STRUKTUR FUNGSI

ASAM NUKLEAT

DNA dan RNA

 Nukleotida: monomer asam nukleat
Fungsi nukleotida:
1. Monomer asam nukleat (DNA & RNA)
2. Molekul carrier yang terlibat dalam sintesis
karbohidrat, lipid dan protein.
3. Komponen struktur berbagai koenzim seperti coenzim
A, FAD, NAD+, dan NADP+.
4. Energy currency di dalam sel, seperti ATP dan GTP
5. Molekul regulator dalam berbagai jalur intermediet
metabolisme, yaitu sebagai inhibitor atau aktivator
enzim-enzim kunci dalam jalur metabolisme.
 Struktur Nukleotida

Nukleosida = basa nitrogen + gula pentose

Nukleotida = nukleosida + (mono, di atau tri) fosfat

Basa Nitrogen
Basa Nitrogen
Gula Pentosa
Deoksiribonukleotida
Ribonukleotida
 NUKLEOSIDA YANG TIDAK UMUM

dijumpai pada DNA hewan

dan tanaman tingkat tinggi Terdapat pada DNA bakteri

Terdapat pada DNA bakteri

yang terinfeksi oleh bakteriofag
NUKLEOSIDA YANG TIDAK UMUM

Terdapat pada berbagai

macam transfer RNA
(tRNA)
Berbagai Macam Nukletida Monofosfat
Spektrum UV nukleotida
Pembuktian DNA Sebagai Material
Genetik
Percobaan Frederick Griffith tahun
1928
Percobaan Avery dkk tahun 1944
Percobaan Hershey dan Chase tahun
1953

Oswald Avery 1944

Alfred Hershey and Martha Chase. 1953

Percobaan Frederick Griffith (1928)

Streptococcus Streptococcus
pneumonia pneumonia
bentuk virulen bentuk avirulen
 Percobaan Oswald Avery, Colin
MacLeod, dan Maclyn McCarty (1944)
 Percobaan
Alfred Hershey
dan Martha Chase
(1953)
DNA = material genetik
 Bagaimana DNA dapat menyimpan begitu banyak
informasi, padahal monomer DNA hanya terdiri
dari 4 macam nukleotida?

Bagaimana informasi yang terkandung di dalam

DNA ditransmisikan pada sel?

Bagaiman DNA bereplikasi pada proses

pembelahan sel?
 Struktur Primer
Asam Nukleat
Untai nukleotida yang
dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester
Autohidrolisis RNA pada Kondisi Basa
 Struktur Sekunder DNA:
Difraksi sinar-X DNA

Struktur kristal DNA yang diperoleh oleh

Rosalind Franklin, peneliti pada
Laboratorium Maurice Wilkins di Kings 1920-1958
College, London.
 Struktur Sekunder DNA:
Interpretasi Watson dan Crick
 Petunjuk Pasangan Basa dari
Percobaan Erwin Chargaff (1963)

Kesimpulan eksperimen Erwin Chrargaff:

A = T dan G = C
A+G=T+C
A+TG+C
Interpretasi struktur kristal DNA
oleh Watson & Crick (1953)
1. DNA adalah double helix terdiri dari dua
polinukleotida.
2. Basa nitrogen berada di dalam heliks.
3. Basa dari dua polinukleotida berinteraksi
melalui ikatan hidrogen.
4. Ada 10 basa dalam satu putaran heliks
5. Kedua rantai polinukleotida adalah
antiparalel
6. Double heliks memiliki dua groove yang
berbeda, yaitu minor dan major groove
7. Double heliks adalah putar kanan
Interpretasi struktur kristal DNA
oleh Watson & Crick (1953)
(a) Model yang diajukan:
10 pasang basa berjarak
34 (3.4 nm) per turn
helix; hasil pengukuran
menunjukkan 10.5
pasang basa atau 36
(3.6 nm) per turn
(b) Representasi dalam
bentuk stick
(c) Lekuk utama dan lekuk
kecil
 Struktur Sekunder Asam Nukleat:
Ikatan hidrogen dalam pasangan nukleotida

Untai DNA saling

komplemen dalam
bentuk antiparallel
Arah pembacaan
nukleotida 53
Berbagai Tipe Struktur Sekunder DNA

Basa nitrogen (abu-abu), atom fosfat (kuning),

gula ribose dan oksigen fosfat (biru)
Struktur DNA bentuk A dan B
 Triple Helix DNA

Pasangan basa Hoogsteen ditampilkan dalam warna merah

Tetra Helix (Tetraplex) DNA
Struktur RNA

mRNA
rRNA
tRNA
mRNA
 Struktur sekunder RNA

Right-handed RNA
Basa nitrogen (abu-abu),
atom fosfat (kuning) dan gula
ribose dan oksigen fosfat
(hijau)
Struktur tersier RNA
(a) Struktur 3D fenilanalin
tRNA ragi (PDB ID 1TRA).
Pola pasangan basa yang
tidak umum dijumpai
pada molekul ini.
(b) A hammerhead ribozyme,
RNA enzyme, pada virus
tanaman (PDB ID 1MME).
(c) Segmen intron mRNA
pada protozoa
Tetrahymena thermophila
(PDB ID 1GRZ). Intron
tersebut (ribozyme)
mengkatalisis
pemotongan ekson dan
intron secara otomatis
Stabilitas Asam Nukleat
Faktor yang mendorong
disosiasi double helices
menjadi random coils
1. Tolak menolak elektrostatik
antar rantai
2. Tingginya entropi struktur
random coil

Gaya yang menstabilkan

rantai ganda
1. Ikatan hidrogen antar pasang
basa
2. Interaksi van der Waals antar
tumpukan cincin basa.
 Stabilitas Asam Nukleat

Perubahan energi bebas transisi dari heliks ke koil diberikan

oleh
G = H - TS
S > 0 karena adanya kenaikan entropi dari random koil, sehingga TS >
0 keadaan terdenaturasi lebih disukai.
Tolak menolak elektrostatik antar gugus fosfat memberikan H < 0,
sehingga keadaan terdenaturasi juga lebih disukai.
Akan tetapi Energi yang besar diperlukan untuk memutus ikatan
hidrogen antar pasangan basa dan untuk memutus interaksi van der
Waals antar tumpukan basa. Kedua interaksi penstabil ini memberikan
nilai positif pada H dan G, sehingga struktur double helix lebih
disukai.
Nilai G, juga bergantung pada temperatur. Ketika temperatur
naik hingga faktor TS > H G < 0 DNA terdenaturasi
 Analisis spektroskopi UV untuk
proses denaturasi/pelelehan DNA
Denaturasi/pelelehan DNA dapat diikuti melalui
pengukuran absorbansi pada 260 nm untuk berbagai
temperatur.

Ketika nukleotida terpolimersisasi menjadi

polinukleotida dan dikemas ke dalam struktur double
helix, serapan dari tiap individu nukleotida menjadi
berkurang sebagai akibat dari berdekatannya gugus-
gugus yang menyerap cahaya. Fenomena ini disebut
hipsokromisitas.

Bila DNA terdenaturasi, maka serapannya akan kembali

naik hingga mendekati serapan campuran nukleotida
bebas.
 Analisis spektroskopi UV untuk
proses denaturasi/pelelehan DNA
 Karakteristik transisi
heliks-koil DNA

Transisi dari heliks ke koil

pada DNA berlangsung
pada daerah temperatur
yang sempit, mirip dengan
proses pelelehan kristal
padat.
Fenomena ini dikenal
sebagai transisi
kooperatif.
DNA tidak bisa terpisah
sedikit demi sedikit tetapi Tm = titik leleh DNA
berlangsung secara Pada Tm, G = 0, sehingga
serempak. H
Tm
S
Hubungan Tm dengan kandungan G-C
Electron micrograph of partially
denatured DNA
Denaturasi DNA bersifat reversibel
Penentuan urutan DNA
Terminator
Metode Sanger
Automatic DNA sequencer