KATA PENGANTAR

Puji dan syukur kita panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa. Karena atas
izin-Nya tepat pada waktunya.Dalam makalah ini akan dibahas tentang
metabolisme asam nukleat.
Penulis menyadari bahwa makalah ini masih terdapat banyak kekurangan.
Akhirnya, kritik, saran, dan masukan yang membangun sangat penulis butuhkan
untuk dijadikan pedoman dalam penulisan ke arah yang lebih baik lagi.Serta rasa
Terimakasih penulis ucapkan kepada berbagai pihak yang telah membantu
melengkapi isi dari makalah ini. Semoga makalah ini dapat berguna dan
bermanfaat bagi kita semua. Amiin.

Medan, Maret 2019

1
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ................................................................................................. 1

DAFTAR ISI................................................................................................................ 2

BAB I PENDAHULUAN .................................................................................................... 4

1.1.Pendahuluan ..................................................................................................................... 4
1.2.Rumusan masalah ............................................................................................................ 5

BAB II ISI .................................................................................................................... 6

2.1. Pengertian Asam Nukleat................................................................................... 6
2.2. Komponen Asam Nukleat .................................................................................. 6
2.3 Sifat fisika dan kimia Asam Nukleat ................................................................. 7
2.4 Proses Metabolisme Asam Nukleat ................................................................... 9
2.4.1. Degradasi Nukleotida .............................................................................................. 9
A. . Proses ........................................................................................................................ 9
B. Uraian enzim yang berperan ................................................................................... 9
a. Endonuklease ..................................................................................................... 9
b. Fosfodieterase ................................................................................................... 10
c. Nukleotidase ...................................................................................................... 12
d. Nukleotida Fosforilase ..................................................................................... 12
2.4.2 Biosintesis Nukleotida (De Novo Synthesis) .....................................................13
A. Proses ........................................................................................................................ 13
B. Uraian enzim yang berperan .................................................................................. 13
a. Ribosa 5 Fosfat ................................................................................................. 13
b. Aminotransferase .............................................................................................. 14
2.4.3 Biosintesis Nukleotida (Salvage Pathways) ......................................................15
A. Proses ......................................................................................................................... 15
B. Uraian enzim yang berperan ................................................................................... 16
a. Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase ..................................... 16
2.4.4 Sintesis Pirimidin (De novo synthesis) ..............................................................16
A. Proses ........................................................................................................................ 16
B. Uraian enzim yang berperan .................................................................................. 16

2
 a. Carbamoyl Phosphate Synthetase .................................................................... 16
b. Aspartame Transcarbomoylase. ...................................................................... 18
c. Dihydroorotase .................................................................................................. 19
d. Dihydroorotate dehydrogenase ....................................................................... 19
e. Orotate phosphoribosyl transferase ................................................................ 20
f. Orotidine 5'-phosphate decarboxylase ........................................................... 21
2.4.5 Sintesis Citosis Trifosfat ....................................................................................22
A. Proses ........................................................................................................................ 22
B. Uraian enzim yang berperan .................................................................................. 22
a. Citosis trifosfat sintase ..................................................................................... 22
2.4.6 Sintesis Pirimidin (Salvage Pathways) ..............................................................23
A. Proses ........................................................................................................................ 23
B. Uraian enzim yang berperan .................................................................................. 23
a. Uridin cytidine kinase ...................................................................................... 23
b. Thymidine kinase ............................................................................................... 23
c. Deoxycytidine kinase ....................................................................................... 24
2.4.7 Katabolisme Nukleotida Purin dan Pirimidin ................................................24
A. Proses ........................................................................................................................ 24
B. Uraian enzim yang berperan .................................................................................. 26
a. Xanthin oxidase ................................................................................................. 26

BAB III KESIMPULAN.............................................................................................27

DAFTAR PUSTAKA ..................................................................................................28

3
 BAB I
PENDAHULUAN

Asam nukleat merupakan pengemban kode genetik dalam sistem kehidupan. Karena
informasi yang terkandung dalam asam-asam nukleat itu, suatu organisme mampu
membiosintesis tipe protein yang berlainan (rambut, kulit, otot, enzim dan sebagainya) dan
memproduksi lebih banyak organisme dari jenisnya sendiri. Asam nukleat merupakan suatu
polimer yang terdiri dari banyak molekul nukleotida. Ada dua macam asam nukleat, yaitu
DNA dan RNA. DNA terutama dijumpai dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban
kode genetik dan dapat mereproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-
sel baru untuk reproduksi organisme itu, dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel
mengarahkan sintesis molekul RNA. Satu tipe RNA yakni RNA pesuruh (mRNA)
meninggalkan inti sel dan mengarahkan biosintesis dari berbagai tipe protein dalam
organisme itu sesuai dengan kode DNAnya.
Asam-asam Anukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat di lakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu
menggunakan larutan garam 1M. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan menjadi
protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-
hati, atau dengan menambah NaCl hingga larutan menjadi jenuh. Setelah terpisah dari protein
yang mengikatnya, asam nukleat dapat diendapkan dengan penambahan alkohol perlahan-
lahan. Disamping itu penambahan NaCl hingga jenuh akan mengendapkan protein.
Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh
Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya, “Ars de statica medecina” yang membuatnya
terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya , yang
melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah
timbangan besar sebelum dan sesudah makan, tidur , bekerja, berpuasa makan atau minum,
dan buang air besar . Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya
hilang dari tubuh melalui “perspiratioinsensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai
keringatan yang tidak tampak). Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi
kimia organik yaitu:
 Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa moleku organik
untuk mendapatkan energi.

4
  Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul
tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organismeuntuk dapat
bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatusenyawa yang disebut
sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Ada dua jenis asam nukleat yaitu
DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid )
atau asam ribonukleat.DNA ditemukan padatahun 1869 oleh seorang dokter muda Friedrich
Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian
kimia pada sel-sel. Sel yang dipilih oleh Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk
dipelajarinya dan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari dari ruang bedah. Sel-sel tersebut dilarutkan nya dalam asam encer dan
dengan cara ini diperolehnya intisel yang masih terikat pada sejumlah protein. Kemudian
dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan
cara dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel ini ia memperoleh suatu zat yang larut dalam
basa tetapi tidak larut dalam asam. Pada waktu itu ia belum menentukan rumus kimia untuk
untuk zat tersebut,sehingga ia menamakannya nuclein. Sebenarnya apa yang ia peroleh dari
ekstrak inti sel tersebut adalah campuran senyawa-senyawa yang mengandung 30% DNA.
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat penting dalam
biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat pada
protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.

1.2 Rumusan masalah

Mengetahui tentang proses dan enzim yang berperan dalam metabolisme asam
nukleat.

5
 BAB II
ISI

2.1 Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul
nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam
nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam
ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua
macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya.Pada RNA gula
pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada
DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan
pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya
mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A)
dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA.Kalau
pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan
sebagai gantinya terdapat urasil (U).Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus
metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

2.2 Komponen Asam Nukleat

 Gugus fosfat
 Gula pentosa
 Basa N
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah
yang memungkinkan terjadinya variasi.Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N
pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan
lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara
skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan
urutan basanya saja.

6
 Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa
nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan
sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai
nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah
nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin
trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat
berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat
macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin
monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti haln7ya pada
DNA, maka (2’-deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein
dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran
ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang
dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein.Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih
lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori
'dunia RNA', yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan
genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA.2.3 Mekanisme kerja
Metabolisme Asam Nukleat
2.3 Sifat fisika dan kimia Asam Nukleat
 Stabilitas asam nukleat.
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur
sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat
adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya
tidaklah demikian.Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan
sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA
berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh
terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas
perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi
penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.Permukaan basa

7
 yang bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-
sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
 Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.
 Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status
tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan
struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan
DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
 Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada
pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid
(COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat
merusak ikatan hidrogen.Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi
berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
 Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa
sentimeter.Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu,
DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai
viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan
terhadap fragmentasi fisik.Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita
hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

8
  Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant densitynya). Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat
molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan
yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini
disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat
akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga,
sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai dengan
kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat
kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar
tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA
maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan
analisis DNA karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi
kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).

2.4 Proses Metabolisme Asam Nukleat

2.4.1 Degradasi Nukleotida
A. Proses
Asam nukleat dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh
endonuklease (pankreas) oligonukleotida , dipecah lebih lanjut dengan fosfodiesterase (enzim
exonuclease non spesifik) mononukleotida, dipecah lebih lanjut fosfomonoesterase dikenal
sebagai nukleotidase menghasilkan nukleosida dan fosfat dengan nukleosida fosforilase
menghasilkan basa dan ribose-1-fosfat
B. Uraian enzim yang berperan
a. Endonuklease
Endonuklease adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester dalam rantai
polinukleotida. Beberapa, seperti deoksiribonuklease saya, memotong DNA relatif
nonspesifik (tanpa memperhatikan urutan), sementara banyak, biasanya disebut endonuklease
restriksi atau enzim restriksi, membelah hanya pada urutan nukleotida yang sangat spesifik.
Enzim restriksi endonuklease adalah dari Eubacteria dan archaea yang mengakui urutan DNA
tertentu. Urutan nukleotida diakui untuk pembelahan oleh enzim restriksi disebut situs
pembatasan. Biasanya, situs pembatasan akan urutan palindromic sekitar 4-6 nukleotida
panjang. Kebanyakan endonuklease restriksi membelah untai DNA tidak merata,
9
meninggalkan melengkapi untai tunggal berakhir. Tujuan ini dapat berhubungan kembali
melalui hibridisasi dan disebut "ujung lengket". Setelah dipasangkan, obligasi fosfodiester
fragmen dapat bergabung dengan DNA ligase. Ada ratusan endonuklease restriksi dikenal,
masing-masing menyerang situs pembatasan yang berbeda. Fragmen DNA dibelah oleh
endonuklease yang sama dapat bergabung bersama-sama tanpa memandang asal-usul DNA.
DNA tersebut disebut DNA rekombinan; DNA dibentuk oleh bergabung gen ke dalam
endonuklease combinationsRestriction baru (enzim restriksi) dibagi menjadi tiga kategori,
Tipe I, Tipe II, dan Type III, menurut mekanisme aksi mereka. Enzim ini sering digunakan
dalam rekayasa genetika untuk membuat DNA rekombinan untuk pengenalan ke bakteri,
tanaman, atau sel-sel hewan, serta dalam biologi sintetis
Ada tiga kategori endonuklease restriksi yang relatif kontribusi pada pembelahan
urutan tertentu. Jenis I dan III yang kompleks multisubunit besar yang mencakup baik
endonuklease dan kegiatan methylase. Tipe I dapat membelah di situs acak dari sekitar 1.000
pasangan basa atau lebih dari urutan pengakuan dan memerlukan ATP sebagai sumber
energi. Tipe II berperilaku sedikit berbeda dan pertama kali diisolasi oleh Hamilton Smith
pada tahun 1970. Mereka adalah versi sederhana dari endonuklease dan tidak memerlukan
ATP dalam proses degradasi mereka. Beberapa contoh tipe II endonuklease restriksi BamHI
termasuk, EcoRI, EcoRV, dan Haelll. Tipe III, namun, memotong DNA pada sekitar 25
pasangan basa dari urutan pengakuan dan juga memerlukan ATP dalam proses

b. Fosfodieterase
Pengertian
Fosfodiesterase (PDE) adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester. Biasanya,
orang berbicara tentang phosphodiesterase mengacu fosfodiesterase nukleotida siklik, yang
memiliki signifikansi klinis besar dan dijelaskan di bawah ini. Namun, ada banyak keluarga
lain fosfodiesterase, termasuk fosfolipase C dan D, autotaxin, sphingomyelin
phosphodiesterase, DNases, RNases, dan endonuklease restriksi (yang semua mematahkan
tulang punggung fosfodiester DNA atau RNA), serta berbagai kurang baik ditandai
fosfodiesterase molekul kecil. Fosfodiesterase nukleotida siklik terdiri sekelompok enzim
yang mendegradasi ikatan fosfodiester di kedua molekul pembawa pesan cAMP dan cGMP.
Mereka mengatur lokalisasi, durasi, dan amplitudo siklik nukleotida sinyal dalam domain
subselular. Oleh karena itu PDE adalah regulator penting dari transduksi sinyal dimediasi
oleh molekul-molekul pembawa pesan kedua.

10
Nomenklatur dan klasifikasi
PDE nomenklatur menandakan keluarga PDE dengan angka Arab, kemudian huruf
kapital menunjukkan gen dalam keluarga, dan angka Arab kedua dan terakhir kemudian
menunjukkan varian sambatan berasal dari sebuah gen tunggal (misalnya, PDE1C3: keluarga
1, gen C , splicing varian 3). Superfamili dari PDE enzim diklasifikasikan menjadi 12
keluarga, yaitu PDE1-PDE12, pada mamalia. Klasifikasi ini didasarkan pada: PDE substrat
kekhususan oleh keluarga enzim. Kedua berarti menghidrolisis baik cAMP dan cGMP. PDE
berbeda dari keluarga yang sama secara fungsional terkait meskipun fakta bahwa sekuens
asam amino mereka dapat menunjukkan perbedaan yang cukup besar. [7] PDE memiliki
kekhususan substrat yang berbeda. Beberapa hidrolase cAMP-selektif (PDE4, 7 dan 8); lain
cGMP-selektif (PDE5, 6, dan 9). Lainnya dapat menghidrolisis baik cAMP dan cGMP
(PDE1, 2, 3, 10, dan 11). PDE3 kadang-kadang disebut sebagai cGMP-dihambat
phosphodiesterase. Meskipun PDE2 dapat menghidrolisis kedua nukleotida siklik, pengikatan
cGMP ke domain GAF-B peraturan akan meningkatkan cAMP afinitas dan hidrolisis yang
merugikan cGMP. Mekanisme ini, serta yang lain, memungkinkan untuk cross-peraturan
cAMP dan cGMP jalur. PDE12 memotong cAMP dan oligoadenylates.

Signifikansi klinis
Enzim phosphodiesterase sering target untuk penghambatan farmakologi karena
distribusi mereka yang unik jaringan, sifat struktural, dan sifat fungsional.
Inhibitor PDE dapat memperpanjang atau meningkatkan efek proses fisiologis dimediasi oleh
cAMP atau cGMP oleh penghambatan degradasi mereka dengan PDE.
Sildenafil (Viagra) adalah inhibitor cGMP-spesifik phosphodiesterase tipe 5, yang
meningkatkan efek vasodilatasi dari cGMP dalam corpus cavernosum dan digunakan untuk
mengobati disfungsi ereksi. Sildenafil juga saat ini sedang diselidiki untuk efek myo dan
kardioprotektif, dengan minat khusus yang diberikan kepada nilai terapeutik senyawa dalam
pengobatan distrofi otot Duchenne dan benign prostatic hyperplasia.
Inhibitor PDE telah diidentifikasi sebagai terapi potensial baru di daerah seperti hipertensi
paru arteri, penyakit jantung koroner, demensia, depresi, asma, PPOK, infeksi protozoa
(termasuk malaria) dan skizofrenia.

11
c. Nukleotidase
Pengertian
Sebuah nucleotidase adalah enzim hidrolitik yang mengkatalisis hidrolisis nukleotida
menjadi nukleosida dan fosfat. Misalnya, mengubah adenosine monophosphate ke adenosin,
dan guanosin monofosfat untuk guanosin. Nucleotidases memiliki fungsi penting dalam
pencernaan dalam bahwa mereka memecah asam nukleat dikonsumsi. Mereka dapat dibagi
menjadi dua kategori, berdasarkan akhir yang dihidrolisis:

EC 3.1.3.5: 5'-nucleotidase - NT5C, NT5C1A, NT5C1B, NT5C2, NT5C3

EC 3.1.3.6: 3'-nucleotidase - NT3

5'-Nucleotidases membelah off fosfat dari ujung 5 'dari bagian gula. Mereka dapat
diklasifikasikan ke dalam berbagai jenis tergantung pada preferensi substrat dan lokalisasi
subselular. Membran-terikat 5'-nucleotidases menampilkan kekhususan terhadap
monophosphates adenosin dan terlibat terutama dalam penyelamatan nukleotida preformed
dan sinyal kaskade transduksi melibatkan reseptor purinergic. Larut 5'-nucleotidases semua
diketahui milik superfamili dehalogenase haloacid enzim, yang merupakan dua protein
domain ditandai dengan Rossman dimodifikasi lipat sebagai inti dan topi variabel atau
tudung. Bentuk larut lanjut disubklasifikasikan didasarkan pada kriteria yang disebutkan di
atas. MDN dan CDN yang nucleotidases 5'-3'-pirimidin mitokondria dan sitosol. CN-I adalah
nucleotidase sitosol (CN) ditandai dengan afinitas ke arah AMP sebagai substrat nya. CN-II
diidentifikasi oleh afinitas ke arah baik IMP atau GMP atau keduanya. CN-III adalah
pirimidin 5'-nucleotidase. 5'-Nucleotidases terlibat dalam fungsi beragam seperti komunikasi
sel-sel, perbaikan asam nukleat, purin penyelamatan jalur untuk sintesis nukleotida,
transduksi sinyal, transportasi membran, dll

d. Nukleotida Fosforilase
Pengertian
Purin fosforilase nukleosida adalah enzim yang terlibat dalam metabolisme purin.
PNP memetabolisme inosin ke hipoksantin dan guanosin menjadi guanin, dalam setiap kasus
menciptakan ribosa fosfat. Catatan: adenosin pertama dimetabolisme untuk inosin melalui
deaminase enzim adenosine. Fosforilase nukleosida adalah enzim yang memotong sebuah
nucleoside oleh fosforilasi ribosa untuk menghasilkan nucleobase dan ribosa 1 fosfat. Ini
adalah salah satu enzim dari jalur nukleotida penyelamatan. Jalur ini memungkinkan sel
untuk menghasilkan monophosphates nukleotida ketika de novo sintesis jalur telah terganggu

12
atau tidak ada (seperti halnya di otak). Seringkali de novo jalur terganggu sebagai akibat dari
obat kemoterapi seperti methotrexate atau aminopterin. Semua enzim penyelamatan jalur
memerlukan donor fosfat energi tinggi seperti ATP atau PRPP.

Signifikansi klinis
PNPase, bersama-sama dengan deaminase adenosin (ADA), melayani peran kunci
dalam purin katabolisme, disebut sebagai jalur penyelamatan. Mutasi ADA menyebabkan
akumulasi (d) ATP, yang menghambat ribonucleotide reduktase, yang mengarah ke
kekurangan dalam (d) CTPs dan (d) TTPs, yang, pada gilirannya, menginduksi apoptosis
pada T-limfosit dan B-limfosit, terkemuka untuk immunodeficiency gabungan yang parah
(SCID). [rujukan?]
Pasien PNP-kekurangan akan memiliki masalah immunodeficiency. Ini mempengaruhi hanya
T-sel; -Sel B tidak terpengaruh oleh kekurangan.

2.4.2 Biosintesis Nukleotida (De Novo Synthesis)

A. Proses
Purin disintesis menggunakan Ribosa 5-fosfat sebagai substrat awal (step by step),
kemudian pembentukan PRPP (fosforibosil difosfat) dimana R-5-P sebagai donor aktif, lalu
pembentukan IMP (inosin monofosfat), dan akhirnya pembentukan AMP dan GMP dari IMP
B. Uraian enzim yang berperan
a. Ribosa 5 Fosfat
Pengertian
Ribosa 5-fosfat adalah baik produk dan perantara dari jalur fosfat pentosa. Langkah terakhir
dari reaksi oksidatif dalam jalur fosfat pentosa adalah produksi ribulosa 5-fosfat. Tergantung
pada negara tubuh, ribulosa 5-fosfat reversibel dapat isomerize untuk ribosa 5-fosfat.
Ribulosa 5-fosfat alternatif dapat menjalani serangkaian isomerizations serta transaldolations
dan transketolations yang menghasilkan produksi fosfat pentosa lainnya serta fruktosa 6-
fosfat dan gliseraldehida 3-fosfat (baik perantara dalam glikolisis). Difosfokinase enzim
ribosa-fosfat mengkonversi ribosa-5-fosfat menjadi phosphoribosyl pirofosfat.

13
 b. Aminotransferase
Pengertian
Dalam biokimia, sebuah transaminase atau aminotransferase adalah enzim yang
mengkatalisis tipe reaksi antara asam amino dan asam α-keto. Mereka adalah penting dalam
sintesis asam amino, yang membentuk protein. Dalam pengobatan, mereka adalah indikator
penting dari kerusakan hati. Asam amino mengandung amina (NH2) kelompok. Suatu asam
keto berisi keto (= O) kelompok. Dalam transaminasi, kelompok NH2 pada satu molekul
dipertukarkan dengan = O kelompok pada molekul lain. Asam amino menjadi asam keto
sebuah, dan asam keto menjadi asam amino. Beberapa kegiatan transaminasi ribosom telah
ditemukan dikatalisis oleh yang disebut ribozim (RNA enzim). Contoh menjadi ribozim
martil, ribozim VS dan ribozyme hairpin. Enzim transaminase yang penting dalam produksi
berbagai asam amino, dan mengukur konsentrasi berbagai transaminase dalam darah adalah
penting dalam banyak penyakit mendiagnosa dan pelacakan. Transaminase memerlukan
koenzim piridoksal-fosfat, yang diubah menjadi pyridoxamine di tahap pertama reaksi, ketika
asam amino diubah menjadi asam keto. Enzim-terikat pyridoxamine pada gilirannya bereaksi
dengan piruvat, oksaloasetat, atau alpha-ketoglutarat, memberikan alanin, asam aspartat,
asam glutamat atau masing-masing. Banyak reaksi transaminasi terjadi pada jaringan,
dikatalisis oleh transaminase khusus untuk amino / keto pasangan asam tertentu. Reaksi yang
mudah reversibel, arah yang ditentukan oleh yang reaktan yang berlebihan. Enzim spesifik
nama dari salah satu pasangan reaktan, misalnya; reaksi antara asam glutamat dan asam
piruvat untuk membuat asam ketoglutarat alpha dan alanin disebut glutamat-piruvat
transaminase atau GPT untuk pendek. Kegiatan jaringan transaminase dapat diselidiki dengan
menginkubasi homogenat dengan berbagai pasang amino / asam keto. Transaminasi
ditunjukkan jika asam amino baru yang sesuai dan asam keto terbentuk, seperti diungkapkan
oleh kromatografi kertas. Reversibilitas ditunjukkan dengan menggunakan keto / amino acid
pasangan yang saling melengkapi sebagai awal reaktan. Setelah kromatogram telah diambil
dari pelarut kromatogram kemudian diobati dengan ninhidrin untuk menemukan tempat.
Kehadiran transaminase tinggi dapat menjadi indikator kerusakan hati. Dua enzim
transaminase penting adalah transaminase aspartat (AST), juga dikenal sebagai serum
transaminase oksaloasetat glutamat (SGOT); dan alanin transaminase (ALT), juga disebut
SGPT (ALAT) atau serum glutamat-piruvat transaminase (SGPT). Penemuan ini dibuat oleh
Fernando De Ritis, Mario Coltorti dan Giuseppe Giusti pada tahun 1955 di University of
Naples

14
2.4.3 Biosintesis Nukleotida (Salvage Pathways)
A. Proses
Sebuah jalur penyelamatan adalah jalur di mana nukleotida (purin dan pirimidin)
disintesis dari intermediet dalam jalur degradatif untuk nukleotida. Jalur penyelamatan
digunakan untuk memulihkan basis dan nukleosida yang terbentuk selama degradasi RNA
dan DNA. Hal ini penting dalam beberapa organ karena beberapa jaringan tidak dapat
menjalani de novo sintesis. Basa dan nukleosida yang diselamatkan kemudian dapat diubah
kembali menjadi nukleotida.
Uridine fosforilase atau pirimidin-nucleoside fosforilase menambahkan ribosa 1-
fosfat ke dasar urasil gratis, membentuk uridin. Kinase uridin (kinase alias uridin-cytidine)
maka dapat memfosforilasi nucleoside ini ke monofosfat uridin (UMP). UMP / CMP kinase
(EC 2.7.4.14) dapat memfosforilasi UMP ke difosfat uridin, yang nucleoside difosfat kinase
dapat memfosforilasi ke trifosfat uridin. Timidin fosforilase atau pirimidin-nucleoside
fosforilase menambahkan 2-deoksi-alpha-D-ribosa 1-fosfat untuk timin, membentuk timidin.
Timidin kinase kemudian dapat memfosforilasi senyawa ini ke timidin monofosfat (TMP).
Timidilat kinase dapat memfosforilasi TMP menjadi timidin difosfat, yang nucleoside
difosfat kinase dapat memfosforilasi ke timidin trifosfat. Nukleosida cytidine dan
deoxycytidine dapat diselamatkan sepanjang jalur urasil oleh cytidine deaminase, yang
mengubah mereka untuk uridin dan deoxyuridine, masing-masing. Atau, uridin-cytidine
kinase dapat memfosforilasi mereka ke cytidine monofosfat (CMP) atau deoxycytidine
monofosfat (dCMP). UMP / CMP kinase dapat memfosforilasi (d) CMP ke cytidine difosfat
atau deoxycytidine difosfat, yang nucleoside difosfat kinase dapat memfosforilasi ke cytidine
trifosfat atau deoxycytidine trifosfat.
Fosforibosiltransferase menambahkan diaktifkan ribosa-5-fosfat (phosphoribosyl
pirofosfat, PRPP) ke pangkalan, menciptakan monophosphates nukleotida. Ada dua jenis
fosforibosiltransferase: fosforibosiltransferase adenin (aprt) dan hipoksantin-guanin
fosforibosiltransferase (HGPRT). Ini adalah enzim penting dalam metabolisme Purin jalur.
Hal ini juga terlibat dalam sindrom Lesch-Nyhan terkait dengan kekurangan HGPRT.

B. Uraian enzim yang berperan

a. Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase
Pengertian
Hipoksantin-guanin fosforibosiltransferase (HPRT) adalah enzim dikodekan pada
manusia dengan gen HPRT1. HPRT adalah transferase yang mengkatalisis konversi

15
hipoksantin untuk monofosfat inosin dan guanin untuk guanosin monofosfat. Reaksi ini
transfer kelompok 5-phosphoribosyl dari 5-phosphoribosyl 1-pirofosfat (PRPP) ke purin
tersebut. HGPRT memainkan peran sentral dalam generasi nukleotida purin melalui jalur
purin penyelamatan.

2.4.4 Sintesis Pirimidin (De novo synthesis)

A. Proses
Sebagian besar enzim terletak pada sitosol, tetapi beberapa enzim ada di mitokondria.
Carbamoyl phosphate synthetase (CPS) II, pertama-tama disintesis cincin pirimidin,
kemudian menggabungkan dengan PRPP. Sintesis UMP, kemudian UMP digunakan untuk
sintesis nukleotida pirimidin lainnya

B. Uraian enzim yang berperan

a. Carbamoyl Phosphate Synthetase
Pengertian
Sintetase karbamoil fosfat mengkatalisis sintesis ATP-dependent dari karbamoil fosfat dari
glutamin (EC 6.3.5.5) atau amonia (EC 6.3.4.16) dan enzim bicarbonate.This mengkatalisis
reaksi ATP dan bikarbonat untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan ADP. Karboksi fosfat
bereaksi dengan amonia untuk memberikan karbamat. Pada gilirannya, karbamat bereaksi
dengan ATP kedua untuk memberikan karbamoil fosfat ditambah ADP.
Ini merupakan langkah pertama dalam berkomitmen pirimidin dan arginin biosintesis di
prokariota dan eukariota, dan dalam siklus urea di sebagian besar vertebrata darat.
Kebanyakan prokariota membawa satu bentuk Kasus yang berpartisipasi di kedua arginin dan
biosintesis pirimidin, namun bakteri tertentu dapat memiliki bentuk yang terpisah.
Ada tiga bentuk yang berbeda yang melayani fungsi yang sangat berbeda:
 sintetase karbamoil fosfat I (mitokondria, siklus urea)
 karbamoil fosfat sintetase II (sitosol, metabolisme pirimidin).
 Karbamoilfosfat sintetase III (ditemukan pada ikan)

Mekanisme
Synthase karbamoil fosfat memiliki tiga langkah utama dalam mekanisme dan, pada
dasarnya, tidak dapat diubah. Ion bikarbonat terfosforilasi dengan ATP untuk membuat
karboksil fosfat. The karboksil fosfat kemudian bereaksi dengan amonia membentuk asam
karbamat, melepaskan fosfat anorganik. Sebuah molekul kedua ATP kemudian

16
memfosforilasi asam karbamat, menciptakan karbamoilfosfat. Aktivitas enzim yang dikenal
dihambat oleh Tris dan HEPES buffer.

Struktur
Synthase karbamoil fosfat (CPSase) adalah enzim heterodimeric terdiri dari kecil dan
subunit besar (dengan pengecualian CPSase III, yang terdiri dari polipeptida tunggal yang
mungkin muncul dari fusi gen dari glutaminase dan sintetase domain). CPSase memiliki tiga
situs aktif, satu di subunit kecil dan dua di subunit besar. Subunit kecil berisi situs mengikat
glutamin dan mengkatalisis hidrolisis glutamin untuk glutamat dan amonia, yang pada
gilirannya digunakan oleh rantai besar untuk mensintesis karbamoilfosfat. Subunit kecil
memiliki struktur 3-layer beta / beta / alpha, dan dianggap ponsel di sebagian besar protein
yang membawanya. Domain C-terminal dari subunit kecil CPSase memiliki aktivitas
amidotransferase glutamin. Subunit besar memiliki dua domain fosfat karboksi homolog,
yang keduanya memiliki situs ATP-mengikat; Namun, domain karboksi fosfat N-terminal
mengkatalisis fosforilasi karbonat, sedangkan domain C-terminal mengkatalisis fosforilasi
karbamat menengah. Domain fosfat karboksi ditemukan digandakan dalam subunit besar
CPSase juga hadir sebagai satu salinan dalam enzim tergantung biotin karboksilase asetil-
CoA (ACC), propionil-CoA karboksilase (PCCase), karboksilase piruvat (PC) dan urea
karboksilase.
Subunit besar di CPSase bakteri memiliki empat domain struktural: domain karboksi
fosfat 1, domain oligomerisation, domain karbamoilfosfat 2 dan domain alosterik.
Heterodimer CPSase dari Escherichia coli mengandung dua terowongan molekul: sebuah
terowongan amonia dan terowongan karbamat. Ini terowongan antar-domain
menghubungkan tiga situs aktif yang berbeda, dan berfungsi sebagai saluran untuk
pengangkutan intermediet reaksi yang tidak stabil (amonia dan karbamat) antara berturut
situs.Hotel aktif mekanisme katalitik CPSase melibatkan difusi karbamat melalui interior
enzim dari tempat sintesis dalam domain N-terminal dari subunit besar ke situs fosforilasi
dalam domain C-terminal.

b. Aspartame Transcarbomoylase.
Pengertian
Aspartat karbamoiltransferase (juga dikenal sebagai aspartat transcarbamoylase atau
ATCase) mengkatalisis langkah pertama dalam biosintesis pirimidin jalur (EC 2.1.3.2).

17
ATCase tidak mengikuti Michaelis-Menten kinetika, tetapi terletak di antara aktivitas rendah,
afinitas rendah "tegang" atau T dan negara-negara tinggi-aktivitas, afinitas tinggi "santai"
atau R. Pengikatan substrat ke katalitik hasil subunit dalam pergeseran kesetimbangan ke
arah negara R, sedangkan pengikatan CTP dengan peraturan hasil subunit dalam pergeseran
kesetimbangan ke arah negara T. Pengikatan ATP ke peraturan hasil subunit dalam
pergeseran kesetimbangan ke arah negara R.

Reaksi
ATCase adalah enzim yang sangat diatur bahwa mengkatalisis langkah pertama dalam
berkomitmen biosintesis pirimidin, kondensasi l-aspartat dan karbamoilfosfat untuk
membentuk N-karbamoil-L-aspartat dan fosfat anorganik. ATCase mengontrol laju
biosintesis pirimidin dengan mengubah kecepatan katalitik dalam menanggapi tingkat seluler
dari kedua pirimidin dan purin. Akhir-produk dari jalur pirimidin, CTP, menurun kecepatan
katalitik, sedangkan ATP, akhir-produk dari purin jalur paralel, meningkatkan kecepatan
katalitik.

Pusat katalisis
Situs katalitik dari ATCase terletak pada antarmuka antara dua rantai katalitik
tetangga di trimer yang sama dan menggabungkan asam amino rantai samping dari kedua
subunit ini. Insight ke modus pengikatan substrat ke pusat katalitik ATCase pertama kali
dimungkinkan oleh pengikatan analog bisubstrate, N- (phosphonacetyl) -L-aspartat (PALA).
Senyawa ini merupakan penghambat kuat ATCase dan memiliki struktur yang dianggap
sangat dekat dengan yang ada pada keadaan transisi dari substrat. Selain itu, struktur kristal
dari ATCase terikat karbamoilfosfat dan suksinat telah diperoleh. [Studi-studi ini, selain
investigasi menggunakan mutagenesis situs-diarahkan dari asam amino tertentu, telah
mengidentifikasi beberapa residu yang sangat penting untuk katalisis, seperti Ser52, Thr53,
Arg54, Thr55, Arg105, His134, Gln137, Arg167, Arg229, Glu231, dan Ser80 dan Lys84 dari
rantai katalitik yang berdekatan. Situs aktif adalah saku yang sangat bermuatan positif. Salah
satu sisi-rantai yang paling penting adalah dari Arg54, yang berinteraksi dengan oksigen
terminal dan oksigen anhidrida dari karbamoilfosfat, menstabilkan muatan negatif dari gugus
fosfat meninggalkan. Arg105, His134, dan Thr55 membantu meningkatkan electrophilicity
dari karbon karbonil dengan berinteraksi dengan oksigen karbonil. Secara umum,
peningkatan laju ATCase dicapai dengan orientasi dan stabilisasi substrat, intermediet, dan
produk bukan oleh keterlibatan langsung dari residu asam amino dalam mekanisme katalitik.

18
c. Dihydroorotase
Pengertian
Dihydroorotase (EC 3.5.2.3, dehydrase carbamoylaspartic, hidrolase dihydroorotate)
adalah enzim yang mengubah karbamoil asam aspartat menjadi asam 4,5-dihydroorotic
dalam biosintesis pyrimidines.It membentuk enzim multifungsi dengan sintetase karbamoil
fosfat dan aspartat transcarboymalase.

d. Dihydroorotate dehydrogenase
Pengertian
Dehidrogenase Dihydroorotate (DHODH) adalah enzim yang pada manusia dikodekan oleh
gen pada kromosom DHODH 16. protein yang dikode oleh gen ini mengkatalisis langkah
enzimatik keempat, oksidasi ubiquinone-dimediasi dihydroorotate untuk memutar, di de novo
biosintesis pirimidin. Protein ini adalah protein mitokondria yang terletak pada permukaan
luar dari inner membran mitokondria (IMM) Inhibitor enzim ini digunakan untuk mengobati
penyakit autoimun seperti rheumatoid arthritis.

Mekanisme
Sebagai enzim yang terkait dengan rantai transpor elektron, DHODH bisa
menghubungkan bioenergetika mitokondria, proliferasi sel, produksi ROS, dan apoptosis
pada jenis sel tertentu. DHODH deplesi juga mengakibatkan peningkatan produksi ROS,
penurunan potensial membran dan keterbelakangan pertumbuhan sel. Juga, karena perannya
dalam sintesis DNA, penghambatan DHODH dapat menyediakan sarana untuk mengatur
perpanjangan transkripsi. Obat-obatan imunomodulator teriflunomide dan leflunomide telah
terbukti menghambat DHODH. Manusia DHODH memiliki dua domain: domain alpha /
beta-barel berisi situs aktif dan domain alpha-heliks yang membentuk pembukaan
terowongan yang mengarah ke situs aktif. Leflunomide telah ditunjukkan untuk mengikat di
dalam terowongan ini. Leflunomide sedang digunakan untuk pengobatan rheumatoid arthritis
dan psoriasis, serta multiple sclerosis. Efek imunosupresif yang telah dikaitkan dengan
menipisnya pasokan pirimidin untuk sel T atau interferon yang lebih kompleks atau jalur
interleukin-dimediasi, tapi tetap membutuhkan penelitian lebih lanjut.Selain itu, DHODH
mungkin memainkan peran dalam retinoid N- (4-hidroksifenil) retinamide (4HPR)
penekanan kanker -dimediasi. Penghambatan aktivitas DHODH dengan teriflunomide atau
ekspresi dengan interferensi RNA mengakibatkan berkurangnya generasi ROS di, dan dengan
demikian apoptosis, mengubah kulit dan prostat sel epitel. Mutasi pada gen ini telah terbukti

19
menyebabkan sindrom Miller, juga dikenal sebagai sindrom Genee-Wiedemann, sindrom
Wildervanck-Smith atau posting aksial dystosis acrofacial (POADS)

e. Orotate phosphoribosyl transferase

Pengertian
fosforibosiltransferase orotate dan orotidine-5'-dekarboksilase adalah enzim (EC
4.1.1.23) yang mengkatalisis pembentukan monofosfat uridin (UMP), molekul-energi
membawa dalam banyak jalur biosintesis penting. Pada manusia, gen yang mengkode enzim
ini terletak pada lengan panjang kromosom 3 (3q13).

Struktur dan fungsi

Enzim bifunctional ini memiliki dua domain utama, fosforibosiltransferase orotate
(OPRTase, EC 2.4.2.10) subunit dan dekarboksilase orotidine-5'-fosfat (ODCase, EC
4.1.1.23) subunit. Kedua situs mengkatalisis dua langkah terakhir dari de novo uridin
monofosfat (UMP) biosintesis jalur. Setelah penambahan ribosa-P untuk orotate oleh
OPRTase untuk membentuk orotidine-5'-monofosfat (OMP), OMP dekarboksilasi
membentuk uridin monofosfat oleh ODCase. Dalam mikroorganisme, dua domain adalah
protein yang terpisah, tetapi, pada eukariota multiseluler, dua situs katalitik disajikan pada
protein tunggal, uridin monofosfat sintetase. Umps ada dalam berbagai bentuk, tergantung
pada kondisi eksternal. In vitro, umps monomer, dengan sedimentasi koefisien S20, w dari
3,6 akan menjadi dimer, S20, w = 5.1 setelah penambahan anion seperti fosfat. Di hadapan
OMP, produk dari OPRTase, perubahan dimer ke bentuk yang lebih cepat-sedimenting S20,
w 5.6. Bentuk-bentuk konformasi terpisah menampilkan kegiatan enzimatik yang berbeda,
dengan monomer UMP synthase menampilkan aktivitas dekarboksilase rendah, dan hanya
dimer 5.6 S menunjukkan aktivitas dekarboksilase penuh. Hal ini diyakini bahwa dua situs
katalitik terpisah menyatu menjadi protein tunggal untuk menstabilkan bentuk monomer nya.
Serikat kovalen di umps menstabilkan domain yang mengandung pusat katalitik masing,
meningkatkan aktivitasnya di organisme multisel mana konsentrasi cenderung 1/10 dari
rekan-rekan yang terpisah di prokariota. Mikroorganisme lain dengan enzim dipisahkan harus
mempertahankan konsentrasi yang lebih tinggi untuk menjaga enzim dalam bentuk dimer
lebih aktif mereka.

20
f. Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
Pengertian
Orotidine dekarboksilase 5'-phosphate (OMP dekarboksilase) atau dekarboksilase
orotidylate adalah enzim yang terlibat dalam biosintesis pirimidin. Ini mengkatalisis
dekarboksilasi dari monofosfat orotidine (OMP) untuk membentuk uridin monofosfat (UMP).
Fungsi enzim ini sangat penting untuk biosintesis de novo dari nukleotida pirimidin uridin
trifosfat, cytidine trifosfat, dan timidin trifosfat. OMP dekarboksilase telah menjadi target
sering untuk penyelidikan ilmiah karena menunjukkan efisiensi katalitik ekstrim dan
kegunaannya sebagai penanda seleksi untuk engineering ragi ketegangan.

Katalisis
OMP dekarboksilase yang dikenal sebagai katalis luar biasa efisien yang mampu
mempercepat laju reaksi dikatalisis dengan faktor 1017. Untuk menempatkan ini dalam
perspektif, reaksi yang akan mengambil 78 juta tahun tanpa adanya enzim dibutuhkan 18
milidetik ketika enzim dikatalisis .Ini efisiensi enzimatik ekstrim sangat menarik karena OMP
dekarboksilase tidak menggunakan kofaktor dan tidak mengandung logam atau situs
kelompok prostetik. Katalisis bergantung pada segelintir residu asam amino bermuatan
diposisikan dalam situs aktif enzim. Gambar mewakili struktur situs aktif dari OMP
dekarboksilase ketika terikat pada inhibitor BMP. Perhatikan Lys dan Asp residu sekitar 6-
hidroksil substrat. (Gambar diambil dari PyMOL penampil snapshot dari struktur kristal
1LOR) [ Mekanisme yang tepat yang OMP dekarboksilase mengkatalisis reaksi yang telah
menjadi subjek penyelidikan ilmiah yang ketat. Kekuatan pendorong untuk hilangnya
karboksil terkait dengan C6 dari cincin pirimidin berasal dari dekat sebuah gugus karboksil
residu aspartat di situs aktif enzim, yang mendestabilkan tanah negara relatif terhadap
keadaan transisi reaksi uncatalyzed. Ada beberapa hipotesis tentang apa yang membentuk
keadaan transisi dibutuhkan sebelum protonasi karbon C6 terjadi untuk menghasilkan produk
akhir. Banyak penelitian menyelidiki pengikatan inhibitor ampuh OMP dekarboksilase, 6-
hidroksi monofosfat uridin (BMP, turunan asam barbiturat), dalam situs aktif, untuk
mengidentifikasi residu asam amino esensial yang terlibat langsung dengan stabilisasi
keadaan transisi. (Lihat gambar enzim terikat BMP) Beberapa mekanisme enzimatik
dekarboksilasi dari OMP telah diusulkan, termasuk protonasi di O2 untuk membentuk spesies
zwitterionic sebagai perantara, anion stabilisasi O4, atau serangan nukleofilik pada C5.
Konsensus saat ini menunjukkan bahwa mekanisme hasil melalui Karbanion stabil di C6
setelah kehilangan karbon dioksida. Mekanisme ini disarankan dari penelitian menyelidiki

21
efek isotop kinetik dalam hubungannya dengan penghambatan kompetitif dan situs aktif
mutagenesis. Dalam mekanisme ini spesies Karbanion berumur pendek distabilkan oleh
residu lisin terdekat, sebelum dipadamkan oleh proton

2.4.5 Sintesis Citosis Trifosfat

A. Proses
CTP sintetase mengkatalisis langkah berkomitmen terakhir di pirimidin nukleotida
biosintesis:
ATP + UTP + glutamin → ADP + Pi + CTP + glutamat
Ini adalah enzim tingkat-membatasi untuk sintesis nukleotida sitosin dari kedua de novo dan
uridin penyelamatan jalur. Reaksi hasil oleh fosforilasi ATP-dependent dari UTP pada atom
4-oksigen, membuat 4-karbon elektrofilik dan rentan terhadap reaksi dengan amonia. Sumber
dari kelompok amino di CTP adalah glutamin, yang dihidrolisis dalam domain glutamin
amidotransferase untuk menghasilkan amonia. Ini kemudian disalurkan melalui interior
enzim ke domain sintetase. Di sini, amonia bereaksi dengan menengah 4-fosforil UTP.

B. Uraian enzim yang berperan

a. Citosis trifosfat sintase
CTP synthase diatur secara tepat dengan konsentrasi intraseluler dari CTP dan UTP,
dan kedua hCTPS1 dan hCTPS2 telah terlihat menjadi maksimal aktif pada konsentrasi
fisiologis ATP, GTP, dan glutamin.Aktivitas manusia CTPS1 isozim telah terbukti dihambat
oleh fosforilasi. [12] Salah satu contoh utama dari hal ini adalah fosforilasi dari Ser-571
residu oleh glikogen sintase kinase 3 (GSK3) dalam menanggapi kondisi serum rendah.
Selain itu, Ser 568 telah dilihat dapat terfosforilasi oleh kasein kinase 1, menghambat
aktivitas CTP synthase.
CTP juga tunduk pada berbagai bentuk regulasi alosterik. GTP bertindak sebagai
aktivator alosterik yang sangat mendorong hidrolisis glutamin, tetapi juga menghambat
pembentukan CTP tergantung glutamin pada konsentrasi tinggi. Ini bertindak untuk
menyeimbangkan jumlah relatif purin dan pirimidin nukleotida. CTP produk reaksi juga
berfungsi sebagai inhibitor alosterik. Situs pengikatan trifosfat tumpang tindih dengan yang
dari UTP, tetapi bagian dari nukleosida CTP mengikat dalam saku alternatif berlawanan situs
mengikat untuk UTP. Glutamin analog DON juga telah terlihat untuk bertindak sebagai
inhibitor ireversibel, dan telah digunakan sebagai agen anti-kanker.

22
2.4.6 Sintesis Pirimidin (Salvage Pathways)
A. Proses
Sebagaimana seringkali dijumpai pada sistem heterosiklik induk, sintesis pirimidina
tidak begitu lazim dan biasanya dilakukan dengan menghilangan gugus fungsi dari derivatif.
Sintesis primer dalam jumlah besar melibatkan formamida telah dilaporkan.
Sebagai suatu kelas, pirimidina biasanya disintesis melalui “Principal Synthesis” melibatkan
siklisasi senyawa beta-dikarbonil dengan senyawa N-C-N. Reaksi sebelumnya dengan
amidina menghasilkan substitusi pirimidina pada posisi 2, biasanya dengan urea
menghasilkan 2-pirimidion, dan dengan guanidina menghasilkan 2-aminopirimidina.

B. Uraian enzim yang berperan

a. Uridin cytidine kinase
Dalam enzim, suatu kinase uridin (EC 2.7.1.48) adalah enzim yang mengkatalisis
reaksi kimia
ATP + uridin \ rightleftharpoons ADP + UMP
Dengan demikian, dua substrat enzim ini adalah ATP dan uridin, sedangkan dua produknya
adalah ADP dan UMP.
Enzim ini milik keluarga dari transferase, khususnya yang mentransfer kelompok
yang mengandung fosfor (phosphotransferases) dengan kelompok alkohol sebagai akseptor.
Nama sistematis kelas enzim ini adalah ATP: uridin 5'-phosphotransferase. Nama lain yang
umum digunakan termasuk pirimidin ribonukleosida kinase, uridin-cytidine kinase, kinase
uridin (fosforilasi), dan uridin fosfokinase. Enzim ini berpartisipasi dalam metabolisme
pirimidin.

b. Thymidine kinase
Pengertian
Timidin kinase adalah enzim, suatu phosphotransferase (kinase a): kinase 2'-
deoksitimidin, ATP-timidin 5'-phosphotransferase, EC 2.7.1.21. Hal ini dapat ditemukan
dalam sel-sel hidup yang paling. Hal ini hadir dalam dua bentuk dalam sel mamalia, TK1 dan
TK2. Virus tertentu juga memiliki informasi genetik untuk ekspresi kinase virus timidin.
Timidin kinase mengkatalisis reaksi:
THD + ATP → TMP + ADP

23
mana Thd adalah deoksitimidin, ATP adalah adenosin 5'-trifosfat, TMP adalah deoksitimidin
5'-fosfat dan ADP adalah adenosin 5'-difosfat. Kinase timidin memiliki fungsi penting dalam
sintesis DNA dan dengan demikian dalam pembelahan sel, karena mereka adalah bagian dari
rantai reaksi yang unik untuk memperkenalkan deoksitimidin ke dalam DNA. Deoksitimidin
hadir dalam cairan tubuh sebagai akibat dari degradasi DNA dari makanan dan dari sel-sel
mati. Timidin kinase diperlukan untuk tindakan banyak obat antivirus. Hal ini digunakan
untuk memilih jalur sel hibridoma dalam produksi antibodi monoklonal. Dalam kimia klinis
digunakan sebagai penanda proliferasi dalam diagnosis, pengobatan dan pengendalian tindak
lanjut dari penyakit ganas, terutama keganasan hematologi.

Klasifikasi
Dua kelas yang berbeda dari kinase timidin telah diidentifikasi dan termasuk dalam keluarga
super:
 satu kelompok keluarga bersama-sama timidin kinase dari virus herpes serta kinase
timidilat seluler
 kelompok keluarga kedua TK dari berbagai sumber yang meliputi, vertebrata, bakteri,
T4 Bacteriophage , poxvirus, babi Afrika demam virus (ASFV) dan Ikan lymphocystis
virus penyakit (FMDV). Protein kapsid utama virus warni serangga juga milik
keluarga ini. Pola Prosite hanya mengakui jenis seluler kinase timidin.
c. Deoxycytidine kinase
Pengertian
Deoxycytidine kinase (DCK) diperlukan untuk fosforilasi beberapa deoxyribonucleosides dan
analog nukleosida mereka. Kekurangan dari DCK dikaitkan dengan resistensi terhadap agen
kemoterapi antivirus dan antikanker. Sebaliknya, peningkatan aktivitas kinase deoxycytidine
dikaitkan dengan peningkatan aktivasi senyawa ini untuk sitotoksik derivatif trifosfat
nukleosida. DCK secara klinis penting karena hubungannya dengan resistensi obat dan
sensitivitas.

2.4.7 Katabolisme Nukleotida Purin dan Pirimidin

A. Proses
Sintesis nukleotida dari basa purin dan nukleosida purin terjadi dalam serangkaian langkah-
langkah yang dikenal sebagai jalur penyelamatan. Dasar bebas purin, adenin, guanin, dan
Hipoxantina, dapat dikonversi untuk nukleotida yang berhubungan dengan

24
phosphoribosylation. Dua enzim transferase kunci yang terlibat dalam sisa dari purin:
phosphoribosyltransferase adenosine (APRT), yang mengkatalisis reaksi berikut:
adenin + PRPP <-> AMP + PP i
dan Hipoxantina-guanin phosphoribosyltransferase (HGPRT), yang mengkatalisis reaksi
berikut:
Hipoxantina + PRPP <-> IMP + PP i
guanin + PRPP <-> GMP + PP i
Sebuah enzim penting kritis sisa barang purin dengan cepat membagi sel adalah adenosin
deaminase (ADA) yang mengkatalisis deaminasi untuk inosine disebut adenosin.
Katabolisme dari nukleotida pirimidin akhirnya menyebabkan β-alanin (ketika CMP dan
UMP yang rusak) atau β-aminoisobutyrate (ketika dTMP diturunkan) dan NH 3 dan CO 2.

The β-alanin dan β-aminoisobutyrate berfungsi sebagai donor-NH 2 di transaminasi dari α-

ketoglutarate untuk glutamat.Reaksi selanjutnya mengubah produk untuk malonyl-KoA
(yang dapat dialihkan ke sintesis asam lemak) atau methylmalonyl-KoA (yang dikonversikan
ke succinyl-KoA dan dapat didorong dengan siklus TCA).
Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin, karena
kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Namun, seperti yang ditunjukkan di atas,
jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida timidin sangat penting dalam persiapan untuk
pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk membentuk UMP melalui tindakan bersama
dari fosforilase uridina dan uridina kinase, seperti ditunjukkan:
urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i
uridina + ATP -> ADP + UMP
. Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan dTMP,
dengan menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan sebelumnya dihadapi
kinase timidin:
timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i
timidin + ATP -> ADP + dTMP
Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:
deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP
Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine, meskipun m

K untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine.

Fungsi utama dari kinase pirimidin nukleosida adalah untuk menjaga keseimbangan selular
antara tingkat pirimidin nukleosida dan monophosphates pirimidin nukleosida. Namun,

25
karena keseluruhan selular dan konsentrasi plasma dari pirimidin nukleosida, serta mereka
yang ribosa-1-fosfat, rendah, sisa barang dari pirimidin oleh kinase ini relatif tidak efisien.

B. Uraian enzim yang berperan

a. Xanthin oxidase
Pengertian
Xantin oksidase (XO, kadang-kadang 'XAO') adalah bentuk xanthine
oksidoreduktase, jenis enzim yang menghasilkan spesies oksigen reaktif. Enzim ini
mengkatalisis oksidasi hipoksantin untuk xantin dan selanjutnya dapat mengkatalisis oksidasi
xanthine untuk asam urat. Enzim ini berperan penting dalam katabolisme purin dalam
beberapa spesies, termasuk manusia.
Xantin oksidase didefinisikan sebagai aktivitas enzim (EC 1.17.3.2). Protein yang
sama, yang pada manusia memiliki HGNC disetujui gen simbol XDH, juga dapat memiliki
aktivitas xanthine dehidrogenase (EC 1.17.1.4). Sebagian besar protein dalam hati ada dalam
bentuk dengan aktivitas xanthine dehidrogenase, tetapi dapat dikonversi ke xantin oksidase
oleh sulfhidril oksidasi reversibel atau dengan modifikasi proteolitik ireversibel

Reaksi
Karena XO adalah enzim superoxide-memproduksi, dengan spesifisitas yang rendah
umum, dapat dikombinasikan dengan senyawa lain dan enzim dan menciptakan oksidan
reaktif, serta oksidasi substrat lainnya. Bovine xantin oksidase (dari susu) awalnya
diperkirakan memiliki situs mengikat untuk mengurangi sitokrom c dengan, tetapi telah
menemukan bahwa mekanisme untuk mengurangi protein ini adalah melalui XO ini anion
superoksida sampingan, dengan penghambatan kompetitif dengan anhydrase karbonat.
Reaksi lain dikatalisasi oleh xantin oksidase adalah dekomposisi S-nitrosothiol (Rsno),
spesies nitrogen reaktif, untuk oksida nitrat (NO), yang bereaksi dengan anion superoksida
untuk membentuk peroxynitrite dalam kondisi aerobik. XO juga telah ditemukan untuk
menghasilkan satu-elektron oksidan karbonat anion radikal yang kuat dari oksidasi dengan
asetaldehida di hadapan katalase dan bikarbonat.

26
 BAB III
KESIMPULAN

1. Asam amino glutamin, glisin, dan aspartat memberikan semua atom nitrogen dari
purin. Dua langkah cincin-penutupan membentuk inti purin.
2. Pyrimidine disintesis dari karbamoil fosfat dan aspartat, dan ribosa 5- fosfat kemudian
melekat menghasilkan ribonucleotides pirimidin.
3. Monophosphates Nucleoside dikonversi ke trifosfat mereka dengan enzimatik
phosphorylationreactions. Ribonucleotides dikonversi ke deoksiribonukleotida oleh
reduktase ribonucleotide, enzim dengan novel mekanistik dan peraturan karakteristik.
Nukleotida timin yang berasal dari dCDP dan dump.
4. Asam urat dan urea adalah produk akhir purin dan degradasi pirimidin.
5. purin dapat diselamatkan dan dibangun kembali menjadi nukleotida. Kekurangan
genetik di enzim penyelamatan tertentu menyebabkan gangguan serius seperti
sindrom Lesch-Nyhan dan Defisiensi ADA.
6. Akumulasi kristal asam urat pada sendi, mungkin disebabkan oleh genetik lain
ekurangan, menghasilkan asam urat.
7. Enzim dari nukleotida jalur biosintesis adalah target untuk berbagai agen kemoterapi
digunakan untuk mengobati kanker dan penyakit lainnya.

27
 DAFTAR PUSTAKA

Anonymous, C. http://www.scribd.com/doc/41966467/resume-asam-nukleat. 2012.

diakses pada tanggal 26 maret 2019

Darmawansyah, R. http://www.slideshare.net. 2014. diakses pada 26 Maret 2019.

LadaPepper, L. http://www.academia.edu. 2016. diakses pada tanggal 26 Maret 2019.

28