1) Apabila jumlah murid telalu banyak (>40 anak) guru tidak dapat memperhatikan
bacaan murid secara individual. Idealnya, jumlah maksimal satu kelas untuk metode
uni cukup 20 murid.
2) Alokasi waktu metode Al-Banjari tidak sesuai dengan GBPP Pendidikan Agama
Islam di SDN, karena metode Al-Banjari diprogramkan untuk kelas 2 SD, sedang
menurut kurikulum pengenalan huruf Al-Qur’an dimulai kelas 4.
3) Karena metode ini tidak dilengkapi dengan buku manual (buku petunjuk pelaksanaan
metode), nampaknya sulit berkembang.