LAPORAN PRAKTIKUM ANALISIS OBAT MAKANAN DAN KOSMETIKA

HALAL

“Isolasi DNA”

Disusun oleh:

Kelompok 2C

Afifah Khairunnisa 11171020000051

Maria Ulfah 11171020000053

Kartika Sekar Ayu 11171020000057

An-Nisa Patimah Az Zahra 11171020000064

Fitri Anbar Mulyani 11171020000068

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS ILMU KESEHATAN

UIN SYARIF HIDAYATULLAH JAKARTA

APRIL 2020
 A. Tujuan
Mahasiswa mampu mengisolasi DNA yang selanjutnya akan digunakan untuk analisis
deteksi daging babi pada produk sapi menggunakan metode Real Time PCR.

B. Tinjauan Pustaka
DNA adalah bahan penyusun utama dari setiap organisme hidup, didalamnya terdapat
Gen yang bertugas untuk membuat ribuan jenis protein bekerja sesuai fungsinya. DNA
memiliki struktur pilinan utas ganda yang antiparalel dengan komponen-komponennya, yaitu
gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat, dan pasangan basa. Pasangan basa pada DNA
terdiri atas dua macam, yaitu basa purin dan pirimidin. Sebuah sel memiliki DNA yang
merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom
adalah set lengkap materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi
menjadi kromosom. DNA dapat diisolasi, baik dari sel hewan, manusia, maupun pada
tumbuhan. DNA manusia dapat diisolasi melalui darah. Darah manusia terdiri atas plasma
darah, globulus lemak, substansi kimia (karbohidrat, protein dan hormon), dan gas (oksigen,
nitrogen dan karbon dioksida). Plasma darah terdiri atas eritrosit (sel darah merah), leukosit
(sel darah putih) dan trombosit (platelet). Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah
putih. Sel darah putih dijadikan pilihan karena memiliki nukleus, dimana terdapat DNA di
dalamnya.

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai macam
keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis. Isolasi DNA
dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan
karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi
atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA
(Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008). Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang
perlu diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa
adanya kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan
untuk semua spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi
molekul DNA; dan metodenya harus sederhana dan cepat.

Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: (1) Isolasi sel; (2) Lisis dinding dan
membran sel; (3) Ekstraksi dalam larutan; (4) Purifikasi; dan (5) Presipitasi. Prinsip-prinsip
dalam melakukan isolasi DNA ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Prinsip utama
sentrifugasi adalah memisahkan substansi berdasarkan berat jenis molekul. Dengan
menjalankan prosedur dengan benar akan diperoleh DNA kromosom dan plasmid dengan
kemurniannya cukup tinggi, dapat dilihat dari penampakan hasil elektroforesis yang baik.
Ketelitian dan kecermatan dalam pelaksanaan penelitian, sangat menentukan hasil kemurnian
DNA kromosom dan plasmid.

C. Metode Kerja
1. Alat
- Mortar
- Pipet mikro
- Tip
- Lemari pendingin
- Mesin PCR
- Tabung mikrosentrifus 1,5 ml
- Rak rabung
- Mesin sentrifugasi
- Timbangan
- Vortex
- Microwaves
- Spatula
- Pisau

2. Bahan
- TE (Tris-Cl & EDTA) pH 8
- Etanol 70%
- Isppropanol
- Potassium acetate solution
- DNAse-free RNase

3. Prosedur Kerja
1) Preparasi jaringan hewan dan pelisisan sel
Sebanyak 20 mg daging sapo dan sampel bakso sapi dihancikan sampai halus
menggunakan pisau steril, lumping alu dan blender. Daging dan sampel
dimasukkan kedalam microsentrifuge tube 1,5 ml lalu ditambahkan 600 microliter
 Nuclei Lysis Solution. Masing-masing campuran tersebut dihomogenkan selama
10 detik kemudian diinkubasi pada suhu 65oC selama 30 menit.
2) Degradasi RNA dan Presipitasi Protein
Masing-masing campuran yang sudah diinkubasi ditambahkan 3 microliter larutan
RNAse lalu diinkubasi kembali pada suhu 37oC selama 30 menit. Selanjutnya
ditambahkan 200 Microliter Protein Solution dan divortex, kemudian didiamkan
dalam ice selama 5 menit lalu disentrifugasi dengan kecepatan 16.000 rpm selama
4 menit.
3) Presipitasi dan pelarutan DNA
Supernatant yang terbentuk ditambahkan 600 microliter isopropanol kemudian
dihomogenkan lalu disentrifugasikan dengan kecepata 16.000 rpm selama 1ment.
Endapat yang terbentuk ditambahkan 600 microliter etanol 70% kemudian
dihomogenkan lalu disentrifugasi kembali dengan kecepatan 17.000 rpm selama 1
menit. Endapat yang terbentuk dipisahkan dengan etanol 70% lalu endapan
dikeringkan selama 15 menit kemudian ditambahkan 100 microliter DNA
Rehydration Solution, selanjutnya didiamkan selama 1 jam pada suhu 65oC.

D. Hasil Pengamatan
- DNA Terlihat/tidak + Dokumentasi
DNA Keterangan

Hasil Isolasi DNA daging sapi pada

bakso terlihat

- Elektroforesis
E. Pembahasan
Untuk mengetahui kehalalan dari daging bakso maka hal pertama yang harus
dilakukan yaitu mengisolasi DNA, salah satu teknik dalam mengisolasi DNA yaitu
menggunakan lysis buffer. Tahap pertama dari isolasi DNA yaitu proses pencacahan
atau pengubahan bentuk bakso menjadi bentuk yang lebih halus bertujuan untuk
menghancurkan jaringan menjadi bentuk yang lebih kecil agar lebih mudah
mengisolasi DNA karena dinding sel nya telah hancur. Selanjutnya, penambahan
nuclei lysis solution(NLS) pada daging bakso yang sudah dicacah berfungsi untuk
menghancurkan membrane inti sel, agar DNA dan membrane inti sel terpisah. Untuk
mempercepat proses ini, dilakukan inkubasi dengan suhu 65 oC selama 30 menit.
Kemudian agar mendapatkan DNA murni ditambahkan larutan RNAse untuk
melisiskan RNA, karena selain DNA terdapat RNA di dalam inti sel, untuk
memaksimalkan reaksi RNAse maka, dilakukan inkubasi pada suhu 37 0C selama 30
menit, fungsi penambahan larutan presipitasi protein adalah untuk memisahkan DNA
yang tersusun dari asam nukleat dengan protein yang tedapat dalam sel dengan prinsip
larutan presipitasi akan mengendapkan segala protein pada bakso namun tetap
melarutkan asam nukleat(DNA) bakso yang dapat mengganggu kemurnian DNA,
untuk mempercepat pengendapan protein dilakukan sentrifugasi sehingga pada bagian
supernatan tidak ditemukan protein lagi. Karena bagian protein yang mengendap tidak
akan digunakan, larutan supernatan dipisahkan dari endapan protein. Kemudian
ditambahkan isopropanol untuk mengendapkan DNA, Prinsip pengendapan pada
akohol didasarkan pada kemampuan penurunan kelarutan asam nukleat dalam air.
Molekul air yang polar yang mengelilingi molekul DNA akan mempengaruhi
kelarutan DNA. Isopropanol akan mengubah potensial ion dari DNA sehingga akan
membuang molekul air yang berinteraksi dengan DNA. Akibatnya, DNA akan
mengendap. Kemudian ditambahkan etanol 70% untuk mencuci DNA dari pengotor
 yang dapat menganggu hasil analisa DNA, karena etanol tidak diperlukan dalam
proses analisa, etanol perlu dihilangkan dengan menambil bagian endapan saja.
Karena pada proses analisa diperlukan bentuk cair atau larutan maka, ditambahkan
rehydration solution pada endapan DNA sehingga DNA menjadi larut kembali dan
didapatkan DNA murni, proses ini memerlukan waktu 1 jam serta suhu 65 oC. jika
DNA tidak langsung dipakai, maka disimpan pada suhu 4 oC.
Metode isolasi DNA menggunakan Lysis Buffer merupakan metode isolasi
yang menggunakan larutan buffer untuk proses pemecahan selnya. Penggunaan
larutan buffer pada proses isolasi menggunakan Tris-Cl dan EDTA dengan pH 8.
Fungsi larutan buffer adalah untuk menjaga struktur DNA selama proses lisis dan
pemurnian. Pada tahap akhir pemberian buffer TE untuk menjaga DNA terjaga
selama penyimpanan. Hasil isolasi DNA dengan menggunakan metode isolasi lysis
buffer menghasilkan DNA dengan jumlah yang tidak terlalu banyak. Sedangan
berdasarkan hasil dari elektroforesis DNA hasil isolasi menunjukkan bahwa kualitas
DNA genom sapi jauh lebih baik daripada kualitas DNA yang diisolasi dari bakso,
dapat dilihat dari hasil elektroforesis yaitu pita DNA yang diisolasi dari bakso lebih
tipis dan banyak smear. Smear diasumsikan sebagai DNA yang terfragmentasi karena
proses perlakuan mekanis, sehingga fragmen DNA yang berat molekulnya lebih kecil
bergerak lebih cepat menjauhi sumur (Sulandari & Zein, 2003). Proses pemanasan
dan perlakuan fisik pada produk olahan daging seperti proses pembuatan bakso, dapat
menurunkan kualitas DNA hasil isolasi (Andree et al., 2004). Kandungan tepung dan
bumbu pada bakso yang tidak dapat dihancurkan menurunkan kualitas DNA hasil
isolasi (Zein komunikasi pribadi, 2009). Selain itu, perbandingan campuran tepung
dengan daging yang berbeda-beda pada bakso tidak diketahui secara pasti.

F. Kesimpulan
Berdasarkan hasil dan pembahasan dari praktikum yang sudah dijabarkan
sebelumnya, ada beberapa hal yang dapat disimpulkan yaitu proses sentrifugasi pada
isolasi DNA dapat mempercepat proses pengendapan protein, kemudian hasil yang
didapat digunakan untuk proses selanjutnya yaitu elektroforesis. Hasil yang didapat
dengan mengguanakan metode lysis buffer tidak terlalu banyak. Pada elektorforesis
kualitas DNA genom sapi jauh lebih baik daripada kualitas DNA yang diisolasi dari
bakso, dapat dilihat dari hasil elektroforesis yaitu pita DNA yang diisolasi dari bakso
lebih tipis dan banyak smear. Kandungan tepung dan bumbu yang terdapat pada
bakso yang tidak dapat dihancurkan dapat menurunkan kualitas DNA hasil isolasi
(Zein komunikasi pribadi, 2009).
 Daftar Pustaka

Faatih, Mukhlissul. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom Jurnal Penelitian Sains & Teknologi,
Vol. 10, No. 1, 61 – 67. Universitas Muhammadiyah Surakarta.
https://publikasiilmiah.ums.ac.id/bitstream/handle/11617/432/7.%20FATIH.pdf?sequence=1
&isAllowed=y.

Fidia Fibriana, Tuti Widianti, Amin Retnoningsih, Susanti. Deteksi Daging Babi Pada Produk
Bakso di Pusat Kota Salatiga Menggunakan Teknik Polymerase Chain Reaction.
Jurnal UNNES. 2012. Biosantifika (2).
Priyambodo. 2017. Prinsip, Metode, dan Teknik Isolasi DNA
http://staff.unila.ac.id/priyambodo/archives/646.

Rini Puspitaningrum, Chris Adhiyanto, Solihin. Genetika molekuler dan aplikasinya diakses
darihttp://repository.uinjkt.ac.id/dspace/bitstream/123456789/49517/1/1.2.2%20Gen
etika%20Molekuler%20dan%20Aplikasinya%20%28buku%29.pdf diakses pada 10
april 2020 pukul 07:05 AM.