ABSTRAK
Pengembangan senyawa obat baru sekarang dapat dioptimalkan dengan menggunakan
pemodelan molekul menggunakan teknik kimia komputasi. Tujuan dari penelitian ini yaitu
untuk mengetahui hasil studi komputasi mekanisme reaksi nitratasi senyawa eugenol menjadi
nitroeugenol yang dilakukan dengan pendekatan menggunakan benzena, serta untuk
membandingkan hasil analisis secara komputasi dengan eksperimen. Penelitian ini terdiri dari
2 tahapan utama yaitu komputasi dan sintesis. Tahapan komputasi meliputi pembuatan
struktur awal eugenol dan nitroeugenol, optimasi struktur awal, perhitungan deskriptor
elektronik (berat molekul, potensial elektrostatik, dan energi molekular orbital dengan melihat
selisih energi LUMO-HOMO) serta IRC (Instrinsic Reaction Coordinate). Tahapan sintesis
meliputi reaksi nitratasi eugenol dan identifikasi nitroeugenol hasil sintesis. Hasil optimasi
geometri struktur awal eugenol dan nitroeugenol dengan metode Ab Initio (HF/3-21G) telah
optimal, yaitu tidak ditemukannya frekuensi bernilai imaginer. Hasil potensial elektrostatik
eugenol dan nitroeugenol diketahui kecenderungan nitroeugenol sebagai tempat terjadinya
serangan elektrofilik lebih besar dari eugenol. Dari nilai selisih energi LUMO-HOMO
nitroeugenol lebih kecil (10,531 eV) daripada eugenol (12,245 eV) yang menandakan bahwa
nitroeugenol lebih reaktif dari eugenol. Hasil IRC diperoleh energi transisi sebesar 90,634
kJ/mol (basis set 3-21G) dan 108,989 kJ/mol (basis set 6-31G(d)) yang menunjukkan struktur
transisi berhasil dibentuk dan menghasilkan produk berupa nitrobenzena. Hasil tersebut
berkorelasi baik dengan eksperimen yakni pada hasil sintesis senyawa nitroeugenol dengan
mengadopsi metode Bagherenjad didapatkan persentase rendemen nitroeugenol (90,71%).
Hasil sintesis dianalisis menggunakan KLT menunjukkan nilai Rf nitroeugenol dengan
eugenol murni memiliki nilai yang sama (Rf = 0,55). Analisis keberadaan senyawa
nitroeugenol dilakukan menggunakan GC-MS, yakni diperoleh puncak sebesar 209 m/z yang
menunjukkan berat molekul dari senyawa nitroeugenol dengan rumus molekul C10H11NO4.
ABSTRACT
The development of new drug compounds has been optimized by molecular
approaches using computational chemistry. The objectives of this study are to know the result
of computational study of nitration reaction mechanism of eugenol into nitroeugenol
compound by using benzene approaches and to compare the results between computational
and experimental analyses. This study was divided into two main steps, which are
computation and synthesis. The computation process consisted of making an initial structure
of eugenol and nitroeugenol; optimizing both initial structures; calculating the electronic
descriptors (molecular weight, electrostatic potential, and orbital molecular energy by
observing the energy gaps of LUMO-HOMO); and IRC (Intrinsic Reaction Coordinate). The
synthesis process includes the synthesis of eugenol nitrate and identification of nitroeugenol
from the synthesis. The result of optimizing molecular geometry of eugenol and
nitroeugenol’s initial structures using Ab Initio (HF / 3-21G) method, there was no frequency
with imaginary value. Based on the electrostatic potential of eugenol and nitroeugenol, it was
found that the tendency of nitroeugenol as a site of electrophilic attack was greater than
eugenol. Furthermore, the analysis of orbital molecular energy obtained a smaller energy gap
of LUMO-HOMO of nitroeugenol (10.531 eV) than eugenol (12.245 eV) indicating that
nitroeugenol was more reactive than eugenol. IRC result obtained a transition energy is
90.634 kJ/mol (basis set 3-21G) and 108.989 kJ/mol (basis set 6-31G(d)) showing the
transition structure succesfully formed and producing a product of nitrobenzene. These result
correlate well with the experiment in the result of synthesizing nitroeugenol adobting
Bagherenjad method attained 90.71% of the yield. The yield was then analyzed using TLC
and the Rf of the yield and nitroeugenol from pure eugenol were the same (R f = 0.55). The
presence of nitroeugenol compounds was continue to be analysed by using GC-MS, which
obtained a peak of 209 m/z showing the particular molecular weight of the nitroeugenol with
molecular formula of C10H11NO4.
Struktur dasar eugenol dan nitroeugenol potensial elektrostatik dan energi HOMO-
+
dengan 20 mL asetonitril. Kemudian ke
NO2 . Ada 4 tahapan utama yang dilakukan
dalam campuran ditambahkan secara
pada perhitungan ini. Tahapan pertama yaitu
perlahan-lahan (NH4NO3) dan kalium
menentukan koordinat awal struktur benzena
hidrogen sulfat (KHSO4) yang telah
+
dan ion NO2 sebagai reaktan, nitrobenzena ditimbang sebanyak 1,4 g dan 0,64 gr.
- Campuran diaduk dengan perputaran konstan
sebagai produk, dan struktur HSO4 sebagai
struktur katalisnya. Tahapan kedua yakni pada temperatur kamar selama 30 menit.
optimisasi struktur-struktur tersebut untuk Hasil yang diperoleh direfluks⁰ selama 5 jam
mendapatkan struktur yang paling stabil dengan suhu (T=82 C). Campuran diatas
disaring sehingga diperoleh filtrat (A) yang
dengan menggunakan Optimization pada
telah terpisah dengan endapan. Endapan
menu Job Type. Tahapan ketiga yakni dicuci dengan 20 ml asetonitril sehingga
dihitung potential energy surface scan dari dihasilkan filtrat (B). Filtrat (B) yang telah
struktur transisi dan struktur katalis yang diperoleh digabung dengan filtrat (A). Filtrat
telah optimal untuk mencari struktur-struktur yang diperoleh diuapkan dengan rotary
evaporator sehingga diperoleh minyak
transisi dari reaksi nitratasi benzena
berwarna kemerah-merahan. Liquor ini diuji
menggunakan menu Scan pada menu Job
KLT. Liquor yang diperoleh dikolom untuk
Type dan memastikan struktur transisi yang memperoleh nitroeugenol murni. Proses
didapat dengan melakukan optimasi TS pemisahan dengan kromatografi kolom ini
Berny pada menu Job Type, Optimization TS menggunakan 2 jenis pelarut sebagai eluen
(Berny) dan menghitung frekuensinya yaitu yakni n-Heksan 100% dan DCM 100%.
Fraksi-fraksi dimasukkan dalam botol vial
memilih Job Type, Frequency. Tahapan
dan di uji KLT. Fraksi yang spotnya sejajar
terakhir yakni menghitung alur reaksi akhir
dari nitratasi benzena menghasilkan
nitrobenzena dengan memillih menu Job
Type, IRC dengan step yang digunakan
digabung dan dievaporasi. Hasil diuji KLT, pada eugenol, dan identifikasi senyawa hasil
dianalisis menggunakan lampu UV dan sintesis.
ditandai spot yang terbentuk.
Tahap Komputasi
Identifikasi Senyawa Hasil Sintesis
Pembuatan Struktur Awal Eugenol dan
Identifikasi senyawa hasil sintesis Nitroeugenol
dilakukan menggunakan KLT dan instrument
Pembuatan struktur awal ini dilakukan untuk
GC-MS.
memperoleh input file dari strukur eugenol
HASIL DAN PEMBAHASAN dan nitroeugenol, dimana input file ini akan
Penelitian yang telah dilakukan terdiri digunakan untuk perhitungan optimasi dan
atas 2 tahapan, tahap pertama yaitu deskriptor elektronik. Didapatkan struktur
komputasi meliputi pembuatan struktur awal awal eugenol dan nitroeugenol pada Gambar
eugenol dan nitroeugenol, optimasi struktur 1
awal eugenol dan nitroeugenol, perhitungan
deskriptor elektronik, dan perhitungan IRC
untuk menentukan jalur reaksinya. Proses
komputasi pada optimasi struktur awal dan
perhitungan deskriptor elektronik eugenol
dan nitroeugenol dihitung menggunakan
metode Ab Initio dengan jenis perhitungan
Hartree Fock dan basis set 3-21G, sedangkan
pada perhitungan IRC basis set yang
digunakan ada 2 macam yaitu 3-21G dan 6-
31G(d). Digunakannya metode, jenis
perhitungan dan basis set tersebut karena
merupakan salah satu metode komputasi
sederhana yang memberikan tingkat
keakuratan paling baik dibandingkan metode
yang lain, tidak membutuhkan waktu lama
pada saat proses perhitungannya dan hasil
yang didapatkan mendekati hasil eksperimen.
Gambar 1 Struktur senyawa (a) eugenol dan
Kemudian pada tahap kedua yaitu
(b) nitroeugenol
eksperimen (sintesis) meliputi reaksi nitratasi
Optimasi Struktur Awal Eugenol dan sesudah dioptimasi serta perubahan bentuk
Nitroeugenol struktur. Tujuan dari optimasi ini adalah
untuk menghitung energi terendah dan gaya
Pada tahap optimasi ini, struktur awal
atomik terkecil serta untuk menampilkan
eugenol dan nitroeugenol yang telah
struktur molekul, sedemikian rupa sehingga
diperoleh input filenya kemudian dioptimasi
mendekati struktur yang sebenarnya
untuk mendapatkan struktur eugenol dan
(Prasetya, 2010). Kedua struktur senyawa
nitroeugenol yang paling stabil. Setelah
tersebut sudah optimal, dimana kondisi ini
dilakukan perhitungan didapatkan hasil
ditandai dengan tidak ditemukannya
optimasi kedua struktur senyawa tersebut
frekuensi bernilai imaginer pada hasil
pada Gambar 2
perhitungan (tidak terdapat nilai negatif pada
frekuensi) (Male, 2015).
Nama E E Selisih
(HOMO) (LUMO)
Senyawa (eV)
(eV) (eV)
Eugenol -8,082 4,163 12,245
Nitroeugenol -9,034 1,497 10,531
Tabel 2 Selisih Energi HOMO-LUMO Gambar 5 Orbital HOMO (a) dan LUMO
(b) pada nitroeugenol
Dari tabel selisih energi LUMO-
HOMO, eugenol memiliki selisih energi yang Perhitungan Intrinsic Reaction Coordinate
mendapatkan perkiraan struktur transisi yang beberapa titik yang menunjukkan struktur-
akan terbentuk dari reaksi benzena dengan struktur transisi yang didapat. Dari kurva
+ tersebut diambil struktur transisi pada titik
ion NO2 . Perkiraan struktur transisi yang
(1,4) karena struktur tersebut berada di
telah optimum pada penelitian ini
tengah puncak kurva dengan energi transisi
ditunjukkan pada Gambar 6
sebesar -20,355 kJ/mol. Sedangkan jika
menggunakan basis set 6-31G(d) diperoleh
kurva potential energy surface scan seperti
pada Gambar 8
Tahap Eksperimen
Gambar 15 Spot eugenol murni (a), spot Identifikasi Senyawa Hasil Sintesis
dan nitroeugenol ini memiliki nilai yang pada Gambar 17 dengan puncak tertinggi
sama. Untuk spot eugenol murni memiliki pada peak ketiga dengan % area sebesar
C10H11NO4.
Fessenden, R. J. dan Joan S. F. 1987. Kimia
Saran Organik Edisi Ketiga Jilid 2. Jakarta :
Erlangga.
1. Perlunya menggunakan pendekatan selain
senyawa benzena seperti senyawa fenol
Hizmi, S. 2012. Studi Reaksi Asilasi Amino Sardjoko. 1993. Rancangan
Eugenol. Skripsi, Program Studi Obat.
Kimia Fakultas MIPA Universitas Yogyakarta : UGM Press.
Mataram.
Sudarma, I.M. 2009. Kimia Bahan Alam.
Kardinan. 2005. Tanaman Penghasil Minyak Mataram : FMIPA Press.
Atsiri Komoditas Wangi Penuh
Potensi. Jakarta: Penerbit Agro Media Tuslinah, L. 2013. Uji Reaktivitas Antioksidan
Pustaka. Senyawa S-Allyl Cysteine dan S-Allyl-
Mercapto-L-Cysteine dengan Metode
Kendal, R.A. 1995. High Performance Kimia Komputasi PM3. Jurnal
Computing in Computational Kesehatan Bakti Tunas Husada Vol. 9
Chemistry : Methods and Mechanics, No. 1 Februari 2013.
in : Review of Computational
Chemistry, Lipkowitz K. B. and D.B. Wazni, N. 2012. Perbandingan
Boyd (eds), VCH Verlagsgesellschaft Metode
mbH, Vol 6, Weinheim, hal 209-211. Reaksi Nitratasi Eugenol Hasil
Isolasi Dari Daun Cengkeh Kering.
Kusnandini, A. 2013. Introduksi Atom S pada Skripsi Program Studi Kimia Fakultas
Aminoeugenol dengan Karbon MIPA Universitas Mataram.
Disuldifa (CS2). Mataram :
Universitas Mataram.
Seminar Nasional Kimia XV Yogyakarta, 9
Oktober 2004.