BIOINFORMATIKA:

BIOLOGI
MATEMATIKA

wawan.as@fmipa.unila.ac.id

...What is
Computational
Biology
Bioinformatics?...
Bioinformatics
Genomics
Proteomics

Functional
genomics
Structural
bioinformatics

BIOINFORMATIKA: CABANG KOMPUTASI DARI BIOLOGI MOLEKULER YANG

MERUPAKAN TEKNOLOGI PENGUMPULAN, PENYIMPANAN,
ANALISIS, INTERPRETASI, PENYEBARAN, DAN APLIKASI
DARI INFORMASI BIOLOGI.
Perkembangan Biologi Molekuler untuk Menentukan Sekuen
Nukleotida dan Protein

Informasi biologi: DNA, RNA, Gen

Pengumpulan dan Penyimpanan

Data

Aplikasi:

(GenBank, EMBL dan DDBJ)

Identifikasi spesies.

Website: NCBI, EBI, DDBJ

Penentuan mutasi
DNA (SNP).

Rekayasa Genetika.

Analisis Data

Sekuen DNA dari gen

hydrogenaseG
Salmonella typhimurium

Struktur 3D protein

Analisis Data

Sekuen DNA

DNA:
Utas ganda
Perpasangan antiparalel:
sejajar, berlawanan arah
5------ATTCGGATGCGA-----3

3------TAAGCCTACGCT-----5

Sekuen DNA

Analisis Data

Sekuen DNA

Analisis Homologi

Penyiapan Data Format FastA

Mencari sekuen DNA organisme target
Kunjungi website GenBank
berikut:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Cari gen spesifik (contoh: Salmonella
typhimurium hydrogenase G)

Buka notepad melalui start-programaccessories-klik notepad.

Pindahkan data urutan DNA ke file notepad. Atur

data seperti format berikut:
> (nama)
urutan nukleotida anda

Format ini disebut format Fasta. Simpan dan beri

nama file anda dengan ekstensi fas (contoh:
Salmonella typhimuriumhydrogenaseG.fas).

Analisis Kesejajaran
Buka kembali website GenBank

NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov

 Pilih Blast

 Pilih nucleotide blast

 Masukkan sekuen yang telah dicari

sebelumnya. (Bacillus 16S)

 Pilih sekuen-sekuen DNA, simpan ke

dalam 1 file notepad.

Analisis Homologi
Menggunakan
BIOEDIT

 Buka Program Bioedit, buka file notepad yang

baru disimpan. Klik:
File, Open
Buka file notepad.

 Pilih semua sekuen. Klik di bagian

nama sekuen lalu tekan ctrl A
Klik Accessory Application
Klik ClustalW Multiple alignment

 Keluar ClustalW Options

Klik Run ClustalW

 Keluar Tampilan Bioedit Sequence

Alignment Editor
Klik OK

 Keluar proses penyejajaran

Tunggu sampai selesai

 Keluar hasil penyejajaran, perbesar tampilan

Lalu Klik.

Berdasarkan hasil analisis homologi,

dapat diketahui:

Daerah yang mengalami mutasi (SNP).

Hubungan kekerabatan antar spesies.