DESIGN PRIMER IKAN SALMON MASU (Oncorhynchus masou)

Disusun sebagai salah satu syarat untuk memenuhi tugas

Mata Kuliah Bioteknologi Perikanan semester ganjil

Disusun oleh :

Martha Herelda Sirait

230110160122

Kelas :
Perikanan B

UNIVERSITAS PADJADJARAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
PROGRAM STUDI PERIKANAN
JATINANGOR

2018
1. Membuat design primer dengan mengunjungi web NCBI terlebih (www.ncbi.nlm.nih.gov)
dahulu. All database diganti dengan nucleotide, lalu isi kolom sebelahnya dengan spesies yang
ingin kita buat primernya dan hormone yang kita butuhkan. Setelah itu klik search

Setelah keluar hasilnya, pilih yang complete. Setelah itu klik fasta

Lalu copy sequence yang muncul

2. Buka web IDTDNA (www.idtdna)

Setelah register sebelumnya, klik bagian tools.

Copy sequence yang sudah didapat dari ncbi ke kolom yang tersedia
Isi amplicon criteria sesuai data BP yang didapat dari ncbi (maximal tak melebihi), lalu klik get
assays

Klik view assays detail pada set 1 OmGH

Akan muncul seperti ini

 Lalu copy sequence dari bagian forward hingga reverse (sense-antisense)

3. kembali ke web ncbi agar dapat menginterpretasikan hasilnya. Lalu klik bagian blast.

Lalu klik bagian nucleotide blast

 Lalu copy sequence yang dari forward hingga reverse ke kolom accession number

Isi bagian organism dengan nama spesies, lalu klik blast

Interpretasi :
Jadi primer yang kita design 100 identic dengan primer-primer yang ada di kolom description
(kolom disampingnya).