PROSES YANG TERJADI

PADA DNA
 STRUKTUR DNA
 Terdiri dari dua untai
rangkaian nukleotida yang
saling melilit kekanan dengan
aksis yang sama.
 Satu lilitan berukuran 36 Å,
atau tersusun atas 10,5
pasangan basa.
 Struktur utama, yang
merupakan rangkaian
deoksiribosa yang berselang-
seling dengan gugus fosfat,
berada di bagian luar lilitan.
 Pasangan basa purin dan
pirimidin dari masing-masing
untaian mengisi bagian
dalam lilitan.
UNTAIAN BENANG DNA
• Pasangan benang DNA bukan identik
tetapi berpasangan.
• C berpasangan dengan G, sedangkan A
dengan T.
• Kedua benang DNA berpasangan secara
antiparallel.
• Urutan basa ditulis dari ujung yang
memiliki fosfat bebas di atom C no 5' dari
gugus deoksiribosanya ke arah ujung
yang memiliki hidroksil bebas di atom
C no 3' dari gugus deoksiribosanya.
• Struktur ini sangat sesuai untuk
penyimpanan dan transfer informasi!
 IKATAN BASA DALAM DNA

• Pasangan basa C-G (merah) dan

A-T (biru) merupakan pasangan
isosterik (bentuk dan ukurannya
•Pengisian ruang antar
sama), sehingga memungkinkan
lilitan.
pengisian ruang antar lilitan yang
tidak dipengaruhi oleh urutan basa
penyusunnya.
PENEMUAN STRUKTUR DNA

• Franklin memperoleh data

difraksi sinar x (di awal tahun
1950s) yang menunjukkan adanya
2 periodisitas DNA, yakni 3.4 Å
dan 34 Å.
• Watson dan Crick membuat
model 3-D dari data tersebut.
 ASAM NUKLEAT 36 pasangan basa
Struktur penopang - biru;
Basa- abu-abu

 Konformasi B – Konformasi
DNA.
 Konformasi A – Konformasi
RNA.
RINGKASAN STRUKTUR
ASAM NUKLEAT
RNA MEMILIKI STRUKTUR YANG
BERAGAM
Pasangan basa
Watson-Crick (bagian
yang membentuk
heliks; konformasi A).
Heliks adalah struktur
sekunder.

Perhatikan pasangan
A-U di RNA

DNA juga
dapat
membentuk
struktur
seperti ini.
  M1 RNA yang
panjangnya 337 RNA berukuran
nukleotida sebagai
bagian dari enzim besar
RNase P (memproses
tRNA) yang dimiliki membentuk
oleh E. coli memiliki
banyak struktur hairpin
loops
struktur
 Rangkaian RNA kompleks
acakpun dapat
membentuk struktur
(60-70%)
G-U pairs

Pasangan G-U juga

ditemukan, karena
secara termodinamika
dimungkinkan.
Beberapa bagian lain dapat
berpasangan sehingga membentuk
lipatan tersier.
RNA MEMBENTUK STRUKTUR TERSIER

RNA tRNAPhe dari khamir

untai (1TRA)
tunggal
dalam
heliks
memilin
ke kanan Bentuk kepala palu dari
ribozim (1MME)
Hijau =
Struktur
utama
Intron T. thermophila,
Suatu ribozim (enzim
dari RNA) (1GRZ)
 REAKSI PADA ASAM NUKLEAT
 Replikasi: Pembentukan salinan tepat dari suatu molekul.
Replikasi DNA merupakan sesuatu yang sangat penting
bagi kehidupan karena hal ini yang memulai pembentukan
keturunan.
 Transkripsi: Penyalinan informasi genetik yang disimpan
dalam DNA membentuk RNA
 Translasi: Penterjemahan informasi genetik yang telah
tersalin dalam bentuk RNA menjadi polipeptida yang
tersusun atas urutan asam amino tertentu
 Fungsi-fungsi ini pada molekul sekompleks DNA, RNA, dan
polipeptida harus dilaksanakan tanpa kesalahan
(kesalahan mengakibatkan mutasi).
 Oleh karenanya, perubahan kimia asam nukleat harus
dicegah, dimonitor, dikendalikan, dan diperbaiki bila
diperlukan.
TRANSFORMASI ASAM NUKLEAT
 Fisik
 Denaturasi (Meleleh)
 Renaturasi (Menempel)
 Tergores (Aus)
 Kimia
 Replikasi, sintesis
 Pemotongan
 Deaminasi
 Depurinasi
 Crosslinking
 Alkilasi
 Oksidasi
 DENATURASI DNA
 Untaian benang DNA dapat
dipisahkan (didenaturasi) oleh
peningkatan suhu, oleh
karenanya disebut pelelehan
DNA.
 Proses ini dapat diikuti
dengan mengamati serapan
sinar ultraviolet oleh DNA.
 Basa DNA yang berikatan
dengan pasangannya
menyerap sinar uv lebih
sedikit daripada DNA yang
terlepas; hal ini disebut
hypochromism.
 DENATURASI (MELTING) DNA
 Jika molekul DNA untai-ganda dipanaskan atau
diperlakukan dengan alkali, ikatan hidrogen yang
membentuk struktur untai ganda akan mengalami
kerusakan sehingga molekul DNA akan berubah menjadi
molekul untai tunggal
 Tingkat denaturasi DNA tergantung pd tingginya suhu
 Kenaikan suhu menyebabkan sebagian ikatan hidrogen
terlepas pd bagian tertentu ada struktur untai tunggal,
semakin tinggi suhu maka semakin banyak bagian DNA
yg berubah menjadi struktur untai-tunggal
 Denaturasi lengkap biasanya terjadi pd suhu diatas 90ºC
 Semakin banyak ikatan G-C maka semakin besar pula
energi yg diperlukan untuk memisahkan untaian DNA.
Kenapa?
 Proses denaturasi DNA sebenarnya juga terjadi dalam
kondisi fisiologis dan bahkan mrpkn bagian dari proses
fisiologis yg penting.
 DNA sebenarnya mrpkn struktur yg dinamis
 DNA dapat berinteraksi dengan banyak protein, misalnya
dalam proses replikasi dan transkripsi
 Banyak protein yg dpt menyebabkan terjadinya denaturai
DNA in vivo. Protein-protein tsb dikenal sebagai helix
destabilising protein atau melting protein
 Pd wkt terjadi replikasi DNA, bagian tertentu DNA
membuka menjadi untai-tunggal sehingga dapat berikatan
dengan protein-protein yg terlibat dlm replikasi, misalnya
single-stranded binding protein, primase, DNA polimerase,
dll.
Transkripsi tidak dapat terjadi kalau
molekul DNA tidak membuka. Oleh
karena itu, proses denaturasi DNA in vivo
mempunyai arti fisiologis yg sangat
penting sebab hal ini akan mempengaruhi
aktivitas transkripsi.
PERCOBAAN PELELEHAN DNA

• Temperatur pelelehan (melting temperature, Tm)

adalah titik tengah dari bagian kurva pelelehan yang
linier.
• Bagaimana bentuk kurvanya?
 UNTAIAN BENANG DNA YANG
TERDENATURASI SEBAGIAN
 Gambar mikroskop elektron di
samping menunjukkan DNA yang
mengalami denaturasi sebagian
oleh pemanasan.
 Anak panah merah menunjukkan
daerah yang menjadi untai
tunggal, yang tampak seperti
gelembung (“bubble”).

 Apakah bagian yang mengalami denaturasi paling awal selalu sama

tiap kali DNA didenaturasi menggunakan panas? Kalau ya kenapa,
kalau tidakpun kenapa? Apakah ciri-ciri daerah “Bubble”?
PELELEHAN DAN PENEMPELAN
(MELTING AND ANNEALING)
DNA
• Denaturasi DNA bersifat dapat
balik (reversible).
• Pembentukan DNA double heliks
dari DNA yang mengalami
denaturasi disebut annealing
(penempelan).
• Penurunan suhu hingga di bawah
Tm (perubahan pH, kekuatan ion,
dll.) mengakibatkan annealing.

Tm tergantung pH, kekuatan

ion, panjang DNA, dan
komposisi basa DNA
 RENATURASI (REANNEALING)
 Proses pembentukan kembali struktur untai-ganda
dari keadaan terdenaturasi disebut renaturasi
(reannealing)
 Renaturasi bisa terjadi baikin vivo maupun in vitro.
Renaturasi in vitro mrpkn suatu fenomena yg
sangat berguna untuk analisis biologi molekular,
misalnya untuk mengetahui kesamaan atau
kedekatan genetis antara satu organisme dg
organisme lain, untuk mendeteksi macam RNA
tertentu, mengetahui lokasi spesifik suatu urutan
nukleotida pd genom,dll.
 Syarat untuk proses Renaturasi
 Renaturasi dpt terjadi jika konsentrasi garam (NaCl)
di dalam suspensi DNA cukup tinggi yaitu 0,15-0,5
M. (ion Na+ yg bersifat positif akan menetralkan
gugus fosfat DNA yg bermuatan negatif sehingga
tdk terjadi saling tolak antara untaian DNA yg satu
dg untaian DNA yg lain.
 Suhu renaturasi juga hrs cukup tinggi namun hrs di
bawah suhu denaturasi. Dg suhu yg cukup tinggi
maka struktur skunder dpt dihilangkan. Suhu
renaturasi biasanya sekitar 20-25ºC d bawah nilai
Tm .
 lanjutan
 Faktor yg lain yg menentukan laju renaturasi
adalah konsentrasi DNA. Semakin tinggi
konsentrasinya maka probabilitas tumbukan
antarmolekul untai-tunggal DNA menjadi
semakin besar
 Renaturasi DNA tergantung pd tumbukan
acak-untaian DNA yg komplementer
DENATURASI DAN
ANNEALING
 Denaturasi merupakan akibat
dari rusaknya interaksi yang
menstabilkan struktur DNA:
 Ikatan Hidrogen
 Kumpulan Base
 Renaturasi dari untai DNA
yang terpisah terjadi melalui 2
tahap.
 Renaturasi dari untai DNA
yang mengalami denaturasi
parsial terjadi melalui 1 tahap
yang cepat
 ANNEALING: HIBRIDISASI
 Percobaan: DNA manusia dan lalat yang
mengalami denaturasi total.
 Cuplikan DNA terdenaturasi dicampur dan
dibiarkan pada suhu ~ 65 ˚C selama
beberapa jam
 Dalam kondisi ini basa-basa yang
berpasangan akan mengalami annealing.
 Sebagian besar DNA lalat akan anneal
dengan DNA lalat; sedangkan DNA manusia
akan anneal dengan DNA manusia
 Beberapa potongan DNA lalat akan anneal
dengan potongan DNA manusia
membentuk hybrid duplexes.
 Hal ini menunjukkan adanya bagian yang
sama antara DNA manusia dan lalat Bagaimana jika DNA
sebagai bukti adanya kesamaan nenek manusia dan simpanse?
moyang.??
 Hibridisasi
Teknik hibridisasi mrpkn salah satu teknik
analisis yg sangat penting dalam biologi
molekular karena dapat digunakan untuk
membantu:
1. Identifikasi dan isolasi suatu gen dari
suatu jasad hidup
2. Analisis keserupaan dan/atau homologi
antara gen yg satu dg gen yg lain
3. Analisis kompleksitas genom suatu jasad
 REPLIKASI DNA
• Pada replikasi DNA, masing-
masing untai DNA berfungsi
sebagai cetakan untuk sintesis
untai pasangannya yang baru,
menghasilkan dua molekul DNA.
• Cara ini disebut cara replikasi
semikonservatif.
• Replikasi cara semikonservatif
membutuhkan pemisahan untai
DNA (pelelehan sebagian, atau
denaturasi) sehingga untai tetua
menjadi cetakan.
NUCLEIC ACIDS CAN BE
CHEMICALLY ALTERED

 Deaminasi
 Depurinasi
 Crosslinking
 Alkilasi
 Oksidasi

Apa akibatnya…?
DEAMINASI BASA
• Basa nukleotida dapat mengalami
kehilangan gugus amino eksosiklik
secra spontan (deamination).
• Pada kondisi dalam sel, deaminasi
sitosin dari DNA terjadi dengan
frekuensi satu di antara 107 residu
setiap 24 jam.
• Deaminasi A dan G terjadi pada
frekuensi 1/10nya.

Can now
pair with
 MUTASI KARENA DEAMINASI
 Deaminasi C bersifat mutagenik.
 Sitosin yang mengalami deaminasi berubah menjadi
urasil
 Urasil yang dihasilkan berpasangan dengan A (C
seharusnya berpasangan dengan G)
 Hal ini mengakibatkan penggantian G menjadi A di untai
DNA pasangannya

Uracil
TIMIN DALAM DNA MEMUNGKINKAN
KOREKSI ATAS KESALAHAN
 Mengapa U hanya ada di RNA, dan T di DNA?
 Deaminasi spontan dari C, yang menghasilkan U, sering
terjadi.
 Hal ini bersifat mutagenik (kenapa?)
 Enzime urasil glikosilase mengenali U di DNA dan
memotong ikatan glikosidanya untuk menghilangkan
basa ini.
 Sel mutan yang tidak memiliki urasil glikosilase sering
mengalami mutasi G-C menjadi A-T.
 DEPURINASI
• Ikatan N-b-glikosil yang
terjadi antara basa nitrogen
dengan gula deoksiribosa
dapat mengalami hidrolisis.
• Hal ini terjadi lebih cepat
pada basa purin
dibandingkan dengan basa
primidin.
• 1/100.000 purin hilang dari
DNA setiap 24 jam.
• Depurinasi RNA
berlangsung lebih lambat.
 CROSSLINKING OF BASES
• Dimer pirimidin dapat
terjadi karena paparan
sinar UV.
• Paling sering ditemukan
pada T yang
berdampingan dalam
untai DNA yang sama.
• Membentuk siklobutana,
atau dimer berikatan 6-4.
• Sinar X dan sinar g
(gamma) dapat
menyebabkan pemecahan
struktur cincin dan
fragmentasi basa
nitrogen.
KERUSAKAN DNA KARENA UV
• Pembentukan dimer siklobutan
pirimidin dimer mengakibatkan
tekukan pada heliks DNA.
• Hal ini terjadi 50-100 kali setiap detik
pada sel-sel kulit yang disebabkan
oleh sengatan sinar matahari.
• Sebagian besar kerusakan ini
dikenali dan segera diperbaiki.
• Jika kerusakan tidak diperbaiki,
mutasi permanen akan terjadi.
• Mutasi CC menjadi TT terjadi jika
dimer CC salah berpasangan dengan
dua basa adenin. Hal ini yang
ditemukan pada gen p53 pada kasus
kanker kulit.
MUTASI KARENA METILASI
ALKILASI KARENA PAPARAN KIMIA

• Dimetilsulfat dapat memetilasi guanin sehingga

menghasilkan O6-metilguanin.
• Apa akibatnya?
 SENYAWA KIMIA PENGALKILASI – BERBAHAYA
BAGI ANAK-ANAK DAN MAHLUK HIDUP LAINNYA

 Nitrogen mustard. Digunakan pada penanganan penyakit tumor

otak.
 Gejala awal akibat paparan: iritasi pada kulit, mata dan saluran
pernapasan, terasa terbakar dan melepuh.
 Dampak jangka panjang: leukemia.