Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

DNA Dapat Terjadi dalam Bentuk Tiga Dimensi yang Berbeda

DNA adalah molekul yang sangat fleksibel. Rotasi yang cukup besar dimungkinkan di sekitar beberapa
jenis ikatan di tulang punggung gula-fosfat (fosfodeoksiribosa), dan fluktuasi termal dapat menghasilkan
pembengkokan, peregangan, dan pelepasan (pelelehan) untaian. Banyak penyimpangan signifikan dari
struktur DNA Watson-Crick ditemukan dalam DNA seluler, beberapa atau semuanya mungkin penting
dalam metabolisme DNA. Variasi struktural ini umumnya tidak mempengaruhi sifat kunci DNA yang
didefinisikan oleh Watson dan Crick: komplementaritas untai, untai antiparalel, dan persyaratan untuk
pasangan basa A=T dan G.≡C. Variasi struktural dalam DNA mencerminkan tiga hal: kemungkinan
konformasi yang berbeda dari deoksiribosa, rotasi tentang ikatan yang berdekatan yang membentuk
tulang punggung fosfodeoksiribosa (Gbr. 8–16a), dan rotasi bebas tentang ikatan C-1'–N-glikosil ( Ara.
8–16b). Karena kendala sterik, purin dalam nukleotida purin dibatasi pada dua konformasi stabil
sehubungan dengan deoksiribosa, yang disebut syn dan anti (Gbr. 8-16b). Pirimidin umumnya terbatas
pada anti konformasi karena interferensi sterik antara gula dan oksigen karbonil pada C-2 pirimidin

Struktur Watson-Crick juga disebut sebagai B-bentuk DNA, atau B-DNA. Bentuk B adalah struktur yang
paling stabil untuk molekul DNA urutan acak dalam kondisi fisiologis dan oleh karena itu merupakan
titik acuan standar dalam setiap studi tentang sifat-sifat DNA. Dua varian struktural yang telah
dikarakterisasi dengan baik dalam struktur kristal adalah bentuk A dan Z. Ketiga konformasi DNA ini
ditunjukkan pada Gambar 8-17, dengan ringkasan sifat-sifatnya. Bentuk A disukai dalam banyak larutan
yang relatif tidak mengandung air. DNA masih disusun dalam heliks ganda tangan kanan, tetapi heliks
lebih lebar dan jumlah pasangan basa per putaran heliks adalah 11, bukan 10,5 seperti pada B-DNA.
Bidang pasangan basa pada A-DNA miring sekitar 20º relatif terhadap pasangan basa B-DNA, dengan
demikian pasangan basa dalam A-DNA tidak tegak lurus sempurna terhadap sumbu heliks. Perubahan
struktural ini memperdalam alur utama sekaligus membuat alur kecil menjadi lebih dangkal. Reagen yang
digunakan untuk mendorong kristalisasi DNA cenderung mengalami dehidrasi, dan dengan demikian
sebagian besar molekul DNA pendek cenderung mengkristal dalam bentuk A. DNA bentuk-Z adalah
penyimpangan yang lebih radikal dari struktur B; perbedaan yang paling jelas adalah rotasi heliks tangan
kiri. Ada 12 pasangan basa per putaran heliks, dan strukturnya tampak lebih ramping dan memanjang.
Tulang punggung DNA tampak zigzag. Urutan nukleotida tertentu terlipat menjadi heliks Z kidal jauh
lebih mudah daripada yang lain. Contoh yang menonjol adalah urutan di mana pirimidin bergantian
dengan purin, terutama residu C dan G atau 5-metil-C dan G yang bergantian. Untuk membentuk heliks
tangan kiri di Z-DNA, residu purin membalik ke konformasi syn, bergantian dengan pirimidin di anti
konformasi. Alur mayor hampir tidak terlihat pada Z-DNA, dan alur minor sempit dan dalam. Apakah A-
DNA terjadi dalam sel tidak pasti, tetapi ada bukti untuk beberapa peregangan pendek (saluran) Z-DNA
pada bakteri dan eukariota. Traktat Z-DNA ini mungkin memainkan peran (belum terdefinisi) dalam
mengatur ekspresi beberapa gen atau dalam rekombinasi genetik.
Urutan DNA Tertentu Mengadopsi Struktur yang Tidak Biasa
Variasi struktural lain yang bergantung pada urutan yang ditemukan pada kromosom yang lebih besar
dapat mempengaruhi fungsi dan metabolisme segmen DNA di sekitar mereka. Misalnya, tikungan terjadi
pada heliks DNA di mana empat atau lebih residu adenosin muncul secara berurutan dalam satu untai.
Enam adenosin berturut-turut menghasilkan lekukan sekitar 188. Pembengkokan yang diamati dengan
urutan ini dan urutan lainnya mungkin penting dalam pengikatan beberapa protein ke DNA. Jenis urutan
DNA yang agak umum adalah palindrom. Palindrom adalah kata, frasa, atau kalimat yang dieja sama
dibaca maju atau mundur; dua contoh adalah ROTATOR dan NURSES RUN. Istilah ini diterapkan pada
daerah DNA dengan pengulangan terbalik dari urutan basa yang memiliki simetri ganda pada dua untai
DNA (Gbr. 8-18).
Urutan tersebut saling melengkapi dalam setiap helai dan oleh karena itu memiliki potensi untuk
membentuk struktur jepit rambut atau salib (berbentuk silang) (Gbr. 8-19). Ketika pengulangan terbalik
terjadi dalam setiap untai individu DNA, urutannya disebut pengulangan cermin. Pengulangan cermin
tidak memiliki urutan komplementer dalam untai yang sama dan tidak dapat membentuk struktur jepit
rambut atau salib. Urutan jenis ini ditemukan di hampir setiap molekul DNA besar dan dapat mencakup
beberapa pasangan basa atau ribuan. Sejauh mana palindrom terjadi sebagai salib dalam sel tidak
diketahui, meskipun beberapa struktur salib telah ditunjukkan in vivo di Escherichia coli. Urutan
pelengkap diri menyebabkan untai tunggal DNA (atau RNA) yang terisolasi dalam larutan terlipat
menjadi struktur kompleks yang mengandung banyak jepit rambut.
Beberapa struktur DNA yang tidak biasa melibatkan tiga atau bahkan empat untai DNA. Nukleotida yang
berpartisipasi dalam pasangan basa Watson-Crick (Gbr. 8-11) dapat membentuk ikatan hidrogen
tambahan, terutama dengan gugus fungsi yang tersusun dalam alur utama. Misalnya, residu sitidin (jika
terprotonasi) dapat berpasangan dengan residu guanosin dari pasangan nukleotida G. ≡C (Gbr. 8-20);
timidin dapat berpasangan dengan adenosin dari pasangan APT. N-7, O 6, dan N6 dari purin, atom yang
berpartisipasi dalam ikatan hidrogen DNA tripleks, sering disebut sebagai posisi Hoogsteen, dan
pasangan non-Watson-Crick disebut pasangan Hoogsteen, setelah Karst Hoogsteen, yang pada tahun
1963 pertama kali mengenali potensi pasangan yang tidak biasa ini. Pasangan Hoogsteen memungkinkan
pembentukan DNA tripleks. Tripleks yang ditunjukkan pada Gambar 8–20 (a, b) paling stabil pada pH
rendah karena triplet C.≡G C+ membutuhkan sitosin terprotonasi. Dalam tripleks, pKa sitosin ini >7,5,
berubah dari nilai normalnya 4,2. Tripleks juga paling mudah terbentuk dalam urutan panjang yang hanya
mengandung pirimidin atau hanya purin dalam untai tertentu. Beberapa DNA tripleks mengandung dua
untai pirimidin dan satu untai purin; yang lain mengandung dua untai purin dan satu untai pirimidin.
Empat untai DNA juga dapat berpasangan untuk membentuk tetraplex (quadruplex), tetapi ini terjadi
hanya untuk urutan DNA dengan proporsi residu guanosin yang sangat tinggi (Gbr. 8-20c, d). Guanosine
tetraplex, atau G tetraplex, cukup stabil pada berbagai kondisi. Orientasi untaian dalam tetraplex dapat
bervariasi seperti yang ditunjukkan pada Gambar 8-20e. Dalam DNA sel hidup, situs yang dikenali oleh
banyak protein pengikat DNA spesifik sekuens (Bab 28) disusun sebagai palindrom, dan sekuens
polipirimidin atau polipurin yang dapat membentuk heliks rangkap tiga ditemukan di dalam regio yang
terlibat dalam regulasi ekspresi beberapa eukariotik. gen. Pada prinsipnya, untaian DNA sintetik yang
dirancang untuk berpasangan dengan sekuens ini untuk membentuk DNA tripleks dapat mengganggu
ekspresi gen.
Kode Messenger RNA untuk Rantai Polipeptida
Kami sekarang mengalihkan perhatian kami pada ekspresi informasi genetik yang dikandung DNA.
RNA, bentuk utama kedua asam nukleat dalam sel, memiliki banyak fungsi. Dalam ekspresi gen, RNA
bertindak sebagai perantara dengan menggunakan informasi yang dikodekan dalam DNA untuk
menentukan urutan asam amino dari protein fungsional. Mengingat bahwa DNA eukariota sebagian besar
terbatas pada nukleus sedangkan sintesis protein terjadi pada ribosom di sitoplasma, beberapa molekul
selain DNA harus membawa pesan genetik dari nukleus ke sitoplasma. Pada awal 1950-an, RNA
dianggap sebagai kandidat logis: RNA ditemukan di nukleus dan sitoplasma, dan peningkatan sintesis
protein disertai dengan peningkatan jumlah RNA sitoplasma dan peningkatan laju pergantiannya.
Pengamatan ini dan pengamatan lainnya membuat beberapa peneliti menyarankan bahwa RNA membawa
informasi genetik dari DNA ke mesin biosintetik protein ribosom. Pada tahun 1961 François Jacob dan
Jacques Monod menyajikan gambaran terpadu (dan pada dasarnya benar) dari banyak aspek proses ini.
Mereka mengusulkan nama "messenger RNA" (mRNA) untuk bagian dari total RNA seluler yang
membawa informasi genetik dari DNA ke ribosom, di mana pembawa pesan menyediakan templat yang
menentukan urutan asam amino dalam rantai polipeptida.
Meskipun mRNA dari gen yang berbeda dapat sangat bervariasi panjangnya, mRNA dari gen tertentu
umumnya memiliki ukuran yang ditentukan. Proses pembentukan mRNA pada cetakan DNA dikenal
sebagai transkripsi. Pada bakteri dan archaea, satu molekul mRNA dapat mengkode satu atau beberapa
rantai polipeptida. Jika membawa kode hanya untuk satu polipeptida, mRNA adalah monosistronik; jika
kode untuk dua atau lebih polipeptida yang berbeda, mRNA adalah polikistronik. Pada eukariota,
sebagian besar mRNA adalah monokistronik. (Untuk tujuan diskusi ini, "cistron" mengacu pada gen.
Istilah itu sendiri memiliki akar sejarah dalam ilmu genetika, dan definisi genetik formalnya berada di
luar cakupan teks ini.) Panjang minimum mRNA ditetapkan dengan panjang rantai polipeptida yang
dikodekannya. Sebagai contoh, rantai polipeptida dari 100 residu asam amino membutuhkan urutan
pengkodean RNA dari setidaknya 300 nukleotida, karena setiap asam amino dikodekan oleh triplet.
Namun, mRNA yang ditranskripsi dari DNA selalu lebih panjang dari yang dibutuhkan hanya untuk
mengkode urutan polipeptida (atau urutan). RNA noncoding tambahan mencakup urutan yang mengatur
sintesis protein. Gambar 8-21 merangkum struktur umum mRNA bakteri. mRNA yang ditranskripsi dari
DNA selalu agak lebih panjang dari panjang yang dibutuhkan hanya untuk mengkode urutan polipeptida
(atau urutan). RNA noncoding tambahan mencakup urutan yang mengatur sintesis protein. Gambar 8-21
merangkum struktur umum mRNA bakteri. mRNA yang ditranskripsi dari DNA selalu agak lebih
panjang dari panjang yang dibutuhkan hanya untuk mengkode urutan polipeptida (atau urutan). RNA
noncoding tambahan mencakup urutan yang mengatur sintesis protein. Gambar 8-21 merangkum struktur
umum mRNA bakteri.
Banyak RNA Memiliki Struktur Tiga Dimensi yang Lebih Kompleks
Messenger RNA hanyalah salah satu dari beberapa kelas RNA seluler. RNA transfer adalah molekul
adaptor dalam sintesis protein; terikat secara kovalen dengan asam amino di salah satu ujungnya, mereka
berpasangan dengan mRNA sedemikian rupa sehingga asam amino bergabung dengan polipeptida yang
sedang tumbuh dalam urutan yang benar. RNA ribosom adalah komponen ribosom. Ada juga berbagai
macam RNA fungsi khusus, termasuk beberapa (disebut ribozim) yang memiliki aktivitas enzimatik.
Semua RNA dibahas secara rinci dalam Bab 26. Fungsi yang beragam dan seringkali kompleks dari RNA
ini mencerminkan keragaman struktur yang jauh lebih kaya daripada yang diamati pada molekul DNA.
Produk transkripsi DNA selalu berupa RNA untai tunggal. Untai tunggal cenderung mengasumsikan
konformasi heliks tangan kanan yang didominasi oleh interaksi susunan dasar (Gbr. 8-22), yang lebih
kuat antara dua purin daripada antara purin dan pirimidin atau antara dua pirimidin. Interaksi purin-purin
begitu kuat sehingga pirimidin yang memisahkan dua purin sering tergeser dari pola susun sehingga purin
dapat berinteraksi. Setiap urutan pelengkap diri dalam molekul menghasilkan struktur yang lebih
kompleks. RNA dapat berpasangan dengan daerah komplementer baik RNA atau DNA. Pasangan basa
cocok dengan pola DNA: G berpasangan dengan C dan A berpasangan dengan U (atau dengan residu T
sesekali di beberapa RNA). Satu perbedaan adalah bahwa pasangan basa antara residu G dan U yang
tidak biasa dalam DNA diperbolehkan dalam RNA (lihat Gambar 8-24) ketika urutan komplementer
dalam dua untai tunggal RNA berpasangan satu sama lain. Untai berpasangan dalam dupleks RNA atau
RNA-DNA adalah antiparalel, seperti pada DNA. Ketika dua untai RNA dengan urutan komplementer
sempurna dipasangkan, struktur untai ganda yang dominan adalah heliks ganda tangan kanan bentuk-A.
Namun, untaian RNA yang berpasangan sempurna pada daerah urutan yang panjang jarang terjadi.
Struktur tiga dimensi dari banyak RNA, seperti halnya protein, adalah kompleks dan unik. Interaksi yang
lemah, terutama interaksi susunan basa, membantu menstabilkan struktur RNA, seperti yang terjadi pada
DNA.

Heliks bentuk-Z telah dibuat di laboratorium (dalam kondisi sangat tinggi garam atau suhu tinggi).
Bentuk B dari RNA belum diamati. Putusnya heliks bentuk-A reguler yang disebabkan oleh basa yang
tidak cocok atau tidak cocok dalam satu atau kedua untai sering terjadi dan menghasilkan tonjolan atau
loop internal (Gbr. 8–23). Loop jepit rambut terbentuk di antara urutan pelengkap diri (palindromik)
terdekat. Potensi untuk segmen heliks berpasangan basa di banyak RNA sangat luas (Gbr. 8-24), dan jepit
rambut yang dihasilkan adalah jenis struktur sekunder yang paling umum dalam RNA. Urutan basa
pendek tertentu (seperti UUCG) sering ditemukan di ujung jepit rambut RNA dan diketahui membentuk
loop yang sangat rapat dan stabil. Urutan tersebut dapat bertindak sebagai titik awal untuk pelipatan
molekul RNA ke dalam struktur tiga dimensi yang tepat. Kontribusi lain dibuat oleh ikatan hidrogen yang
bukan merupakan bagian dari pasangan basa Watson-Crick standar. Misalnya, gugus 29-hidroksil dari
ribosa dapat berikatan hidrogen dengan gugus lain. Beberapa sifat ini terbukti dalam struktur RNA
transfer fenilalanin ragi—tRNA yang bertanggung jawab untuk memasukkan residu Phe ke dalam
polipeptida—dan dalam dua enzim RNA, atau ribozim, yang fungsinya, seperti fungsi enzim protein,
bergantung pada tiga- struktur dimensi (Gbr. 8-25).