Analisis gambar jaringan tanaman diperoleh dengan pemindaian confocal tandem

mikroskop cahaya yang dipantulkan

Abstrak. Makalah ini menyajikan dua metode (otomatis dan semi-otomatis) untuk
evaluasi kuantitatif parameter struktural sel jaringan tanaman. Metode
dikembangkan untuk gambar yang diperoleh dengan pemindaian confocal tandem
mikroskop cahaya yang dipantulkan. Kualitas gambar cukup untuk analisis semi-
otomatis. Namun, metode otomatis tidak memberikan hasil yang memuaskan karena
memberikan area sel rata-rata 30% lebih besar dan 60% lebih sedikit sel
daripada metode semi-otomatis. Oleh karena itu, kami menyatakan bahwa untuk
gambar yang diambil dengan pemindaian confocal tandem memantulkan analisis
mikroskop-otomatis cahaya lebih akurat dan tepat pada saat ini. K e y w o r d
s: parameter struktural jaringan tanaman, analisis gambar, mikroskop confocal

PENGANTAR
Teknologi yang sangat maju membutuhkan semakin banyak pengetahuan tentang
sifat-sifat material. Hal di atas juga berlaku untuk bahan baku pertanian yang
digunakan untuk konsumsi langsung dan pengolahan industri (Wilkinson et al.,
2000). Struktur adalah salah satu sifat paling penting dari bahan, yang secara
langsung dikaitkan dengan sifat-sifat lain dari pusat bahan. Studi telah
menunjukkan bahwa, antara lain, mikro-struktur resistensi jaringan mikro dari
jaringan tanaman (Pitt dan Chen, 1983; Zdunek dan Konstankiewicz, 2004; Fornal
et al., 2000) yang mengalami perubahan selama pengeringan (Wang dan Brennan,
1995), pembekuan (Da-Wen Sun dan Bing Li, 2003) dan juga sebagai hasil
pemanasan (Aguilera et al., 2001). Untuk menunjukkan kompleksitas struktur
jaringan tanaman, gambar mikroskopis yang diperoleh dengan berbagai teknik
digunakan. Namun, struktur yang paling sering dievaluasi secara deskriptif,
dan hanya mungkin untuk menggunakan studi struktural ketika struktur
dijelaskan secara numerik (Kalab).

et al., 1995; Pukos, 1994; Pukos et al., 1995; Fornal et al., 1999). Untuk
menggambarkan struktur jaringan tanaman, terutama perubahannya sebagai akibat
dari semua jenis dampak, perlu dilakukan pengamatan untuk menjaga keadaan
paling alami yang mungkin terjadi dari objek yang diteliti. Metode mikroskopis
biasanya memerlukan prosedur kompleks persiapan sampel persiapan dan harus
mengambil ke dalam perubahan struktural pada tahap pemeriksaan
(Konstankiewicz, 2002; Konstankiewicz et al., 2001; Petran et al., 1995).
Gambar mikroskopis struktur yang paling sering adalah penampang datar.
Analisis kuantitatif gambar-gambar tersebut terbatas pada penentuan parameter
geometris elemen-elemen struktural dan lokasi mereka dalam hubungannya satu
sama lain. Kurangnya metode universal dan prosedur komputer yang dapat
diterapkan untuk berbagai jenis bahan merupakan hambatan serius untuk jenis
studi ini (Cwajna et al., 1994; Konstankiewicz et al., 1998; 2001; 2002).
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengembangkan prosedur analisis gambar
yang diperoleh dengan mikroskop confocal. Dalam tulisan ini kami akan
membandingkan hasil analisis yang diperoleh dengan metode otomatis dan semi-
otomatis.

MATERIAL DAN METODE

Inti bagian dalam umbi kentang parenkim, kultivar Danusia, dipilih untuk
menguraikan metode analisis (Gbr. 1). Ini hampir tidak memiliki kandungan
pati, bundel vaskular, dan ruang seluler superdiseluruhdisebabkan karena itu,
struktur sederhana ini sangat berguna untuk metode pengujian. Kentang berasal
dari panen tahun 2003, ditanam di Departemen Penyimpanan Potato dan Proses
Institusi Pemuliaan dan Aklimatisasi Tanaman di Jadwisin.
GAMBAR

Asilice1mminthicknessand10mmindiameter dipotong dari bagian tengah umbi

kentang, dari inti bagian dalam, dengan menggunakan pemotong guillotine khusus
yang dilengkapi dengan dua bilah paralel (Gbr. 1). Segera setelah dipotong,
sampel dibilas dalam air suling untuk menghilangkan pati dan komponen sel
lainnya yang berpotensi tertinggal di permukaan. Selanjutnya, potongan itu
dipasang pada slide mikroskop dan dikeringkan dengan lembut dengan kertas
filter. Sampel yang dipersiapkan kemudian dilakukan pengamatan dengan
menggunakan mikroskop confocal optik (Tandem Scanning Reflected Light
Microscope - TSRLM) (Petran et al., 1995). Rancangan 10 / 0,24 lensa yang
digunakan untuk pengamatan dan pengambilan gambar diambil oleh kamera digital
dengan resolusi 752 x 582 piksel dalam skala abu-abu 0-255. Pengamatan ini
memungkinkan 10-15wholecellinellimage.Thelineardimensi gambar adalah 0,82 x
0,65 mm. Dalam percobaan ini, 50 gambar yang tidak tumpang tindih diambil.

HASIL DAN DISKUSI

Prosedur yang dijelaskan di atas dikembangkan untuk mendapatkan struktur sel
yang akan mudah untuk analisis otomatis 50 gambar dalam satu prosedur.
Akibatnya, gambar yang diperoleh memiliki kontras tinggi (Gbr. 2). Sel-selnya
terlihat jelas sebagai poligon dengan dinding tipis. Sayangnya, beberapa
dinding tidak kontinu, yang mungkin membuat analisis sulit. Selain itu, di
dalam setiap sel ada benda-benda bersinar lainnya (mereka bisa menjadi dasar
sel atau sisa-sisa air setelah pencucian jaringan) yang juga dapat
mempengaruhi hasil analisis. Tujuan dari analisis ini adalah untuk mendapatkan
luas dan keliling setiap sel secara terpisah. Semua 50 gambar itu
GAMBAR
dianalisis dengan dua cara: 1) otomatis, di mana gambar diproses di komputer
secara otomatis, dan 2) semi otomatis, di mana dinding dalam gambar pertama
kali dibuat sketsa secara manual dan selanjutnya sketsa diukur. Cara analisis
kedua adalah metode rujukan, karena, pada sebagian besar kasus, mudah
digunakan untuk mengenali atau mengenali sel-sel bahkan jika dindingnya rusak.
Analisis otomatis
Langkah utama analisis otomatis ditunjukkan pada Gambar. 3a - d. Sebagai alat
untuk menulis prosedur, perangkat lunak Aphelion digunakan. Prosedur ini
terdiri dari seperangkat operator morfologi. Operator: -
meningkatkankecepataninkelinkartikel dinding, menghapus objek yang bukan sel,
- mengonversi gambar ke format biner, - mengenali sel, - mengukur sel.

Tujuan dari bagian prosedur ini (erosi, rekonstruksi, pelebaran dan pembukaan
operator, Gbr. 3a) adalah untuk mengekstraksi objek besar dan terang yang
bukan sel. Akibatnya, objek besar dan cerah dari Gambar. 3a dihapus (Gambar.
3b). Transformasi memungkinkan mengekstraksi objek (area di dalam gambar) yang
pada langkah selanjutnya diletakkan adalah 'sumber' dari sel (Gbr.3c). Kawat
disingkirkan dari analisis lebih lanjut (Gbr. 3d).
GAMBAR
Analisis semi-otomatis
Untuk memeriksa kualitas analisis otomatis, metode semi-otomatis digunakan
sebagai metode referensi. Bagian yang mewakili dinding sel individu digambar
pada latar belakang gambar asli dengan menggunakan Corel Draw. Sketsa-sketsa
itu digambar di atas lapisan terpisah, sebagai straightsegments
fromstornertocornerofthellell.Inthat
GAMBAR
cara, kerangka struktur dalam bentuk polinomial tertutup yang mewakili sel
'dua dimensi' dari jaringan tanaman diperoleh, seperti yang ditunjukkan pada
Gambar. 4. Sketsa biner kemudian diproses oleh operator DAS yang mendeteksi
dan memberi label sel. Sama halnya dengan prosedur otomatis, ponsel ini dijual
dengan baik. Selanjutnya, masing-masing sel diukur.
HASIL
Untuk membandingkan metode analisis, dua parameter geometri ditentukan: luas
dan keliling setiap sel. Perbandingan hasil ditunjukkan pada Tabel 1.
Perbedaan signifikan dalam hasil dapat diamati. Ukuran objek (luas rata-rata
dan keliling) yang diperoleh dengan metode 1 lebih tinggi daripada metode 2.
Perbedaannya adalah sekitar 30%. Namun, jumlah yang terdeteksi
TABEL
GRAFIK
objek lebih rendah. Dalam metode otomatis kami kehilangan sekitar 60% sel.
Pada Gambar. 5 distribusi area sel yang tepat disajikan. Terlihat bahwa
distribusi diperoleh dengan merujuk pada metode yang tidak diambil. Namun, ada
perbedaan yang signifikan dalam kisaran di sekitar puncak. Perbedaan terbesar
muncul pada ekor distribusi. Dalam metode otomatis, prosedur komputer yang
sama diterapkan untuk semua gambar. Namun, setiap fitur gambar menyebabkan
kesalahan rekonstruksi yang berbeda. Kesalahan umum adalah: kehilangan sel
telepon, menghubungkan dua benda atau sel dalam telepon, dan mendeteksi objek
dalam sel nyata sebagai dinding. Kesalahan ini menyebabkan nilai area dan
perimeter yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode semi-otomatis
(referensi) 2. Dalam metode semi-otomatis hasilnya tergantung pada pengamat.
Namun, kerusakan dinding dan benda putih di dalam sel tidak memengaruhi
keputusan pengamat tentang rekonstruksi. Kualitas gambar cukup untuk menilai
sketsa dinding sel hampir di seluruh area pengamatan. Di sisi lain, metode
otomatis tidak memberikan hasil yang memuaskan karena perbedaan 30% di daerah
dan 60% dalam jumlah sel adalah signifikan. Oleh karena itu, kami menyatakan
bahwa untuk gambar yang diambil dengan pemindaian confocal tandem yang
dipantulkan, analisis semi-otomatis mikroskop cahaya lebih akurat dan tepat
pada saat ini.
KESIMPULAN
1. Kualitas gambar yang diambil oleh pemindaian confocal tandem mikroskop
cahaya yang dipantulkan sudah cukup untuk pengenalan sel yang jelas. 2.
Analisis otomatis yang dikembangkan dalam penelitian ini tidak memberikan
hasil yang memuaskan karena sel yang rusak dan objek mengganggu lainnya dalam
gambar. 3. Analisis yang akurat membutuhkan sketsa manual dari struktur sel.