Skripsi Fix Insyaalloh
Skripsi Fix Insyaalloh
Dibuat oleh:
MAULIDATUL MUSYARROFAH (152111015)
JULI 2019
SKRIPSI
Disusun oleh:
Maulidatul Musyarrofah
152111015
2
3
NIM : 152111015
Ikatan Kandungan Quercetin pada apel (Malus Domestica.) dan Captopril terhadap
benar hasil karya asli dan bukan hasil plagiat. Apabila di kemudian hari ternyata hal
ini terbukti tidak benar, saya bersedia dituntut sesuai dengan peraturan perundangan
Maulidatul Musyarrofah
152111015
3
4
LEMBAR PENGESAHAN
4
5
MENGETAHUI,
5
6
DEWAN PENGUJI
Ditetapkan di : Malang
6
7
Beserta perangkat yang ada (jika diperlukan). Dengan Hak Bebas Royalti
Noneksklusif ini Sekolah Tinggi Kesehatan Widya Cipta Husada berhak menyimpan,
mengalihmedia/formatkan, mengelola dalam bentuk pangkalan data (database),
merawat, dan mempublikasikan tugas akhir saya selama tetap mencantumkan nama
saya sebagai penulis/penipta dan sebagai pemilik Hak Cipta.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenarnya.
Dibuat di : Malang
Pada tanggal : Juli 2019
Yang menyatakan,
(Maulidatul Musyarrofah)
7
8
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Allah yang Maha Kuas, atas limpahan Rahmat dan
Ikatan Kandungan Quercetin pada apel (Malus Domestica.) dan Captopril terhadap
satu syarat untuk memperoleh gelar Sarjana SI Gizi di STIKes Widya Cipta Husada.
Penulisan skripsi ini tidak lepas dari hambatan dan kesulitan, namun berkat
bimbingan, bantuan, nasihat dan saran serta kerjasama dari berbagai pihak, khususnya
orang tua dan dosen pembimbing, segala hambatan akhirnya dapat diatasi dengan
baik. Pada kesempatan ini saya menyampaikan penghargaan dan terimakasih yang
1. Dr. Tayubi H, SE, MM selaku ketua STIKes Widya Cipta Husada Kepanjen.
2. Ibu Choirun Nissa, S.Gz, M.Biomed selaku Ketua Program Studi Ilmu Gizi
4. Orang tua, keluarga dan sahabat yang telah banyak membantu dalam
Akhir kata, skripsi ini tentunya tidak lepas dari kekurangan, baik aspek kualitas
maupun aspek kuantitas dari materi yang disajikan, sehingga penulis membutuhkan
8
9
mendatang.
Penulis
9
10
ABSTRAK
Musyarrofah Maulidatul, 2019. Perbandingan Ikatan kandungan Quercetin pada Apel
(Malus Domestica.) dan Captopfil terhadap ACE (angiotensin-converting enzyme)
menggunakan Studi In Silico. Skripsi. Program Studi S1 Ilmu Gizi, STIKes Widya
Cipta Husada. Pembimbing : (1) Choirun Nissa S.Gz M.Biomed (2) Mukhamad
Hermanto M.Pd
Salah satu masalah kesehatan utama bagi masyarakat global.yaitu hipertensi, jumlah
kematian di dunia akibat hipertensi mencapai 9,4 juta kasus per tahun. Sehingga
memerlukan pengobatan yang diperlukan terapi secara farmakologis serta modifikasi
gaya hidup untuk mengontrol tekanan darah. Buah apel memilki banyak banyak
kandungan, salah satu kandungan didalamnya yaitu Quercetin, quercetin merupakan
zat zat bioaktif flavonoid yang terkandung dalam buah-buahan yang seperti apel yang
diketahui memilki aktifitas anthi-hipertensi . Penelitian ini bertujuan mempelajari
perbandingan antara ikatan Quercetin dan Captopril terhadap ACE dengan
menggunakan perangkat lunak Hex 8.0 yang merupakan program untuk penambatan
makromolekul dan ligan. Hasil visualisasi penambatan molekul ditampilkan dengan
perangkat lunak Discovery Studio. Hasil penelitian ini menunjukkan Energi
penambatan molekul Quercetin sebesar -236,47 kkal/mol, Captopril sebesar -494.56
kkal/mol, Penelitian ini menyimpulkan bahwa Captopril lebih kuat ikatannya
dibandingkan dengan Quercetin karena Captopril lebih kecil dibandingkan Quercetin
sehingga semakin kecil energi ikatan itu maka semakin kuat .
10
11
ABSTRACT
One of the main health problems for the global community is hypertension, the
number of deaths in the world due to hypertension reaches 9.4 million cases per year.
So that it requires treatment that is needed pharmacologically and lifestyle
modification to control blood pressure. Apples have many ingredients, one of which
is Quercetin, quercetin is a bioactive flavonoid substance contained in fruits such as
apples that are known to have antihypertensive activity. This study aims to study the
comparison between the Quercetin and Captopril bonds to ACE using Hex 8.0
software, which is a program for belaying macromolecules and ligands. The results of
molecular belay visualization are displayed with Discovery Studio software. The
results of this study indicate the belay energy of Quercetin molecules amounting to -
236.47 kcal / mol, Captopril of -494.56 kcal / mol, This study concluded that
Captopril had stronger bonds compared to Quercetin because Captopril was smaller
than Quercetin so that the smaller the bonding energy the more strong .
11
12
DAFTAR ISI
12
13
13
14
14
15
DAFTAR TABEL
No Teks Halaman
15
16
DAFTAR GAMBAR
No Teks Halaman
16
17
DAFTAR SINGKATAN
Kg : Kilo gram
Cm : Centimeter.
Gr : Gram.
Mg : Miligram
Th : Tahun
RI : Republik Indonesia
17
18
DAFTAR SIMBOL
% : Persen
“ : Tanda Petik
- : Kurang
+ : Tambah
ἁ : Alfa
β : Beta
ρ : Value
= : Sama dengan
18
19
DAFTAR ISTILAH
19
20
DAFTAR SINGKATAN
Kg : Kilo gram
Cm : Centimeter.
Gr : Gram.
Mg : Miligram
Th : Tahun
RI : Republik Indonesia
20
21
DAFTAR SIMBOL
% : Persen
“ : Tanda Petik
- : Kurang
+ : Tambah
= : Sama dengan
21
22
DAFTAR ISTILAH
22
23
DAFTAR LAMPIRAN
No Teks Halaman
6. Molinspiration............................................................................................. 66
23
24
BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
global. Jumlah kematian di dunia akibat hipertensi mencapai 9,4 juta kasus per
tahun. Data riset kesehatan dasar tahun 2013 menyebutkan prevalensi hipertensi
di Indonesia tidak terlalu tinggi yaitu sebesar 25,8%. Namun hasil riset tersebut
diperoleh dengan jangkauan tenaga kesehatan 36,8%, artinya lebih banyak kasus
lingkungan, usia serta pola makan. Kondisi hipertensi yang tidak tertangani
lebih parah sehingga diperlukan terapi secara farmakologis serta modifikasi gaya
mengingat dampak yang timbul baik jangka pendek maupun jangka panjang Data
WHO tahun 2010 menyebutkan dari total penderita hipertensi yang diketahui
yang diobati dengan baik hanya 12,5%. Diketahui hipertensi dapat menyebabkan
rusaknya organ-organ tubuh seperti ginjal, jantung, hati, mata hingga kelumpuhan
lain yaitu penyakit darah tinggi. Penyakit darah tinggi adalah keadaan terjadi
peningkatan tekanan darah diatas batas normal yaitu 120/80 mmHg. Tekanan
darah disebabkan oleh dua faktor, yaitu tekanan darah primer dan sekunder.
24
25
Tekanan darah primer penyebabnya tidak diketahui dan tekanan darah sekunder
penyebabnya oleh penyakit yaitu penyakit ginjal, penyakit endokrin dan penyakit
jantung.
morbiditas dan mortalitas juga mengurangi harapan hidup seseorang akibat dari
komplikasinya. Mengingat akan hal itu, hipertensi menjadi salah satu dari sekian
masalah kesehatan yang serius sehingga memerlukan penanganan secara baik dan
Saat ini telah tersedia berbagai ACE-I sintetik, tetapi obat sintetik tersebut
diketahui dapat menimbulkan efek samping baik ringan hingga berat, sehingga
bersifat lebih aman dapat diperoleh dari produk alam, salah satunya adalah ACE-I
yang diisolasi dari berbagai tanaman. Beberapa bahan makanan dan obat
tradisional diketahui mengandung senyawa yang mempunyai fungsi dan aksi sama
ekspresi ACE. Salah satu golongan senyawa fenolik yang mempunyai aktivitas
25
26
flavonoid banyak terkandung di dalam bahan konsumsi terutama buah dan sayur.
Salah satu tanaman tropis yang memiliki kandungan flavonoid adalah buah apel
(Asif , 2013).
yang mengandung zat fitokimia dan flavonoid. Salah satu zat yang terkandung
dalam kulit buah apel adalah quersetin. Quersetin adalah senyawa kelompok
flavonol terbesar, kuersetin dan glikosidanya berada dalam jumlah sekitar 60-75
% dari flavonoid. Menurut Waji, (2009) Apel rome sangat bermanfaat untuk
menjaga kesehatan jantung dan mengeluarkan toksin yang ada dalam tubuh,
sebuah penelitian yang dilakukan di luar finandlia disebutkan bahwa zat yang
terapi antihipertensi yang lebih aman menggunakan agen ACE-I alami yaitu fraksi
flavonoid fenolik dari quercetin pada buah apel (malus domestica) karena obat
antihipertensi alami lebih aman dari pada obat kimia golongan antihipertensi
Diharapkan dari penelitian ini, pemanfaatan buah apel akan semakin luas,
tidak hanya terbatas sebagai bahan konsumsi tetapi juga sebagai obat
antihipertensi.
26
27
Tujuan penilitian ini memiliki dua tujuan, yaitu tujuan umum dan tujuan
Enzym)
27
28
1.4 Manfaat
bidang gizi
pengobatan hipertensi
28
29
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Konsep Dasar
2.1.1 Hipertensi
tekanan darah dalam pembuluh darah arteri yang mengangkut darah dari
terus–menerus lebih dari suatu periode (Irianto, 2014). Hal ini terjadi bila
beban kerja jantung dan arteri yang bila berlanjut dapat menimbulkan
merupakan penyebab utama gagal jantung, stroke, infak miokard, diabetes dan
29
30
2.1.2 Etiologi
2. Jenis kelamin dan usia: laki – laki berusia 35- 50 tahun dan wanita
perempuan.
untuk mengolah garam akan menahan cairan lebih banyak dari pada
30
31
darah.
2000 mg atau setara dengan satu sendok teh. Perlu diingat bahwa
31
32
garam sejak dini akan membebaskan anda dari komplikasi yang bisa
terjadi.
b. Hipertensi sekunder
tekanan darah karena suatu kondisi fisik yang ada sebelumnya seperti
tekanan darah serta ganguuan yang terjadi pada tiroid juga merangsang
intravaskuler, luka bakar, dan stress karena stres bisa memicu sistem
32
33
2.1.3 Klasifikasi
darah sistolik kurang dari 120 mmHg dan tekanan darah diastolik kurang
sistolik lebih dari 140 mmHg dan tekanan diastolik lebih dari 90 mmHg.
Berdasarkan The Joint National Commite VIII (2014) tekanan darah dapat
Tabel 2.1 Hipertensi Berdasarkan The Joint National Commite VIII Tahun
2014
33
34
kelamin, usia, diet, berat badan, gaya hidup. Hipertensi sekunder adalah
peningkatan tekanan darah karena suatu kondisi fisik yang ada sebelumnya
seperti penyakit ginjal atau gangguan tiroid. Sehingga 10% kasus hipertensi
2.1.4 Patofisiologi
jantung) diperoleh dari perkalian antara stroke volume dengan heart rate
saraf otonom dan sirkulasi hormon. Empat sistem kontrol yang berperan
jaras 19 saraf simpatis, yang berlanjut ke bawah korda spinalis dan keluar
34
35
(Padila, 2013).
tidak diketahui dengan jelas mengapa hal tersebut bisa terjadi. Namun
peranan dalam genesis hiepertensi seperti yang sudah dijelaskan dan faktor
oleh korteks adrenal. Hormon ini menyebabkan retensi natrium dan air
35
36
bagian ujung dan berperan sebagai sisi aktif enzim. ACE adalah enzim non-
spesifik yang banyak terlibat dalam metabolisme peptida. ACE berperan sebagai
36
37
pada membran plasma dalam berbagai sel, termasuk sel endotelial pembuluh
darah. Letak ACE yang terlokalisasi di membran sel endotelial berperan penting
pada sistem renin-angiotensin aldosteron dalam hal regulasi tekanan darah dan
bentuk larut pada plasma, tetapi bentuk larut tersebut secara cepat berganti
suatu hormon yang beredar dalam darah dan mempunyai berbagai pengaruh
2003).
yang merupakan ligan atom zinc (Zn) yaitu golongan sulfihidril (kaptopril),
potensi, bioavailabilitas, 1/2 plasma, rute eliminasi serta distribusi dan afinitas
terhadap ACE.
37
38
jantung, Selain angiotensin II, ACE-I juga menghambat enzim kininase secara
dari Asia Barat yang beriklim sub tropis. Apel dapat tumbuh di Indonesia
setelah tanaman apel ini beradaptasi dengan iklim Indonesia, yaitu iklim
berkembang pesat pada tahun 1960 hingga sekarang. Apel di Indonesia dapat
38
39
tumbuh dan berbuah baik di dataran tinggi, khususnya di Malang (Batu dan
1. Kingdom : Plantae
2. Subkingdom : Tracheobionta
3. Superdivisi : Spermatophyta
4. Divisi : Magnoliophyta
5. Kelas : Dicotyledone
6. Subkelas : Rosidae
7. Ordo : Rosales
8. Famili : Rosaceae
9. Genus : Malus
Varietas apel impor dari spesies (Malus domestica) contohnya Fuji, Red
varietas lokal yaitu Rome Beauty, Manalagi, dan Anna. Buah apel (Malus
kolesterol dalam darah, penstabil gula darah, penurun tekanan darah, agen anti
Beberapa senyawa fitokimia yang ada pada buah apel dan berfungsi
39
40
masyarakat akan manfaat buah Apel bagi kesehatan merupakan salah satu
pektin (sejenis serat), quersetin (bahan anti kanker dan anti radang) serta
vitamin C yang tinggi merupakan sebagian alasan mengapa ahli gizi sangat
kolesterol tinggi, arthritis dan ainnya dapat diatasi dengan terapi buah Apel.
Kandungan anti oksidan yang sangat tinggi juga menjadi alasan tingginya
dapat ditemukan pada batang, daun, bunga dan buah. Flavonoid dalam tubuh
40
41
dan glikosidanya berada dalam jumlah sekitar 60—75 % dari flavonoid (Waji
kuning cemerlang citron dan tidak larut sepenuhnya dalam air dingin, sukar
larut dalam air panas, tapi cukup larut dalam alkohol dan lemak (Kelly, 2011).
(Daud, 2011).
radikal bebas dan juga sebagai anti radikal bebas. Quersetin merupakan salah
satu zat aktif kelas flavonoid yang secara biologis amat kuat, bila vitamin C
41
42
membuat senyawa kuersetin radikal memilki energi yang sangat rendah untuk
dan bertindak sebagai antioksidan ketika bereaksi dengan radikal bebas antara
lain :
quersetin.
42
43
aldosteron dihambat maka lebih banyak air dikeluarkan dari tubuh dan tekanan
Captopril merupakan salah satu obat antihipertensi golongan ACE inhibitor yang
telah banyak digunakan untuk pengobatan hipertensi dan gagal jantung kongestif, dan
diresepkan untuk pasien kronis yang membutuhkan agen terapi jangka panjang.
Captopril juga menjadi salah satu obat pilihan untuk pasien demam rematik yang telah
Pada sediaan tablet konvensional frekuensi pemberian kaptopril 2-3 kali sehari.
Sebagian besar produk obat konvensional diformulasi untuk melepaskan obat aktif
dengan segera dan menghasilkan absorpsi sistemik obat yang cepat dan sempurna.
Akan tetapi setelah di absorpsi, konsentrasi obat dalam darah menurun menurut profil
dalam waktu 8-12 jam, dilakukan alternatif dengan pelepasan modifikasi untuk
Menurut Siswandono dan Soekardjo, 2008 captopril bersifat mudah larut dalam
air, captopril dapat diabsorpsi di saluran cerna sekitar 60-75%. Adanya makanan
dapat mengurangi absorbsi obat 30-40% sehingga baik diberikan saat perut kosong
43
44
di saluran cerna dalam waktu 8-12 jam dan dapat diserap dengan baik.
kerelaan atau kesadaran pasien dalam menjalani terapi pengobatan yang berkaitan
dengan ketidakpatuhan pasien serta dapat menurunkan kualitas hidup dari pasien
Sekitar 60-75% dari dosis captopril diabsorbsi dari sistem gastrointestinal dan
3 jam, Vd = 2 liter/ Kg, f = 0,65. Captopril mempunyai kelarutan yang baik (mudah
larut dalam 250 ml air pada pH 1-8) dan permeabilitas yang rendah (absorpsinya
Metode in silico merupakan suatu metode yang menarik dan menjanjikan dalam
mengidentifikasi senyawa baru karena lebih cepat dan biaya yang lebih ekonomis
(Geldenhuys, 2006).
44
45
3. Bioinformatika, target obat berasal dari data genom. Perangkat lunak yang
tersedia untuk desain dan pengembangan obat di dalam komputer, berasal dari
akademik, dan sumber terbuka. Masing masing sumber ini memiliki kelebihan
dan kontra, pemilihan perangkat lunak yang sesuai bervariasi untuk tiap
hanya di dalam tabung reaksi (in vitro) atau di dalam sel mahluk hidup (in
a) Identifikasi jalur, gen dan proses / fungsi yang telah dikodekan dalam
1. Molecular Docking
45
46
antar molekul, dapat berupa protein termasuk enzim, DNA, karbohidrat, lemak
Metode ini melibatkan docking molekul dari tiap komponen dari database
a. Persiapan reseptor
hydrogen. Beberapa program lebih menitik beratkan pada posisi dari pada
pre docking (ingat untuk mempertimbangkan residu yang hilang atau atom –
atom).
46
47
b. Persiapan ligan
dalam molekul yang berikatan dengan 4 jenis kimiawi yang berbeda yang
atom
c. Meminimalkan struktur
Surlflex (Tripos)
berikatan dengan sisi spesifik pada molekul target seperti protein dan
target antara lain reseptor protein atau enzim dengan menggunakan computer.
47
48
sumber daya. Beragam penjelasan seperti berat molekul, nomor rotasi ikatan,
LogP, dan lain-lain yang biasanya digunakan. Dasar dari QSAR adalah asumsi
bahwa aktivitas, atau properti, efek racun dihubungkan dengan struktur kimia
4. Pharmacophore Mapping
beriteraksi dengan target biologis partikel seperti ikatan donor hydrogen dan
aseptor, perubahan positif dan negatif, rantai aromatic dan hidrofobik. Hal ini
mengidentifikasikan tipe mana dari setiap poin yang cocok dengan formasi
komponen- komponennya.
48
49
yang lebih rendah (120 – 250Da) disaring. Fragment based screening ini
diutamakan dari suatu molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk
kompleks yang stabil. Informasi tentang orientasi ini dapat digunakan untuk
memprediksi kekuatan hubungan atau afinitas ikatan antara dua molekul yang
relevan seperti protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid memainkan peran
sentral dalam transduksi sinyal. Orientasi relative dari dua pasangan yang
itu, docking berguna untuk memprediksi baik kekuatan dan jenis sinyal yang
docking yaitu:
49
50
molekul atom dalam jangka waktu tertentu. Teknik ini berdasarkan pada
static dan dinamik pada skala atomik, seperti posisi dan kecepatan. Informasi ini
lalu dapat diolah menjadi informasi pada skala makroskopis seperti tekanan, suhu
dan lain – lain. Dinamika molekul bersifat deterministik. Jika keadaan suatu
materi diketahui pada waktu tertentu, maka keadaan materi tersebut pada waktu
biologis, yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500, termasuk protein dan asam
organsime termasuk bakteri, ragi, tanaman, lalat, hewan lain dan manusia.
pangan. Struktur yang terdapat dalam arsip ini mulai dari protein kecil dan
2014).
2.5.4 PubChem
molekuler untuk umum., sebuah karya ilmiah dari Institut Kesehatan Nasional
Amerika (US National Institutes of Health / NIH). Basis data PubChem memiliki
50
51
lebih dari 27 juta catatan struktur kimia khusus dari senyawa yang berasal dari
hampir 70 juta senyawa endapan, dan berisi lebih dari 449.000 catatan bioassay
dengan lebih dari ribuan biokimia in vitro dan skrining berbasis sel, dengan
menargetkan lebih dari 7000 protein da gen yang terhubung dengan lebih dari 1,8
juta senyawa (Xie, 2010). Pada situs PubChem ini dapat diunduh struktur kimia
dari suatu senyawa secara gratis yang dibutuhkan dalam studi penambatan
molekul.
2.5.5 Molinspiration.com
berbagai macam molekul seperti logP, area permukaan polar, jumlah donor
ikatan hidrogen dan aseptor, selain itu dapat juga digunakan untuk memprediksi
molinspiration ini bisa dilakukan dengan cara online dengan alamat website
(http://molinspiration.com)
untuk membuka, mengedit data serta alat untuk melakukan analisis data yang
dihasilkan oleh perangkat lunak lain. Perangkat ini dirancang untuk memberikan
gambaran yang interaktif untuk melihat dan mengedit struktur molekul, urutan,
data refleksi X-ray, script dan data lainnya. Aplikasi ini dapat digunakan pada
windows dan linux dan terintegrasi dengan desktop yang menyediakan akses ke
51
52
fitur sistem operasi standar seperti sistem berkas, clipboard, dan percetakan
Hex merupakan software program docking yang dapat diunduh secara gratis
DNA. Hex juga dapat menghitung docking ligan dengan asumsi bahwa ligan
tidak dapat berubah dan dapat berpasangan dengan molekul yang hanya diketahui
bentuk 3Dnya.(Ritchie,2013)
Open Babel adalah perangkat lunak untuk mengubah beberapa format berkas
kimia. Selain itu, perangkat ini menyediakan berbagai fungsi berguna yaitu
pencarian substruktur dan kemiripan. Open babel mendukung 111 format berkas
kimia yang dapat membaca 82 format dan menulis 85 format. Perangkat ini
ini selalu disertai perubahan energi. Energi yang dibutuhkan untuk memutuskan 1
mol ikatan kimia dalam suatu molekul gas menajdi atom- atomnya dalam fase
gas disebut energi ikatan atau energi disosiasi (D). Energi yang dibutuhkan untuk
energi atomisasi. Harga atomisasi ini merupakan jumlah energi ikatan atom –
atom dalam molekul tersebut. Molekul kovalen dari dua atom seperti H2, O2, N2
mempunyai satu ikatan, maka energi atomisasi sama dengan energi ikatan.
52
53
(kkal/mol). Kekuatan suatu ikatan kimia ditentukan oleh energi ikatan yang
besarnya bergantung pada sifat ikatan antara atom – atom, yaitu ikatan ganda tiga
lebih kuat ikatan rangkap dua dan ikatan rangkap dua lebih kuat ikatan tunggal.
Jarak ikatan atau panjang ikatan ganda tiga lebih pendek dibandingkan ikatan
rangkap dua dan lebih pendek dibanding ikatan tunggal. semakin pendek suatu
Menurut penelitian siti khoiroh 2017, dalam penelitiannya yang berjudul Pengaruh
Jus Apel Terhadap Penurunan Tekanan Darah Pada Lansia Hipertensi di Puskesmas
Muara Kaman. Penelitian ini metode yang digunakan adalah desain quasi eksperimen
(eksperimen semu) dengan menggunakan rancangan pretest posttest with control group.
Untuk sampel dalam penelitian ini adalah responden hipertensi di Puskesmas Muara
menggunakan uji t dependen dan uji t independen. Hasil dari penelitian ini adalah Ada
pengaruh yang signifikan antara pemberian jus apel pretest dan posttest pada kelompok
intervensi (P value = 0,000 ; P < 0,005). Selisih rata-rata tekanan darah sistolik pada
kelompok intervensi dan kelompok kontrol juga memiliki perbedaan yang signifikan (P
value = 0,002 ; P < 0,05), sedangkan Selisih rata-rata tekanan darah diastolik pada
kelompok intervensi dan kelompok kontrol juga memiliki perbedaan yang signifikan (P
Kemudian menurut kinanti zidni ulfah 2016, dengan berjudul Apel Manalagi
53
54
Design dengan rancangan One Group Pre-Test – Post-Test Design, terdiri dari
random sampling. Dengan jumlah total responden sebanyak 20 orang. Hasil dari
dengan nilai p value 0,004, diastolik dengan p value 0,038. Adapun pada
kelompok kontrol p value tekanan darah sistolik sebesar 0,014, diastolik ,792.
Nilai p value dari uji Wilcoxon p<0,05, yang berarti ada perbedaan yang
bermakna sebelum dan sesudah perlakuan pada tekanan darah sistolik dan
diastolik. Uji Mann Whitney menunjukkan tidak ada perbedaan antara kelompok
eksperimen dan kelompok kontrol pada selisih tekanan darah sistolik yang
Quercetin Captopril
ACE
54
55
2.7 HIPOTESA
Ho :
H1:
2. Perbandingan ikatan antara quercetin pada apel lebih stabil daripada ikatan
55
56
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Desain Penelitian
Desain penelitian yang digunakan pada penelitian ini adalah penelitian deskriptif
dengan penelusuran melalui metode in silico (pengunduhan molekul dan
penambatan molekul) secara komputerisasi yaitu sofware hex 8.0.
Penambatran Molekul
dengan program Hex 8.0
Simulasi Dinamika
Molecular
(Discovery studio)
56
57
(independent variabel) atau variabel yang tidak terikat pada variabel lainnya, dan
a. Variabel bebas
enzym)
b. Variabel Terikat
57
58
58
59
3.6 Instrumen
3.6.1 Perangkat keras
Komputer terhubung internet dengan spesifikasi precessor intel ® celeron
® N4000 CPU @ 1.10 Ghz 1.10 GHz RAM (Random Access Memory) 4 GB.
Sistem operasi Window 8.1 Enterprise 64 bit, paket Hex 8.0, Autodock
(http://molinspiration.com).
3.7 Bahan
3.7.1 Penyiapan Struktur Ligan
1. Pengunduhan dan Pembuatan ligan
Ligan yang digunakan adalah obat anti hipertensi sebagai pembanding dan
ligan uji dibuat dengan format .pdb, dan ligan quercetin diunduh dari situs
59
60
dengan format .sdf. Format ligan quercetin tersebut diubah menjadi .pdb
2. Optimasi ligan
menggunakan open babel. Kemudian , buka ligan yang telah dibuat (ligan →
input → open → convert), setelah itu disimpan dalam bentuk. Pdb (ligan →
a. Pengunduhan makromolekul
Makromolekul ACE dipisahkan dari pelarut dan ligan atau residu non
standar. Pemisahan makromolekul ACE dari molekul air dan ligan yang
c. Optimasi molekul
60
61
menggunakan Hex 8.0 pertama buka file makromolekul ACE yang sudah
1. Hasil docking
Hasil kalkulasi docking dilihat pada hasil output yang ditampilkan dalam
visualisasi gambar dengan nilai RMSD dan energi docking dari penambatan
molekul.
Hasil uji in-silico berupa skor docking dan nilai RMSD (Root Mean Square
Deviation). Syarat dikatakan metode yang digunakan itu baik atau valid memiliki
nilai RMSD ≤ 2 Ǻ. (Jain & Nicholls, 2008). Skor docking digunakan sebagai
61
62
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Analisis Ikatan Quercetin pada Apel terhadap ACE
Penyiapan ligan Quercetin
diunduh dalam bentuk 3D dengan format .sdf. Ligan quercetin yang telah
bentuk ligan dari format .sdf menjadi format .pdb sebagai output file nya. (klik
file → pilih file ligan→ convert→ output file(pilih lokasi file)→bentuk format
.pdb→ save ).
62
63
flavonoid yang terkandung dalam buah-buahan yang seperti apel yang diketahui
energi ikatan itu. Hasil dari penambatan ligan Quercetin terhadap ACE dengan
menggunakan hex 8.0 menghasilkan nilai energi dan RMSD yaitu -236,47
kkl/mol dan RMSD sebesar 1,00 .Interaksi Ikatan Quercetin dengan ACE
lunak Hex 8.0 dengan nilai RMSD 1,00 Ǻ. Hasil dari penambatan molekul
Quercetin dengan Hex 8.0 dalam bentuk pdb. dimasukkan dalam perangkat lunak
63
64
ACE dengan syarat yang telah ditentukan dengan menghasilkan nilai energi dan
RMSD yaitu -236,47 kkl/mol dan RMSD sebesar 1,00 , berat molekul Quercetin
64
65
Ligan quercetin yang telah diunduh dibuka dengan perangkat lunak Open babel
untuk mengkonversikan bentuk ligan dari format .sdf menjadi format .pdb
sebagai output file nya. (klik file → pilih file ligan→ convert→ output file(pilih
.pdb. dapat dilihat seperti ditampilkan pada gambar 12. Visualisasi bentuk 3D
molekul dari ligan captopril sebesar 195,65 dan logP yaitu -1,09 .
65
66
perangkat lunak Hex 8.0. Penggunaan Hex 8.0 digunakan untuk melihat energi
menggunakan Hex 8.0 ini dengan cara proses pertama yang dilakukan adalah
dengan membuka file makromolekul ACE yang telah disiapkan dalam bentuk
gambar makromolekul ACE di layar, kemudian buka file ligan yang akan diuji
(file → open → ligan → lokasi file). Menu control dibuka untuk memulai proses
Analisis ikatan Captopril dengan ACE menggunakan program hex 8.0 untuk
energi ikatan itu. Hasil dari penambatan ligan Captopril terhadap ACE dengan
menggunakan hex 8.0 menghasilkan nilai energi dan RMSD yaitu -494,56
66
67
kkl/mol dan RMSD sebesar -1,00 .Interaksi Ikatan Quercetin dengan ACE
lunak Hex 8.0 dengan nilai RMSD 1,00 Ǻ. Hasil dari penambatan molekul
Quercetin dengan Hex 8.0 dalam bentuk pdb. dimasukkan dalam perangkat lunak
Struktur molekul ACE yang diunduh masih terikat dengan`ligan dan molekul
air. Struktu rmolekul ACE dipisahkan dari residu non standar dengan cara
siap melalui tahap selanjutnya. Struktur hasil pemisahan ini disimpan dengan
format .pdb seperti pada Gambar 14 yang menunjukkan bentuk 3D dari ACE.
67
68
merupakan makromolekul dari manusia. Ligan dan molekul air ini harus
ligan dan reseptor sehingga hasil docking yang didapat semakin lebih baik.
agar hasil penelitian yang dihasilkan bisa lebih valid dan menghindari
penyimpangan yang mungkin terjadi akibat adanya molekul air dan ligan yang
ACE
terdapat di alam. Hasil penambatan ligan uji menunjukkan kurang baik atau
kurang stabil dari pada ligan pembanding. Senyawa alami yang ditambatkan pada
ACE semuanya mempunyai nilai energi ikatan yang lebih rendah bila
68
69
Captopril. Penyebabnya adalah struktur kimia dari Captopril dapat diatur karena
merupakan obat atau ligan sintetis, tetapi efek samping dari penggunaan obat
sintetis jangka panjang dapat menimbulkan efek negatif dalam tubuh yaitu
memperberat fungsi hati, sehingga hasil penelitian ini dapat memberi harapan
alam.
Hasil penambatan molekul pada penelitian ini meliputi nilai energi bebas
(∆Gbind) docking dan Root Mean Square Deviation (RMSD), serta interaksi
ligan dengan residu pada makromolekul protein. Energi yang dibutuhkan ligan
untuk berinteraksi (ikatan) dengan reseptor pada binding site adalah ∆Gbind.
Nilai ∆Gbind yang semakin kecil menunjukkan semakin stabilnya ikatan ligan
dengan reseptor. Keluaran (output) hasil docking berupa struktur molekul dengan
format .pdb yang berisi nilai RMSD. Nilai RMSD dik atakan baik dan dapat
69
70
ligan captopril terhadap ACE menghasilkan nilai energi sebesar -496,47 kkal/mol
dengan nilai RMSD sebesar -1, 00Ǻ . Hasil penambatan Quercetin lebih besar
70
71
BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
5.1 Simpulan
bahwa :
1. Berat molekul dari Quercetin sebesar 240,08 kkal/mol sama dan logP sebesar
1,68 .
2. Berat molekul dari Captopril sebesar 195,65 kkal/mol sama dan logP sebesar
-1,09 .
kkal/mol dengan nilai RMSD sebesar 1,00 . hasil visualisasi interaksi ikatan
analisa dan visualisasi interaksi ligan dengan reseptor bahwa Captopril lebih
71
72
5.2 SARAN
1. Bagi mahasiswa
perangkat komputer atau secara in silico untuk melihat jenis ikatan, aktivasi
ACE yang ditimbulkan akibat ikatan dengan ligan uji dan jenis asam amino
yang terikat .
2. Bagi masyarakat
72
73
DAFTAR PUSTAKA
73
74
74
75
75
76
LAMPIRAN
76
77
77
78
78
79
79
80
Open babel
80
81
81
82
hex 8.0
82
83
83
84
84
85
85
86
86
87
87
88
88
89
89
90
90