23

Denaturasi dan Renaturasi DNA

Dua buah pita polinukleotida yang berbentuk double helix dalam molekul DNA itu
dihubungkan oleh atom H yang sangat lunak. Jika suatu larutan yang mengan- dung DNA
dipanaskan atau dibubuhi alkali yang kuat., maka hubungan nitrogen itu menjadi labil
dan putus. Dua pita spiral dari molekul DNA itu terbuka. Proses ini dinamakan
denaturasi DNA (Suryo, 1984). Jika larutan DNA dipanaskan, maka energi termal
akan memecahkan ikatan hidrogen dan ikatan lani yang menentukan
kestabilan heliks ganda akibatnya kedua untai akan memisah atau mengalami
denaturasi (Marks, et al., 2000). Molekul DNA heliks tunggal dari proses denaturasi
cukup stabil. Jika suhu diturunkan, molekul tersebut biasanya tidak mengalami
renaturasi menjadi molekul DNA heliks ganda asal tetapi membentuk pola kusut, namun
untai yang saling komplemen dapat mengalami ranaturasi secara perlahan-lahan. Sifat ini
menjadi dasar teknik hibridisasi asam nukleat (Watson, et al., dalam T. Milanda, 1994 ;
Marks Dawn, et al., 2000).

Jika larutan tersebut kemudian didinginkan kembali atau dinetralisir secara perlahan-
lahan, maka terbentuklah pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa ini dinamakan
renaturasi. Kedua proses tersebut telah di- lakukan oleh J. Marmur pada tahun 1963
(Suryo, 1984). Renaturasi DNA mempunyai arti penting dalam Biologi Molekuler,
karena antara lain dapat digunakan untuk membuat molekul-molekul hibrid antara DNA
dari spesies yang berlainan, asal ada homologi dari urutan basa. Dengan demikian, maka
kemampuan hibridisasi DNA ini dapat mencerminkan berapa jauh terdapat- nya
persamaan genetik antara berbagai spesies itu. Bahkan potongan dari sebuah pita tunggal
dari molekul DNA dapat dibuat hibrid dengan RNA (asam ribonukleat) yang berasal dari
sumber lain. Berhubung dengan itu dapat diperoleh hibrid DNA- DNA atau DNA-RNA.
Namun tanpa adanya homologi dalam urutan basa, tidak mungkin hibridisasi
dilangsungkan.
Proses denaturasi dan renaturasi molekul DNA tergantung pada banyak faktor,
antara lain (Fatchiyah, 2011):

1. Suhu. Suhu leleh (melting temperature) yang tinggi menyebabakan untai

ganda DNA akan terurai menjadi untai tunggal, tetapi jika suhu ini diturunkan
secara perlahan, maka akan terjadi renaturasi menjadi intai heliks ganda
DNA seperti semula.

2. Derajat keasamaan (pH) yang ekstrem (pH¡3 atau pH¿10) dapat menyebabkan
 24
DNA terdenaturasi.

3. Konsentrasi isoelektrolit seperti Na+ dan K pada larutan ekstraksi yang digu-
nakan.

4. Perbandingan kandungan antara basa nukleotida GC terdapat AT. Tingginya

kandungan GC akan memperlambat proses denaturasi molekul DNA. Se-
baliknya, kandungan AT yang tinggi akan menyebabkan pita DNA mudah
patah/putus.
25
 26
akibatnya kedua untai akan memisah atau mengalami denaturasi (Marks, et al.,
2000). 27