Biologi tanah

Biologi tanah adalah sebuah studi mengenai aktivitas mikroba dan fauna beserta ekologinya di
dalam tanah. Fauna tanah, biota tanah, atau edafon adalah istilah yang biasanya digunakan untuk
menyebut organisme yang menghabiskan sebagian besar siklus hidupnya di dalam tanah atau
sedimen organik di atasnya. Fauna tanah mencakup cacing tanah, nematoda, fungi, bakteri, dan
berbagai arthropoda. Dekomposisi materi organik oleh organimse memiliki pengaruh yang besar
terhadap tingkat kesuburan dan struktur tanah sehingga biologi tanah berperan penting dalam
menentukan karakteristik tanah.

Sebagian besar keanekaragaman hayati yang berupa organisme mikro berada di dalam atau dekat
dengan permukaan tanah. Setidaknya dari eukaryota animalia hingga prokaryota menghuni
ekologi tanah. Hubungan antara mikroorganisme tanah dan fungsi tanah cukup rumit dan telah
menjadi subjek di berbagai aktivitas pengamatan. Rantai makanan di dalamnya berperan penting
dalam siklus nutrisi, di mana sumber energi tidak selalu berupa material organik tetapi juga mineral
anorganik yang diawali oleh bakteri kemosintetik dan nitrogen oleh bakteri nitrifikasi, dan
berperan dalam siklus biogeokimia tanah.

Klasifikasi biota tanah

Jenis-jenis biota tanah mencakup:

 Fauna besar vertebrata seperti tikus tanah, kelinci, dan rodentia.

 Invertebrata seperti cacing tanah, centipede, siput, semut
 Mesofauna tanah yang berukuran antara 100 mikrometer hingga 2 milimeter, seperti
tardigrada, rayap
 Mikrofauna dan mikroflora tanah yang berukuran 1 hingga 100 mikrometer, seperti bakteri,
fungi, protozoa, rotifera, aktinobakteria
Mikroflora

Mikro Flora, yaitu flora tanah yang dapat dilihat lebih jelas dan rinci dengan bantuan mikroskop,
terdiri dari: bakteri, fungi, actinomycetes, algae dan Virus. Dalam biologi tanah ini dipelajari
berbagai hal yang terkait dengan keadaan tanah dengan fungsi organismenya baik mikroflora
ataupun makrofauna tanah dalam mempengaruhi kualitas dan kesehatan tanah, telah dijelaskan
pada paragraf sebelumnya bahwa salah satu fungsi positif yang dapat dilakukan oleh mikroflora
tanah tersebut adalah sebagai indicator kesuburan tanah. Fungsi lain dapat kita ketahui antara lain
adalah sebagai berikut :

 Dalam daur Nitrogen, penambatan oleh mikrobia dan jasad renik yang bersimbiosis dengan
tanaman kacang – kacangan (legum) dan non-legume .Mikroorganisme yang dapat membantu
proses penambatan N tersebut adalah Azotobacter, Azospirillum, Actinomycetes, Blue gren
algae
 Dalam daur fospor ( P ), P-organik dalaam tanah antara lain adalah fosfolipida, asam suksinat,
fitin dan inositol fospat. Fospat tersebut dengan mudah diubah atau didekomposisi oleh
mikrobia. Kemampuan mikrobia melakukan hidrolisis senyawa itu dengan mengeluarkan
enzim sehingga P lepas dan berada dalam larutan tanah sehingga bisa dipergunakan oleh
tanaman yang secara tidak langsung meningkatkan kualitas tanah dalam menghasilkan produk.
Bakteri yang berperan dalam proses ini adalah BPF contohnya Bacillus sp dan Pseudomonas
1. Bakteri Actinomycetes

Actinomycetes adalah suatu kelompok mikroorganisme yang morfologinya merupakan bentuk

peralihan antara bakteri dan jamur. Actinomycetes merupakan mikroorganisme tanah yang umum

dijumpai pada berbagai jenis tanah. Populasinya berada pada urutan kedua setelah bakteri, bahkan

kadang-kadang hampir sama. Actinomycetes hidup sebagai saprofit dan aktif mendekomposisi

bahan organik, sehingga dapat meningkatkan kesuburan tanah.

Actinomycetes termasuk dalam divisi Schyzophyta. Tumbuh sebagai filamen sel yang

bercabang panjang atau pendek. Organisme ini membelah dengan pembelahan biner, dan mungkin

menghasilkan spora eksternal atau tidak. Begitu jauh, mayoritas organisme ini adalah saprofit
tanah dan air (organisme yang hidup dari benda organik yang membusuk dan sangat penting

karena perannya dalam daur alam, seperti pembusukan bahan organik dan penambatan nitrogen).

Bangsa Actinomycetes terdiri dari tiga suku yaitu suku Mycobacteriaceae, suku

Actinomycetaceae, dan suku Streptomycetaceae.

SIFAT DAN CIRI ACTINOMYCETES

1. Actinomycetes kelihatan dari luar seperti jamur dan dalam banyak buku dibicarakan sama

dengan fungi eukariot.

 2. Actinomycetes dapat bersifat anaerob fakulatif (mampu tumbuh baik jika terdapat O2 bebas

atau tidak ada O2) sehingga dapat hidup di lingkungan akuatik dan air.

3. Actinomycetes tumbuh seperti filamen-filamen yang tipis seperti kapang dari pada sel

tunggal sehingga Actinomycetes dianggap sebagai fungi atau cendawan. Meskipun ada

persamaan dalam hal pola pertumbuhannya,yang membedakan adalah fungi itu eukariota

sedangkan Actinomycetes adalah prokariota.

4. Actinomycetes adalah bakteri gram positif aerobik yang membentuk filament bercabang

atau hifa (biasanya 0,5-1,0 mili mikron) dan spora aseksual dan tumbuh sebagai filamen
sel yang bercabang panjang atau pendek.

HABITAT DAN PERTUMBUHAN ACTINOMYCETES

Actinomycetes memiliki habitat yang cukup luas antara lain ditemukan pada tanah, kompos,

padang rumput, tanah hutan, sedimen, lumpur, dan pada daerah perakaran tanaman atau di perairan

laut. Actinomycetes merupakan mikroorganisme tanah yang umum dijumpai pada berbagai jenis

tanah. mayoritas organisme ini adalah saprofit tanah dan air (organisme yang hidup dari benda

organik yang membusuk dan sangat penting karena perannya dalam daur alam, seperti

pembusukan bahan organik dan penambatan nitrogen). Jenis Actinomycetes tergantung pada tipe

tanah, karakteristrik fisik, kadar bahan organik, dan pH lingkungan. Jumlah Actinomycetes

meningkat dengan adanya bahan organik yang mengalami dekomposisi. Pada umumnya

Actinomycetes tidak toleran terhadap asam dan jumlahnya menurun pada keadaan lingkungan

dengan pH di bawah 5,0. Rentang pH yang paling cocok untuk perkembangbiakan Actinomycetes

adalah antara 6,5-8,0. Tanah yang tergenang air tidak cocok untuk pertumbuhan Actinomycetes,

sedangkan tanah gurun yang kering atau setengah kering dapat mempertahankan populasi dalam

jumlah cukup besar, karena adanya spora. Temperatur yang cocok untuk pertumbuhan

Actinomycetes adalah 25°C - 30°C, tetapi pada suhu 55°C - 65°C Actinomycetes masih dapat
tumbuh dalam jumlah cukup besar, khususnya genus Thermoactinomyces dan Streptomyces.
 PERANAN ACTINOMYCETES PADA EKOSISTEM TANAH
Peranan bakteri actinomycetes dalam tanah sangatlah penting karena dapat menjaga kesuburan

tanah dan siklus kehidupan, terutama pada ekosistem tanah. Berikut ini merupakan beberapa

uraian mengenai peranan actinomycetes terhadap ekosistem tanah.

 Mendekomposisi Bahan Organik

 Menghasilkan Antibiotik Yang Dapat Mematikan Patogen

 Mengikat Struktur Tanah Liat Sehingga Dapat Memperbaiki Sifat Fisik Tanah

 Menghilangkan Bau Pada Tanah

2. Alga

Ganggang ( Alga ) ialah protista yang bersifat fotoautotrof yang bisa membuat makanannya sendiri
dengan cara fotositentis. Pada ganggang/alga ini mempunyai kloroplas dengan mengandung
klorofil atau plastid yang berisi pigmen fotosintetik lainnya. Pada ganggang/alga ini dapat dengan
mudah ditemukan di air tawar maupun air laut. Ada yang hidup dengan cara menempel di suatu
tempat atau melayang-layang di air.

Alga adalah tumbuhan nonvascular yang memilika benruk thalli yang beragam, uniseluler atau
multiseluler, dan berpigmen fotosintetik. Alga bentik (makroalga) dapat hiduup di perairan tawar
dan laut. Makroalga adalah tumbuhan tidak berpembuluh yang tumbuh melekat pada subtract
didasaran laut.

Tumbuhan tersebut tidak memiliki akar, batang daun, bunga, buah, dan biji ssejati. Makroalga
terbesar didaerah litoral dan sublitoral. Daerah tersebut masih dapat memperoleh cahaya matahari
yang cukup sehingga proses fotosintesis dapat berlangsung. Makraoalga menyerap nutrisi berupa
fosfor dan nitrogen dari lingkungan sekitar perairan.

Menurut atmaja & sulistijo ( 1988 ), makroalga dapat diklasifikasikan menjadi tiga divisi
berdasarkan kandungan pigmen fotosintetik dan pigmen asesoris, yaitu: cholorophyta, phaeophyta,
dan rhodophyta. Dalam dunia tumbuhan alga (ganggang) termasuk kedalam dunia tallopyta
(tumbuhan talus), karena belum mempunyai akar, batang dan daun secara jelas. Tumbuhan
ganggang ada yang bersel tunggal dan juga ada yang bersel banyak dengan bentuk serupa benang
atau lembaran.

Alga (ganggang) bersifat autotrof (dapat menyusun makanannya sendiri). Hampir semua alga
bersifat eukaryotik. Habitat hidupnya di air tawar, laut dan tempat-tempat yang lembab. Alga
(ganggang) terbagi menjadi beberapa kelas :

1. Cyanophyta (ganggang biru), masih prokaryotik.

2. Chlorophyta (ganggang hijau)
3. Chrysophyta (ganggang keemasan)
4. Phaeophyta (ganggang coklat/ perang)
5. Rhodophyta (ganggang merah)

Sifat alga

Ciri-ciri dan sifat ganggang hijau biru:

 Tumbuhan bersel satu, benang (filamen) dan hidup berkoloni

 Memiliki klorofil, karotenoid serta pigmen fikobilin yang terdiri dari fikosianin dan
fikoeritin (sering disebut ganggang hijau biru)
 D1inding sel mengandung peptida, hemiselulosa dan selulosa, kadang-kadang berlendir
 Inti sel tidak memiliki membran (prokarion) Alga merupakan kelompok organisme yang
bervariasi baik bentuk, ukuran, maupun komposisi senyawa kimianya. Alga ini ada
berbentuk uniseluler (contoh Chlorococcus sp), koloni (Volvox sp), benang (filamen)
 (contoh Spyrogyra sp) serta bercabang atau pipih (contoh Ulva sp, Sargasum sp dan
Euchema sp).

Fungsi, manfaat, peran ganggang / alga

 Memainkan peran penting dalam pemeliharaan kesuburan tanah terutama di tanah tropis.
 Tambahkan bahan organic ke tanah saat mati dan dengan demekian meningkatkan jumlah
karbon organic pada tanah
 Sebagian besar alga tanah (terutama BGA) bertindak sebagai penyemmen agen dalam
meningkatkan partikel tanah dan dengan demikian mengurangi / mencegah erosi tanah.
 Mucilage yang di sekresikan oleh BGA bersifat higroskopis dan dengan demikian
membantu dalam meningkatkan kapasitas retenhsi air tanah untuk waktu/periode yang
lebih lama.
 Alga tanah melalui proses fotosintesis membebaskan sejumlah besar oksigen dilingkungan
tanah sehingga memudahkan aerasi tanah yang terpendam atau mengoksigenasi
lingkungan tanah.
 Mereka membantu dalam memeriksa hilangnya nitrat melalui pencucian dan pengeringan
terutama ditanah yang tidak dipotong.
 Mereka membantu dalam pelapukan batuan dan membangun struktur tanah.

Habitat Alga / Ganggang

Tumbuhan ganggang merupakan tumbuhan yang hidup di air,baik air tawar atau air laut,setidak-
tidaknya selalu menempati habitat yang lembab dan basah.Ada yang bergerak aktif dan ada yang
tidak.jenis ganggang yang bergerak aktif mempunyai alat untuk bergerak yang berupa bulu-bulu
cambuk atau flagel.Yang berjumlsh satu atau lebih.jenis yang tubuhnya bersel tunggal dan adapat
bergerak aktiv merupakan penyusun plankton,tepatnya fikoplankton. Yang melekat pada sesuatu
yang ada didalam air seperti batu atau kayu, disebut bentos.

Tubuh ganggang terdapat zat warna (pigmen), yaitu :

 fikosianin : warna biru

 klorofil : warna hijau
 fikosantin : warna perang/ coklat
  fikoeritrin : warna merah karoten : warna keemasan
 xantofil : warna kuning

3. Virus
Virus adalah parasit intraseluler obligat dan ukurannya 20-200 nm, bentuk dan komposisi
kimianya bervariasi, tetapi hanya mengandung RNA atau DNA. Partikelnya secara utuh disebut
“VIRION” yang terdiri dari “Capsid” yang dapat terbungkus oleh sebuah
Glycoprotein/membrane lipid. Virus resisten terhadap antibiotics. Virus hanya bersifat hidup dan
dapat memperbanyak diri bila berada di dalam organ hidup dari makhluk hidup lain sehingga
dinamakan parasit intraseluler obligat. Kondisi demikian disebabkan virus tidak memiliki
kelengkapan metabolik, pembangkit energi dan sintesis sendiri. Mereka hanya tergantung kepada
sei inangnya. Walaupun demikian, virus memiliki informasi genetik untuk melakukan produksi
dan untuk mengambil alih sistem pembangkit energi dan mensintesis sel inangnya yang berada
dalam gen-gen virus.

Virus dapat berpindah dari satu sei inang ke sel inang iainnya dalam bentuk paket-paket bahan
genetis DNA atau RNA berukuran kecil. Bahan genetis ini terkemas dalam satu selubung protein
dengan berbagai bentuk. selubung ini berfungsi meiindungi bahan genetis ketika virus berada di
luar sel inang dan membantu untuk masuk ketika virus menginfeksi sei inang tertentu.

Sifat-Sifat Virus
Pada dasarnya, ada beberapa sifat umum dari virus yang dapat membedakannya dari bakteri,
mengingat bahwa kedua organisme ini sering disamakan. Berikut ini adalah sifat-sifat virus :

Virus merupakan makhluk hidup peralihan antara benda mati atau benda hidup. Disebut sebagai
benda mati karena virus dapat dikristalkan dan tidak mengandung protoplasma, sedangkan
disebut sebagai makhluk hidup karena dapat berkembang biak dan memiliki asam nukleat
Virus hanya dapat hidup pada organisme yang hidup saja, virus juga dapat melekatkan dirinya
pada permukaan sel hidup atau organisme
Virus juga dapat mengenali inangnya dengan suatu mekanisme lock and key, atau dengan kata
lain seperti kunci dan anak
Adapun sifat – sifat khusus virus menurut Lwoff, Home dan Tournier (1966) adalah :

 Berbeda dengan sel organisme yang memiliki DNA maupun RNA, bahan genetis virus
hanya satu macam DNA atau RNA saja
 Struktur virus sangat sederhana hanya tersusun atas asam nukleat yang terbungkus oleh
selaput protein
 Virus mengadakan produksi dan bermetabolisme hanya jika berada di dalam sel hidup
 Virus tidak membelah diri secara biner sebagaimana pada sel organisme. Partikel virus
diperbanyak melalui proses replikasi asam nukleat dan biosintesis protein pelengkap
 Bila menginfeksi sel inang, virus mengambil alih kekuasaan dan pengawasan sistem
enzim sel inangnya, dan mengarahkannya selaras dengan proses sintesis asam nukleat dan
protein virus
 Virus menggunakan ribosom sel inangnya untuk keperluan biosintesinya
 Komponen-komponen utama virus dibentuk secara terpisah-pisah dan baru digabung
menjadi satu partikel virus lengkap (virion) menjelang dibebaskan dari sel inangnya
 Sebelum berlangsung proses pembebasan, partikel beberapa virus mendapat selubung luar
dari lipoprotein dan bahan-bahan lilin yang sebagian berasal dari sel inang
 Partikel virus lengkap disebut virion, terdiri dari inti asam nukleat yang dikelilingi lapisan
protein bersifat antigenik yang disebut kapsid dengan atau tanpa selubung
(Winatasasmita, 1993 :43)
Ciri-Ciri Virus
 Virus sendiri tidak memiliki sel satu pun dan sering di sebut sifat aseluler.
 Berkembangbiaknya menggunakan sel yang terdapat pada makhluk hidup lainnya.
 Virus ukurannya sendiri sekitar 20-300 milikron.
 Di dalam tubuhnya hanya ada satu macam asam nukleat saja kalau tidak DNA ya RNA.
 Virus dapat di bekukan dengan cara di kristalkan.
 Bentuknya sangat bervariasi dan juga beragam ada yang berbentuk heliks, kompleks,
polihidris dan ada pula yang berbentuk sampul virus.
 Tubuh virus terdiri dari asam nukleat yang terlindungi dengan baik oleh kapsid.

Habitat Virus
Virus menunjukkan kehidupannya ketika ada di dalam sel makhluk hidup lain atau sel inangnya.
Sel inangnya berupa makhluk hidup seperti bakteri, sel yang terdapat pada tumbuhan, hewan dan
manusia dan juga pada mikroorganisme eukariot.

Peran Virus
Virus ada yang bermanfaat bagi manusia, ada pula yang menimbulkan kerugian bagi manusia.
Berikut akan diuraikan contoh-contoh virus yang menguntungkan dan yang merugikan.
 Virus Yang Menguntungkan
 Rekayasa Genetika (Manipulasi Informasi Genetik)
 Untuk Pembuatan Vaksin Protein
 Pengobatan Secara Biologis
 Pemberantasan Hama Pada Tanaman
 Untuk Membuat Perngakat Elektronik

 Virus Yang Merugikan

 CVPD (citrus vein phloem degeneration) menyerang floem tanaman jeruk
 PYVD (potato yellow dwarf virus) menyerang tanaman kentang.