ANALISIS HASIL SEKUENS DNA MENGGUNAKAN SITUS

PENCARIAN WEB GenBank NCBI (National Center for Biotechnology

Information) DAN BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) UNTUK
IDENTIFIKASI BAKTERI

BIOTEKNOLOGI VETERINER

Disusun oleh

Nama : Farhan Fathul Rohman Sukarno

NPM : 130210170043

PROGRAM STUDI KEDOKTERAN HEWAN

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS PADJADJARAN

2021
a. Pertanyaan
Tentukan hasil identifikasi bakteri berdasarkan hasil sekuens DNA di
bawah ini menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)!

gaacgctggc ggcgtgccta atacatggaa gtcgaacgag ttctcgttga tgatcggtgc

61 ttgcaccgag attcaacatg gaacgagtgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg

121 cccttaagtg ggggataaca tttggaaaca gatgctaata ccgcatagat ccaagaaccg

181 catggttctt ggctgaaaga tggcgtaagc tatcgctttt ggatggaccc gcggcgtatt

241 agctagttgg tgaggtaatg gctcaccaag gcgatgatac gtagccgaac tgagaggttg

301 atcggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc agtagggaat

361 cttccacaat ggacgcaagt ctgatggagc aacgccgcgt gagtgaagaa ggctttcggg

421 tcgtaaaact ctgttgttgg agaagaatgg tcggcagagt aactgttgtc ggcgtgacgg

481 tatccaacca gaaagccacg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc

541 aagcgttatc cggatttatt gggcgtaaag cgagcgcagg cggtttttta agtctgatgt

601 gaaagccctc ggcttaaccg aggaagcgca tcggaaactg ggaaacttga gtgcagaaga

661 ggacagtgga actccatgtg tagcggtgaa atgcgtagat atatggaaga acaccagtgg

721 cgaaggcggc tgtctggtct gtaactgacg ctgaggctcg aaagcatggg tagcgaacag

781 gattagatac cctggtagtc catgccgtaa acgatgaatg ctaggtgttg gagggtttcc

841 gctcttcagt gccgcagcta acgcattaag cattccgcct ggggagtacg accgcaagtt

901 gaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca caagcggtgg agcatgtgtt taaattcgaa

961 gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac atcttttgat cacctgagag atcaggtttc

1021 cctttcgggg g
b. Jawaban
1. Langkah-Langkah pencarian sekuens DNA menggunakan situs
GenBank NCBI
▪ Mengakses situs https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/
▪ Memilih menu GenBank dan memilih pilihan BLAST

▪ Memilih mode pencarian Nucleotide BLAST.

▪ Memasukan urutan sekuens nukleotida yang akan dicari pada kolom
“Enter Query Sequence” kemudian mengklik tombol “BLAST”

▪ Pencarian akan diproses dalam beberapa detik dan hasil akan segera
muncul.
 2. Hasil Pencarian Analisis Sekuens DNA
▪ Setelah hasil pencarian muncul, dipilih organisme dengan “percent
identity” 100%.
▪ Setelah memilih sekuens organisme yang diinginkan, akan muncul data
genomik yang terkait berdasarkan urutan nukleotida. Berdasarkan hasil
pencarian yang telah dilakukan, sekuens DNA tersebut merupakan
sekuens DNA yang berasal dari Bakteri Lacticaseibacillus casei, dan
dideskripsikan sebagai Lactobacillus casei strain ZT-L2 16S ribosomal
RNA gene partial sequence dengan persentasi identitas mencapai 100%.
 SUMBER

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/