JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING

TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

AMALI 6: MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK

(Measuring Genetic Diversity)
Pendahuluan
Jika anda melihat sebarang kumpulan individu dari spesis yang sama manusia,
kucing, anjing anda akan lihat semuanya tidak serupa. Kromosom dibina dari koleksi gen, dan
pernyataan luaran gen (fenotip individu) boleh pelbagai variasi. Ini kerana gen mempunyai
bentuk alternatif yang dipanggil allel, dan kelihatan berbeza disebabkan berlakunya variasi allel
yang hadir dalam pembentukan genetik individu. Kolam gen sesuatu spesis adalah himpunan
semua allel-allel yang berkemungkinan dari semua gen dalam spesis tersebut.
Para ekologis pemuliharaan tidak dapat mengekalkan semua kepelbagaian genetik
dalam spesis-spesis , tetapi mereka cuba untuk mengekalkan kepelbagaian genetik yang
dijumpai dalam individu tumbuhan dan haiwan tempatan. Sebagai contoh, jika populasi orkid
dalam satu lembah dengan populasi orkid spesis yang sama di lembah yang lain dapat
menyesuiakan diri walaupun dengan cara berbeza, maka kedua-dua populasi tadi mesti
dikekalkan kerana berpotensi untuk berevolusi. Tetapi jika kedua-dua populasi yang sama
genetiknya, maka memulihara hanya satu populasi sudah mencukupi untuk membina kolam
gen spesis tersebut. Tetapi memelihara hanya satu populasi adalah berisiko.
Implikasi menggunakan hanya sebahagian kecil bahan genetik yang didapati boleh
membawa kepada berlakunya genetik hanyut, kehilangan kecergasan dan boleh menghadkan
keupayaan populasi untuk menyesuaikan diri dengan perubahan dalam persekitaran secara
berterusan. Untuk membuat keputusan tentang berapa banyak perubahan yang perlu kita
lakukan, pemuliharaan jangka panjang adalah langkah terbaik. Bagi tujuan tersebut pertamanya
kita mesti mampu untuk "mengukur" kepelbagaian genetik dalam populasi dan kedua, kita
tentukan berapa banyak yang perlu untuk dipulihara.(Gibbs et al, 1998).

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

TUGASAN
Anda bertugas dengan satu agensi pemuliharaan dan berdepan
dengan satu masalah iaitu enam lot tanah lembab yang berbeza
jenis tanahnya dan ditumbuhi oleh dua jenis orkid liar. Lot-lot
tersebut

sedang

dibangunkan

untuk

menjadi

kawasan

perindustrian. Organisasi anda hanya mampu membeli dan

menjaga empat lot tanah sahaja. Lot manakah yang harus
dijaga? Tiga lot adalah paya mengandungi populasi Pterostylis
isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan habitat populasi
spesis Pterostylis polyzymous . Anda menghantar sampel daun
ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam
bentuk gel protein elektroforesis untuk satu lokus allozyme yang polimorfik bagi kedua-dua
spesis. Lokus tersebut mempunyai dua allel, Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak
pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah
allele yang perlahan.

Langkah 1
Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele
perlu dikenalpasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk.
Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern
yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel
pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili
oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua
ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan.

Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele
perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi
(homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua
kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30.

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi
tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).
Pterostylis isozymus,
Slow
Fast

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

4

Pterostylis isozymus,
Slow
Fast

Slow
Fast

Slow
Fast

Slow

Fast
Langkah 2

11

12

13

14

15

Jum
23
7

10

11

12

13

14

15

Jum
12
18

10

11

12

13

14

15

Jum
4
26

10

11

12

13

14

15

Jum
12
18

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

5

Pterostylis polyzymus,
1

10

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostylis polyzymus,
1

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostylis polyzymus,
Slow
Fast

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostylis isozymus,
1

10

11

12

13

14

15

Jum
14
16

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

5

10

11

12

13

14

15

Jum
8
22

Anda perlu mengukur perbezaan genetik diantara populasi tersebut. Biasanya Wrights
Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara
populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesis (Hs), dengan menggandakan 2pq
bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk
setiap spesis.
Frekuensi allele bagi Pterostylis isozymus,
Allele cepat,

Allele perlahan,

Populasi 1

7/30 =

0.23

23/30 =

0.77

Populasi 2

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 3

26/30

0.87

4/30

0.13

2xpxq
2 (0.23) (0.77)
= 0.35
2 (0.6) (0.4) 01
= 0.48
2 (0.87) (0.13)
= 0.23

Purata

0.35+ 0.48+0.23
3

(Hs)

0.35

Frekuensi allele bagi Pterostylis polyzymus,

Allele cepat,

Allele perlahan,

2xpxq

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

Populasi 1

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 2

16/30

0.53

14/30

0.47

Populasi 3

22/30

0.73

8/30

0.27

2 (0.60) (0.40)
= 0.48
2 (0.53) (0.47) 01
= 0.50
2 (0.73) (0.27)
= 0.23

Purata

0.48+0.50+0.23
3

(Hs)

0.46

Langkah 3
Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan
kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap
spesis, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di
dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan
tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.
Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

Allele cepat, p

PISMP SN JUN 2014

Allele perlahan, q

Populasi 1

7/30

0.23

23/30

0.77

Populasi 2

18/30

0.60

12/30

0.40

Populasi 3
Purata
frekuensi
allele

26/30

0.87

4/30

0.13

1.70/3 = 0.57

1.30/3 = 0.43

(Ht) = 2pq
= 2 x 0.57 x 0.43 = 0.49
Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus
Allele cepat, p

Allele perlahan, q

Populasi 1

18/30

0.60

23/30

0.40

Populasi 2

16/30

0.53

14/30

0.47

Populasi 3
Purata
frekuensi
allele

22/30

0.73

8/30

0.27

1.86/3 = 0.62

1.14/3 = 0.38

(Ht) = 2pq
= 2 x 0.62 x 0.38 = 0.47
Langkah 4
Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi
heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah
dari populasi besar yang sama, (Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang
ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1
menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza
dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa
divergen genetik.

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

RUMUSAN

Pterostylis isozymus
Fst = (Ht - Hs) / Ht
= 0.49 0.35 / 0.49
= 0.29

Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis
isozymus.

Pterostylis polyzymus
Fst = (Ht - Hs) / Ht
= 0.47 - 0.46 / 0.47
= 0.02
Fst <0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis
polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous

adalah lebih divergen daripada populasi

Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama

secara genetik antara satu sama lain.
Perbincangan
1.

Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu

sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara

populasi daripada yang lain? Yang mana satu?
Ya, populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain. Terdapat
spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih daripada yang lain.
Untuk memiliki diversiti genetik yang tinggi di dalam sesebuah variasi populasi, Fst
yang dikumpul mestilah melebihi 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar
antara

populasi.

Nilai

Fst

yang

besar

adalah

mengambarkan

bahawa

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

kepelbagaiannya adalah tinggi berbanding dengan nilai yang rendah. Berdasarkan

data yang terkumpul, Pterostylis Isozymus mempunyai lebih diversiti daripada
Pterostylis Polyzymus. Nilai Fst bagi Pterostylis Isozymus adalah 0.29 dan manakala
bagi Pterostylis Polyzymus pula adalah 0.02.

2.

Bagaimanakah

anda

peruntukkan

dana

yang

terhad

bagi

pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di

dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang
menggambarkan kedua-dua spesies.
Peruntukan dana tersebut perlu digunakan untuk memulihara tanah lembap yang
mempunyai diversiti genetik yang tinggi bagi medapatkan populasi yang lebih baik.
Berdasarkan data yang telah dikumpul, populasi Pterostylis Isozymus mempunyai
kepelbagaian genetik yang lebih banyak berbanding Pterostylis Polyzymus. Dengan
itu, keutamaan perlulah diberikan kepada tanah lembap yang mengandungi
populasi Pterostylis Isozymus. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan
diversiti genetik yang tinggi antara populasi. Dana tersebut akan digunakan untuk
memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk
mendapatkan populasi yang lebih baik.

3.

Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi

pilihan anda?
Pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan saya ialah faktor
spesies terancam. Spesies yang terancam dan yang mempunyai bilangan yang
sedikit di dalam persekitaran perlulah dipelihara bagi mengelakkan berlakunya
kepupusan

terhadap

spesis tersebut.

Tambahan

pula,

saya turut memberi

pertimbangan terhadap habitat tumbuhan tersebut. Habitat yang mempunyai kualiti

yang tinggi iaitu kepelbagaian tumbuhan lain akan menjadi pilihan untuk
diambilalih. Hal ini kerana ekosistem yang seimbang dengan pelbagai unsur biotik
dan abiotik akan memberi suasana yang sesuai untuk pertumbuhan tumbuhan yang
perlu dipelihara. Tahap pencemaran juga perlu diberi perhatian semasa memilih

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014

kawasan untuk diambil alih. Tahap pencemaran yang tinggi menandakan kawasan
tersebut tidak sesuai untuk pertumbuhan yang optimum. Oleh itu, kawasan yang
perlu diambil alih perlulah memiliki tahap pencemaran yang rendah. Selain itu, saya
juga akan mengambil kira kualiti persekitaran pembiakan, saiz populasi dan
sumbangannya terhadap ekosistem.

4.

Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi

setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi
setiap spesis yang dilindungi?
Lebih daripada satu spesies dilindungi akan wujud bagi setiap spesies yang
dilindungi adalah sebagai langkah berjaga-jaga supaya sesuatu populasi tidak
pupus. Jika hanya satu spesies sahaja yang dilindungi, kebarangkalian bagi spesis
lain untuk dilanda penyakit atau diancam oleh perosak lain adalah tinggi. Hal-hal
sedemikian akan mengakibatkan satu spesis di suatu habitat menjadi pupus.
Populasi dengan variasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi
peluang populasi tersebut untuk hidup. Hal ini kerana spesies lebih berdaya tahan
kesan daripada kepelbagaian variasi genetik yang dimiliki.

5.

Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in

Paradise, bagaimanakah saintis memaksimakan diversiti genetik bagi

pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya
sejenis haiwan dari pulau tersebut?
Melalui pembacaan, saintis memaksimakan diversiti genetik bagi pengenalan
semula populasi dengan cara memilih haiwan daripada pulau yang berbeza. Ini
adalah kerana haiwan daripada spesies yang sama tetapi berbeza persekitaran iaitu
pulau mempunyai peluang terbentuknya populasi yang pelbagai. Haiwan daripada
satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama. Kajian juga
menunjukkan bahawa populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi
genetik. Apabila hanya satu haiwan sahaja dipilih, ia berkemungkinan akan terkena
penyakit dan seterusnya akan mati.

JULIAN CHIENG SIANG LIN

WONG YING YING
TAN SZE JOO
CHIUNG HUEI YEE

SCE 3073

PISMP SN JUN 2014