Andina Wiwaswati H.

(1514100012) , Suci Anggraeni (1514100016)

DNA Tipe Z, A dan B

Z-DNA merupakan satu-satunya DNA double helix dimana arah putarannya ke kiri
(left-handed). Molekul DNA seperti ini mempunyai kerangaka gula-fosfat yang berbentuk
zigzag(sehingga disebut Z). Hal ini terjadi
karena deoxycytidines berada dalam struktur
anti konformasi dimana hanya struktur gula dan
basa yang berputar sedangkan deoxyguanosine
berada dalam struktur syn yang tidak lazim
akibat basanya invert. DNA Z ditemukan dari
hasil analisis kristalografi sinar X molekulmolekul DNA berukuran kecil yang tersususn
oleh rangakian basa-basa G-C yang berulang.
Struktur DNA Z tidak hanya terjadi pada
molekul yang mempunyai (dC-dG), melaikan
juga terjadi pada bagian polinukleotida yang
basa-basa
purin-pirimidinnya
bergantian,
misalanya: ACACACAC.
Z-DNA dapat

terbentuk dari B-DNA ketika terdapat pada larutan

dengan konsentrasi garam yang tinggi.
Pada awalnya diduga bahwa DNA Z tidak
akan ditemukan secara in vivo karena tipe ini
hanya akan stabil pada keadaan garam tinggi.
Akan tetapi bukti- bukti menunjukkan bahwa
DNA Z dapat menjadi stabil dalam kondisi
fisiologis normal jika basa cytosine mengalami
metilasi menjadi 5-methylcytosine. Dengan teknik
antibodi fluoresen (fluorescent antibody) dapat
dibuktikan bahwaDNA tipe Z ada pada bagian
tertentu kromosom Drosophila.

Gambar 1. Struktur heliks DNA putar-kanan dan

putar-kiri
Z-DNA bersifat sangat antigenic dimana karakterisasi dari antibody hasil translasi ZDNA mengarah pada penemuan bahwa antibody spesifik dari Z-DNA ditemukan pada
penyakit autoimun manusia khususnya SLE (systemic lupus erythematosus). Penyebab SLE
sendiri ada berbagai macam, salah satunya akibat induksi dari obat-obatan. Hydralazine
merupakan agen anti hipertensi yang efektif namun memiliki efek samping berupa
terbentuknya antibodi antinuclear pada banyak pasien dengan gejala klinis yang mirip dengan
lupus. Hydralazine dapat memfasilitasi perubahan B-DNA yang diinduksi garam menjadi Z-

Andina Wiwaswati H. (1514100012) , Suci Anggraeni (1514100016)

DNA dengan transisi pada poly(dG-m5dC)*poly(dG-m5dC), yaitu polinukleotida sintetik

yang sangat rentan terhadap pembentukan konformasi Z-DNA.
Contoh lain dari Z-DNAadalah virus vaccinia (VV), memiliki protein E3L sangat
penting untuk virulensi dan mempunyai aktivitas anti-apoptosis. Pada tikus, aktivitas ZDNA-mengikat domain N-terminal E3L (Z) diperlukan untuk mematikan virus.

hghh

Gambar
diatas
merupakan
representasi secara skematik dari tiga Z-DNA mengikat beberapa kelompok protein dan
struktur kristal dari Z domain dari ADAR1 mengelilingi Z-DNA. Tiga kelompok protein
yang berdeda digambarkan dengan perbedaan warna struktur. Z-DNA domain yang terkait
(Z dan Z) diberi warna merah muda, domain mengikat dsRNA diwarnai biru, dan domain
catalic deaminase ADAR1 berwarna hijau. Struktur protein helix yang menjulur
kebawah(disebelah kiri) dan salah satu asam amino mengindikasikan bahwa interaksi Z-DNA
distabilkan dengan gaya elektrostatic dan gaya van der Waals. Z-DNA pada struktur diatas
mempunyai backbone berwarna merah dan molekul air berwarna hijau. Interaksi gaya van
der Waals terletak diantara prolines 192 dan 193, dan Z-DNA backbone .

Andina Wiwaswati H. (1514100012) , Suci Anggraeni (1514100016)

A-DNA bersifat mudah terbentuk dengan renggangan purin tertentu, bersifat lebih
kaku dibanding B-DNA, lebih mudah dijumpai pada DNA dan RNA hybrid, serta memiliki
diameter helix yang lebih lebar dibanding B-DNA, contoh GAGGGA. B-DNA disukai oleh
sekuen campuran, bentuk pastinya bergantung pada sekuen nukleotida tertentu, kekuatan
struktur B-DNA tergantung struktur skekuen yang menyusun B-DNA tertentu. Meskipun ADNA lebih tidak stabil dibanding B-DNA, tetapi RNA dan DNA hybrid akan lebih stabil pada
konfrontasi A.

Gambar diatas menunjukkan perubahan B-DNA menjadi Z-DNA dimana terjadi 4

mismatch A...A. dua dari empat mismach tersebut membentuk konformasi +syn... high anti
(A5...A32 dan A8 ... A29) yang diakibatkan oleh penyusunan kembali backbone DNA,
sedangakan dua lainnya membentuk konformasi syn...-syn (A11...A26 dan A14...A23) melalui
base flipping konformasi cis dan trans.