A.

Redocking senyawa ligan asli

1. Masukkan file .pdb nya (3qx3.pdb) dan Water dan protein tidak dicentang

2. Etoposida (EVP_1) di jadikan set as active ligand

3. Klik preparation trus detect cavities trus advanced (max cavity volume 20000)
4. hasil cavities 1 dengan ligan asli EVP_1 A

5. Hasil dari menu docking, docking wizard dan Selanjutnya centang hanya pada ligan aktif (
EVP_1 A), reference ligand for RMSD (EVP_1 A)
6. Klik next, origin diganti cavity yang terbesar dan yang mendempeti ligan (cavity 1)

7. Klik next lagi, next lagi, next lagi, sampai tampilan

Yg dilingkarin itu alamat penyimpanan hasil docking, jangan lupa. Tekan start

8. Proses redocking

9. Setelah selesai Lihat hasil di poses all

Pilih yang rerank score paling kecil.

10. Lihat asam amino dan ikatan steriknya dengan cara klik file trus import docking results,
(pakai hasil docking paling yang barusan selesai ) hasilnya seperti berikut

Centang yang rerank score paling kecil klik OK

11. Klik ligan map dan ganti ligan nya ke nama yg dicentang [00]EVP .... seperti berikut
12. Tekan show interaction, untuk lihat ikatan hidrogen asam amino centang Hydrogen Bond

13. Untuk lihat interaksi sterik centang steric interaction

Selesai untuk redocking ligan asli

B. Untuk mendocking senyawa ligan uji ada dua dengan allign dan tanpa allign

Untuk senyawa 2a (yang ada di jurnal) dibuat dengan Chemdraw lalu di copy ke Chem3d dan di
minimize energy nya (calculation, MM2, minimized energy, setelah itu save as dengan format .pdb

1. Masukkan data pdb ligan uji (2a) file, import molecule, open, import
2. Ligan uji (UNX....) yg telah dimasukkan, di ganti nama sesuai selera (2a)

3. Dengan allign klik 3 karbon atom pada ligan asli sbb

Caranya ligan EVP _ 1 di klik kanan dan fit to screen, trus klik atom C sesuai ilustrasi atas

Setelah 3 atom ligan asli diklik, warna atom akan berwarna hijau
Selanjutnya klik kanan dan fit to screen pada ligan uji 2a

Dan klik 3 atom pada ligan uji 2a sesuai gambar ilustrasi di bawah
Hasil setelah 3 atom ligan uji 2a diklik, atom C jadi hijau. Kalo bingung pokok klik mulai atom C
yang diatas seberang atom N (atom N warna biru) dan sebelahan dengan atom O (atom O
warna merah), sampe atom C yang berikatan dengan OH (warna atom O merah dan atom H
putih)

Selanjutnya klik kanan pada atom yang sudah dipilih dan allign to this molecule
Jadinya seperti ini

Trus langsung di docking yang caranya sama kayak poin A dengan langkah 2 sampai habis. ( yang
ligan 2a dijadikan set as active ligand) trus pada saat docking yang dicentang ligan 2a dan
reference ligand for RMSD juga 2a.
selanjutnya sama persis langkahnya.

Selamat Mencoba
By : N. Alfi