Banyak permasalahan dalam penerapan sistem Informasi Kesehatan yaitu mencakup

komponen sumberdaya, indicator, manajemen data, produk informasi, dan diseminasi dan
penggunaan.

Masalah yang terjadi dalam penerapan System Informasi Kesehatan

Permasalahan system informasi kesehatan di Indonesia

1. Faktor Pemerintah
a) Standar SIK belum ada
b) Pedoman SIK sudah ada tapi belom seragam
c) Belom ada rencana kerja SIK nasional
d) Pengembangan SIK dikabupaten atau kota tidak seragam

2. Fragmentasi
a) Terlalu banyak sistem yang berbeda beda di semua jenjang administrasi
(kabupaten/kota,provinsi dan pusat),sehingga terjadi duplikasi data, data tidak
lemgkap,tidak valid dan tidak connect dengan pusat.
b) Kesenjangan aliran data (terfragmentasi,banyak hambatan dan tidak tepat
waktu).
c) Hasil penelitian diNTB membuktikan bahwa : Puskesmas harus mengirim
lebih dari 300 laporan dan ada 8 macam software RR sehingga beban
administrasi dan beban petugas terlalu tinggi. Hal ini dianggap tidak efektif
dan tidak efisien.
d) Format pencatatan dan pelaporan masih berbeda-beda dan belom standar
secara nasional.
3. Sumber daya masih minim.