Laboratorium Mikrobiologi
Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta, 55281.
e-mail: lsembiring@yahoo.com
Abstrak
Indonesia yang terletak di daerah tropis, terkenal sangat kaya akan biodiversitasnya sehingga
dijuluki sebagai salah satu hotspot megabiodiversity di dunia di samping Brazilia, dan Zaire. Namun
demikian, pemahaman kita akan kekayaan sumberdaya hayati tersebut pada kenyataannya masih
kurang memadai sehingga kita masih mengalami kesulitan dalam upaya pemanfaatan dan
pelestariannya. Kekurangan informasi ilmiah mengenai biodiversitas hayati di Indonesia disebabkan
oleh rendahnya minat kalangan ilmuwan dan lemahnya komitmen dukungan sumberdaya penelitian
yang bertujuan menyingkap kekayaan sumberdaya biodiversitas hayati tersebut khususnya
biodiversitas mikrobia. Padahal, biodiversitas mikrobia merupakan salah satu komponen biodiversitas
yang sangat mustahak perannya dalam mempertahankan kelestarian fungsi ekosistem hutan tropis dan
fungsi kehidupan pada umumnya serta potensi aplikasinya dalam berbagai bidang. Dalam makalah ini
diuraikan mengenai konsep biodiversitas pada umumnya dan biodiversitas mikrobia pada khususnya
yang meliputi tiga aras yaitu biodiversitas genetik, biodiversitas spesies dan biodiversitas ekosistem.
Selanjutnya diuraikan mengenai peranan sentral studi sistematika mikrobia modern sebagai instrumen
utama dalam menyingkap biodiversitas mikrobia secara komprehensif. Pemahaman biodiversitas
mikrobia yang memadai merupakan pintu masuk ke arah pemanfaatan potensi sumberdaya mikrobia
untuk peningkatan kualitas kesejahteraan umat manusia. Mengingat bahwa perkembangan dan
kemampuan studi sistematika dalam menjalankan fungsinya sangat dipengaruhi oleh kemajuan semua
cabang biologi dan di antaranya biokimia, teknik biokomia, biologi molekular, genetika molekular
dan evolusi serta aplikasi komputer dalam sistem penanganan dan manipulasi data maka diuraikan
pula peran mendasar cabang-cabang ilmu tersebut. Pembahasan secara mendalam terhadap
pendekatan studi biodiversitas mikrobia dilakukan berlandaskan pendekatan metode sistematik
polifasik yang terdiri dari sistematik numerik-fenetik, sistematik kimiawi (khemosistematik) dan
sistematik molekular-filogenetik. Sebagai konsekuensi aplikasi pendekatan sistematik mikrobia
modern telah terjadi terobosan besar dalam pemahaman paling mutakhir terhadap realitas
biodiversitas mikrobia yang telah dicapai sampai saat ini. Peran penting culture collection dalam
penelitian, pendidikan dan upaya pelestarian mikrobia baik secara ex situ maupun secara in situ juga
dipaparkan. Akhirnya, diuraikan secara garis besar mengenai potensi aplikasi biodiversitas mikrobia
dalam berbagai bidang yang meliputi pertanian, lingkungan, industri, pangan, dan kesehatan. Seiring
dengan itu, diulas pula secara sekilas mengenai hasil-hasil studi biodiversitas mikrobia di Indonesia
sebagai bagian dari upaya pemanfaatan dan pelestarian sumberdaya mikrobia di bumi nusantara ini.
A. Pengertian Biodiversitas
Biodiversitas (biodiversity) mengacu pada seluruh jasad hidup yang ada dalam
biosfer dan wujudnya dapat diamati berupa mikrobia, tumbuhan maupun hewan. Jadi,
biodiversitas hayati dapat didefinisikan sebagai totalitas variasi gena, spesies, dan
ekosistem yang dijumpai di suatu daerah. Dengan demikian, pengertian biodiversitas
termasuk di dalamnya biodiversitas mikrobia berada pada tiga aras yaitu
biodiversitas genetik, biodiversitas spesies dan biodiversitas ekosistem (Sembiring,
1998).
Menurut World Conservation Center (Anonimus, 1992) biodiversitas genetik
adalah variasi gena atau genom yang dimiliki oleh setiap individu anggota spesies,
sedangkan biodiversitas spesies adalah jumlah spesies yang terdapat dalam suatu
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
komunitas, dan biodiversitas ekosistem adalah jumlah atau variasi ekosistem yang
terdapat di suatu daerah. Walaupun demikian, dalam pembicaraan secara umum, yang
dimaksud dengan biodiversitas lebih sering mengacu kepada biodiversitas spesies saja
meskipun secara substansial, biodiversitas sesungguhnya mencakup ketiga tataran
tersebut.
Apabila kita mengacu kepada biodiversitas spesies maka sudah barang tentu,
tingkat biodiversitas sangat tergantung kepada konsep spesies yang kita gunakan.
Padahal, masalah konsep sepesies merupakan hal yang sangat kontroversial dalam
perdebatan para pakar dari waktu ke waktu seiring dengan perkembangan biologi
pada khususnya dan ilmu dan teknologi secara keseluruhan pada umumnya. Misalnya,
perkembangan pemikiran mengenai konsep spesies sampai yang paling mutakhir
seperti yang dipaparkan dalam buku yang disusun oleh para pakar yang berkompeten
dan diterbitkan oleh The Systematics Association (1997), ada sebanyak 22 konsep
spesies yang digunakan (Mayden, 1997). Oleh karena itu, dalam studi biodiversitas
mikrobia, khususnya untuk bakteri misalnya, para pakar berupaya keras merumuskan
suatu konsep spesies yang praktis sehingga dapat digunakan oleh para peneliti di
seluruh dunia (Goodfellow et al., 1997).
Jadi, jelas sekali bahwa tingkat biodiversitas mikrobia di suatu habitat sangat
dipengaruhi oleh konsep spesies yang digunakan dalam menganalisis strain mikrobia
yang diperoleh dari habitat tersebut (Sembiring, 2002). Dalam dunia mikrobia,
khususnya bakteri dan arkhaea ada 4 konsep spesies yang telah dan masih digunakan
dalam praktek yaitu konsep nomenspesies (nomenspecies concept), konsep
taksospesies (taxospecies concept), konsep genospesies (genospecies concept) dan
konsep spesies genomik (genomic species concept). Dengan demikian, setiap
informasi penelitian mengenai tingkat biodiversitas spesies mikrobia hendaknya
ditinjau dari konsep spesies yang digunakan dalam menganalisis hasil penelitian
tersebut. Akhirnya, dapat dikemukakan bahwa betapa penting kesamaan pemahaman
mengenai konsep spesies ini terutama dalam membahas kekayaan biodiversitas
spesies mikrobia di alam.
Biodiversitas mikrobiota di hutan tropis masih sangat kurang diketahui
dibandingkan dengan ekosistem hutan di daerah beriklim sedang (temperate forests).
Hal ini dapat diketahui dari fakta bahwa berdasarkan penelusuran yang dilakukan
dalam BIOSIS misalnya sejak tahun 1963 hanya ada 96 publikasi mengenai fungi
dan bakteri dari ekosistem hutan tropis dibandingkan dengan 2411 publikasi serupa
dari ekosistem hutan di daerah beriklim sedang (Lodge et al., 1996). Publikasi
tersebutpun umumnya berkaitan dengan mikrobia patogen pada tanaman hutan serta
deskripsi mengenai strain baru (novel strain) tetapi jarang mengenai peran
biodiversitas mikrobiota dalam fungsi ekosistem hutan tropis.
Pentingnya peran biodiversitas mikrobia (mikrobiota) secara ekologis sangat
berkaitan dengan kelestarian sistem kehidupan di planet bumi ini (Lovelock, 1988;
Stoltz et al., 1989; Truper, 1992). Namun demikian, peranan mikrobia dalam
ekosistem daratan (teresterial) belumlah sepenuhnya dapat dipahami meskipun kita
tahu bahwa mikrobia berperan aktif dalam siklus nutrien yang merupakan bagian
siklus biogeokimiawi sehingga mikrobia merupakan faktor penting dalam bidang
kesuburan tanah untuk pertanian (Stolz et al., 1989; Truper, 1992; Bull et al., 2000).
Sistematik mikrobia adalah ilmu yang mempelajari biodiversitas mikrobia serta
hubungan antar mikrobia baik hubungan similaritas (fenetik) maupun hubungan
kekerabatan (filogenetik) (Godfellow & ODonnell,1993; Goodfellow, 2000).
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Sistematika terdiri dari tiga subdisiplin yaitu klasifikasi, identifikasi dan nomenklatur
(Cowan, 1955). Kemampuan studi sistematika mikrobia dalam menyingkap
biodiversitas mikrobia sangat dipengaruhi oleh perkembangan biologi pada umumnya
dan kimia, biokimia, biologi molekular, genetika molekular, evolusi molekular serta
aplikasi komputer dalam biologi (bioinformatika) untuk keperluan manipulasi data.
Perkembangan aplikasi komputer dalam sistematika mikrobia telah melahirkan
sistematik numerik (Sneath, 1957; Sokal, 1985) yang memungkinkan dilakukannya
klasifikasi dan identifikasi mikrobia secara kuantitatif dan lebih bersifat objektif.
Selanjutnya, aplikasi teknik biokimia dalam sistematik untuk menganalisis komponen
sel di antaranya penyusun dinding sel, lipid membran, dan protein misalnya telah
melahirkan sistematik kimiawi (khemosistematik) yang sangat penting dalam
pendefinisian genus pada bakteri dan arkhaea. Akhirnya, revolusi biologi molekular
telah menyumbangkan data yang sangat menentukan bagi lahirnya sistematika
molekular yang menggunakan informasi genetik yang terkandung dalam molekul
DNA dan RNA untuk melakukan klasifikasi dan identifikasi mikrobia. Tersedianya
data berupa sequences DNA, RNA dan protein dalam data base Internasional
(EMBL, DDBJ, RDP) yang dapat diakses via internet oleh khalayak ilmuwan di
seluruh dunia telah memicu lahir dan berkembangnya bidang kajian bioinformatika
yaitu pemanfaatan informasi biologis (sequences DNA, RNA dan protein) yang
semakin melimpah tersebut dengan menggunakan berbagai software komputer yang
telah tersedia untuk tujuan menyingkap potensi mahluk hidup (mikrobia) dalam
berbagai bidang bagi kepentinga kesejahteraan manusia.
Pendekatan klasifikasi dalam sistematik yang menggabungkan sistematik
numerik, sistematik kimiawi dan sistematik molekular untuk menghasilkan sistem
klasifikasi yang kokoh sebagai dasar penyusunan sistem identifikasi yang
berdayaguna dikenal dengan taksonomi polifasik (Colwell, 1970). Kongruensi hasil
klasifikasi antar ketiga pendekatan tersebut dianggap mampu memberikan dasar
klasifikasi yang lebih bermakna, bersifat prediktif dan bermafaat dalam mempelajari
biodiversitas mikrobia di alam.
Sistematika mikrobia modern yang berlandaskan pendekatan sistematik
polifasik sangat bermanfaat dalam berbagai bidang aplikasi, misalnya dalam studi
filogeni (Fox et al., 1977; Woese & Fox, 1977; Woese, 1987), yang telah menantang
pandangan dikotomis evolusi prokaryotik eukaryotik (Chatton, 1937). Demikian
juga dalam diagnostik molekular untuk deteksi dan identifikasi dalam bidang
pertanian meliputi (i) biofertilizer yaitu mikrorhiza (Jeffries & Dodd, 2000) dan
bakteria bintil akar (Coutinho et al., 2000), (ii) bakteria agensia penyakit tanaman
(Young, 2000) dan (iii) agensia pengendali hayati bagi serangga hama ( Priest &
Dewar, 2000; Humber, 2000), dalam bidang lingkungan meliputi (i) bioremediasi
(Voordow, 2000; Ederer & Crawford, 2000) dan (ii) biomining (Goebel et al., 2000;
Kristijansson et al., 2000) serta pangan (Axelsson & Ahrne, 2000) dan medis
(Wayne, 2000).
B. Biodiversitas Mikrobia
Walaupun sering dianggap bahwa mikrobia merupakan jasad renik yang
berukuran relatif kecil sehingga hanya dapat dilihat dengan jelas di bawah mikroskop,
ternyata bahwa hal ini tidak sepenuhnya benar karena ada mikrobia yang berukuran
relatif besar karena memiliki panjang sekitar 650 m yaitu bakteri anggota spesies
Epulopiscium fishelsoni bahkan ada yang mencapai diameter 750 m, yaitu bakteri
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
anggotas spesies Thiomargaritta namibiensis (Prescott et al., 2002). Mikrobia
mencakup jasad dengan kisaran biodiversitas yang luas karena meliputi bakteria,
arkhaea, fungi, protozoa dan algae.
Pandangan ilmiah mengenai biodiversitas mikrobia berubah seiring dengan
perkembangan ilmu yang mendukung studi biodiversitas mikrobia tersebut. Secara
garis besar dapat dikemukakan bahwa sejarah klasifikasi mahluk hidup menunjukkan
bahwa pengetahuan mengenai jasad yang diklasifikasikan sangat menentukan metode
dan hasil klasifikasi yang diperoleh. Sejarah klasifikasi dapat ditelusuri dari yang
paling tua sampai yang dianggap paling mutakhir dewasa ini seperti yang diuraikan
dalam paragraf berikut.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 9
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Bidang lingkungan meliputi biodegradasi, bioremediasi, dan biomining dan
pengolahan limbah organik (residu pestisida, limbah rumah tangga, industri pertanian,
industri pangan, industri tekstil, industri kulit, industri minyak) dan anorganik
(limbah industri tekstil, industri logam, industri cat). Aplikasi potensi mikrobia dalam
bidang industri (produksi etanol, bio-detergen, antibiotik, asam amino dan obat-
obatan), pangan (pengawetan dan produksi pangan, makanan sublemen-probiotik,
minuman beralkohol), dan bioteknologi (rekayasa genetika). Aplikasi potensi
mikrobia dalam bidang kesehatan menacakup mikrobiologi kedokteran yaitu
identifikasi (typing) agensia penyakit secara tepat (diagnostic microbiology) sebagai
dasar tindakan pengobatan, dan immunologi yaitu studi sistem imun pada manusia
dalam kaitannya dengan pencegahan dan pengendalian (vaksin) mikrobia agensia
penyakit (bakteri).
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 11
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Febrianti, N., Prijambada, I.D., Sembiring, L., & Widianto, D. 2003. Isolasi,
Karakterisasi, Klasifikasi dan Identifikasi bakteri pendegradasi fraksi aspaltik
hidrokarbon lumpur minyak bumi. Biologi 3 (2): 115 127.
Goebel, B.M., Norris, P.R. & Burton, N.P. 2000. Acidophiles in Biomining. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 293-314 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers,
Dodrecht, Netherlands.
Goodfellow, M. 2000. Microbial Systematics: Background and Uses. In Applied Microbial
Systematics, pp: 1 18 (F.G. Priest & M. Goodfelow, Eds.), Kluwer Academic Publishers,
Dordrecht, Netherlands.
Goodfellow, M., Alderson, G. & Chun, J. 1998. Rhodococcal systematics: problems and
developments. Antonie van Leeuwenhoek 74: 1 18.
Goodfellow, M. & Dickinson, C.H. 1985. Delineation and description of microbial populations using
numerical methods. In Computer-assisted Bacterial Systematics, pp: 165 225
(M.Goodfellow, D. Jones & F.G. Priest, Eds.), Academic Press Ltd., London.
Goodfellow, M., Freeman, R. & Sisson, P.R. 1997. Currie-point mass spectrometry as a tool in
clinical microbiology. Zentralblatt fur Bakteriologie 285: 133-156.
Goodfellow, M., Manfio, G.P. & Chun, J. 1997. Towards a practical species concept for cultivable
bacteria. In Species: The units of biodversity pp: 25 59 (M.F. Claridge, H.A. Dawah &
M.R. Wilson, Eds.). The Systematics Associatiaon Special volume Series 54, Chapman &
Hall., London.
Goodfellow, M. & ODonnel, A.G. 1993. The roots of bacterial systematics. In Hanbook of New
bacterial Systematics, pp: 3-54 (M. Goodfellow & A.G. ODonnell, Eds.) Academic Press
Ltd., London.
Goodfellow, M. & ODonnell, A.G. 1994. Chemical Methods in Prokaryotic Systematics, John Wiley
& Sons. Chichester.
Goodfellow, M., Kumar, Y., Labeda, D.P. & Sembiring, L. 2007. The Streptomyces violaceusniger
clade: a home for streptomycetes with rugose ornamented spores. Antonie van Leeuwenhoek
92: 173-179.
Holt, J.G., Krieg, N.R., sneath, P.H.A., Staley, J.T. &Williams, S.T. 1994. Bergeys manual of
Determinative Bacteriology, 9th ed., williams & Wilkins, Baltimore.
Humber, R.A. 2000. Fungal Pathogens and Parasites of Insects. In: Applied Microbial Systematics, pp:
203-230 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht,
Netherlands.
James, A.L. 1994. Enzymes in taxonomy and diagnostic bacteriology. In Chemical Methods in
Prokaryotic Systematics, pp: 471 492 (M. Goodfellow & A.G. ODonnell., Eds.) John
Wiley & Sons. Chichester.
Jeffries, P. & Dodd, J.C. 2000. Molecular Ecology of Mycorrhyzal Fungi. In: Applied Microbial
Systematics, pp: 73-105 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers,
Dodrecht, Netherlands.
Kristijansson, J.K., Hreggvidsson, G.O. & Grant, W.D. 2000.Taxonomy of Extremophiles. In:
Applied Microbial Systematics, pp: 231 -291 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer
Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Labeda, D.P. 1998. DNA relatedness among the Streptomyces fulvissimus dan Streptomyces
griseoviridis phenotypic cluster groups. International Journal of Systematic Bacteriology
48: 829-832.
Larsen, T.O. & Frisvand, J.C. 1995. Characterisation of volatile metabolites from 47 Penicillium
taxa. Mycological Research. 99: 1153 1166.
Lisdiyanti, P., Kawasaki, H., Seki, T., Yamada, Y., Uchimura, T & Komagata, K. 2000. Systematic
study of the genus Acetobacter with descriptions of Acetobacter indonesiensis sp. nov., A.
tropicalis sp. nov., A. orleanensis (Henneberg 1906) comb. nov. A. lovaniensis (Frateur
1950) comb. nov., and A. estunensis (Carr 1958) comb. nov. Journal of General and
Applied Microbiology 46: 147 165.
Lodge, D.J., Hawksworth, D.L. & Ritchie, B.J. 1996. Microbial diversity and Tropical Forest
Functioning. In Biodiversity and Ecosystem Processes in Tropical Forests pp: 69 100
(G.H. Orians, R. Dirzo & J.H. Cushman, Eds.), Springer, New York.
Lovelock, J.M. 1988. The ages of gaia. Oxford University Press, Oxford., UK.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 12
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Magee, J.T. 1993. Whole-organisms fingerprinting. In Hanbook of New bacterial Systematics, pp: 383-
427 (M. Goodfellow & A.G. ODonnell, Eds.) Academic Press Ltd., London.
Mayden, R.L. 1997. A hierarchy of species concepts: the denouement in the saga of the species
problem. In Species: The units of biodversity pp: 381 422 (M.F. Claridge, H.A. Dawah &
M.R. Wilson, Eds.). The Systematics Associatiaon Special volume Series 54, Chapman &
Hall., London.
Murray, R.G.E., Brenner, D.J., Colwell, R.R., De Vos, P., Goodfellow. M., Grimont, P.A.D.,
Pfennig, N., Stackebrandt, E. & Zavarzin, G.A. 1990. Report of the Ad hoc committee on
approaches to taxonomy within the Proteobacteria. International Journal of Systematic
Bacteriology 40: 213-215.
Nurnawati, E. & Sembiring, L. (2003). Isolasi dan karakterisasi jamur pendegradasi
katekin dari seresah pinus. Biota 8(3): 119 130.
Olga, Rini, R.K., Akbar, J., Isnansetyo, A. & Sembiring, L. 2007. Protein
Aeromonas hydrophyla sebagai vaksin untuk pengendalian MAS (Motile
Aromonas Septicemia) pada ikan jambal siam (Pangasius hypophthalamus).
Jurnal Perikanan 9(1):17-24
Olga, Sembiring, L. & Triyanto. 2004. Pengendalian penyakit MAS (Motile Aeromonas
Septicemia) pada Lele Dumbo (Clarias gariepinus) melalui vaksinasi. Sains dan
Sibernetika 17(3): 467-476.
Prescott, L.M., Harley, J.P. & Klein, D.A. 2002. Microbiology. Fifth edition., McGrawHill. Boston,
USA.
Priest, F.G. & Dewar, S.J. 2000. Bacteria and Insects. In: Applied Microbial Systematics, pp: 165-202
(F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
Sackin, M.J. & Jones, D. 1993. Computer-assisted classification. In Hanbook of new Bacterial
Systematics, pp: 281 313 ((M. Goodfellow & A.G. ODonnell, Eds.) Academic Press Ltd.,
London.
Saintpierre, D., Amir, H., Pineau, R., Sembiring, L. & Goodfellow, M. 2003. Streptomyces yatensis
sp. nov., a novel bioactive streptomycete isolated from a New-caledonian ultramafic soil.
Antonie van Leeuwenhoek 83: 21 26.
Sarkono, Sembiring, L. & Sutriswati, E.R. 2006. Isolasi, Seleksi, Karakterisasi dan
Identifikasi Bakteri asam laktat Penghasil bakteriosin dari berbagai buah masak.
Sains dan Sibernetika 19(2): 223 242.
Sembiring, L. 1998. Biodiversitas Hayati (Mikrobia), Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Biologi
UGM, Yogyakarta, Presentasi pada Semiloka Guru SMU (MGMP Biologi) di Kab. Klaten
dan Kab. Magelang, 30 Mei 1998.
Sembiring, L. 2000. Selective Isolation and Characterization of Streptomycetes Associated with the
Rhizosphere of the tropical legume, Paraserianthes falcataria (L) Nielsen, Ph.D. Thesis
University of Newcastle, Newcastle upon Tyne, Uk.
Sembiring, L. 2002. Kedudukan Bakteri dalam Klasifikasi mahluk Hidup., Laboratorium
Mikrobiologi, Fakultas Biologi UGM, Yogyakarta., Presentasi pada Forum Guru Biologi
SMU (MGMP Biologi) se eks Karesidenan Surakarta, 3 Agustus 2002 di SMUN 4
Surakarta, Jawa Tengah.
Sembiring, L. & Goodfelow, M. 2001a. Application of Numerical systematics in Unraveling
Streptomycete Divesity. Jurnal Mikrobiologi Indonesia. 6: 1-7.
Sembiring, L. & Goodfelow, M. 2001b. The application of molecular biology in the development of
streptomycete systematics. Biologi 2 (11):629 -653.
Sembiring, L., Goodfellow, M., Ward, A.C. & Rahayu, E.S. 1997. Diversity of actinomycetes
(streptomycetes) associated with the rhizosphere of Paraserianthes falcataria and Shorea
sp. Proceedings of National Conference of Indonesian Association for Microbiology,
Denpasar, Bali, Indonesia, 8 10 December 1997.
Sembiring, L., Goodfellow, M. & Ward, A.C.1999. Selective Isolation and characterisation of
streptomycetes associated with the rhizosphere of the tropical angiosperm, Paraserianthes
falcataria. The 11th International Symposium on the Biology of Actinomycetes (ISBA), 24-28
October, 1999. Sissi, Heraklion. Crete, Greece.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 13
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Sembiring, L., Ward, A.C. & Goodfellow, M. 2000. Selective isolation and characterization of
members of the Streptomyces violaceusniger clade associated with the roots of
Paraserianthes falcataria. Antonievanleeuwenhoek 78: 353 366.
Sembiring, L., Ward, A.C. & Goodfellow, M. 2001. Streptomyces violaceusniger clade sp. nov. In
validation of publication of new names and new combinations previously effectively
published outside the IJSEM. List No. 82. International journal of Systematics and
Evolutionary Microbiology 51: 1619 -1620.
Simpson, G.G. 1961. Principles of Animal Taxonomy. New York, Columbia University Press.
Sneath, P.H.A. 1957a. The applications of computers to taxonomy. Journal of General Microbiology
17: 201 226.
Sneath, P.H.A. 1957b. Some thoughts on bacterial classifications. Journal of General Microbiology
17: 184 200.
Sokal, R.R. 1985. The principles of Numerical Taxonomy. Twenty-five years later. In Computer-
assisted Bacterial Systematics, pp: 1 20 (M.Goodfellow, D. Jones & F.G. Priest, Eds.),
Academic Press Ltd., London.
Solomon, E.P., Berg, L.R. & Martin, D.W. 2002. Biology 6th Ed., Brooks/Cole Thompson Learnig.
Solomon, E.P., Berg, L.R. & Martin, D.W. 2008. Biology 8th Ed., International Student Edition,
Thompson Brooks/Cole.
Stackebrandt, E., Tindall, B., Ludwig, W. & Goodfellow, M. 1999. Diversity and Systematics. In
Biology of the Prokaryotes pp: 674 720 ( J.W. Langeler, G. Drews, & H.G. Schlegel,
Eds.), Thieme, Stuttgart.
Stead, D.E., Selwood, J.E., Wilson, J. & Viney, I. 1992. Evaluation of a commercial microbial
identification system based on fatty acid profiles for rapid, accurate identification of plant
pathogenic bacteria. Journal of Applied Bacteriology 72: 315 321.
Stoltz, J.F., Botkin, D.B., Dastoor, M.N. 1989. The integral biosphere. In Global Ecology (M.B.
Rambler, L. Margulis & R. Festre, Eds.) Academic Press, San Diego, USA.
Suharjono, Subagja, J., Sembiring, L., Retnaningdyah, C., & Putra, I.K.J.W. 2007.
Pengaruh Konsentrasi nitrogen dan Fosfor terhadap Potensi Pseudomonas
Pendegradasi Alkilbenzen sulfonat linier. Berkala Penelitian Hayati 12(2): 107-113.
Susilawati, L., Sembiring, L. & Suhartanti D. 2007. Characterization, Selectin and
Identification of TCMTB degrading bacteria from industrial tanning waste.
International Seminar on Natural Sciences and Applied Natural Sciences, February
7, 2007, Hosted by Faculty of Mathematics and Natural Science, Universitas
Ahmad Dahlan, Yogyakarta.
Towner, K.J. & Cockayne, A. 1993. Molecular Methods for Microbial Identification and Typing.
Chapman & Hall, London,
Truper, H.G. 1992. Prokaryotes: an overview with respect to biodiversity and environmental
importance. Biodiversity and Concervation 1: 227 236.
Vandamme, P., Pot, B., Gilis, M., De Vos P., Kersters, K. & Swings, J. 1996. Polyphasic Taxonomy,
a consensus approach to bacterial systematics. Microbiological Reviews 60: 407-438.
Vauterin, L., Swings, J. & Kersters, K. 1993. Protein electrophoresis and classification. In Hanbook
of New bacterial Systematics, pp: 252-280 (M. Goodfellow & A.G. ODonnell, Eds.)
Academic Press Ltd., London.
Voordow, G. 2000. Microbial Communities in Oil Fields. In: Applied Microbial Systematics, pp: 315-
332 (F.G. Priest & M. Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht,
Netherlands.
Wayne, L.G. 2000. A Slow Ramble in the Acid Fast-Lane: The Coming of Age of Mycobacterial
Taxonomy. In: Applied Microbial Systematics, pp: 389-419 (F.G. Priest & M. Goodfellow,
Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
White,D., Sharp, R.J. & Priest, F.G. 1993. A polyphasic taxonomyc study of thermophilic bacilli
from a wide geographic area. Antonie van Leeuwenhoek 64: 357 386.
Widayati, W. E., Sembiring, L. & Soedarsono, J. 2006. Identifikasi Bakteri Diazotrof
Endofit dari tebu dengan Repetitive-PCR Sequence dan Sequencing 16S rDNA.
Jurnal Mikrobiologi Indonesia 11(1):44-50.
Woese, C.R. & Fox, G.E. 1977. Phylogenetic Structure of the prokaryotic domain: the primary
kingdoms. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 74: 5088 5090.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 14
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.
Woese, C.R. 1987. Bacterial evolution. Microbiological Reviews 51: 221 271.
Woese, C.R., Kandler, O. & Wheelis, M.L. 1990. Towards a natural system of organisms: Proposal
for domains Archaea, Bacteria and Eukarya. Proceedings of the National Academy of
Sciences. USA 87: 4576-4579.
Yamada, Y., Hosono, R., Lisdiyanti, P., Widyastuti, W., Saono, S., Uchimura, T. & Komagata, K.
1999. Identification of acetic acid bacteria isolated from Indonesia sources, especially of
isolates classified in the genus Gluconobacter. The Journal of General and Applied
Microbiology 45: 23 28.
Yamada, Y., Katsura, K., Kawasaki, H., Widyastuti, Y., Saono, S., Seki, T., Uchimura, T. &
Komagta, K. 2000. Asaia bogorensis gen. Nov., sp. nov., an unusual acetic acid bacterium
in the -Proteobacteria. International journal of Systematic and Evolutionry Microbiology
50: 823 829.
Young, J.M. 2000. Recent Systematic Developments in Systematics and their Implications for Plant
Pathogenic Bacteria. In: Applied Microbial Systematics, pp: 135-163 (F.G. Priest & M.
Goodfellow, Eds.) Kluwer Academic Publishers, Dodrecht, Netherlands.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 15
*) Dipresentasikan dalam Seminar Nasioal Biodiversitas II: Biodiversitas untuk Pembangunan
Berkelanjutan yang diselenggarakan oleh Departemen Biologi, Fakultas MIPA, Universitas
Airlangga Surabaya 19 Juli 2008.