ABSTRAK
Tumbuhan mangrove merupakan sumber bahan obat tradisional yang dapat digunakan sebagai sumber
senyawa bioaktif. Dengan terjadinya konversi ekosistem mangrove menjadi peruntukan lain menyebabkan
terjadinya kepunahan ekosistem mangrove. Oleh karena itu, diperlukan pengelolaan sumber daya alam yang baik.
Dalam pengelolaan sumber daya alam, informasi biodiversitas sangat diperlukan untuk menjaga keberlangsungan
pemanfaatan spesies, eksplorasi potensi hayati, dan monitoring spesies beserta ekologi, membuat kebijakan, dan
untuk pengembangan inovasi bioteknologi. Pusat Studi Biofarmaka (PSB) Lembaga Penelitian dan Pengabdian
kepada Masyarakat, Institut Pertanian Bogor memiliki mandat untuk melakukan penelitian dari hulu sampai hilir
dalam bidang biofarmaka. Penelitian ini membangun database biodiversitas mangrove Indonesia untuk Biodiversity
Informatics Biofarmaka Institut Pertanian Bogor. Biodiversity informatics (BI) adalah pengembangan teknologi
berbasis komputer untuk pengelolaan informasi biodiversitas dalam rangka meningkatkan pengelolaan
pengetahuan (knowledge management), eksplorasi, analisis, sintesis, dan interpretasi data biodiversitas mulai dari
level genomik, level species sampai dengan level ekosistem. Dari hasil penelitian ini diharapkan data, informasi,
dan pengetahuan kekayaan alam hayati tumbuhan mangrove dapat dikelola dengan baik sehingga kelestarian
sumber daya alam hayati dapat terjaga dengan baik dan dapat dimanfaatkan khususnya untuk bidang kajian
biofarmaka.
ABSTRACT
Mangroves are a source of traditional medicine that can be used as a source of bioactive compounds. With the
conversion of mangrove ecosystem into another designation led to the extinction of mangrove ecosystems.
Therefore we need a good management of natural resources. In natural resource management, biodiversity
information is needed to sustain the species utilization, exploration potential of the species and their biological and
ecological monitoring, policy making, and for the development of biotechnology innovation. Research center of IPB
Biopharmaca (Institute for Research and Community Services of Bogor Agricultural University) has the mandate to
conduct research from upstream to downstream in the medicinal field. This study develops Indonesian mangrove
biodiversity database for Biodiversity Informatics. Biodiversity informatics (BI) is the development of computer-
based technologies for the management of biodiversity information. BI can be used to improve the knowledge
management (knowledge management), exploration, analysis, synthesis, and interpretation of data ranging from
the level of genomic biodiversity, species level to the ecosystem level. From the results of this study are expected
data, information and knowledge of natural wealth mangroves can be managed properly so that the preservation of
natural resources can be properly maintained and can be used in particular to the field of medicinal studies.
Kekayaan biodiversitas Indonesia bukan hanya mengelola data, informasi dan pengetahuan keaneka-
pada keanekaragaman hayati saja, tetapi juga kaya ragaman hayati dengan baik dan efisien sehingga
akan keragaman pengetahuan tradisional (indigenous dapat digunakan untuk eksplorasi, analisis, sintesis,
knowledge) seperti pangan fungsional dan ramuan dan interpretasi potensi kekayaan keanekaragaman
tradisional lainnya. Namun sangat disayangkan masih hayati. Biodiversity informatics (BI) adalah pengemba-
banyak pengetahuan tradisional ini yang tidak ngan teknologi berbasis komputer untuk pengelolaan
tercatat, tetapi hanya diturunkan dari satu generasi ke informasi biodiversitas dalam rangka meningkatkan
generasi berikutnya. Akibatnya pengetahuan ini kian pengelolaan pengetahuan (knowledge management),
hari kian luntur, karena tidak banyak kajian ilmiah eksplorasi, analisis, sintesis, dan interpretasi data
yang membuktikan keampuhannya. Menurut Lakitan biodiversitas mulai dari level genomik, level species
(2012), ada beberapa permasalahan dalam penge- sampai dengan level ekosistem (Gaikwad 2011).
lolaan biodiversitas laut dan pesisir di Indonesia, Penelitian ini membangun database biodiversitas
yaitu; 1) jumlah penelitian biodiversitas laut dan mangrove Indonesia untuk Biodiversity Informatic
pesisir lebih sedikit dibandingkan dengan jumlah Biofarmaka IPB. Hal ini sejalan dengan telah
penelitian biodiversitas di daratan; 2) kekayaan alam ditetapkannya PSB sebagai Pusat Riset yang dibina
biodiversitas juga belum diinventarisasi secara baik; oleh Ristek untuk menjadi Pusat Unggulan Iptek
3) banyak potensi sumber daya kelautan yang belum dalam bidang Obat Herbal dengan koridor MP3EI di
mampu kita pahami nilai kemanfaatan ekonomi dan Pulau Jawa yang berorientasi untuk meningkatkan
ekologinya; dan 4) sebagian potensi sumber daya pelayanan industri dan jasa dalam bidang biofarmaka.
kelautan tersebut belum kita ketahui eksistensi Dalam kerangka tersebut, PSB memiliki kerjasama
keberadaannya di wilayah laut Nusantara. dengan Universitas yang berada di Palu, yaitu
Pusat Studi Biofarmaka (PSB) Lembaga Penelitian Universitas Tadulako dan Politeknik Palu mulai tahun
dan Pengabdian kepada Masyarakat Institut Pertanian 2012, yang akan dikembangkan untuk melakukan
Bogor memiliki mandat untuk melakukan penelitian pencarian sumber bahan baku baru di Sulawesi.
dari hulu sampai hilir dalam bidang biofarmaka. Diharapkan konservasi biodiversitas di Sulawesi
Secara terinci agenda riset PSB Indonesia telah dapat memberikan sumber bahan baku baru. Selain
disusun mengikuti Rencana Induk Penelitan Institut itu akan dilakukan studi etnobiologi dan pengetahuan
Pertanian Bogor, yang terdiri dari: eksplorasi, lokal (local knowledge) masyarakat di Palu diharap-
konservasi, domestikasi sumber daya hayati, pemulia- kan akan memberikan tambahan data dalam data-
an varietas, pengembangan Good Agricultural and base etnobiologi dan etnofarmakologi terutama
Collection Practices (GACP) bahan baku, pengemba- sumber daya hayati untuk penyakit non infeksius bagi
ngan standar bahan baku, dan produk biofarmaka, manusia. Dari hasil kegiatan ini diharapkan data,
pengembangan produk biofarmaka unggulan untuk informasi dan pengetahuan kekayaan alam hayati
kesehatan manusia dan hewan, identifikasi senyawa tumbuhan mangrove di Palu dapat dikelola dengan
aktif dan mekanisme kerja formula dan senyawa novel baik sehingga kelestarian sumber daya alam hayati
serta sintesisnya, kajian sosio ekonomi pengemba- dapat terjaga dengan baik dan dapat dimanfaatkan
ngan biofarmaka Indonesia, serta diseminasi produk khususnya untuk bidang kajian biofarmaka.
penelitian. Perbaikan kualitas hidup hewan melalui
pencegahan, pengendalian dan pengobatan penyakit
infeksi, non infeksi dan zoonosi, serta peningkatan METODE PENELITIAN
reproduksi. Selain itu, dilakukan pula riset-riset yang
berhubungan dengan kecantikan, kebugaran, dan Metode penelitian terdiri dari beberapa tahap,
aromaterapi. yaitu; 1) Melakukan eksplorasi melalui studi insitu
Penelitian yang sudah dilakukan oleh PSB sangat (observasi langsung) untuk melakukan pengumpulan
banyak. Namun sebagian besar hasil penelitian masih data tumbuhan mangrove. Data yang akan
disimpan dalam bentuk makalah/paper/buku. Dengan dikumpulkan antara lain data digital tumbuhan
besarnya jumlah persentase dokumen dalam bentuk mangrove (daun, batang, dan akar), informasi
bukan digital menyebabkan data dan informasi pemanfaatan tumbuhan mangrove oleh masyarakat,
mengenai keanekaragaman hayati sulit diakses. dan penyebaran tumbuhan mangrove; 2) Merancang
Kondisi ini akan menyebabkan informasi dan dan membangun database tumbuhan mangrove.
pengetahuan tidak dapat disebarluaskan dengan baik Model database yang digunakan adalah model
akibatnya juga akan mengancam keberlangsungan database relasional (Relational Database Mana-
sumber daya alam hayati. gement System) dan model web semantik RDF. Web
Dalam pengelolaan sumber daya alam, informasi Semantik (semantic web) adalah sebuah web dari
biodiversitas sangat diperlukan untuk menjaga data, seperti layaknya sebuah database global.
keberlangsungan pemanfaatan species, eksplorasi Pendekatan web semantik mengembangkan bahasa
potensi hayati dan monitoring spesies beserta ekologi, untuk mengekspresikan informasi dalam bentuk yang
membuat kebijakan, dan untuk pengembangan dapat diproses oleh mesin (machine processable).
inovasi bioteknologi. Mengingat begitu pentingnya Web Semantik menggunakan XML, XMLS (XML
peran informasi bodiversitas, maka perlu dikembang- Schema), RDF, RDFS (Resources Description
kan sebuah teknologi berbasis komputer yang dapat Framework Schema), dan OWL (Antoniou &
ISSN 0853 – 4217 JIPI, Vol. 19 (3): 197 203 199
Harmelen 2004). Web Semantik dapat mengolah ramuan sesudah melahirkan. Acrostichum speciosum
bahasa dan mengenali homonim, sinonim, atau atribut digunakan masyarakat sebagai ramuan setelah
yang berbeda pada suatu database. Ide dasarnya melahirkan. Lepturus repens masyarakat mengguna-
adalah untuk membawa web memiliki definisi dan link kan sebagai obat demam dan panas dalam.
data sehingga dapat digunakan lebih efektif untuk Melastoma candidum digunakan masyarakat sebagai
mencari, otomasi, integrasi, dan re-use informasi obat mencret dan obat sariawan. Nypa fructicans
pada berbagai aplikasi (W3C). Resource Description digunakan sebagai obat maag. Araceae sebagai obat
Framewrok (RDF) adalah layer untuk mere- gatal-gatal maupun obat setelah melahirkan (Riswan
presentasikan semantik dari isi halaman web. RDF & Andayaningsih 2008).
merupakan sebuah model sederhana untuk men- Penelitian ini melakukan eksplorasi potensi
deskripsikan hubungan antara sumber-sumber daya mangrove untuk Biofarmaka di kawasan pesisir
yang merupakan properties dan value (Antoniou & Gugus Pulau Togean Taman Nasional Kepulauan
Harmelen 2004). Model RDF adalah suatu triple yang Togen (TNKT), Kabupaten Tojo Una-Una, Provinsi
terdiri dari subject, object, dan predicate; 3) Sulawesi Tengah. Pengamatan dilakukan di dua
Merancang dan membangun sistem Biodiversity lokasi, yaitu Desa Bangkagi dan Desa Lembanato.
Informatics biofarmaka IPB, yang terdiri dari Species mangrove yang terdapat di wilayah tersebut
perancangan antar muka sistem (input, proses, dan diantaranya Xylocarpus granatum, Rhizophora sp.,
output), jaringan komputer dan sistem keamanan dan Bruguiera sp. Hasil pengamatan di lapang
data. Sistem Biodiversity Informatics bioinformaka IPB memperlihatkan bahwa jenis tanaman mangrove yang
dibangun dalam bentuk aplikasi berbasis website. mendominasi wilayah kajian adalah Xylocarpus sp.
Tujuannya adalah agar database biodiversitas dapat Mangrove tersebut digunakan oleh masyarakat pesisir
diakses darimana saja dan dapat diintegrasikan sebagai obat dan tumbuhan pangan. Bagian
dengan standard database biodiversitas internasional. tumbuhan yang digunakan, yaitu biji, akar, kulit
Aplikasi akan dilengkapi dengan fasiltas antar muka batang, pucuk daun, dan propagul. Jumlah citra digital
input data, pencarian data, dan analisis data. Untuk yang dikumpulkan sebanyak 241 citra dan jumlah
sistem keamanan data, aplikasi akan dilengkapi dokumen digital sebanyak 33 dokumen.
dengan hak akses pengguna.
Perancangan Database dan Model Web Semantik
RDF
HASIL DAN PEMBAHASAN Pada saat ini telah dilakukan perancangan sistem
database dengan menggunakan model database
Potensi Mangrove untuk Biofarmaka di Kepulauan relational dan model semantic web RDF untuk
Togean merepresentasikan data (Gambar 1 & 2).
Beberapa ahli mendefinisikan istilah “mangrove” Adapun atribut yang digunakan pada database,
secara berbeda-beda, namun pada dasarnya merujuk yaitu: ID_Tumb, CommonName, Species, LocalName,
pada hal yang sama. Tomlinson (1986) dan Wightman Desc, DistrIndo, Budi daya, Sifat_Orga, Ramuan,
(1989) mendefinisikan mangrove baik sebagai Habitus, Bagian yang digunakan, Manfaat,
tumbuhan yang terdapat di daerah pasang surut KandunganKim, Lokasi, Latitud, Longitude, dan Foto.
maupun sebagai komunitas. Mangrove juga didefinisi-
kan sebagai formasi tumbuhan di daerah litoral yang Pembangunan Sistem Biodiversity Informatics
khas di pantai daerah tropis dan subtropis yang Biofarmaka IPB
terlindung (Saenger et al. 1983). Sementara itu, Biodiversity Informatics (BI) merupakan bagian
Soerianegara (1987) mendefinisikan hutan mangrove dari kajian/study biological diversity. Dalam biological
sebagai hutan yang terutama tumbuh pada tanah diversity, terdapat tiga tingkat diversity, yaitu genetic
alluvial di daerah pantai dan muara sungai yang diversity, species diversity, dan ecosystem diversity
dipengaruhi oleh pasang surut air laut dan terdiri atas (Gaikwad 2011) (Gambar 3). Studi bioinformatika
jenis-jenis pohon Avicennia, Sonneratia, Rhizophora, (Bioinformatics) hanya mengkaji level genetic diversity
Bruguiera, Ceriops, Lumnitzera, Excoecaria, dan species diversity sedangkan studi biodiversity
Xylocarpus, Aegiceras, Scyphyphora, dan Nypa. informatics mengkaji semua level mulai dari level
Beberapa jenis tumbuhan dapat digunakan genetika sampai ekosistem.
sebagai bahan berkhasiat medis dan mengandung BI dapat digunakan untuk berbagai kepentingan
bahan kimia seperti Achantus ilicifolius kegunaanya seperti memprediksi jumlah penyebaran spesies baik
sebagai obat setelah melahirkan dengan menyiram- yang sudah diketahui ataupun yang belum
kan airnya ke seluruh tubuh. Hibiscus tiliaceus yang (Raxworthy et al. 2003), memprediksi distribusi
digunakan sebagai obat setelah melahirkan, obat geografis dan ekologi penyebaran penyakit (Beard et
panas, dan obat demam. Cerbera manghas keguna- al. 2002; Costa et al. 2003; Peterson & Shaw 2003),
annya sebagai obat kudis, gatal-gatal, reumatik, pilek, memprediksi serangan species (Peterson & Veiglais
yang mana minyak Flagellaria indica yang digunakan 2001; Peterson 2003) dan melakukan assesment
sebagai obat haid dan demam. Lepturus repens pengaruh perubahan iklim pada biodiversity (Pearson
(cikumpai) digunakan sebagai obat demam dan panas et al. 2002; Siqueira & Peterson 2003; Thomas et al.
dalam. Asplenium nidus sebagai obat biring dan 2004). BI juga dapat digunakan untuk menampilkan
200 ISSN 0853 – 4217 JIPI, Vol. 19 (3): 197 203
oleh berbagai project biodiversity dan komunitas BI. sudah menggunakan konsep ontologi sehingga dapat
Untuk melengkapi data taksonomi dan data dikembangkan lebih lanjut dengan menggunakan
nomenkaltur, terdapat database flora dan fauna yang teknologi semantik web.
dapat diakses melalui internet, yaitu Integrated Struktur aplikasi terdiri dari beberapa halaman,
Taxonomic Information System (ITIS) dan UNESCO- yaitu:
IOC Register for Marine Organism (URMO). Halaman Home
Ketersediaan informasi biodiversitas dari berbagai Halaman Aktivitas
bidang ilmu untuk keperluan sintesis, analisis, dan Halaman Organisme (Halaman Detail Organisme,
visualisasi informasi biodiversitas untuk berbagai Halaman Pencarian organisme)
keperluan dan berbagai pengguna, inilah yang Halaman Misi eksplorasi
dinamakan dengan pengembangan Biodiversity Infor- Login pengguna (Pendaftaran pengguna baru,
matics. Pengelolaan biodiversity dengan meng- Halaman pengguna, Edit pengguna, Halaman isian
gunakan Biodiversity Informatics menjadi lebih efisien. data oleh pengguna, dan Upload data oleh
Aplikasi Biodiversity Informatics Biofarmaka sudah pengguna)
terintegrasi dengan sistem IPBiotics. IPBiotics adalah Halaman administrator (Home, Manajemen User,
sebuah sistem Biodiversity Informatics yang Misi Eksplorasi, Tambah Misi Eksplorasi, Detail
mengelola data, informasi, dan pengetahuan biodiver- Eksplorasi, Tambah Species, dan Edit Species)
sitas Indonesia secara partisipatif dan terintegrasi. Tampilan antar muka sistem biodiversity
Sistem ini dapat digunakan oleh mahasiswa, peneliti informatics Biofarmaka IPB (Gambar 4).
dan masyarakat umum. Keunggulan sistem ini, yaitu
Tanggultlare, Kabupaten Jepara. [Tesis]. Soetarno S. 2000. Potensi dan Manfaat Tumbuhan
Semarang (ID): Universitas Diponegoro. Mangrove sebagai Sumber Bahan Bioaktif. Acta
Pharmaceutica Indonesia. 12 (4): 84 103.
Pearson RG, Dawson TP, Berry PM, Harrison PA.
2002. SPECIES: A spatial evaluation of climate Soerianegara I. 1987. Masalah Penentuan Batas
impact on the envelope of species. Ecological Lebar Jalur Hijau Hutan Mangrove. Prosiding
Modelling. 154(3): 289 300. Seminar III Ekosistem Mangrove. Jakarta (ID).
Peterson AT, Vieglais DA. 2001. Predicting species Raxworthy CJ, Martínez-Meyer E, Horning N,
invasions using ecological niche modeling: new Nussbaum RA, Schneider GE, Ortega-Huerta MA,
approaches from bioinformatics attack a pressing Peterson AT. 2003. Predicting distributions of
problem. BioScience. 51(5): 363 371. known and unknown reptile species in
Madagascar. Nature. 426: 837 841.
Peterson AT, Shaw JJ. 2003. Lutzomyia vectors for
cutaneous leishmaniasis in southern Brazil: Siqueira MF, Peterson AT. 2003. Consequences of
Ecological niche models, predicted geographic global climate change for geographic distributions
distributions, and climate change effects. of cerrado tree species. Biota Neotropica. 3(2):
International Journal of Parasitology. 33(9): 2 14. http://www.biotaneotropica.org.br/.
919 931.
Thomas CD, Cameron A, Green RE, Bakkenes M,
Peterson AT. 2003. Predicting the geography of Beaumont LJ, Collingham YC, Erasmus BFN, de
species‟ invasions via ecological niche modeling. Siqueira MF, Grainger A, Hannah L, Hughes L,
The Quarterly Review of Biology. 78(4): 419 433. Huntley B, van Jaarsveld AS, Midgley GF, Miles L,
Ortega-Huerta MA, Peterson AT, Phillips OL,
Riswan S, Andayaningsih D. 2008. Keanekaragaman Williams SE. 2004. Extinction risk from climate
Farmasi Indonesia. Jurnal Farmasi Indonesia. 4(2):
change. Nature. 427: 145 148.
96 103.
Tomlinson PB. 1986. The Botany of Mangroves.
Saenger P, Hegerl EJ, Davie JDS. 1983. Global Cambridge University Press, Cambridge (UK).
Status of Mangrove Ecosystems. IUCN
Commission on Ecology Papers No. 3, Gland (SZ). Wightman GM. 1989. Mangroves of the Northern
Territory. Northern Territory Botanical Bulletin No.
7. Conservation Commission of the Northern
Territory, Palmerston, NT (AU).