Filtrasi biologis merupakan bagian yang sangat penting.
Sering kali hobiis pemula hanya
memperhatikan kualitas air dari kejernihannya saja, padahal kandungan polutan (Amonia/Amonium dan Nitrit) dalam kadar yang membahayakan biota air, polutan itu bisa dikurangi jika ada filter biologis. Filtrasi biologis merupakan proses alami yang dilakukan oleh bakteri aerob dalam mengurai senyawa beracun dalam air menjadi senyawa yang tidak seberapa beracun bagi ikan. Proses itu disebut sebagai siklus nitrogen atau nitrifikasi, urutannya pertama amonia yang berasal dari kotoran ikan diuraikan menjadi nitrit oleh bakteri Nitrosomonas, kemudian nitrit diuraikan menjadi nitrat oleh Nitrobacter. Sampai di sini proses nitrifikasi sudah selesai, untuk mengurangi nutrisi tersisa seperti nitrat dan fosfat bisa dilakukan dengan menambah filter kimia, mengganti air sebagian, memberi tanaman penyerap nutrisi, menyediakan filter untuk denitrifikasi di mana pada proses ini bakteri yang berperan adalah bakteri anaerob. Ada berbagai media filter biologis, fungsi media ini sebagai tempat hidup koloni bakteri yang berperan dalam siklus nitrogen. Bentuk media filter biologis, mulai dari batuan alam yang berpori (Karang Jahe dan Batu Lava), filter mat (Japan Mat dan Matala Mat), busa dengan pori-pori terbuka (open cell foam dan Bio-Blox), chip plastik dengan permukaan yang luas (Bioball, Kaldnes dan Hel-X ), hingga keramik, kaca atau bahan lainnya yang diproses dengan perlakuan khusus (Ceramic Ring, Sera Siporax, Eheim Substrat Pro dan Seachem Matrix). Bakteri nitrifikasi (Nitrosomonas dan Nitrobacter) akan membentuk koloni pada media filter biologis apabila tersedia amonia, nitrit dan oksigen yang menjadi makanan mereka, koloni ini akan terbentuk dengan populasi stabil setelah 4 sampai 6 minggu sejak pertama kali filter biologis dijalankan, karena itu sirkulasi air dan ketersediaan oksigen sangat penting agar filtrasi biologis berjalan dengan baik. Untuk mempercepat pertumbuhan koloni bakteri pengurai pada akuarium atau kolam baru, bisa ditambahkan starter bakteri selama 7 hari berturut-turut dengan dosis yang direkomendasikan. Selain ketersediaan makanan dan oksigen, suhu air juga perlu diperhatikan, suhu ideal untuk pertumbuhan bakteri pengurai adalah 24-30 derajat celcius, rentang suhu ideal tersebut mudah dicapai di negara beriklim tropis seperti Indonesia tanpa perlu menggunakan pemanas atau pendingin tambahan.