Pemeriksaan Mikrobiologi

Pengambilan, pengelolaan dan

pengolahan spesimen

• Spesimen :
bahan pemeriksaan klinik yang diambil dari
seorang penderita penyakit infeksi untuk diperiksa di
lab mikrobiologi

Spesimen / bahan pemeriksaan  ujung tombak

keberhasilan pemeriksaan mikrobiologi :
- pemilihan obat yang tepat
- kesembuhan yang cepat (menekan biaya
berobat)
 Klinisi

Paramedis Laboratorium

Klinisi  - informasi data pasien

- diagnose sementara
- ragam & cara pengambilan spesimen
- ragam pemeriksaan
Paramedis 
- pengelolaan spesimen pra laboratorium
- transportasi spesimen ke laboratorium

Laboratorium 
- isolasi & identifikasi serta pola kepekaan
etiologik penyakit yang cepat dan akurat
Beberapa hal yang harus diperhatikan dalam
pengambilan spesimen adalah :

1. Steril
2. Tidak diberi bahan kimia
3. Wadah diberi label
4. Dilampirkan surat pengantar dari klinisi
5. Spesimen dikirim secepatnya
Pengambilan & pengelolaan spesimen
pemeriksaan mikrobiologik :

1. Ragam bahan
2. Pemilihan bahan
3. Cara pengambilan bahan
4. Pengelolaan pra laboratorium
5. Pendataan (umur, jenis kelamin, profesi,
tempat tinggal, gejala sakit)
6. Pengiriman ke laboratorium
1. Ragam Bahan

- Darah (serologi & kultur)

- Pus
- Urin
- Tinja
- Sputum
- Biopsi
- Cairan otak (cerebrospinal fluid/CSF)
- Serum
- Lingkungan
2. Pemilihan bahan pemeriksaan/spesimen
Disesuaikan dengan penyakit :

a. Darah  sepsis
b. Pus  luka terbuka atau tertutup
c. Urin (midstream, suprapubic)  infeksi
saluran kemih
d. Tinja  infeksi saluran pencernaan
e. Sputum  infeksi saluran pernafasan
f. Jaringan tubuh  Clostridium dll
 g. Biopsi  paru, lambung dll
h. CSF  infeksi sistem saraf pusat
i. Lingkungan  nosokomial, sterilitas
makanan, minuman dan ruangan
j. Serum  pemeriksaan serologi &
virologi
3. Cara pengambilan bahan
Pengambilan bahan harus dilakukan secara
aseptik atau menggunakan peralatan yang steril

a. Darah  duplo dari tempat yang berbeda

b. Pus  usapan dengan swab (infeksi
terbuka), aspirasi (infeksi tertutup)
c. Urin  urin tengah (midstream), urin
cateter dan urin suprapubic
d. Tinja  usapan dubur, tinja biasa
e. CSF  aspirasi
f. Jaringan (Biopsi)
g. Lingkungan 
Infeksi nosokomial : acak
Food poisoning : tinja / muntahan/
sisa makanan / bahan baku
(mentah), juru masak /
lingkungan tempat kerja
Pengambilan sampel
Spesimen Persiapan pasien

Kultur darah Disinfeksi kulit dgn alkohol & iodine

Cairan tubuh (abdomen, amnion, ascites, empedu, Disinfeksi kulit sebelum aspirasi
sendi, pericardial, pleural)
Cairan cerebrospinal Disinfeksi kulit sebelum aspirasi

Telinga Bersihkan telinga, cairan diaspirasi (telinga bag dalam) atau gunakan swab
(telinga bag luar)
Mata konjungtiva Kedua mata disampling, gunakan swab berbeda yang dibasahi larutan
NaCl steril
Feces Tampung dalam kontainer feses, hindari kontaminasi dgn urin

Genitalia  cervix / vagina - Bersihkan mucus, gunakan spekulum tanpa pelumas, usap bagian
mukosa vagina atau endoservik dgn swab
urethra - Swab kapas dimasukkan 2-4 cm ke dalam urethra atau swab urethra
discharge
Lesi/luka/abses Bersihkan area dengan lar NaCl steril atau alkohol, gunakan swab untuk
luka terbuka atau aspirasi untuk luka tertutup
Sputum Berkumur dgn air, pasien batuk langsung ke kontainer

Nasal, nasopharing, tenggorokan Gunakan swab kapas yang sudah dibasahi larutan NaCl

Jaringan Disinfeksi kulit, dilembabkan dgn lar NaCl steril

Urin - Bersihkan genital ekstena, tampung urin tengah (midstream)

- Bersihkan area urethra, masukkan kateter, tampung urin (kateter)
- Bersihkan kulit, aspirasi urin di kandung kemih (suprapubic)
4. Pengelolaan bahan pra laboratorium

- Wadah steril, tertutup dan tidak terbuat

dari logam
- Media transport sesuai dengan kuman
yang akan dicari :
Charcoal  gonokokus
Carry Blair  umum
- tidak kena sinar matahari langsung
- disimpan pada suhu dingin 4o C (kuman
aerob)
5. Pendataan

- Nama, jenis kelamin, umur, alamat,

profesi
- Diagnose sementara
- Permohonan ragam pemeriksaan
- Tanggal/ jam pengambilan bahan
- Jenis bahan pemeriksaan/spesimen
Contoh surat pengantar pemeriksaan lab
6. Pengiriman / transportasi spesimen

- Sesegera mungkin dengan/tanpa

transport medium, tertutup, tidak terkena
sinar matahari langsung
- Suhu pengiriman :
> kuman aerob (4o C)
> kuman anaerob suhu kamar
dengan sungkup anaerob
> virus & sisa makanan (suhu -20o C)
Tujuan pemeriksaan mikrobiologik :

1. membantu menegakkan diagnose

dengan mendapatkan mikroorganisme
penyebab penyakit infeksi  Identifikasi
spesies
2. uji kepekaan mikroorganisme yang
berhasil diidentifikasi agar dapat
diketahui cara pengobatan yang paling
baik dan sesuai  Terapi
Tahap / langkah-langkah identifikasi spesies
kuman / mikroorganisme :

1. Pemeriksaan mikroskopik
2. Penanaman / isolasi pada media yang
sesuai
3. Pemeriksaan / uji biokimia
4. Uji kepekaan mikroorganisme terhadap
antimikroba
5. Percobaan hewan / binatang
6. Uji serologi
7. Rapid test
 Spesimen

Uji serologi Pemeriksaan mikroskopis Uji molekuler

(pewarnaan) (molecular assay)

Isolasi dan kultur

Uji biokimia

Sensitivitas terhadap antibiotika

Hasil identifikasi Uji virulensi pada

hewan
1. Pemeriksaan Mikroskopik

- pemeriksaan langsung mikroskopik dilakukan

dengan membuat sediaan & diwarnai
- pewarnaan Gram
- Tujuan :
a. melihat morfologi kuman
b. mengetahui sifat kuman terhadap zat warna
c. menentukan langkah selanjutnya, misalkan
untuk memilih media yang akan digunakan
- dapat menduga kuman tersangka 40 – 70%,
terutama kuman dgn bentuk khas spt
Clostridium
tetani
2. Penanaman / Isolasi pada media yang sesuai

- Tujuannya  melihat sifat koloni kuman

tersangka karena beberapa kuman membentuk
koloni khas spt koloni menjalar untuk Proteus
- Sebelum ditanam, perlu pengolahan spesimen
terlebih dahulu :
a. Sentrifugasi
b. Pengenceran (Dilution)
c. Pemanasan
d. Penambahan bahan kimia  M. tuberculosis
e. Penggerusan
 - Media-media yang akan digunakan (sifat &
kegunaannya) :
a. perbenihan diperkaya
b. perbenihan diferensial selektif
c. perbenihan stok
- Penanaman kuman dilakukan dengan metoda
streak
plate (penipisan goresan)  media padat
- Pengeraman pada inkubator.
* aerob  37o C 18 – 24 jam
* anaerob  dalam anaerob jar 37o C , > 48 jam
* mikroaerofilik  sungkup 37o C , 18 – 24 jam
 - identifikasi koloni
dengan melihat pertumbuhan dan sifat koloni
maka penentuan kuman tersangka semakin jelas,
bahkan kadang dapat ditentukan jenisnya, misal
kuman Streptococcus nonhemolyticus dapat
ditentukan berdasarkan pemeriksaan
mikroskopik dan melihat koloni yang tumbuh di ADP
3. Pemeriksaan / Uji biokimia

- dilakukan untuk lebih meyakinkan penentuan jenis /

spesies kuman
- didasarkan atas fakta bahwa kuman mempunyai
sifat berbeda dalam proses metabolismenya
- uji biokimia harus menggunakan biakan murni 
pemeriksaan mikroskopik
- uji biokimia secara cepat dapat dilakukan dengan
KIT, misal KIT ENTEROTUBE  kuman aerob,
API-20 & RAPIDIANA  kuman anaerob
 Uji biokimia

Enterotube API-20
4. Uji kepekaan kuman tehadap antibiotika

- tes kepekaan dilakukan jika kuman telah

teridentifikasi
- untuk mengetahui pola kepekaan kuman 
pemberian obat yang sesuai
- dapat dilakukan dengan dua metode :
* metode cakram difusi agar (disc method)
* pengenceran tabung (tube dilution)
Tube dilution test Agar diffusion method
5. Percobaan hewan / binatang

untuk mengetahui virulensi kuman, produksi

toksin kuman dan juga membiak kuman yang
tidak dapat dibiak pada media buatan/artifisial
6. Uji serologi

- berdasarkan reaksi antigen-antibodi spesifik, bila

salah satunya telah diketahui

- terutama dilakukan apabila diperlukan diagnosa

cepat dan juga bila hanya memperoleh antibodi
dalam tubuh penderita karena kuman sulit diisolasi

Contoh : aglutinasi Widal, aglutinasi latex, Enzyme

immunoassay (EIA), immunochromatography
Immunochromatography Latex agglutination

Enzyme immunoassay
6. Uji molekuler (molecular test)

- berdasarkan analisis susunan asam nukleat yang

dimiliki oleh mikroorganisme
- terutama efektif untuk
mendeteksi/mengidentifikasi
kuman yang sulit untuk dikultur atau lama
pertumbuhannya.
- aplikasi  deteksi kuman langsung dari spesimen,
identifikasi kuman, karakterisasi kuman pasca
identifikasi

Contoh : hibridisasi (hibridisasi DNA-DNA, FISH)

PCR, RT-PCR, elektroforesis (GE, DGGE, PFGE),
sekuensing
Fluorescence in situ hybridization (FISH) PCR

Gel elektroforesis