeda konformasi

Contoh satuan asimetri Kelompok ruang

P212121 (no 19 dalam Tabel Internasional)
Diaharapkan sekurang-kurangnya ada 4 partikel
sama dalam sel satuan yang dikaitkan dengan
operasi simetri
Sel satuan ini memiliki 4 satuan asimetri
Jumlah molekul dalam sel satuan tidak perlu
sama dengan jumlah satuan asimetri
Tiap-tiap satuan asimetri mungkin ada dua atau
lebih molekul bebas
Sebaliknya, jika satu molekul menempati posisi
khusus (sumbu simetri menembus molekul), sel
satuan mengandung molekul yang lebih kecil
dari jumlah satuan asimetri

Proyeksi sel satuan P212121 (mengandung 4 satuan asimetri)

+ di atas bidang pada jarak tertentu
di bawah bidang pada jarak tertentu
Sumbu sekrup terletak pada tinggi (atau ) dari sel satuan

Ringkasan simetri kristal

Adanya operasi nontrivial yang terdiri dari pembalikan
(inversi), putaran (rotasi) sekeliling sumbu, pantulan, dan
kombinasi ini, yang membawa kristal ke dalam posisi
yang tidak dapat dibedakan dari posisi asalnya
Kelompok titik: kelompok yang terdiri dari elemen-elemen
simetri dari obyek yang memiliki satu titik yang ditentukan
tunggal
Kelas simetri ada 32 kelompok titik
Elemen simetri yang mungkin: rotasi lipat-1, -2, -3, -4,
dan -6, bidang cermin m, pusat inversi, dan kombinasi
sumbu rotasi dengan pusat inversi.
Kristal biomakromolekul hanya mengandung simetri
rotasi (11 enantiomer kelompok titik: 1, 2, 3, 4, 6, 222, 32,
422, 622, 23, dan 432)

Sistem kristal
Kisi kristal: penataan geometri atom, molekul, atau
ion dari satu kristal dalam ruang
Sistem kristal tujuh:

Triklin
a, b, c, , ,
1
Monoklin a, b, c, = = 90, 2
Ortorombik
a, b, c, = = = 90
222
Tetragonal
a = b, c, = = = 90
4
Trigonal/rombohedral
a = b, c, = = 90, = 120
Heksagonal
a = b, c, = = 90, = 120
6
Kubus a = b = c, = = = 90
23

Simetri kelompok
titik minimum

Kisi Bravais
Satu dari 14 kemungkinan penataan titik-titik kisi
dalam ruang seperti penataan titik-titik sekitar
apapun identik dengan titik lain
Pemusatan kisi:
Primitif (P): titik kisi hanya pada sudut sel
Berpusat badan (I): satu tambahan titik kisi pada
pusat sel
Berpusat muka (F): satu tambahan titik kisi pada
pusat tiap-tiap muka sel
Berpusat pada satu muka tunggal (pemusatan A, B,
atau C): satu tambahan titik kisi pada pusat satu dari
muka-muka sel

Sistem kristal

Kisi Bravais
P

Triklin

Monoklin

Ortorombik

Tetragonal

P
Trigonal/
rombohedral

A
Heksagonal

Sistem
kristal

Volume

Triklin
Monoklin

abcsin

Ortorombik

abc

Tetragonal

a2c

Trigonal/romb
ohedral
Heksagonal
Kubus

a3

Kelompok ruang
Satu kelompok operasi yang membiarkan perpanjangan
tak terbatas, pola pengulangan kristal tidak berubah
Kristal protein tidak mungkin memiliki operasi cermin dan
inversi, karena tidak mungkin mengubah kekhiralan asam
amino
Ada 230 space group, dengan hanya 65 adalah
enantiomorf (untuk molekul khiral seperti protein)
Notasi kristal menurut The International Union of
Crystallography (IUCr):
Huruf pertama menjelaskan pemusatan kisi Bravais
Tiga angka berikutnya menunjukkan operasi simetri yang paling
menonjol

Contoh: kristal trigonal space group P3121 artinya

kristal menunjukkan motif pemusatan primitif, dengan
sumbu ulir lipat tiga dan sumbu putar lipat dua

Koefisien Matthews (1968)

Menyatakan jumlah molekul per sel satuan (atau
VM, volum molar)
Satuan 3/Da
Data VM protein: 1,7 3,5 3/Da, kebanyakan
2,15 3/Da
Koef Matthews digunakan untuk menghitung
kadar pelarut dan kadar protein dalam kristal
Vprotein = volume spesifik protein (cm3/g) / [VM
(3/Da) Bil Avogadro (mol-1)]
Volume spesifik protein selalu berkisar 0.74
cm3/g sehingga Vprotein= 1,23/VM dan Vpelarut= 1
1,23/VM

Contoh perhitungan
Kristal memiliki space group C2 dengan
volume 319.000 3
Mr protein = 32.000
Hitung jumlah protein per asimetri
Hitung kadar air dalam kristal tersebut

Z
VM (3/Da)
2
319.000/(232.000) = 5
4
319.000/(432.000) = 2,5
8
319.000/(832.000) = 1,25
Jadi, kristal punya 4 molekul/sel satuan
Kelompok ruang C2 (Tabel Kristalografi) memiliki 4 satuan
asimetri
Oleh karena itu ada 4 molekul protein/4 satuan asimetri
atau satu molekul protein per satuan asimetri
Vpelarut= 1 1,23/VM = 1 1,23/2,5 = 0,51