ELEKTROFORESIS

Oleh:
Nama : Iqbal Auni Rahman
NIM : B1A018105
Rombongan :I
Kelompok :2
Asisten : Bramassetyo Aji

KEMENTERIAN PENDIDIKAN DAN KEBUDAYAAN

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2020
A. Tujuan

Tujuan dari praktikum elektroforesis melihat hasil visualisasi DNA dari

hasil ekstraksi, restriksi, dan PCR.

B. Materi

Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum elektroforesis adalah

agarose powder, buffer TAE, DNA stain EtBr, loading dye, DNA loading buffer,
dan DNA ladder/marka.
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum elektroforesis adalah mikropipet
(1-10 μl), tip putih (kapasitas 0,5-10 μl), sistem elektroforesis, microwave, gelas
ukur, labu Erlenmeyer, timbangan analitik, UV transluminator.

C. Prosedur Kerja

Buffer TAE diukur dengan gelas ukur sebanyak 40 ml,

dimasukkan ke dalam labu Erlenmeyer

Agarose sebanyak 0,6 gram dimasukkan ke

dalam labu Erlenmeyer berisi TAE

Homogenisasi secara manual

Labu Erlenmeyer dimasukkan ke dalam microwave untuk

proses pemanasan

EtBr cair ditambahkan sebanyak 2 μl ke dalam

agarose cair yang sudah hangat kuku

Homogenisasi secara manual

Sumbat dan well comb (16-well) dipasang pada

casting tray
 Agarose cair dituang pada set casting tray

Sumbat dan well comb dilepas dari agar

Casting tray beserta agar diletakkan ke dalam alat
elektroforesis

TAE dituangkan ke dalam tangki hingga seluruh well

terendam

Loading dye diambil sebanyak 1 μl, drop di atas parafilm

Load sampel DNA ladder pada well diberi loading dye

dengan rasio 1:5

DNA sampel diambil sebanyak 5 μl

Load sampel DNA atau PCR produk pada well diberi

loading dye dengan rasio 1:5

Kabel power supply disambungkan pada alat elektroforesis

Power supply dihidupkan dan diatur voltase atau ampere-nya

Proses running elektroforesis

Kabel power supply dilepaskan pada alat elektroforesis

Casting tray diambil, diamati di atas UV

transluminator

Hasil migrasi pita DNA didapatkan

D. Hasil dan Pembahasan

Langkah pertama yang dilakukan dalam praktikum elektroforesis ini adalah

mengukur buffer TAE sebanyak 40 ml menggunkan gelas ukur seperti Gambar 1.
Larutan ini berfungsi untuk meneruskan arus listrik yang diterimaoleh fragmen
DNA pada gel agarosa[ CITATION Sin17 \l 1033 ].

Gambar 1. Pegukuran buffer TAE

Langkah berikutnya mengambil agarose sebanyak 0,6 gram kemudian
memasukkannya ke dalam labu Erlenmeyer yang telah berisi buffer TAE seperti
pada Gambar 2 dan dilanjutkan proses homogenisasi secara manual seperti pada
Gambar 3.

Gambar 2. Agarose dimasukkan ke Erlenmeyer

Gambar 3. Proses homogenisasi manual

Larutan yang sudah homogen dimasukkan ke dalam microwave untuk proses
pemanasan seperti pada Gambar 4. Waktu pemanasan disesuaikan dengan
kelarutan agar dalam TAE.

Gambar 4. Proses pemanasan dalam microwave

Selanjutnya menambahkan EtBr cair sebanyak 2 μl ke dalam agarose cair setelah
memastikan suhu agarose cair sudah turun/hangat kuku seperti Gambar 5. Fungsi
dari EtBr ini sebagai pewarnayang digunakan untuk identifikasi fragmen DNA,
gel agarose akan berpendar karean EtBr mengandung zat flouresen[ CITATION
Hid16 \l 1033 ] .

Gambar 5. Penambahan EtBr ke dalam agarose

Kemudian memasang sumbat dan well comb (16-well) pada casting tray seperti
pada Gambar 6.

Gambar 6. Pemasangan sumbat dan well comb pada casting tray

Setelah sumbat dan well comb terpasang, agarose cair di tuangkan pada set
casting tray seperti pada Gambar 7.

Gambar 7. Penuangan agarose cair ke dalam set casting tray

Tahapan selanjutnya,melepas sumbat dan well comb dari agar yang sudah dalam
keadaan padat dan dingin seperti pada Gambar 8.

Gambar 8. Sumbat dan well comb dilepas

Kemudian meletakkan casting tray beserta agar ke dalam alat elektroforesis
seperti pada Gambar 9.

Gambar 9. Peletakkan casting tray ke alat elektroforesis

Menuangkan TAE ke dalam tangki sampai seluruh well agar terendam seperti
pada Gambar 10.

Gambar 10. Penuangan TAE ke dalam tangki

Berikutnya, mengambil loading dye sebanyak 1 μl dan didrop di atas parafilm
sperti pada Gambar 11 dan Gambar 12.

Gambar 11. Pengambilan loading dye

Gambar 12. Loading dye didrop di atas parafilm

Sampel DNA ladder di load pada well, diberi loading dye dengan rasio 1:5 seperti
pada Gambar 13.
 Gambar 13. Load DNA ladder
Mengambil sampel DNA/ PCR produk sebanyak 5 μl, load pada well dan diberi
loading dye dengan rasio 1:5 Seperti pada gambar 14.

Gambar 14. Load sampel DNA/PCR produk

Menyambungkan kabel power supply pada alat elektroforesis seprti pada Gambar
15 dan menghidupkan power supply dibarengi dengan mengatur voltase/ampere-
nya sperti pada Gambar 16. Proses running elektroforesis berjalan seperti pada
Gambar 17.

Gambar 15. Penyambungan kabel power supply

Gambar 16. Power supply dihidupkan dan diatur tegangannya

 Gambar 17. Proses running elektroforesis
Pada Gambar 18, proses melepaskan kabel power supply pada alat elektroforesis,
kemudian dilanjutkan dengan mengambil casting tray seperti pada Gambar 19.
Casting tray ditaruh di atas UV transluminator seperti pada Gambar 20 dan
didapatkan hasil elektroforesis seperti pada Gambar 21.

Gambar 18. Kabel power supply dilepaskan.

Gambar 19. Casting tray diambil

Gambar 20. Pengamatan di atas UV transluminator

 Gambar 21. Hasil migrasi pita DNA setelah elektroforesis
Konsep dasar dari elektroforesis yaitu memanfaatkan muatan listrik yang
ada pada DNA yang bermuatan negatif. DNA yang dialiri arus listrik dari satu
kutub ke kutub yang berlawanan muatannya, maka molekul tersebut akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Hasil uji DNA yang baik dengan
elektroforesis ditunjukkan dengan pita DNA yang tebal dan tampak sedikit atau
tidak ada smear jika divisualisasikan di atas UV transluminator. Elektroforesis
adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan
perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Kecepatan molekul
yang bergerak pada medan listrik bergantung pada muatan, bentuk dan ukuran
molekul. Teknik elektroforesis biasanya digunakan untuk tujuan analisis [ CITATION
Rin171 \l 1033 ].
Hasil visualisasi dari sampel ekstraksi DNA yaitu munculnya pita yang
tebal. Pita tebal dan terang secara kualitatif mengindikasikan konsentrasi hasil
isolasi DNA yang dihasilkan tinggi sedangkan pita yang tipis mengindikasikan
konsentrasi DNA yang dihasilkan kecil[ CITATION Hid16 \l 1033 ] . Terdapat smear
yang terletak pada bagian atas dari DNA band menunjukkan adanya kontaminasi
berupa RNA[ CITATION Iqb16 \l 1033 ]. Interpretasi hasil elektroforesis sampel
DNA restriksi adalah pada sebelah kanan enzim restriksi gagal memotong DNA.
Sedangkan pada sebelah kiri enzim restriksi berhasil memotong DNA dengan
ditandai dihasilkannya potongan DNA dengan berbagai ukuran. Interpretasi hasil
elektroforesis dari sampel PCR menghasilkan Ukuran pita sebesar 300 samnpai
400 base pairs (bp). Ukuran pita hasil PCR ini ditentukan oleh primer yang
digunakan selama proses PCR. Ada beberapa faktor yang sangat mempengaruhi
keberhasilan proses elektroforesis menurut Sinaga et al. (2017), faktor-faktor
tersebut diantara nya ukuran molekul DNA, konsentrasi gel agarosa, konformasi
DNA, voltase, keberadaan pewarna DNA, dan komposisi buffer elektroforesis.
 DAFTAR REFERENSI

Hidayati, Saleh, E. & Aulawi, T., 2016. Identifikasi Keragaman Gen BMPR-1B
(Bone Morphogenic Protein Receptor IB) Pada Ayam Arab, Ayam
Kampung dan Ayam Ras Petelur Menggunakan PCR-RFLP. Jurnal
Peternakan, 13(1), pp. 1-11.

Iqbal, M., Buwono, I. D. & Kurniawati, N., 2016. Analisis Perbandingan Metode
Isolasi DNA untuk Deteksi White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada
Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Jurnal Perikanan Kelautan, 7(1),
pp. 54-65.

Satiyarti, R. B., Nurmilah & Rosahdi, T. D., 2017. Identifikasi Fragmen DNA
Mitokondria Pada Satu Garis Keturunan Ibu dari Sel Epitel Rongga Mulut
dan Sel Folikel Akar Rambut. Biosfer Jurnal Tadris Pendidikan Biologi,
8(1), pp. 13-27.

Sinaga, A., Putri, L. A. P. & Bangun, M. K., 2017. Analisis Pola Pita Andaliman
(Zanthoxylum acanthopodium D.C) Berdasarkan PrimerOPD 03, OPD 20,
OPC 07, OPM 20, OPN 09. Jurnal Agroteknologi FP USU, 5(1), pp. 55-64.