Tugas Mikrobiologi Klinik Modul Infeksi Tropis

KLASIFIKASI BALTIMORE II

Oleh:

Sita Mahardhika NIM: 30101700166 (085774747474)

Pembimbing:

dr. Ridha Wahyutomo SpMK

PROGRAM PENDIDIKAN SARJANA KEDOKTERAN

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM SULTAN AGUNG
2020
 BAB I PENDAHULUAN

1. Latar Belakang
Virus merupakan organisme subseluler atau mikroorganisme terkecil yang pernah
dikenal. Umumnya tidak dapat dilihat dengan mikroskop biasa tetapi menggunakan mikroskop
elektron, kecuali poxvirus. Ukuran virus lebih kecil dibandingkan dengan bakteri sehingga virus
tidak bisa disaring dengan penyaring bakteri. Ukuran virus bervariasi mulai dari poxvirus yang
kira-kira 300 x 25a x 100 nm sampai parvovirus yang kira-kira berdiameter 20 nm (lebih kecil
daripada ribosom) sehingga virus yang paling besar sekalipun sulit sekali untuk dilihat dengan
menggunakan mikroskop cahaya. Karena itu, mudah dimengerti jika morfologi virus baru
diketahui setelah dikembang- kan mikroskop elektron dan metode difraksi sinar X.

Virus adalah organisme peralihan antara makhluk yang hidup dengan benda yang mati
menurut parah ahli biologi. Dapat dikatakan merupakan peralihan karena virus sendiri
mempunyai ciri-ciri makhluk hidup karena virus merupakan suatu organisme aseluler yang
bersifat parasit dengan struktur penyusun paling sederhana, terdiri atas molekul DNA atau RNA
yang dikelilingi oleh mantel protein yang bergantung pada sel inang untuk kehidupannya. Virus
hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan mengendalikan sel
makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Ada
beberapa perbedaan antara virus dan sel hidup yaitu yang pertama dilihat dari jumlah asam
nukleat. Pada sel hidup memiliki 2 tipe asam nukleat sekaligus sedangkan pada virus hanya
memiliki satu tipe asam nukleat saja. Selanjutnya, pada sel hidup mampu memproduksi semua
bagian dari selnya sedangkan pada virus tidak dapat memproduksi semua bagian dari selnya
karena virus tidak dapat tumbuh dan bereproduksi tanpa adanya sel inang atau dapat dikatakan
cirus butuh inang untuk bergantung hidup. Dari segi metabolism juga berbeda karena sel hidup
jelas memiliki system metabolism sedangkan pada virus tidak memiliki system metabolism
sehingga virus tentu saja tidak dapat tumbuh dan bereproduksi jika tanpa bergantung pada sel
inang. Virus mosaik tembakau merupakan virus yang pertama kali divisualisasikan
dengan mikroskop elektron.

Sejarah penemuan virus sendiri mulai menginfeksi sejak jaman sebelum masehi, hal
tersebut terbukti dengan adanya beberapa penemuan-penemuan yaitu laporan mengenai infeksi
virus dalam hieroglyph di Memphis, ibu kota Mesir kuno (1400SM) yang menunjukkan adana
penyakit poliomyelitis. selain itu, Raja Firaun Ramses V meninggal pada tahun 1196 SM dan
dipercaya meninggal karena terserang virus Smallpox. Pada jaman sebelum masehi, virus
endemik yang cukup terkenal adalah virus Smallpox yang menyerang masyarakat cina pada
tahun 1000. Akan tetapi pada pada tahun 1798 , Edward Jenner menemukan bahwa beberapa
pemerah susu memiliki kekebalan terhadap virus pox. Hal tersebut diduga karena Virus Pox
yang terdapat pada sapi, melindungi manusia dari Pox. Penemuan tersebut yang dipahami
kemudian merupakan pelopor penggunaan vaksin. Pada tahun 1880, Louis Pasteur dan Robert
Koch mengemukakan suatu "germ theory" yaitu bahwa mikroorganisme merupakan penyebab

penyakit. Pada saat itu juga terkenal dengan Postulat Koch yang sangat terkenal hingga
saat ini yaitu  agen penyakit harus ada di dalam setiap kasus penyakit, agen harus bisa diisolasi
dari inang dan bisa ditumbuhkan secara in vitro, ketika kultur agen muri diinokulasikan ke dalam
sel inang sehat yang rentan maka ia bisa menimbulkan penyakit, agen yang sama bisa di ambil
dan diisolasi kembali dari inang yang terinfeksi tersebut.

Penelitian mengenai virus dimulai dengan penelitian mengenai penyakit mosaik yang
menghambat pertumbuhan tanaman tembakau dan membuat daun tanaman tersebut memiliki
bercak-bercak. Pada tahun 1883, Adolf Mayer, seorang ilmuwan Jerman, menemukan bahwa
penyakit tersebut dapat menular ketika tanaman yang ia teliti menjadi sakit setelah disemprot
dengan getah tanaman yang sakit. Karena tidak berhasil menemukan mikroba di getah tanaman
tersebut, Mayer menyimpulkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri yang lebih kecil
dari biasanya dan tidak dapat dilihat dengan mikroskop. Pada tahun 1892, Dimitri
Ivanowsky dari Rusia menemukan bahwa getah daun tembakau yang sudah disaring dengan
penyaring bakteri masih dapat menimbulkan penyakit mosaik. Ivanowsky lalu menyimpulkan
dua kemungkinan, yaitu bahwa bakteri penyebab penyakit tersebut berbentuk sangat kecil
sehingga masih dapat melewati saringan, atau bakteri tersebut mengeluarkan toksin yang dapat
menembus saringan.Kemungkinan kedua ini dibuang pada tahun 1897 setelah Martinus
Beijerinck dari Belanda menemukan bahwa agen infeksi di dalam getah yang sudah disaring
tersebut dapat bereproduksi karena kemampuannya menimbulkan penyakit tidak berkurang
setelah beberapa kali ditransfer antartanaman. Patogen mosaik tembakau disimpulkan sebagai
bukan bakteri, melainkan merupakan contagium vivum fluidum, yaitu sejenis cairan hidup
pembawa penyakit. Setelah itu, pada tahun 1898, Loeffler dan Frosch melaporkan bahwa
penyebab penyakit mulut dan kaki sapi dapat melewati filter yang tidak dapat dilewati bakteri.
Namun demikian, mereka menyimpulkan bahwa patogennya adalah bakteri yang sangat kecil.
Pendapat Beijerinck baru terbukti pada tahun 1935, setelah Wendell Meredith
Stanley dari Amerika Serikat berhasil mengkristalkan partikel penyebab penyakit mosaik yang
kini dikenal sebagai virus mosaik tembakau. Virus ini juga merupakan virus yang pertama kali
divisualisasikan dengan mikroskop elektron. Pada tahun 1939 oleh ilmuwan Jerman G.A.
Kausche, E. Pfankuch, dan H. Ruska. Pada tahun 1911, Peyton Rous menemukan jika ayam yang
sehat diinduksi dengan sel tumor dari ayam yang sakit, maka pada ayam yang sehat tersebut juga
akan terkena kanker. Selain itu, Rous juga mencoba melisis sel tumor dari ayam yang sakit lalu
menyaring sari-sarinya dengan pori-pori yang tidak dapat dilalui olehbakteri, lalu sari-sari
tersebut di suntikkan dalam sel ayam yang sehat dan ternyata hal tersebut juga dapat
menyebabkan kanker. Rous menyimpulkan kanker disebabkan karena sel virus pada sel tumor
ayam yang sakit yang menginfeksi sel ayam yang sehat. Penemuan tersebut merupakan
penemuan pertama virus onkogenik, yaitu virus yang dapat menyebabkan tumor. Virus yang
ditemukan oleh Rous dinamakan Rous Sarcoma Virus(RSV). Pada tahun 1933, Shope papilloma
virus atau cottontail rabbit papilloma virus(CRPV)yang ditemukan oleh Dr Richard E
Shope merupakan model kankerpertama pada manusia yag disebabkan oleh virus. Dr Shope
melakukan percobaan dengan mengambil filtrat dari tumor pada hewan lalu disuntikkan pada
kelinci domestik yang sehat, dan ternyata timbul tumor pada kelinci tersebut. Wendell
Stanley merupakan orang pertama yang berhasil mengkristalkan virus pada tahun 1935. Virus
yang dikristalkan merupakan Tobacco Mozaic Virus (TMV). Stanley mengemukakan bahwa
virus akan dapat tetap aktif meskipun setelah kristalisasi. Martha Chase dan Alfred Hershey pada
tahun 1952 berhasil menemukan bakteriofage.Bakterofage merupakan virus yang memiliki inang
bakteri sehingga hanya dapat bereplikasi di dalam sel bakteri.

Nucleoprotein sebutan dari lapisan protein yang lain yang bergabung dengan asam
nukleat yang merupakan inti virion. Kapsid adalah lapisan atau pembungkus yang berada di luar
dari suatu nucleoprotein. Terdapat ikatan nonkovalen yang terdiri dari sejumlah atau beberapa
kapsomer yang berada pada kapsid. Kapsid melindungi asam nukle at dart pengaruh ekstra-
seluler, mempermudah proses penempelan dan mungkin pula proses penembusan ke dalam sei.
Polipeptida yang menyusun kapsid dapat sama, dapat pula tidak. Agar dapat melindungi asam
nukleat, molekutr polipeptida harus tersusun simetris, dan sampai saat ini hanya dua jenis simetri
yang dikenal, yaitu simetri heliks dan simetri ikosahedral. Dibatasi oleh 20 segitiga sama sisi
bentuk ruangnya adalah bentuk simetri yang icosahedral dan memiliki aksis rotasi berganada.
Sangat teratur sehingga kita dapat menghitung dengan rumus tertentu untuk jumlah kapsomer
yang ada pada virion. Pada picornavirus terdapat 60 kapso- mer, adenovirus252 kapsomer,
herpesvirus 162 kapsomer, papovavirus 72 kapsomer. Reovirus menduduki kelas tersendiri
karena ia mempunyai dua lapis kapsid, yang keduanya tersusun menurut simetri ikosahedral.

Sedangkan pada simetri heliks, ada suatu asam nukleat yang berbentuk memanjanng dan
disekitarnya dikelilingi oleh molekul-molekul protein yang bentuknya tersusun seperti bentuk
spiral, akibatnya pada simetri heliks ini hanya memiliki satu aksis rotasi saja berbeda dengan
jenis simetri icosahedral yang memiliki aksis rotasi berganda. Ada setidaknya lima kelompok
virus yang ada dengan keadaan yang terlanjang, seperti picornavirus, reovirus, adenovirus,
papovavirus dan parvo- vims. Sedangkan, virus- virus yang ada lainnya mempunyai selubung
luar atau envelope yang terdiri atas protein dan lipid untuk bagian luar kapsidnya, dimana spike
glikoprotein menempel.
 BAB II PEMBAHASAN

1. Dasar Klasifikasi Virus Menurut David Baltimore

Pada tahun 1971, David Baltimore mengusulkan skema yang memerintahkan
virus sehubungan dengan strategi yang digunakan untuk produksi mRNA.
Klasifikasi Baltimore.Strategi replikasi dari beberapa virus tergantung pada
material genetik alami dari virus tersebut. Dalam hal ini,virus dibagi dalam 7
kelompok seperti pengelompokan [[David Baltimore]. Proses ekspresi gen akan
menentukansemua proses infeksi virus (akut, kronis, persisten, atau laten).
Kelas I : DNA Utas GandaKelompok ini dibagi menjadi dua kelompok :
1.Replikasi terjadi di inti dan relatif tergantung kepada faktor-faktor seluler
(Adenoviridae, Polyomaviridae,Herpesviridae)2.Replikasi terjadi di
sitoplasma (Poxviridae). virus ini melibatkan semua faktor-faktor yang penting
untuk transkripsi dan replikasi dari genomnya, dan kebanyakan tidak tergantung pada
perangkat replikasi dariinangnya.
Kelas II : DNA Utas TunggalReplikasi terjadi di dalam nukleus, melibatkan bentuk
utas ganda intermediate sebagai cetakan untuk sintesis utastunggal DNA turunannya
(Parvoviridae)
Kelas III : RNA Utas GandaVirusnya memiliki genom yang tersegmentasi.
masing-masing segmennya ditranskripsi secara terpisah untuk menghasilkan
monosistronik mRNA individual. contoh : Reoviridae
Kelas IV : RNA Utas Tunggal (+)Virus dengan polisistronik mRNA dimana kelas ini
genom RNA membentuk mRNA yang ditranslasikan untuk membentuk suatu polyprotein
yang dipecah membentuk protein matang. Contoh : Picornaviridae
Kelas V : RNA Utas Tunggal (-)Genom pada kelas ini dibagi menjadi dua tipe:
1.Genom tidak bersegmen (Rhabdoviridae), Tahap pertama dalam replikasi adalah
transkripsi dari genomRNA utas (-) oleh virion RNA-dependent RNA polimerase
untuk menghasilkan monosistronik mRNA yang juga sebagai cetakan untuk replikasi
genom. 2.Genom bersegmen (Orthomixoviridae), replikasi terjadi di dalam nukleus
dimana monosistronik mRNAuntuk masing-masing gen virus dihasilkan oleh
transkriptase virus.
 Kelas VI : RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA IntermediateGenom Retrovirus
RNA utas tunggal (+) bersifat diploid dan tidak dipakai secara langsung sebagai mRNA
tetapisebagi template untuk reverse transkriptase menjadi DNA.
Kelas VII : DNA Utas Ganda dengan RNA IntermediateVirus kelompok ini
bergantung kepada reverse transkriptase, tetapi berbeda dengan retrovirus, prosesnya
terjadi didalam partikel virus selama maturasi (Hepadnaviridae).
Sistem klasifikasi virus Baltimore memberikan panduan yang berguna berkaitan
dengan berbagai mekanisme replikasi genom virus. Dasar klasifikasi ini adalah bahwa
semua virus harus menghasilkan mRNA untai positif dari genom mereka, untuk
menghasilkan protein dan mereplikasi dari genomnya. Mekanisme yang tepat untuk
setiap famili virus diperoleh dengan cara yang berbeda-beda. Berbagai jenis genom virus
dapat dibagi menjadi tujuh kelompok yang membutuhkan strategi dasar yang berbeda
untuk replikasi mereka. Hasil klasifikasi menurut David Baltimore yang tersaji dalam
tabel 10.2 disebut dengan "Klasifikasi Baltimore".
Dengan konvensi untai atas coding DNA yang ditulis dalam 5 ' - 3 ' arah adalah
sense +. Urutan mRNA juga sense +. Strategi replikasi virus tergantung pada sifat
genomnya, sehingga virus dapat diklasifikasikan ke dalam tujuh kelompok :
a. Double-stranded DNA atau DNA Beruntai Ganda
Beberapa bereplikasi dalam nucleus misalnya Adenovirus menggunakan protein
seluler. Poxvirus bereplikasi dalam sitoplasma dan membuat enzim sendiri untuk
replikasi asam nukleat. Contoh : Adenoviruses, Herpesviruses, Poxviruses, dan lan-lain.
b. Single-stranded (+) Sense DNA atau DNA Beruntai Tunggal Sense (+)
Replikasi terjadi di nucleus, yang melibatkan pembentukan untai sense (-), yang
berfungsi sebagai template untuk untai (+) RNA dan DNA sintesis. Contoh :
Parvoviruses.
c. Double-stranded RNA atau RNA Beruntai Ganda
Virus ini telah tersegmentasi genom. Setiap segmen genom ditranskripsi secara
terpisah untuk menghasilkan mRNA monosistronik. Contoh : Reoviruses, Birnaviruses.
d. Single-stranded (+) Sense RNA atau RNA Beruntai Tunggal Sense (+)
1) Polisistronik mRNA
 Misalnya Picornavirus ; Hepatitis A. Genome RNA = mRNA. RNA tidak ada
virion partikel polimerase terkait. Hasil terjemahan dalam pembentukan
produk poliprotein, yang kemudian dibelah untuk membentuk protein matang.
2) Kompleks Transkripsi
Misalnya Togaviruses. Dua atau lebih putaran terjemahan yang diperlukan
untuk menghasilkan RNA genom .
e. Single-stranded (-) Sense RNA atau RNA Beruntai Tunggal Sense (-)
Kelomok ini harus memiliki RNA polimerase RNA virion partikel diarahkan .
1) Segmented misalnya Orthomyxoviruses. Langkah pertama dalam replikasi
adalah transkripsi RNA sense (-) genom oleh virion RNA-dependent RNA
polimerase untuk menghasilkan mRNA monosistronik, yang juga berfungsi
sebagai template untuk replikasi genom .
2) Non-tersegmentasi misalnya Rhabdoviruses. Replikasi terjadi sebagai mRNA
atas dan monosistronik diproduksi
f. Single-stranded (+) sense RNA with DNA intermediate in life-cycle atau RNA
Beruntai Tunggal Sense (+) dengan DNA antara dalam siklus hidup
Genom adalah sense (+) di antara virus yang berupa diploid dan tidak berfungsi
sebagai mRNA, tetapi sebagai template untuk transkripsi terbalik. Contoh : Retrovirus.
g. Double-stranded DNA with RNA intermediate  atau DNA Beruntai Ganda
dengan RNA Perantara
Kelompok virus juga bergantung pada transkripsi balik, tapi tidak seperti
Retrovirus, kelompok virus ini terjadi di dalam partikel virus pada pematangan. Pada
infeksi sel baru, peristiwa pertama terjadi adalah perbaikan gapped genom, diikuti dengan
transkripsi. contoh : Hepadnaviruses.

Klasifikasi virus
Virus dapat diklasifikasi menurut morfologi, tropisme dan cara penyebaran, dan genomik
fungsional.  
- Klasifikasi virus berdasarkan morfologi
Berdasarkan morfologi, virus dibagi berdasarkan jenis asam nukleat dan juga protein
membranterluarnya (envelope) menjadi 4 kelompok, yaitu :
1. Virus DNA
2. Virus RNA
 3. Virus berselubung
4. Virus non-selubung
- Klasifikasi virus berdasarkan tropisme dan cara penyebaran
Berdasarkan tropisme dan cara penyebaran, virus dibagi menjadi:
1. Virus Enterik
2. Virus Respirasi
3. Arbovirus
4. Virus onkogenik
5. Hepatitis virus
- Klasifikasi virus berdasarkan genomik fungsional
Virus di klasifikan menjadi 7 kelompok berdasarkan alur fungsi genomnya. Klasifikasi ini
disebut juga klasifikasi Baltimore yaitu:
1        Virus Tipe I = DNA Utas Ganda
2        Virus Tipe II = DNA Utas Tunggal
3        Virus Tipe III = RNA Utas Ganda
4        Virus Tipe IV = RNA Utas Tunggal (+)
5        Virus Tipe V = RNA Utas Tunggal (-)
6        Virus Tipe VI = RNA Utas Tunggal (+) dengan DNA perantara
7        Virus Tipe VII = DNA Utas Ganda dengan RNA perantara

Menurut klasifikasi Bergey, virus termasuk ke dalam divisio Protophyta, kelas

Mikrotatobiotes dan ordo Virales (Virus). Pada tahun 1976 ICTV (International Commite on
Taxonomy of Virus) mempublikasikan bahwa virus diklasifikasikan struktur dan komposisi
tubuh, yakni berdasarkan kandungan asam. Pada dasarnya virus dibedakan atas dua golongan
yaitu virus DNA dan virus RNA.
a.Virus DNA mempunyai beberapa famili:
1        Famili Parvoviridae seperti genus Parvovirus
2        Famili Papovaviridae seperti genus Aviadenovirus
3        Famili Adenoviridae seperti genus Mastadenovirus
4        Famili Herpesviridae seperti genus Herpesvirus
5        Famili Iridoviridae seperti genus Iridovirus
6        Famili Poxviridae seperti genus Orthopoxvirus
b. Virus RNA mempunyai beberapa famili:
1        Famili Picornaviridae seperti genus Enterivirus
2        Famili Reoviridae seperti genus Reovirus
3        Famili Togaviridae seperti genus Alphavirus
4        Famili Paramyvoviridae seperti genus Pneumovirus
5        Famili Orthomyxoviridae seperti genus Influensavirus
6        Famili Retroviridae seperti genus Leukovirus
7        Famili Rhabdoviridae seperti genus Lyssavirus
8        Famili Arenaviridae seperti genus Arenavirus 
 BAB III KESIMPULAN

Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis.

Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan mengendalikan
sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi
sendiri.Adapun contoh-contoh dari virus yaitu Virus RNA dan Virus DNA.
Virus RNA merupakan virus yang memiliki materi genetik berupa RNA, kelompok yang
tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas III, IV, V, dan VI. Beberapa
contohfamilia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Retroviridae, Picornaviridae,
Orthomixoviridae, dan Arbovirus.Virus DNA merupakan virus yang memiliki materi
genetikberupa DNA, kelompok yang tergolong dalam kelompok ini adalah virus kelas I, II, VII.
Beberapa contoh familia virus yang termasuk ke dalam kelompok ini adalah Herpesviridae,
Parvoviridae, dan Poxviridae.
 BAB IV DAFTAR PUSTAKA

Syarurachman Agus. 2010. Buku Ajar Mikrobiologi Kedokteran (edisi Revisi) oleh FKUI.
Bina Rupa Aksara:Jakarta
Hogg, Stuart. 2005. Essential Microbiology. John Wiley & Sons Ltd : England
Talaro, Kathleen Park dan Arthur Talaro. 2001. Foundations in Microbiology. Pasadena
City College, Ltd.